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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
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Data corrente: |
30/10/2019 |
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Data da última atualização: |
30/10/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
JOAQUIM, L. B.; CHUD, T. C. S.; MARCHESI, J. A. P.; SAVEGNAGO, R. P.; BUZANKAS, M. E.; ZANELLA, R.; CANTAO, M. E.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C.; IRGANG, R.; MUNARI, D. P. |
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Afiliação: |
LETÍCIA BORGES JOAQUIM, UNESP/Jaboticabal; TATIANE CRISTINA SELEGUIM CHUD, UNESP/Jaboticabal; JORGE AUGUSTO PETROLLI MARCHESI, UNESP/Jaboticabal; RODRIGO PELICIONI SAVEGNAGO, UNESP/Jaboticabal; MARCOS ELI BUZANSKAS, UFPB; RICARDO ZANELLA, UPF; MAURICIO EGIDIO CANTAO, CNPSA; JANE DE OLIVEIRA PEIXOTO, CNPSA; MONICA CORREA LEDUR, CNPSA; RENATO IRGANG, UFSC; DANÍSIO PRADO MUNARI, UNESP/Jaboticabal. |
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Título: |
Genomic structure of a crossbred landrace pig population. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Plos One, v. 14, n.2, e0212266, 2019. |
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DOI: |
10.1371/journal.pone.0212266 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: Single nucleotide polymorphism (SNP) markers are used to study population structure and conservation genetics, which permits assessing similarities regarding the linkage disequilibrium and information about the relationship among individuals. To investigate the population genomic structure of 300 females and 25 males from a commercial maternal pig line we analyzed linkage disequilibrium extent, inbreeding coefficients using genomic and conventional pedigree data, and population stratification. The average linkage disequilibrium (r2 ) was 0.291 ± 0.312 for all adjacent SNPs, distancing less than 100 Kb (kilobase) between markers. The average inbreeding coefficients obtained from runs of homozygosity (ROH) and pedigree analyses were 0.119 and 0.0001, respectively. Low correlation was observed between the inbreeding coefficients possibly as a result of genetic recombination effect accounted for the ROH estimates or caused by pedigree identification errors. A large number of long ROHs might indicate recent inbreeding events in the studied population. A total of 36 homozygous segments were found in more than 30% of the population and these ROH harbor genes associated with reproductive traits. The population stratification analysis indicated that this population was possibly originated from two distinct populations, which is a result from crossings between the eastern and western breeds used in the formation of the line. Our findings provide support to understand the genetic structure of swine populations and may assist breeding companies to avoid a high level of inbreeding coefficients to maintain genetic diversity, showing the effectiveness of using genomewide SNP information for quantifying inbreeding when the pedigree was incomplete or incorrect. MenosAbstract: Single nucleotide polymorphism (SNP) markers are used to study population structure and conservation genetics, which permits assessing similarities regarding the linkage disequilibrium and information about the relationship among individuals. To investigate the population genomic structure of 300 females and 25 males from a commercial maternal pig line we analyzed linkage disequilibrium extent, inbreeding coefficients using genomic and conventional pedigree data, and population stratification. The average linkage disequilibrium (r2 ) was 0.291 ± 0.312 for all adjacent SNPs, distancing less than 100 Kb (kilobase) between markers. The average inbreeding coefficients obtained from runs of homozygosity (ROH) and pedigree analyses were 0.119 and 0.0001, respectively. Low correlation was observed between the inbreeding coefficients possibly as a result of genetic recombination effect accounted for the ROH estimates or caused by pedigree identification errors. A large number of long ROHs might indicate recent inbreeding events in the studied population. A total of 36 homozygous segments were found in more than 30% of the population and these ROH harbor genes associated with reproductive traits. The population stratification analysis indicated that this population was possibly originated from two distinct populations, which is a result from crossings between the eastern and western breeds used in the formation of the line. Our findings provide support to understand the gen... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
SNP. |
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Thesagro: |
Genética; Marcador Genético; Polimorfismo Genético; Suíno. |
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Thesaurus Nal: |
Genetic markers; Genomics; Polymorphism; Swine. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agrossilvipastoril. |
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Data corrente: |
30/12/2016 |
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Data da última atualização: |
11/01/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SOUZA, G. F.; HOOGERHEIDE, E. S. S.; REIS, J. C. dos; DUARTE, G. S. D.; SILVA, J. F. V. |
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Afiliação: |
GRAZIELLY FARIA SOUZA, UFMT-SINOP; EULALIA SOLER SOBREIRA HOOGERHEIDE, CPAMT; JULIO CESAR DOS REIS, CPAMT; GISELE SOARES DIAS DUARTE, UFMT-SINOP; JOAO FLAVIO VELOSO SILVA, GPR. |
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Título: |
Conservação on farm da mandioca: etnobotânica e aspectos socioeconômicos da comunidade rios dos couros, cuiabá, mt |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SEMINÁRIO INTERNACIONAL DE AGROECOLOGIA DA AMÉRICA DO SUL, 2.; JORNADA INTERNACIONAL DE EDUCAÇÃO DO CAMPO, 1.; SEMINÁRIO DE AGROECOLOGIA DE MATO GROSSO DO SUL, 6; ENCONTRO DE PRODUTORES AGROECOLÓGICOS DE MATO GROSSO DO SUL, 5.; SEMINÁRIO DE SISTEMAS AGROFLORESTAIS EM BASES AGROECOLÓGICAS DE MATO GROSSO DO SUL, 2., 2016, Dourados. Agroecologia e soberania alimentar: saberes em busca do bem viver: anais. Dourados: UFGD, 2016. Não paginado. Agroecol 2016. 1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A região entorno de Cuiabá possui mais de dez mil agricultores, dentre eles agricultores tradicionais mantenedores de um rico acervo de etnovariedades de mandioca, visto a região ser considerada centro de diversidade da Manihot esculenta. Este trabalho teve por objetivo o estudo etnobotânico das mandiocas conservadas on farm, e o estudo do perfil socioeconômico da comunidade tradicional Rio dos Couros, Cuiabá, Mato Grosso. Para tal foram aplicados dois questionários semi-estruturados. Usou-se o programa Stata 13 para análise dos dados do perfil socieconômico, e para os demais dados foram feitas interpretações descritivas. Todos os informantes se autodenominaram agricultores, independente do gênero, sendo 81% homens e 18% mulheres, com idade média de 50 anos. Em todas as unidades residem os agricultores (avós) junto com seus netos, sendo que os filhos vivem e trabalham em Cuiabá em 90% das famílias. A aposentadoria e programas sociais são a principal fonte de renda das famílias. A comercialização da mandioca, principalmente pela produção da farinha, é complementar à renda. Foram identificadas um total de 29 etnovariedades, sendo algumas mantidas pelos agricultores há cerca de 20 anos. A erosão genética é um fenômeno constatado pelo motivo de não haver sucessores para a atividade. |
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Palavras-Chave: |
Baixada cuiabana; Etnovariedade. |
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Categoria do assunto: |
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/152598/1/2016-cpamt-conservacao-farm-mandioca-aspectos-socioeconomicos.pdf
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Marc: |
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520 $aA região entorno de Cuiabá possui mais de dez mil agricultores, dentre eles agricultores tradicionais mantenedores de um rico acervo de etnovariedades de mandioca, visto a região ser considerada centro de diversidade da Manihot esculenta. Este trabalho teve por objetivo o estudo etnobotânico das mandiocas conservadas on farm, e o estudo do perfil socioeconômico da comunidade tradicional Rio dos Couros, Cuiabá, Mato Grosso. Para tal foram aplicados dois questionários semi-estruturados. Usou-se o programa Stata 13 para análise dos dados do perfil socieconômico, e para os demais dados foram feitas interpretações descritivas. Todos os informantes se autodenominaram agricultores, independente do gênero, sendo 81% homens e 18% mulheres, com idade média de 50 anos. Em todas as unidades residem os agricultores (avós) junto com seus netos, sendo que os filhos vivem e trabalham em Cuiabá em 90% das famílias. A aposentadoria e programas sociais são a principal fonte de renda das famílias. A comercialização da mandioca, principalmente pela produção da farinha, é complementar à renda. Foram identificadas um total de 29 etnovariedades, sendo algumas mantidas pelos agricultores há cerca de 20 anos. A erosão genética é um fenômeno constatado pelo motivo de não haver sucessores para a atividade.
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653 $aEtnovariedade
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Registro original: |
Embrapa Agrossilvipastoril (CPAMT) |
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