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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
Data corrente: |
08/03/2005 |
Data da última atualização: |
11/07/2017 |
Autoria: |
BINNECK, E.; SILVA, J. F. V.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; NEPOMUCENO, A. L. |
Afiliação: |
ELISEU BINNECK, CNPSO; JOAO FLAVIO VELOSO SILVA, GPR; NORMAN NEUMAIER, CNPSO; JOSE RENATO BOUCAS FARIAS, CNPSO; ALEXANDRE LIMA NEPOMUCENO, CNPSO. |
Título: |
VSQual: a visual system to assist DNA sequencing quality control. |
Ano de publicação: |
2004 |
Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 3, n. 4, p. 474-482, 2004. |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
A lack of plant software tools that support small- to medium-scale DNA sequencing efforts is a major hindrance for recording and using laboratory workflow information to monitor the overall quality of data production. Here we describe VSQual, a set of Perl programs intended to provide simple and powerful tools to check several quality features of the sequencing data generated by automated DNA sequencing machines. The core program of VSQual is a flexible Perl-based pipeline, designed to be accessible and useful for both programmers and non-programmers. This pipeline directs the processing steps and can be easily customized for laboratory needs. Basically, the raw DNA sequencing trace files are processed by Phred and Cross_match, then the outputs are parsed, reformatted into Web-based graphical reports, and added to a Web site structure. The result is a set of real time sequencing reports easily accessible and understood by common laboratory people. These reports facilitate the monitoring of DNA sequencing as well as the management of laboratory workflow, significantly reducing operational costs and ensuring high quality and scientifically reliable results. |
Palavras-Chave: |
Bioinformática. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 01699naa a2200181 a 4500 001 1467806 005 2017-07-11 008 2004 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aBINNECK, E. 245 $aVSQual$ba visual system to assist DNA sequencing quality control. 260 $c2004 520 $aA lack of plant software tools that support small- to medium-scale DNA sequencing efforts is a major hindrance for recording and using laboratory workflow information to monitor the overall quality of data production. Here we describe VSQual, a set of Perl programs intended to provide simple and powerful tools to check several quality features of the sequencing data generated by automated DNA sequencing machines. The core program of VSQual is a flexible Perl-based pipeline, designed to be accessible and useful for both programmers and non-programmers. This pipeline directs the processing steps and can be easily customized for laboratory needs. Basically, the raw DNA sequencing trace files are processed by Phred and Cross_match, then the outputs are parsed, reformatted into Web-based graphical reports, and added to a Web site structure. The result is a set of real time sequencing reports easily accessible and understood by common laboratory people. These reports facilitate the monitoring of DNA sequencing as well as the management of laboratory workflow, significantly reducing operational costs and ensuring high quality and scientifically reliable results. 653 $aBioinformática 700 1 $aSILVA, J. F. V. 700 1 $aNEUMAIER, N. 700 1 $aFARIAS, J. R. B. 700 1 $aNEPOMUCENO, A. L. 773 $tGenetics and Molecular Research, Ribeirão Preto$gv. 3, n. 4, p. 474-482, 2004.
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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170. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | TONON, B. C.; SIBALDELLI, R. N. R.; PINHEIRO, B. C.; FARIAS, J. R. B.; NEPOMUCENO, A. L.; NEUMAIER, N. Calibração de psicrômetros para avaliações de potencial hídrico foliar. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 5., 2010, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 27-30. (Embrapa Soja. Documentos, 323). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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172. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | LEMOS, N. G.; STOLF, R.; MARIN, S. R. R.; POLIZEL, A. M.; BENEVENTI, M. A.; YAMANAKA, N.; NEPOMUCENO, A. L. Caracterização molecular pela técnica de PCR em tempo real de soja geneticamente modificada. In: CONGRESO DE SOJA DEL MERCOSUR, 3., 2006, Rosário. Mercosoja 2006: mesas científico-técnicas, resúmenes expandidos / comunicaciones. Rosário: Associación de la Cadena de Soja Argentina, 2006. p. 287-289.Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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173. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | FARIAS, J. R. B.; ALMEIDA, I. R. de; GARCIA, A.; NEUMAIER, N.; NEPOMUCENO, A. L.; VIRGILIO, H.; BUCHE, M. V. Caracterização da aptidão climática de regiões para o cultivo de soja no Brasil (01.2000.051-03). In: HOFFMANN-CAMPO, C. B.; SARAIVA, O. F. (Org.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja - 2002: ecofisiologia e biologia molecular. Londrina: Embrapa Soja, 2003. p. 88-92. (Embrapa Soja. Documentos, 217).Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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174. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; NEPOMUCENO, A. L.; BORDINGNON, J. R.; MARUR, C. J.; DELATTRE, N. Caracterizacao das repostas da soja a disponibilidade hidrica. In: REUNIAO DE PESQUISA DA SOJA DA REGIAO CENTRAL DO BRASIL, 20., 1998, Londrina. Ata e Resumos. Londrina: EMBRAPA-CNPSo, 1998. p.201. (EMBRAPA-CNPSo. Documentos, 121).Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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176. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | OYA, T.; NEPOMUCENO, A. L.; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; CATTELAN, A. J.; DELATTRE, N.; TOLEDO, C. Estratégias para amenizar impactos decorrentes das adversidades climáticas (04.2000.331-05). In: HOFFMANN-CAMPO, C. B.; SARAIVA, O. F. (Org.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja - 2002: ecofisiologia e biologia molecular. Londrina: Embrapa Soja, 2003. p. 79-81. (Embrapa Soja. Documentos, 217).Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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178. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | NEPOMUCENO, A. L.; FUGANTI, R.; RODRIGUES, F. A.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; KANAMORI, N.; MARCELINO, F. C. Estratégias moleculares para tolerância à seca em plantas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FISIOLOGIA VEGETAL, 12., 2009, Fortaleza. Desafios para produção de alimentos e bioenergia: [anais...]. Fortaleza: UFC: Embrapa Agroindústria Tropical, 2009. Seção Palestra, 30.pdf. 1 CD-ROM. CBFV 2009.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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179. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | OLIVEIRA, A. B. de; MERTZ-HENNING, L. M.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; NEPOMUCENO, A. L. Estruturas da planta e fases de desenvolvimento. In: OLIVEIRA, A. B. de; LEITE, R. M. V. B. de C.; SEIXAS, C. D. S.; KERN, H. S. Soja: o produtor pergunta, a Embrapa responde. Brasília, DF: Embrapa, 2019. (Coleção 500 perguntas, 500 respostas). p. 25-38.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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180. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | CASAGRANDE, E. C.; NEPOMUCENO, A. L.; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; OYA, T.; PEDROSO, J. C. Expressao genica diferencial em cultivares de soja submetidas ao deficit hidrico. In: REUNIAO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIAO CENTRAL DO BRASIL, 22., 2000, Cuiaba. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2000. p.117-118. (Embrapa Soja. Documentos, 144).Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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