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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
19/01/2022 |
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Data da última atualização: |
19/01/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
COSTA, J. A. da; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, A. C. C. |
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Afiliação: |
JAQUICELE APARECIDA DA COSTA, UFV; CAMILA FERREIRA AZEVEDO, UFV; MOYSÉS NASCIMENTO, UFV; FABYANO FONSECA E SILVA, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPCa; ANA CAROLINA CAMPANA NASCIMENTO, UFV. |
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Título: |
Determination of optimal number of independent components in yield traits in rice. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientia Agricola, v. 79, n. 6, p. 1-8, 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1590/1678-992X-2020-0397 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The principal component regression (PCR) and the independent component regression (ICR) are dimensionality reduction methods and extremely important in genomic prediction. These methods require the choice of the number of components to be inserted into the model. For PCR, there are formal criteria; however, for ICR, the adopted criterion chooses the number of independent components (ICs) associated to greater accuracy and requires high computational time. In this study, seven criteria based on the number of principal components (PCs) and methods of variable selection to guide this choice in ICR are proposed and evaluated in simulated and real data. For both datasets, the most efficient criterion and that drastically reduced computational time determined that the number of ICs should be equal to the number of PCs to reach a higher accuracy value. In addition, the criteria did not recover the simulated heritability and generated biased genomic values. |
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Thesagro: |
Arroz; Melhoramento Genético Vegetal; Produtividade. |
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Thesaurus Nal: |
Genomics; Plant breeding; Rice; Yields. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/230385/1/determination-of-optimal-number.pdf
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Marc: |
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520 $aThe principal component regression (PCR) and the independent component regression (ICR) are dimensionality reduction methods and extremely important in genomic prediction. These methods require the choice of the number of components to be inserted into the model. For PCR, there are formal criteria; however, for ICR, the adopted criterion chooses the number of independent components (ICs) associated to greater accuracy and requires high computational time. In this study, seven criteria based on the number of principal components (PCs) and methods of variable selection to guide this choice in ICR are proposed and evaluated in simulated and real data. For both datasets, the most efficient criterion and that drastically reduced computational time determined that the number of ICs should be equal to the number of PCs to reach a higher accuracy value. In addition, the criteria did not recover the simulated heritability and generated biased genomic values.
650 $aGenomics
650 $aPlant breeding
650 $aRice
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650 $aArroz
650 $aMelhoramento Genético Vegetal
650 $aProdutividade
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700 1 $aNASCIMENTO, M.
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700 1 $aNASCIMENTO, A. C. C.
773 $tScientia Agricola$gv. 79, n. 6, p. 1-8, 2022.
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Para informações adicionais entre em contato com cenargen.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
02/01/2012 |
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Data da última atualização: |
23/02/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
ALVAREZ PIZARRO, J. C.; GOMES FILHO, E.; PRISCO, J. T.; SA, M. F. G. de; OLIVEIRA NETO, O. B. de. |
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Afiliação: |
JUAN CARLOS ALVAREZ PIZARRO, UNIVERSIDADE FEDERAL DO CEARÁ; ENÉAS GOMES FILHO, UNIVERSIDADE FEDERAL DO CEARÁ; JOSÉ TARQUÍNIO PRISCO, UNIVERSIDADE FEDERAL DO CEARÁ; MARIA FATIMA GROSSI DE SA, CENARGEN; OSMUNDO BRILHANTE DE OLIVEIRA NETO, CENTRO UNIVERSITÁRIO UNIEURO. |
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Título: |
NH4+-stimulated low-K+ uptake is associated with the induction of H+ extrusion by the plasma membrane H+-ATPase in sorghum roots under K+ deficiency. |
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Ano de publicação: |
2011 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Plant Physiology, v. 168, 1617-26, 2011. |
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Idioma: |
Inglês |
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Palavras-Chave: |
H+-ATPase; Low-K+ net uptake. |
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Thesagro: |
Sorghum Bicolor. |
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Thesaurus NAL: |
plasma membrane; roots. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
LEADER 00719naa a2200217 a 4500
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245 $aNH4+-stimulated low-K+ uptake is associated with the induction of H+ extrusion by the plasma membrane H+-ATPase in sorghum roots under K+ deficiency.$h[electronic resource]
260 $c2011
650 $aplasma membrane
650 $aroots
650 $aSorghum Bicolor
653 $aH+-ATPase
653 $aLow-K+ net uptake
700 1 $aGOMES FILHO, E.
700 1 $aPRISCO, J. T.
700 1 $aSA, M. F. G. de
700 1 $aOLIVEIRA NETO, O. B. de
773 $tJournal of Plant Physiology$gv. 168, 1617-26, 2011.
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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