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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
10/08/2018 |
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Data da última atualização: |
24/09/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
NICIURA, S. C. M.; CRUVINEL, G. G.; MORAES, C. V.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; BENAVIDES, M. V.; CHAGAS, A. C. de S. |
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Afiliação: |
SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; Giovanna Gabrielle Cruvinel, UNICEP; Caroline Valério Moraes, UFSCar; FLAVIA ALINE BRESSANI DONATONI, CPPSE; WILSON MALAGO JUNIOR, CPPSE; MAGDA VIEIRA BENAVIDES, CPPSUL; ANA CAROLINA DE SOUZA CHAGAS, CPPSE. |
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Título: |
PCR-based genotyping of SNP markers in sheep. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Biology Reports, v.45, n.4, p.651-654, aug. 2018. |
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ISSN: |
1573-4978 |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11033-018-4206-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the main type of variation in genome, enabling them to be associated with traits of economic importance in livestock. Genome-wide association studies (GWAS) have led to the discovery of SNPs associated with desirable traits in sheep. However, in these studies, SNPs are genotyped by high-throughput methods in genome scale, which are expensive and require sophisticated equipment and analysis methods. Therefore, the goal of this study was to develop a reliable, rapid, and inexpensive polymerase chain reaction (PCR)-based method to genotype a medium number of animals for a few candidate SNPs previously associated with desirable phenotypes in sheep by GWAS, using markers associated with gastrointestinal nematode resistance as a model. DNA extracted from white-blood cells of 150 sheep was submitted to PCR amplification followed by agarose gel electrophoresis and determination of banding pattern. Tetra-primer ARMS-PCR was successfully optimized after changes in annealing temperature; annealing and extension times; concentration of MgCl2 and DNA; ratios of inner, outer, forward and reverse primer; and addition of adjuvants, for genotyping the OAR2_14765360, OAR6_81718546, OAR11_62887032, and OAR12_69606944 SNPs in sheep. An extensive optimization of tetra-primer ARMS-PCR resulted in a suitable, simple, cost-effective PCR-based method of genotyping four SNP markers previously detected by chip arrays. |
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Palavras-Chave: |
PCR RFLP; Resistência nematódeo gastrintestinal; Tetra primer ARMS PCR. |
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Thesagro: |
Marcador Molecular; Ovino. |
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Thesaurus Nal: |
Genome. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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520 $aSingle nucleotide polymorphisms (SNPs) are the main type of variation in genome, enabling them to be associated with traits of economic importance in livestock. Genome-wide association studies (GWAS) have led to the discovery of SNPs associated with desirable traits in sheep. However, in these studies, SNPs are genotyped by high-throughput methods in genome scale, which are expensive and require sophisticated equipment and analysis methods. Therefore, the goal of this study was to develop a reliable, rapid, and inexpensive polymerase chain reaction (PCR)-based method to genotype a medium number of animals for a few candidate SNPs previously associated with desirable phenotypes in sheep by GWAS, using markers associated with gastrointestinal nematode resistance as a model. DNA extracted from white-blood cells of 150 sheep was submitted to PCR amplification followed by agarose gel electrophoresis and determination of banding pattern. Tetra-primer ARMS-PCR was successfully optimized after changes in annealing temperature; annealing and extension times; concentration of MgCl2 and DNA; ratios of inner, outer, forward and reverse primer; and addition of adjuvants, for genotyping the OAR2_14765360, OAR6_81718546, OAR11_62887032, and OAR12_69606944 SNPs in sheep. An extensive optimization of tetra-primer ARMS-PCR resulted in a suitable, simple, cost-effective PCR-based method of genotyping four SNP markers previously detected by chip arrays.
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700 1 $aCHAGAS, A. C. de S.
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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| 81. |  | SARAIVA, N. Z.; OLIVEIRA, C. S.; COLLADO, M. del; LIMA, M. R. de; VANTINI, R.; MONTEIRO, F. M.; NICIURA, S. C. M.; GARCIA, J. M. Protocol optimization and evaluation of maturation promoting factor and mitogen-activated protein kina sea ctivities in bovine cytoplasts obtained by chemical enucleation techniques. Reproduction Fertility Devevelopment, v. 26, n. 1, p. 130, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 82. | | SARAIVA, N. Z.; OLIVEIRA, C. S.; COLLADO, M. DEL; LIMA, M. R. DE; VANTINI, R.; MONTEIRO, F. M.; NICIURA, S. C. M.; GARCIA, J. M. Protocol optimization and evaluation of maturation promoting factor and mitogen-activated protein kinase activities in bovine cytoplasts obtained by chemical enucleation techniques. Reproduction Fertility and Development, v. 26, n. 1, p. 130, 2014. Suplemento. Proceedings da Annual Conference of the International Embryo Transfer Societty, 2014, Reno.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 83. | | BRAZ, F. S. S.; CRUZ, A. A.; PAIS, F.; OLIVEIRA, G.; NICIURA, S. C. M.; BEECH, R.; MOLENTO, M. B.; PRICHARD, R. SNPS/INDELS identification in genomic regions of abc transporters in susceptible and ivermectin-resistant Haemonchus contortus. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PARASITOLOGIA VETERINÁRIA, 18., 2014, Gramado. Anais... Gramado: CBPV, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 84. | | CHAGAS, A. C. de S.; DOMINGUES, L. F.; FANTATTO, R. R.; BATISTA, J. H.; RABELO, M. D.; ESTEVES, S. N.; NICIURA, S. C. M. Detecção da resistência parasitária para tratamento anti-helmíntico monitorado do rebanho ovino da Embrapa Pecuária Sudeste. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PARASITOLOGIA VETERINÁRIA, 18., 2014, Gramado. Anais... Gramado: CBPV, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 85. | | SILVA, G. S.; BARBOSA, C. M. P.; MONPEAL, D. R.; MORO, J. R. C.; SILVA, R. A. P.; VERISSSÍMO, J. C.; NICIURA, S. C. M. Eficácia terapêutica de cinco formulações anti-helmínticas para ovinos, nos municípios de Votuporanga e Valentim Gentil, Noroeste Paulista. O Biológico, av. 71, n. 2, p. 117, 2009| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 86. | | NICIURA, S. C. M.; FERREIRA, C. R.; PERECIN, F.; YAMAZAKI, W.; LEAL, C. L. M.; GARCIA, J. M.; MEIRELLES, F. V. Desenvolvimento embrionário, visualização de pronúcleos e transferência pronuclear após centrifugação de zigotos bovinos em meio com citocalasina. São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2007 34 p. (Embrapa Pecuária Sudeste, Boletim de pesquisa e desenvolvimento,11). ISSN 1981-2078| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
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