| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Pecuária Sul. Para informações adicionais entre em contato com cppsul.biblioteca@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sul. |
|
Data corrente: |
23/01/2019 |
|
Data da última atualização: |
23/01/2019 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
NICIURA, S. C. M.; CRUVINEL, G. G.; MORAES, C. V.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; BENAVIDES, M. V.; CHAGAS, A. C. de S. |
|
Afiliação: |
SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; Giovanna Gabrielle Cruvinel, UNICEP; Caroline Valério Moraes, UFSCar; FLAVIA ALINE BRESSANI DONATONI, CPPSE; WILSON MALAGO JUNIOR, CPPSE; MAGDA VIEIRA BENAVIDES, CPPSUL; ANA CAROLINA DE SOUZA CHAGAS, CPPSE. |
|
Título: |
PCR-based genotyping of SNP markers in sheep. |
|
Ano de publicação: |
2018 |
|
Fonte/Imprenta: |
Molecular Biology Reports, v. 45, n. 4, p. 651-654, Aug. 2018. |
|
DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11033-018-4206-8 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the main type of variation in genome, enabling them to be associated with traits of economic importance in livestock. Genome-wide association studies (GWAS) have led to the discovery of SNPs associated with desirable traits in sheep. However, in these studies, SNPs are genotyped by high-throughput methods in genome scale, which are expensive and require sophisticated equipment and analysis methods. Therefore, the goal of this study was to develop a reliable, rapid, and inexpensive polymerase chain reaction (PCR)-based method to genotype a medium number of animals for a few candidate SNPs previously associated with desirable phenotypes in sheep by GWAS, using markers associated with gastrointestinal nematode resistance as a model. DNA extracted from white-blood cells of 150 sheep was submitted to PCR amplification followed by agarose gel electrophoresis and determination of banding pattern. Tetra-primer ARMS-PCR was successfully optimized after changes in annealing temperature; annealing and extension times; concentration of MgCl2 and DNA; ratios of inner, outer, forward and reverse primer; and addition of adjuvants, for genotyping the OAR2_14765360, OAR6_81718546, OAR11_62887032, and OAR12_69606944 SNPs in sheep. An extensive optimization of tetra-primer ARMS-PCR resulted in a suitable, simple, cost-effective PCR-based method of genotyping four SNP markers previously detected by chip arrays. |
|
Palavras-Chave: |
PCR RFLP; Resistência nematódeo gastrintestinal; Tetra primer ARMS PCR. |
|
Thesagro: |
Marcador Molecular; Ovino. |
|
Thesaurus Nal: |
Genome. |
|
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
|
Marc: |
LEADER 02277naa a2200277 a 4500
001 2104694
005 2019-01-23
008 2018 bl --- 0-- u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1007/s11033-018-4206-8$2DOI
100 1 $aNICIURA, S. C. M.
245 $aPCR-based genotyping of SNP markers in sheep.$h[electronic resource]
260 $c2018
520 $aSingle nucleotide polymorphisms (SNPs) are the main type of variation in genome, enabling them to be associated with traits of economic importance in livestock. Genome-wide association studies (GWAS) have led to the discovery of SNPs associated with desirable traits in sheep. However, in these studies, SNPs are genotyped by high-throughput methods in genome scale, which are expensive and require sophisticated equipment and analysis methods. Therefore, the goal of this study was to develop a reliable, rapid, and inexpensive polymerase chain reaction (PCR)-based method to genotype a medium number of animals for a few candidate SNPs previously associated with desirable phenotypes in sheep by GWAS, using markers associated with gastrointestinal nematode resistance as a model. DNA extracted from white-blood cells of 150 sheep was submitted to PCR amplification followed by agarose gel electrophoresis and determination of banding pattern. Tetra-primer ARMS-PCR was successfully optimized after changes in annealing temperature; annealing and extension times; concentration of MgCl2 and DNA; ratios of inner, outer, forward and reverse primer; and addition of adjuvants, for genotyping the OAR2_14765360, OAR6_81718546, OAR11_62887032, and OAR12_69606944 SNPs in sheep. An extensive optimization of tetra-primer ARMS-PCR resulted in a suitable, simple, cost-effective PCR-based method of genotyping four SNP markers previously detected by chip arrays.
650 $aGenome
650 $aMarcador Molecular
650 $aOvino
653 $aPCR RFLP
653 $aResistência nematódeo gastrintestinal
653 $aTetra primer ARMS PCR
700 1 $aCRUVINEL, G. G.
700 1 $aMORAES, C. V.
700 1 $aDONATONI, F. A. B.
700 1 $aMALAGO JUNIOR, W.
700 1 $aBENAVIDES, M. V.
700 1 $aCHAGAS, A. C. de S.
773 $tMolecular Biology Reports$gv. 45, n. 4, p. 651-654, Aug. 2018.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Pecuária Sul (CPPSUL) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 172 | |
| 41. |  | BUZZATO, V. C.; OLIVEIRA, A. L. de; ROCHA, M. I. P.; MELLO, S. S. de; NICIURA, S. C. M. Efeitos de sistemas nanoestruturados sobre a expressão gênica em fibroblastos bovinos in vitro In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 5., 2013, São Carlos, SP. Anais... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste: Embrapa Instrumentação , 2013. p. 11 (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 110). Editado por Ana Rita de Araújo Nogueira, Simone Cristina Méo Niciura| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
|    |
| 42. | | MELLO, S. C.; ROCHA, M. I. P.; GROMBONI, J. G. G.; VENERONI, G. B.; NICIURA, S. C. M. Descrição de novos polimorfismos do tipo SNP no gene da calpastatina em bovinos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá, SP. Resumos... Guarujá: Sociedade Brasileira de Genética, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
|  |
| 44. | | OLIVEIRA, A. de L.; ROCHA, M. I. P.; MELLO, S. S.; BUZATTO, V. C.; NICIURA, S. C. M. Estabelecimento de cultura celular primária de mioblastos de bovinos com diferentes genótipos para um SNP no gene CAST: resultados preliminares. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 4., 2012, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2012. p. 36. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 56).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 48. | | NUCCI, A. DA SILVA; GIRALDELO, L. A.; SANTOS, I. B. DOS; ALEMÁN GAINZA, Y.; NICIURA, S. C. M. Padronização de co-cultivo in vitro de Haemonchus contortus com células abomasais ovinas. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA SÃO CARLOS, 12., 2020, São Carlos, SP. Anais... São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação; Embrapa Pecuária Sudeste, 2020. p.13. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 71).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 50. | | LANDIM JR, L. P.; FERREIRA, C. R.; PERECIN, F.; NICIURA, S. C. M.; YAMAZAKI, W.; MIGLINO, M. A.; GARCIA, J. M. Análise da expressao gênica do VEGF (Vascular Endothelial Growth Factor) em placentas bovinas de animais clonados, produzidos in vitro e in vivo, pelo método de RT-PCR semiquantitativo. ARS VETERINARIA, v. 22, n. 3, p. 217-222, 2006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 51. | | MELLO, S. S.; ROCHA, M. I. P.; GIGLIOTI, R.; CHAGAS, A. C. de S.; OLIVEIRA, M. C. de S.; ESTEVES, S. N.; NICIURA, S. C. M. Association between P-glycoprotein gene polymorphisms and multidrug resistance in Haemonchus contortus. In: SIMPÓSIO EMBRAPA LABEX EUA DE SANIDADE ANIMAL, 2., 2012, Brasília, DF. Anais... Brasília: Embrapa Estudos e Capacitação, 2012. p.119-120| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 52. | | NICIURA, S. C. M.; FERREIRA, C. R.; CHIARATTI, M. R.; MEIRELLES, F. V.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; BARBOSA, P. F. Caracterização do genótipo mitocondrial de um rebanho da raça bovina Canchim. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 45., 2008, Lavras. Anais... Lavras: UFLA; SBZ, 2008. 1 CD-ROM| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 53. | | BRESSANI, F. A.; TIZIOTO, P. C.; ROCHA, M. I. P.; IBELLI, A. M. G.; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A. Comparação de diferentes protocolos para visualização de DNA separado por eletroforese em gel de agarose utilizando-se os corantes fluorescentes brometo de etídeo e GelRedr. In: ENCONTRO NACIONAL SOBRE MÉTODOS DOS LABORATÓRIOS DA EMBRAPA, 15., 2010, Pelotas, RS. Novas perspectivas para os laboratórios da Embrapa. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 54. | | SARAIVA, N. Z.; OLIVEIRA, C. S.; TETZNER, T. A. D.; LIMA, M. R. de; MELO, D. S. de; NICIURA, S. C. M.; GARCIA, J. M. Chemically assisted enucleation results in higher G6PD expression in early bovine female embryos obtained by somatic cell nuclear transfer. Cellular Reprogramming, v. 14, n. 5, p. 1-11, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 55. | | SARAIVA, N. Z.; OLIVEIRA, C. S.; LEAL, C. L. V.; CALLADO, M. del; VANTINI, R.; MONTEIRO, F. M.; NICIURA, S. C. M.; GARCIA, J. M. Chemically induced enucleation of activated bovine oocytes: chromatin and microtubule organization and production of viable cytoplasts. Zygote, v. 23, n. 6, p. 852-862, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 56. | | SARAIVA, N. Z.; OLIVEIRA, C. S.; TETZNER, T. A. D.; SOUZA, M. M.; LIMA, M. R. de; NICIURA, S. C. M.; GARCIA, J. M. Bovine cytoplasts prepared by demecolcine-induced enucleation of activated oocytes. In: ANNUAL CONFERENCE OT THE INTERNATIONAL EMBRYO TRANSFER SOCIETY, 36., 2010, Cordoba. Proceedings... Córdoba: ITES, 2010; Reproduction, Fertility and development, v. 22, n. 1, 2010. p. 197| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 57. | | CHIEBAO, D. P.; RODRIGUES, C. F. de C.; NICIURA, S. C. M.; VERÍSSIMO, C. J.; IAPICHINI, J. E. C. B.; BARBOSA, C. M. P. Avaliação da resistência anti-helmíntica em dois rebanhos ovinos da região sudoeste de São Paulo, Brasil. In: CONFERÊNCIA SUL-AMERICANA DE MEDICINA VETERINÁRIA, 10., 2010, Rio de Janeiro. Anais .... Rio de Janeiro: Riovet, 2010| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 58. | | BRAZ, F. S. S.; CRUZ, A. A.; PAIS, F.; OLIVEIRA, G.; NICIURA, S. C. M.; BEECH, R.; MOLENTO, M. B.; PRICHARD, R. SNPS/INDELS identification in genomic regions of abc transporters in susceptible and ivermectin-resistant Haemonchus contortus In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PARASITOLOGIA VETERINÁRIA, 18., 2014, Gramado. Anais... Gramado: CBPV, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 59. | | CHAGAS, A. C. de S.; DOMINGUES, L. F.; ALEMÁN GAINZA, Y.; BARIONI JUNIOR, W.; ESTEVES, S. N.; NICIURA, S. C. M. Target selected treatment with levamisole to control the development of anthelmintic resistance in a sheep flock. Parasitology Research, v. 115, n. 3, p. 1131-1139, mar. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 60. | | NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; CRUVINEL, G. G.; FERRACIOLI, C. de M.; ESTEVES, S. N.; CHAGAS, A. C. de S. In silico evidence of epigenetic machinery proteins in the nematode Haemonchus contortus. In: MOLECULAR HELMINTHOLOGY: AN INTEGRATED APPROACH, 1., Cape Cod, MA, USA. Proceedings... Cape Cod, MA, USA: Elsevier, 2017. p. 29.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| Registros recuperados : 172 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
