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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
08/03/2005 |
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Data da última atualização: |
11/07/2017 |
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Autoria: |
BINNECK, E.; SILVA, J. F. V.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; NEPOMUCENO, A. L. |
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Afiliação: |
ELISEU BINNECK, CNPSO; JOAO FLAVIO VELOSO SILVA, GPR; NORMAN NEUMAIER, CNPSO; JOSE RENATO BOUCAS FARIAS, CNPSO; ALEXANDRE LIMA NEPOMUCENO, CNPSO. |
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Título: |
VSQual: a visual system to assist DNA sequencing quality control. |
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Ano de publicação: |
2004 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 3, n. 4, p. 474-482, 2004. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
A lack of plant software tools that support small- to medium-scale DNA sequencing efforts is a major hindrance for recording and using laboratory workflow information to monitor the overall quality of data production. Here we describe VSQual, a set of Perl programs intended to provide simple and powerful tools to check several quality features of the sequencing data generated by automated DNA sequencing machines. The core program of VSQual is a flexible Perl-based pipeline, designed to be accessible and useful for both programmers and non-programmers. This pipeline directs the processing steps and can be easily customized for laboratory needs. Basically, the raw DNA sequencing trace files are processed by Phred and Cross_match, then the outputs are parsed, reformatted into Web-based graphical reports, and added to a Web site structure. The result is a set of real time sequencing reports easily accessible and understood by common laboratory people. These reports facilitate the monitoring of DNA sequencing as well as the management of laboratory workflow, significantly reducing operational costs and ensuring high quality and scientifically reliable results. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aA lack of plant software tools that support small- to medium-scale DNA sequencing efforts is a major hindrance for recording and using laboratory workflow information to monitor the overall quality of data production. Here we describe VSQual, a set of Perl programs intended to provide simple and powerful tools to check several quality features of the sequencing data generated by automated DNA sequencing machines. The core program of VSQual is a flexible Perl-based pipeline, designed to be accessible and useful for both programmers and non-programmers. This pipeline directs the processing steps and can be easily customized for laboratory needs. Basically, the raw DNA sequencing trace files are processed by Phred and Cross_match, then the outputs are parsed, reformatted into Web-based graphical reports, and added to a Web site structure. The result is a set of real time sequencing reports easily accessible and understood by common laboratory people. These reports facilitate the monitoring of DNA sequencing as well as the management of laboratory workflow, significantly reducing operational costs and ensuring high quality and scientifically reliable results.
653 $aBioinformática
700 1 $aSILVA, J. F. V.
700 1 $aNEUMAIER, N.
700 1 $aFARIAS, J. R. B.
700 1 $aNEPOMUCENO, A. L.
773 $tGenetics and Molecular Research, Ribeirão Preto$gv. 3, n. 4, p. 474-482, 2004.
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
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Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 623 | |
| 161. |  | BINNECK, E.; SILVA, J. F. V.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; NEPOMUCENO, A. L. VSQual: a visual system to assist DNA sequencing quality control. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 3, n. 4, p. 474-482, 2004.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 162. | | TOBITA, S.; NASTASA, V.; SENOO, S.; NEPOMUCENO, A. L.; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N. Water use efficiency and carbon isotope discrimination in Brazilian soybean cultivars under water stress. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTEGRATED APPROACHES TO SUSTAIN AND IMPROVE PLANT PRODUCTION UNDER DROUGHT STRESS, 2., 2005, Rome. InterDrought - II: final program and abstract book. Rome, 2005. Não paginado. Resumo: P 5.85.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 163. | | SILVA, L. M. da; SILVA, N. V. e; MENDONÇA, J. A.; NEPOMUCENO, A. L.; MERTZ-HENNING, L. M. Avaliação de cultivares de soja quanto à eficiência de transformação genética. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 9., 2022, Foz do iguaçu, PR. Desafios para a produtividade sustentável no Mercosul: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2022. Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Adeney de Freitas Bueno, editores técnicos. resumo 152. p. 172.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 164. | | SALINET, L. H.; FARIAS, J. R. B.; OLIVEIRA, R. F. de; OLIVEIRA, M. C. N. de; NEPOMUCENO, A. L. Avaliação fisiológica e agronômica de soja geneticamente modificada visando maior tolerância à seca. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 5.; MERCOSOJA 2009, Goiânia. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2009. p. 103, trab. 173. Editado por Adilson de Oliveira Júnior, Odilon Ferreira Saraiva, Clara Beatriz Hoffmann Campo, César de Castro.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 165. | | SALINET, L. H.; FARIAS, J. R. B.; POLIZEL, A. M.; YAMANAKA, N.; NEUMAIER, N.; ABDELNOOR, A. V.; NEPOMUCENO, A. L. Avaliação fisiológica preliminar da tolerância à seca em plantas de soja geneticamente modificadas. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 28., 2006, Uberaba. Resumos... Londrina: Embrapa Soja: Fundação Meridional: Fundação Triângulo, 2006. p. 46-48. (Embrapa Soja. Documentos, 272). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Boas de Campos Leite, Janete Lasso Ortiz.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 166. | | CABRAL, L. P. B.; FUHRMANN, M. B.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; NEPOMUCENO, A. L.; MERTZ-HENNING, L. M. Avaliação de plantas transgênicas de soja superexpressando o gene AtGolS2 sob estresses hídricos. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 14., 2019, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2019. 163 p. (Embrapa Soja. Documentos, 415). p. 51-55.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 167. | | GONCALVES, S. L.; CATTELAN, A. J.; NEPOMUCENO, A. L.; SILVA NASCIMENTO, W. B.; SIBALDELLI, R. N. R. Arquitetura de raiz de genótipos de soja em casa de vegetação. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 8., 2018, Goiânia. Inovação, tecnologias digitais e sustentabilidade da soja: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2018. p. 274-276.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 168. | | OYA, T.; MARTINS, P. K.; CASAGRANDE, E. C.; LUGLE, S. M.; NEPOMUCENO, A. L.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B. Agronomic, physiological and molecular characteristics of drought-tolerant Brazilian soybean cultivars. In: EMBRAPA SOYBEAN/JICA-CETAPAR/INTA-EEA/JIRCAS JOINT WORKSHOP ON SOYBEAN IMPROVEMENT, PRODUCTION AND UTILIZATION IN SOUTH AMERICA, 2001, Londrina. Abstracts and program. Londrina: Embrapa Soybean: JIRCAS, 2001. p. 17. (Embrapa Soja. Documentos, 170).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 169. | | SILVA, M. C.; SIBALDELLI, R. N. R.; NEUMAIER, N.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L.; FARIAS, J. R. B. Análise da disponibilidade hídrica nas safras 2014/15 e 2015/16 na Embrapa Soja, Londrina, PR. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 11., 2016, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2016. p. 68-74. (Embrapa Soja. Documentos, 373).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 170. | | BALBINOT JUNIOR, A. A.; NEPOMUCENO, A. L.; HIRAKURI, M. H.; FRANCHINI, J. C.; DEBIASI, H.; COELHO, A. E. Análise da produção, área cultivada, produtividade e estabilidade produtiva da soja nos estados brasileiros em 25 safras (1996/1997 a 2020/2021). Londrina: Embrapa Soja, 2022. 20 p. (Embrapa Soja. Boletim de pesquisa e desenvolvimento, 27).| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 171. | | YAMANAKA, N.; OLIVEIRA, M. C. N. de; YANG, Z.; ABDELNOOR, R. V.; NEUMAIER, N.; NEPOMUCENO, A. L. Correlação entre 21 características observadas em 225 genótipos de soja do noroeste da China. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 4., 2006, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2006. p.103-104. Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Simone Ery Grosskopf.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 172. | | NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; NEPOMUCENO, A. L.; WOBETO, C.; OYA, T.; DELATTRE, N.; ORTIZ, C. A. Bases agronômicas e fisiológicas das respostas da soja às condições térmicas e fotoperiódicas (04.2000.331-02). In: HOFFMANN-CAMPO, C. B.; SARAIVA, O. F. (Org.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja - 2002: ecofisiologia e biologia molecular. Londrina: Embrapa Soja, 2003. p. 59-74. (Embrapa Soja. Documentos, 217).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 173. | | NEUMAIER, N.; WOBETO, C.; NEPOMUCENO, A. L.; FARIAS, J. R. B.; OYA, T.; DELATTRE, N.; RODRIGUES, O. Bases agronômicas e fisiológicas das respostas da soja às condições térmicas e fotoperiódicas (04.2000.331-02). In: HOFFMANN-CAMPO, C.B.; SARAIVA, O.F. (Org.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja - 2000: ecofisiologia e biologia molecular. Londrina: Embrapa Soja, 2001. p. 12-16. (Embrapa Soja. Documentos, 164).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 174. | | NEUMAIER, N.; NEPOMUCENO, A. L.; FARIAS, J. R. B.; CATTELAN, A. J.; OYA, T.; DELATTRE, N.; RODRIGUES, O. Bases agronômicas e fisiológicas das respostas da soja à disponibilidade hídrica (04.2000.331-01). In: HOFFMANN-CAMPO, C.B.; SARAIVA, O.F. (Org.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja - 2000: ecofisiologia e biologia molecular. Londrina: Embrapa Soja, 2001. p. 8-12. (Embrapa Soja. Documentos, 164).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 175. | | TONON, B. C.; SIBALDELLI, R. N. R.; PINHEIRO, B. C.; FARIAS, J. R. B.; NEPOMUCENO, A. L.; NEUMAIER, N. Calibração de psicrômetros para avaliações de potencial hídrico foliar. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 5., 2010, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 27-30. (Embrapa Soja. Documentos, 323). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 176. | | FARIAS, J. R. B.; ASSAD, E. D.; ALMEIDA, I. R.; LAZAROTTO, C.; NEPOMUCENO, A. L.; NEUMAIER, N. Characterization of the climatic risks for soybean cropping in Brazil. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 7.; INTERNATIONAL SOYBEAN PROCESSING AND UTILIZATION CONFERENCE, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 3., 2004, Foz do Iguassu. Abstracts of contributed papers and posters. Londrina: Embrapa Soybean, 2004. p. 328. (Embrapa Soja. Documentos, 228). Editado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 177. | | LEMOS, N. G.; STOLF, R.; MARIN, S. R. R.; POLIZEL, A. M.; BENEVENTI, M. A.; YAMANAKA, N.; NEPOMUCENO, A. L. Caracterização molecular pela técnica de PCR em tempo real de soja geneticamente modificada. In: CONGRESO DE SOJA DEL MERCOSUR, 3., 2006, Rosário. Mercosoja 2006: mesas científico-técnicas, resúmenes expandidos / comunicaciones. Rosário: Associación de la Cadena de Soja Argentina, 2006. p. 287-289.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 178. | | FARIAS, J. R. B.; ALMEIDA, I. R. de; GARCIA, A.; NEUMAIER, N.; NEPOMUCENO, A. L.; VIRGILIO, H.; BUCHE, M. V. Caracterização da aptidão climática de regiões para o cultivo de soja no Brasil (01.2000.051-03). In: HOFFMANN-CAMPO, C. B.; SARAIVA, O. F. (Org.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja - 2002: ecofisiologia e biologia molecular. Londrina: Embrapa Soja, 2003. p. 88-92. (Embrapa Soja. Documentos, 217).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 179. | | FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; NEPOMUCENO, A. L.; BORDINGNON, J. R.; MARUR, C. J.; DELATTRE, N. Caracterizacao das repostas da soja a disponibilidade hidrica. In: REUNIAO DE PESQUISA DA SOJA DA REGIAO CENTRAL DO BRASIL, 20., 1998, Londrina. Ata e Resumos. Londrina: EMBRAPA-CNPSo, 1998. p.201. (EMBRAPA-CNPSo. Documentos, 121).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 180. | | NEPOMUCENO, A. L.; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; CATTELAN, A. J.; OYA, T.; DELATTRE, N.; RODRIGUES, O. Estratégias para amenizar impactos decorrentes das adversidades climáticas (04.2000.331-05). In: HOFFMANN-CAMPO, C.B.; SARAIVA, O.F. (Org.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja - 2000: ecofisiologia e biologia molecular. Londrina: Embrapa Soja, 2001. p. 20-24. (Embrapa Soja. Documentos, 164).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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