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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Leite. Para informações adicionais entre em contato com cnpgl.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
17/12/2013 |
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Data da última atualização: |
15/06/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
McCLURE, M. C.; SONSTEGARD, T. S.; WIGGANS, G. R.; EENENNAAM, A. L. V.; WEBER, K. L.; PENEDO, C. T.; BERRY, D. P.; FLYNN, J.; GARCIA, J. F.; CARMO, A. S.; REGITANO, L. C. de A.; ALBUQUERQUE, M.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; COFFEY, M.; MOORE, K.; BOSCHER, M. Y.; GENESTOUT, L.; MAZZA, R.; TAYLOR, J. F.; SCHNABEL, R. D.; SIMPSON, B.; MARQUES, E.; McEWAN, J. C.; CROMIE, A.; COUTINHO, L. L.; KUEHN, L. A.; KEELE, J. W.; PIPER, E. K.; COOK, J.; WILLIAMS, R.; TASSELL, C. P. V. |
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Afiliação: |
MATTHEW C. McCLURE, USDA; TAD S. SONSTEGARD, USDA; GEORGE R. WIGGANS, USDA; ALISON L. VAN EENENNAAM, University of California - Davis; KRISTINA L. WEBER, University of California-Davis; CECILIA T. PENEDO, University of California-Davis; DONAGH P. BERRY, Animal and Grassland Research and Innovation Centre, Ireland; JOHN FLYNN, Weatherbys DNA Laboratory, Ireland; JOSÉ F. GARCIA, UNESP; ADRIANA S. CARMO, Deoxi Biotecnologia, Araçatuba; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; MILLA ALBUQUERQUE, USP; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; MIKE COFFEY, SRUC, Scotland; KIRSTY MOORE, SRUC, Scotland; MARIE-YVONNE BOSCHER, LABOGENA, France; LUCIE GENESTOUT, LABOGENA, France; RAFFAELE MAZZA, Italian Breeders Association, Roma; JEREMY F. TAYLOR, University of Missouri-Columbia; ROBERT D. SCHNABEL, University of Missouri-Columbia; BARRY SIMPSON, GeneSeek, Neogen Company, Lincoln, USA; ELISA MARQUES, GeneSeek, Neogen Company, Lincoln, USA; JOHN C. McEWAN, AgResearch, Invermay Agricultural Centre, New Zealand; ANDREW CROMIE, Irish Cattle Breeding Federation, Ireland; LUIZ L. COUTINHO, ESALQ/USP; LARRY A. KUEHN, USDA-ARS; JOHN W. KEELE, USDA-ARS; EMILY K. PIPER, University of Queensland, Australia; JIM COOK, University of New England, Australia; ROBERT WILLIAMS, American-International Charolais Association, USA; CURTIS P. VAN TASSELL, USDA. |
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Título: |
Imputation of microsatellite alleles from dense SNP genotypes for parentage verification across multiple Bos taurus and Bos indicus breeds. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Genetics, v. 4, n. 176, 2013. |
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Páginas: |
11 p. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
To assist cattle producers transition from microsatellite (MS) to single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping for parental verification we previously devised an effective and inexpensive method to impute MS alleles from SNP haplotypes. While the reported method was verified with only a limited data set (N = 479) from Brown Swiss, Guernsey, Holstein, and Jersey cattle, some of the MS-SNP haplotype associations were concordant across these phylogenetically diverse breeds. This implied that some haplotypes predate modern breed formation and remain in strong linkage disequilibrium. To expand the utility of MS allele imputation across breeds, MS and SNP data from more than 8000 animals representing 39 breeds (Bos taurus and B. indicus) were used to predict 9410 SNP haplotypes, incorporating an average of 73 SNPs per haplotype, for which alleles from 12 MS markers could be accurately be imputed. Approximately 25% of the MS-SNP haplotypes were present in multiple breeds (N = 2 to 36 breeds). These shared haplotypes allowed for MS imputation in breeds that were not represented in the reference population with only a small increase in Mendelian inheritance inconsistancies. Our reported reference haplotypes can be used for any cattle breed and the reported methods can be applied to any species to aid the transition from MS to SNP genetic markers. While ~91% of the animals with imputed alleles for 12 MS markers had ≤1 Mendelian inheritance conflicts with their parents' reported MS genotypes, this figure was 96% for our reference animals, indicating potential errors in the reported MS genotypes. The workflow we suggest autocorrects for genotyping errors and rare haplotypes, by MS genotyping animals whose imputed MS alleles fail parentage verification, and then incorporating those animals into the reference dataset. MenosTo assist cattle producers transition from microsatellite (MS) to single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping for parental verification we previously devised an effective and inexpensive method to impute MS alleles from SNP haplotypes. While the reported method was verified with only a limited data set (N = 479) from Brown Swiss, Guernsey, Holstein, and Jersey cattle, some of the MS-SNP haplotype associations were concordant across these phylogenetically diverse breeds. This implied that some haplotypes predate modern breed formation and remain in strong linkage disequilibrium. To expand the utility of MS allele imputation across breeds, MS and SNP data from more than 8000 animals representing 39 breeds (Bos taurus and B. indicus) were used to predict 9410 SNP haplotypes, incorporating an average of 73 SNPs per haplotype, for which alleles from 12 MS markers could be accurately be imputed. Approximately 25% of the MS-SNP haplotypes were present in multiple breeds (N = 2 to 36 breeds). These shared haplotypes allowed for MS imputation in breeds that were not represented in the reference population with only a small increase in Mendelian inheritance inconsistancies. Our reported reference haplotypes can be used for any cattle breed and the reported methods can be applied to any species to aid the transition from MS to SNP genetic markers. While ~91% of the animals with imputed alleles for 12 MS markers had ≤1 Mendelian inheritance conflicts with their parents' reported MS ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Imputation; Microsatellite; Parentage verification; SNP; STR. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
02/01/2012 |
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Data da última atualização: |
29/03/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 2 |
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Autoria: |
ARBELÁEZ-ROJAS, G. A.; INOUE, L. A. K. A.; MORAES, G. |
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Afiliação: |
Gustavo Alberto Arbeláez-Rojas, Universidade Federal de São Carlos; LUIS ANTONIO KIOSHI AOKI INOUE, CPAA; Gilberto Moraes, Universidade Federal de São Carlos. |
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Título: |
Atividade proteolítica e crescimento de matrinxã em natação sustentada e alimentado com dois níveis de proteína. |
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Ano de publicação: |
2011 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 46, n. 11, p. 1521-1529, nov. 2011. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da natação sustentada sobre a atividade digestiva proteolítica e o crescimento de juvenis de matrinxã (Brycon amazonicus), alimentados com dois níveis de proteína. Foram utilizados 240 peixes, tratados com 28 ou 38% de proteína bruta (PB), durante 60 dias, em duas situações distintas: em natação sustentada à velocidade de uma vez e meia o comprimento corporal por segundo, e em sistema convencional de cultivo, sem movimento forçado. Os peixes em natação sustentada e alimentados com 28% de PB apresentaram melhor desempenho, expresso como maior crescimento, alta taxa de crescimento específico, maior ganho de peso e melhor eficiência alimentar. A natação sustentada proporcionou aumento significativo da atividade digestiva proteolítica alcalina, proporcional ao conteúdo de proteína na dieta. Juvenis de matrinxã alimentados com dietas com 28% de PB e em natação sustentada apresentam melhor aproveitamento dos nutrientes como consequência de ação proteolítica digestiva mais efetiva. |
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Palavras-Chave: |
Deposição proteica; Digestive enzyme; Exercício físico; Proteína corporal. |
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Thesagro: |
Enzima Digestiva; Protease. |
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Thesaurus NAL: |
Body protein; Brycon amazonicus; Exercise; Protein deposition; Proteinases. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/51444/1/PAB-Inoue.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/54299/1/46n11a14.pdf
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Marc: |
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520 $aO objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da natação sustentada sobre a atividade digestiva proteolítica e o crescimento de juvenis de matrinxã (Brycon amazonicus), alimentados com dois níveis de proteína. Foram utilizados 240 peixes, tratados com 28 ou 38% de proteína bruta (PB), durante 60 dias, em duas situações distintas: em natação sustentada à velocidade de uma vez e meia o comprimento corporal por segundo, e em sistema convencional de cultivo, sem movimento forçado. Os peixes em natação sustentada e alimentados com 28% de PB apresentaram melhor desempenho, expresso como maior crescimento, alta taxa de crescimento específico, maior ganho de peso e melhor eficiência alimentar. A natação sustentada proporcionou aumento significativo da atividade digestiva proteolítica alcalina, proporcional ao conteúdo de proteína na dieta. Juvenis de matrinxã alimentados com dietas com 28% de PB e em natação sustentada apresentam melhor aproveitamento dos nutrientes como consequência de ação proteolítica digestiva mais efetiva.
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773 $tPesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF$gv. 46, n. 11, p. 1521-1529, nov. 2011.
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Esconder MarcMostrar Marc Completo |
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Ocidental (CPAA) |
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