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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
11/12/2017 |
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Data da última atualização: |
10/01/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
NAKAYAMA, T. J.; RODRIGUES, F. A.; NEUMAIER, N.; GOMES, J. M.; MOLINARI, H. B. C.; SANTIAGO, T. R.; FORMIGHIERI, E. F.; BASSO, M. F.; FARIAS, J. R. B.; EMYGDIO, B. M.; OLIVEIRA, A. C. B. de; CAMPOS, A. D.; BORÉM, A.; HARMON, F. G.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L. |
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Afiliação: |
THIAGO J. NAKAYAMA, UFV; FABIANA A. RODRIGUES; NORMAN NEUMAIER, CNPSO; JULIANA MARCOLINO GOMES; HUGO BRUNO CORREA MOLINARI, CNPAE; THAÍS R. SANTIAGO; EDUARDO FERNANDES FORMIGHIERI, CNPAE; MARCOS F. BASSO; JOSE RENATO BOUCAS FARIAS, CNPSO; BEATRIZ MARTI EMYGDIO, CPACT; ANA CLAUDIA BARNECHE DE OLIVEIRA, CPACT; ANGELA DINIZ CAMPOS, CPACT; ALUÍZIO BORÉM, UFV; FRANK G. HARMON, University of California-Berkley; LILIANE MARCIA MERTZ HENNING, CNPSO; ALEXANDRE LIMA NEPOMUCENO, CNPSO. |
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Título: |
Insights into soybean transcriptome reconfiguration under hypoxic stress: Functional, regulatory, structural, and compositional characterization. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
PLoS ONE, v. 12, n. 11, e0187920, 2017. |
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DOI: |
10.1371/journal.pone.0187920 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Soybean (Glycine max) is one of the major crops worldwide and flooding stress affects the production and expansion of cultivated areas. Oxygen is essential for mitochondrial aerobic respiration to supply the energy demand of plant cells. Because oxygen diffusion in water is 10,000 times lower than in air, partial (hypoxic) or total (anoxic) oxygen deficiency is important component of flooding. Even when oxygen is externally available, oxygen deficiency frequently occurs in bulky, dense or metabolically active tissues such as phloem, meristems, seeds, and fruits. In this study, we analyzed conserved and divergent root transcriptional responses between flood-tolerant Embrapa 45 and flood-sensitive BR 4 soybean cultivars under hypoxic stress conditions with RNA-seq. To understand how soybean genes evolve and respond to hypoxia, stable and differentially expressed genes were characterized structurally and compositionally comparing its mechanistic relationship. Between cultivars, Embrapa 45 showed less up- and more down-regulated genes, and stronger induction of phosphoglucomutase (Glyma05g34790), unknown protein related to N-terminal protein myristoylation (Glyma06g03430), protein suppressor of phyA-105 (Glyma06g37080), and fibrillin (Glyma10g32620). RNA-seq and qRT-PCR analysis of non-symbiotic hemoglobin (Glyma11g12980) indicated divergence in gene structure between cultivars. Transcriptional changes for genes in amino acids and derivative metabolic process suggest involvement of amino acids metabolism in tRNA modifications, translation accuracy/efficiency, and endoplasmic reticulum stress in both cultivars under hypoxia. Gene groups differed in promoter TATA box, ABREs (ABA-responsive elements), and CRT/DREs (C-repeat/dehydration-responsive elements) frequency. Gene groups also differed in structure, composition, and codon usage, indicating biological significances. Additional data suggests that cis-acting ABRE elements can mediate gene expression independent of ABA in soybean roots under hypoxia. MenosSoybean (Glycine max) is one of the major crops worldwide and flooding stress affects the production and expansion of cultivated areas. Oxygen is essential for mitochondrial aerobic respiration to supply the energy demand of plant cells. Because oxygen diffusion in water is 10,000 times lower than in air, partial (hypoxic) or total (anoxic) oxygen deficiency is important component of flooding. Even when oxygen is externally available, oxygen deficiency frequently occurs in bulky, dense or metabolically active tissues such as phloem, meristems, seeds, and fruits. In this study, we analyzed conserved and divergent root transcriptional responses between flood-tolerant Embrapa 45 and flood-sensitive BR 4 soybean cultivars under hypoxic stress conditions with RNA-seq. To understand how soybean genes evolve and respond to hypoxia, stable and differentially expressed genes were characterized structurally and compositionally comparing its mechanistic relationship. Between cultivars, Embrapa 45 showed less up- and more down-regulated genes, and stronger induction of phosphoglucomutase (Glyma05g34790), unknown protein related to N-terminal protein myristoylation (Glyma06g03430), protein suppressor of phyA-105 (Glyma06g37080), and fibrillin (Glyma10g32620). RNA-seq and qRT-PCR analysis of non-symbiotic hemoglobin (Glyma11g12980) indicated divergence in gene structure between cultivars. Transcriptional changes for genes in amino acids and derivative metabolic process suggest involvement... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Hipóxia; Inoxia. |
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Thesagro: |
Deficiência; Oxigênio; Soja. |
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Thesaurus Nal: |
Hypoxia; Soybeans. |
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Categoria do assunto: |
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/168633/1/journal.pone.0187920.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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| Registros recuperados : 599 | |
| 541. |  | MARTINS, M. T. B.; NEPOMUCENO, A. L.; MARCELlNO, F. C.; FARIAS, J. R. B.; ABDELNOOR, R.; MARIN S. R. R.; SILVEIRA, C. A.; YAMAGUCHI-SHINOZAKI, K.; YAMANAKA, N.; NAKASHIMA K.; PAIVA, A. A. R.; BENEVENTI, M. A.; STOLF, R.; OLIVEIRA, G. B. A. de. Caracterização molecular de eventos transformados com a construção rd29A: DREB1 A. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 2008, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2008. p. 125-128 (Embrapa Soja. Documentos, 297).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 542. | | NEPOMUCENO, A. L.; SILVA, J. F. V.; LEMOS, E. G. M.; BINNECK, E.; CARNEIRO, N.; MARIN, S. R.; SILVEIRA, C. A; WENDLAND, A.; BASSOI, M. C.; ALMIEDA, A. M.; MORAES, A.; BENEVENTI, M. A.; GIACOMINI, N.; STOLF, R.; FUGANTI, R.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ARIAS, C. A.; MOLINA, J. C. Genoma funcional de raízes de soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE NEMATOLOGIA, 24., 2003, Petrolina. [ Anais...]. Petrolina: Sociedade Brasileira de Nematologia: Embrapa Semi-Árido, 2003. p. 53-55. Editado por Wellington Antonio Moreira, Lúcia Helena Piedade Kiill.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 543. | | NEPOMUCENO, A. L.; SILVA, J. F. V.; LEMOS, E. G. M.; BINNECK, E.; CARNEIRO, N.; MARIN, S. R. R.; SILVEIRA, C. A.; BASSOI, M. C.; ALMEIDA, A. M. R.; MORALES, A.; BENEVENTI, M. A.; GIACOMINI, N.; STOLF, R.; FUGANTI, R.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ARIAS, C. A. A.; MOLINA, J. C.; WENDLAND, A. Genômica funcional em plantas de soja submetidas a estresses bióticos e abióticos. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 25., 2003, Uberaba. Resumos... Londrina: Embrapa Soja: EPAMIG: Fundação Triângulo, 2003. p. 113-114. (Embrapa Soja. Documentos, 209). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Boas de Campos Leite.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 544. | | NEPOMUCENO, A. L.; SILVA, J. F. V.; LEMOS, E.; BINNECK, E.; CARNEIRO, N.; MARIN, S. R.; SILVEIRA, C. A.; BASSOI, M. C.; ALMEIDA, A. M.; MORALES, A.; BENEVENTI, M. A.; GIACOMINI, N.; STOLF, R.; FUGANTI, R.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ARIAS, C. A.; MOLINA, J. C.; WENDLAND, A. Genômica Funcional: Tolerância à seca e resistência a nematóides em soja. Brazilian Journal of Plant Physiology, Campinas, v.15, p.80, 2003. Suplemento. Resumo apresentado no IX Congresso Brasileiro de Fisiologia Vegetal, Atibaia, 2003.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 545. | | SILVA, D. C. G.; MORTEL, M. van de; WHITHAM, S.; BAUM, T.; PASSIANOTTO, A. L. de L.; NOGUEIRA, L. M.; BENEVENTI, M. A.; BINNECK, E.; YAMANAKA, N.; NEPOMUCENO, A. L.; ALMEIDA, A. M. R.; DI MAURO, A. O.; ABDELNOOR, R. V. Construção e análise de bibliotecas subtrativas de cDNA de genótipos de soja sob interação com o fungo causador da ferrugem asiática. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 52.; CONGRESO DE LA ASOCIACIÓN LATINOAMERICANA DE GENÉTICA, 12., 2006, Foz do Iguaçu. Resumos... Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2006. 1 CD-ROM. Área Plantas - pdf 1270.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 546. | | STOLF, R.; LEMOS, E. G. de M.; CARARETO-ALVES, L.; PEREIRA, R.; KISHI, L.; MARCONDES, J.; PEREIRA, S. dos S.; ROLLA, A. A. de P.; YAMANAKA, N.; OLIVEIRA, M. C. N. de; BINNECK, E.; ABDELNOOR, R. V.; FARIAS, J. R. B.; NEPOMUCENO, A. L. Identificação de genes de soja diferencialmente expressos durante a seca. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 4., 2007, São Lourenço. Anais... São Lourenço: Sociedade Brasileira de Melhoramento de Plantas, 2007. 1 CD-ROM. Pdf. 411.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 547. | | YAMANAKA, N.; SILVA, D. C. G. da; PASSIANOTTO, A. L. de L.; NOGUEIRA, L. M.; POLIZEL, A. M.; PEREIRA, S. dos S.; SANTOS, J. V. M. dos; BROGIN, R. L.; ARIAS, C. A. A.; HOFFMANN-CAMPO, C. B.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V. Identification of DNA markers and characterization of the genes for resistance against asian soybean rust. In: KUDO, H.; SUENAGA, K.; SOARES, R. M.; TOLEDO, A. (Ed.). Facing the challenge of soybean rust in South America. Tsukuba: JIRCAS; Londrina: Embrapa Soybean, 2008. p. 99-107. (JIRCAS Working Report, 58).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 548. | | REIS, R. R.; DIAS, B. B. A.; MARTINS, P. K.; MARTINS, M. T. B.; ALEKCEVETCH, J. C.; JÚNIOR, A. C.; ANDRADE, A. C.; RIBEIRO, A. P.; QIND, F.; MIZOI, J.; SHINOZAKI, K. I.; NAKASHIMA, K.; CARVALHO, J. de F. C.; SOUSA, C. A. F. de; NEPOMUCENO, A. L.; KOBAYASHI, A. K.; MOLINARI, H. B. C. Induced over-expression of AtDREB2A CA improves drought tolerancein sugarcane. Plant Science, v. 221-222, p. 59-68, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 549. | | REIS, R. R.; CUNHA, B. A. D. B. da; MARTINS, P. K.; MARTINS, M. T. B.; ALEKCEVETCH, J. C.; CHALFUN-JÚNIOR, A.; ANDRADE, A. C.; RIBEIRO, A. P.; QIN, F.; MIZOI, J.; YAMAGUCHI-SHINOZAKI, K.; NAKASHIMA, K.; CARVALHO, J. de F. C.; SOUSA, C. A. F. de; NEPOMUCENO, A. L.; KOBAYASHI, A. K.; MOLINARI, H. B. C. Induced over-expression of AtDREB2A CA improves drought tolerance in sugarcane. Plant Science, Limerick, v. 221-222, p. 59-68, May, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 550. | | REIS, R. R.; DIAS, B. B. A.; MARTINS, P. K.; MARTINS, M. T. B.; ALEKCEVETCH, J. C.; JÚNIOR, A. C.; ANDRADE, A. C.; RIBEIRO, A. P.; QIND, F.; MIZOI, J.; SHINOZAKI, K. I.; NAKASHIMA, K.; CARVALHO, J. de F. C.; SOUSA, C. A. F. de; NEPOMUCENO, A. L.; KOBAYASHI, A. K.; MOLINARI, H. B. C. Induced over-expression of AtDREB2A CA improves drought tolerance in sugarcane. Plant Science, v. 221-222, p. 59-68, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 551. | | NAKAYAMA, T. J.; RODRIGUES, F. A.; NEUMAIER, N.; GOMES, J. M.; MOLINARI, H. B. C.; SANTIAGO, T. R.; FORMIGHIERI, E. F.; BASSO, M. F.; FARIAS, J. R. B.; EMYGDIO, B. M.; OLIVEIRA, A. C. B. de; CAMPOS, A. D.; BORÉM, A.; HARMON, F. G.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L. Insights into soybean transcriptome reconfiguration under hypoxic stress: Functional, regulatory, structural, and compositional characterization. PLoS ONE, v. 12, n. 11, e0187920, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 552. | | FÁVARO, F. N.; NEUMAIER, N.; DUARTE, D. A. B. G.; ALMEIDA FILHO, K. M.; GIANELLI, F. M.; CAMARGO, L. M.; TOLEDO, C. F. T.; DELATTRE, N.; SIBALDELLI, R. N. R.; OLIVEIRA, M. C. N.; NEPOMUCENO, A. L.; FARIAS, J. R. B. Índice de vegetação por diferença normalizada (NDVI) de cultivares de soja sob três níveis de disponibilidade hídirca no solo. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 5., 2010, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 58-60. (Embrapa Soja. Documentos, 323). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 553. | | BARBOSA, D. A.; OLIVEIRA, T. B. M.; MATSUO, D. T.; PLATH, C. H.; NICOLINO FILHO, C. J.; FERREIRA, L. C.; ALVES, V. S.; OLIVEIRA, M. C. N.; MERTZ-HENNING, L. M.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; NEPOMUCENO, A. L.; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N. Influência do déficit hídrico sobre alguns parâmetros agronômicos em cultivares e linhagens de soja. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 9., 2014, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2014. p. 9-20.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 554. | | NEPOMUCENO, A. L.; FARIAS, J. R. B.; YAMAGUCHI-SHINOZAKI, K.; BENEVENTI, M. A.; NEUMAIER, N.; YAMANAKA, N.; NAKASHIMA, K.; BINNECK, E.; MARIN, S. R. R.; STOLF, R.; FUGANTI, R.; SILVEIRA, C. A. da; OLIVEIRA, M. C. N. de; ABDELNOOR, R. V.; ROLLA, A. A. P.; POLIZEL, A. M. Introdução de genes por biobalística em soja visando tolerância à seca. In: SARAIVA, O. F.; LEITE, R. M. V. B. de C. (Ed.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja 2006. Londrina: Embrapa Soja, 2008. p. 109-124. (Embrapa Soja. Documentos, 308).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 555. | | BENEVENTI, M. A.; NAKASHIMA, K.; YAMANAKA, N.; BINNECK, E.; FARIAS, J. R. B.; OLIVEIRA, M. C. N.; NEUMAIER, N.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO, F. C.; MARIN, S. R. R.; SILVEIRA, C. A.; FUGANTI R.; STOLF, R.; SALINET, L.; ROLLA, A. A. P.; POLIZEL, A. M.; YAMAGUCHI-SHINOZAKI, K.; NEPOMUCENO, A. L. Introduction of Arabidopsis thaliana DREB1A/CBF3 transcription factor into soybean improves drought stress tolerance. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTEGRATED APPROACHES TO IMPROVE CROP PRODUCTION UNDER DROUGHT-PRONE ENVIRONMENTS, 3., 2009, Shangai. Abstracts... Shangai: Shangai Academy of Agricultural Sciences: Shangai Agrobiological Gene Center, 2009. p. 133, ref. P 4.07. INTERDROUGHT 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 556. | | ENGELS, C.; KANAMORI, N.; FUGANTI, R.; RODRIGUES, F. A.; GIROTTO, L.; LEITE, J. P.; ROLLA, A. A. P.; MARIN, S. R. R.; SILVEIRA, C. A. da; FARIAS, J. R. B.; NEVES de OLIVEIRA, M. C.; NEUMAIER, N.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO, F. C.; YAMAGUCHI-SHINOZAKI, K.; NEPOMUCENO, A. L. Improving abiotic stress tolerance in soybean the introduction of rd29A:AtDREB2A construct. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTEGRATED APPROACHES TO IMPROVE CROP PRODUCTION UNDER DROUGHT-PRONE ENVIRONMENTS, 3., 2009, Shangai. Abstracts... Shangai: Shangai Academy of Agricultural Sciences: Shangai Agrobiological Gene Center, 2009. p. 220, ref. P 7.07. INTERDROUGHT 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 557. | | KULCHESKI, F. R.; OLIVEIRA, L. F. V.; MOLINA, L. G.; ALMERAO, M. P.; RODRIGUES, F. A.; MARCOLINO, J.; BARBOSA, J. F.; STOLF-MOREIRA, R.; NEPOMUCENO, A. L.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; ABDELNOOR, R. V.; NASCIMENTO, L. C.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; MARGIS, R. Identification of novel soybean microRNAs involved in abiotic and biotic stresses. BMC Genomics, v. 12, n. 307, jun. 2011. 17 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 558. | | KULCHESKI, F. R.; OLIVEIRA, L. F. V.; MOLINA, L. G.; ALMERÃO, M.; RODRIGUES, F. A.; MARCOLINO, J.; BARBOSA, J. F.; STOLF-MOREIRA, R.; NEPOMUCENO, A. L.; MARCELINO, F. C.; ABDELNOOR, R. V.; NASCIMENTO, L. C.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; MARGIS, R. Identification of novel soybean microRNAs involved in abiotic and biotic stresses. In: BRAZILIAN SYMPOSIUM ON PLANT MOLECULAR BIOLOGY, 3., 2011, Ilhéus. [Abstracts...]. [Ribeirão Preto]: SBG, 2011. 1 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 559. | | WINCK, J. E. M.; SARMENTO, L. F. V.; FOLONI, J. S. S.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L.; MELO, C. L. P. de; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; BARBOSA, A. de M.; CATUCHI, T. A.; ZANON, A. J.; STRECK, N. A. Growth and transpiration of soybean genotypes with AtAREB1 transcription factor for tolerance to water deficit. Plant Growth Regulation, v. 103, p. 193-208, 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 560. | | BENKO-ISEPPON, A. M.; BEZERRA-NETO, J. P.; PANDOLFI, V.; WANDERLEY-NOGUEIRA, A. C.; BELARMINO L. C.; FERREIRA NETO, J. R. C.; SOARES-CAVALCANTI, N. M.; BARBOSA-AMORIM, L. L.; CALSA-JR, T.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; NEPOMUCENO, A. L.; NASCIMENTO, L. C.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. G.; KIDO, E. A. Drought and salinity stress response in legume crops. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 4., Bento Gonçalves, 2013. Resumo... [Ribeirão Preto]: Sociedade Brasileira de Genética, 2013. p. 5. Palestra.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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