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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
12/12/2018 |
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Data da última atualização: |
12/12/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
STAFUZZA, N. B.; SILVA, R. M. de O.; PERIPOLLI, E.; BEZERRA, L. A. F.; LOBO, R. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; DI CROCE, F.; OSTERSTOCK, J.; MUNARI, D. P.; LOURENCO, D. A. L.; BALDI, F. |
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Afiliação: |
Nedenia Bonvino Stafuzza, UNESP; Rafael Medeiros de Oliveira Silva, University of Georgia; ELISA PERIPOLLI, UNESP; Luiz Antônio Framartino Bezerra, USP; Raysildo Barbosa Lôbo, Associaçao Nacional dos Criadores e Pesquisadores; CLAUDIO DE ULHOA MAGNABOSCO, CPAC; Fernando Di Croce, Zoetis; Jason Osterstock, Zoetis; Danísio Prado Munari, UNESP; Daniela A. Lino Lourenco, University of Georgia; Fernando Baldi, UNESP. |
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Título: |
Genome-wide association study provides insights into genes related with horn development in Nelore beef cattle. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
PLoS ONE, v. 13, n. 8, e0202978, August 30, 2018. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0202978 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract The causal mutation for polledness in Nelore (Bos taurus indicus) breed seems to have appeared first in Brazil in 1957. The expression of the polled trait is known to be ruled by a few groups of alleles in taurine breeds; however, the genetic basis of this trait in indicine cattle is still unclear. The aim of this study was to identify genomic regions associated with the hornless trait in a commercial Nelore population. A total of 107,294 animals had phenotypes recorded and 2,238 were genotyped/imputed for 777k SNP. The weighted single-step approach for genome-wide association study (WssGWAS) was used to estimate the SNP effects and variances accounted for by 1 Mb sliding SNP windows. A centromeric region of chromosome 1 with 3.11 Mb size (BTA1: 878,631?3,987,104 bp) was found to be associated with hornless in the studied population. A total of 28 protein-coding genes are mapped in this region, including the taurine Polled locus and the IFNAR1, IFNAR2, IFNGR2, KRTAP11-1, MIS18A, OLIG1, OLIG2, and SOD1 genes, which expression can be related to the horn formation as described in literature. The functional enrichment analysis by DAVID tool revealed cytokine-cytokine receptor interaction, JAK-STAT signaling, natural killer cell mediated cytotoxicity, and osteoclast differentiation pathways as significant (P < 0.05). In addition, a runs of homozygosity (ROH) analysis identified a ROH island in polled animals with 2.47 Mb inside the region identified by WssGWAS. Polledness in Nelore cattle is associated with one region in the genome with 3.1 Mb size in chromosome 1. Several genes are harbored in this region, and they may act together in the determination of the polled/horned phenotype. Fine mapping the locus responsible for polled trait in Nelore breed and the identification of the molecular mechanisms regulating the horn growth deserve further investigation. MenosAbstract The causal mutation for polledness in Nelore (Bos taurus indicus) breed seems to have appeared first in Brazil in 1957. The expression of the polled trait is known to be ruled by a few groups of alleles in taurine breeds; however, the genetic basis of this trait in indicine cattle is still unclear. The aim of this study was to identify genomic regions associated with the hornless trait in a commercial Nelore population. A total of 107,294 animals had phenotypes recorded and 2,238 were genotyped/imputed for 777k SNP. The weighted single-step approach for genome-wide association study (WssGWAS) was used to estimate the SNP effects and variances accounted for by 1 Mb sliding SNP windows. A centromeric region of chromosome 1 with 3.11 Mb size (BTA1: 878,631?3,987,104 bp) was found to be associated with hornless in the studied population. A total of 28 protein-coding genes are mapped in this region, including the taurine Polled locus and the IFNAR1, IFNAR2, IFNGR2, KRTAP11-1, MIS18A, OLIG1, OLIG2, and SOD1 genes, which expression can be related to the horn formation as described in literature. The functional enrichment analysis by DAVID tool revealed cytokine-cytokine receptor interaction, JAK-STAT signaling, natural killer cell mediated cytotoxicity, and osteoclast differentiation pathways as significant (P < 0.05). In addition, a runs of homozygosity (ROH) analysis identified a ROH island in polled animals with 2.47 Mb inside the region identified by WssGWAS. Pollednes... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Gado Nelore; Mutação. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/188280/1/Genome-wide-association-study-provides-apagar.pdf
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Marc: |
LEADER 02768naa a2200289 a 4500
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Registro original: |
Embrapa Cerrados (CPAC) |
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| Registros recuperados : 135 | |
| 81. |  | GROSSI, D. do A.; GRUPIONI, N. V.; BUZANSKAS, M. E.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; PAZ, C. M. P.; MUNARI, D. P. Efeito de substituição alélica dos marcadores genéticos de IGFl, GH e PITl sobre a idade e o peso ao primeiro parto de bovinos da raça Canchim. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 46., 2009, Maringá. Anais...Maringa: SBZ:UEM, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 82. | | FREITAS, L. A. de; GRUPIONI, N. V.; SAVEGNAGO, R. P.; STAFUZZA, N. B.; FIGUEIREDO, E. A. P. de; SCHMIDT, G. S.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Non-hierarchical cluster analysis for body weight, age at first egg, egg production and egg weight in a laying hen strain. In: INTERNATIONAL MEETING OF ADVANCES IN ANIMAL SCIENCE, 2016, Jaboticabal. Posters presentations... Jabotical: PPGZ Unesp, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 83. | | SBARDELLA, A. P; FONSECA, I.; WELLER, M. A. DEL C. A.; STAFUZZA, N. B.; OLIVEIRA, J. R.; WATANABE, R. N.; COSTA, R, M. da; CARVAJAL, A. B.; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MUNARI, D. P. Avaliação de abordagens estatísticas para análise da expressão gênica diferencial em dados reais de RNA-seq. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 12., 2017, Ribeirão Preto. Anais... Ribeirão Preto: SBMA, 2017. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 84. | | SBARDELLA, A. P.; FONSECA, I.; WELLER, M. M. D. C. A.; STAFUZZA, N. B.; OLIVEIRA, J. R.; WATANABE, R. N.; COSTA, R. M. da; CARVAJAL, A. B.; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MUNARI, D. P. Avaliação de abordagens estatísticas para análise da expressão gênica diferencial em dados reais de RNA-Seq. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 12., 2017, Ribeirão Preto. Anais... Ribeirão Preto: SBMA, 2017.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 85. | | GROSSI, D. do; GRUPIONI, N. V.; BUZANSKAS, M. E.; PAZ, C. C. P. de; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; SCHENKEL, F. S.; MUNARI, D. P. Allele substitution effects of IGF1, GH and PIT1 markers on estimated breeding values for weight and reproduction traits in Canchim beef cattle. Livestock Science, v. 180, p. 78-83, oct. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 86. | | PERIPOLLI, E.; OLIVIERI. B. F.; FEITOSA, F. L. B.; LEMOS, M. V. A. de; TONUSSI, R. L.; MUNARI, D. P.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B. Avaliação dos coeficientes de endogamia em bovinos da raça Gir (Bos primigenius indicus). In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 12., 2017, Ribeirão Preto. Anais... Ribeirão Preto: SBMA, 2017. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 87. | | CRUZ, V. A. R. da; IBELLI, A. M. G.; SAVEGNAGO, R. P.; NASCIMENTO, G. B.; SARGOLZAEI, M.; SCHENKEL. F. S.; LEDUR, M. C.; PEIXOTO, J. de O.; MUNARI, D. P. Association of the adiponectin receptor 1 gene with bone integrity traits in a paternal broiler line. In: REUNIÃO ANNUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 51, 2014, Barra dos Coqueiros. Anais ... Barra dos Coqueiros: SBZ, 2014. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 88. | | CRUZ, V. A. R. da; SCHENKEL, F. S.; SAVEGNAGO, R. P.; GRUPIONI, N. V.; STAFUZZA, N. B.; SARGOZAEL, M.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Association of apolipoprotein B and adiponectin receptor 1 genes with carcass, bone integrity and performance traits in a paternal broiler Line. Plos One, v. 10, n.8, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 89. | | CRUZ, V. A. R. da; IBELLI, A. M. G.; BUZANSKAS, M. E.; ROSA, J. O.; CHUD, T. C. S.; LEDUR, M. C.; PEIXOTO, J. de O.; MUNARI, D. P. Association of Apolipoprotein B gene with carcass, performance, and organ traits in a paternal broiler line. In: REUNIÃO ANNUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 51, 2014, Barra dos Coqueiros. Anais ... Barra dos Coqueiros: SBZ, 2014. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 90. | | SILVA, R. T. da; GENUÍNO, M. V. H.; ROCHA, I. M.; CÂMARA, G. M. dos S.; MEDEIROS, A. B. A. de; BESSA, A. F. de O.; SILVA, M. V. G. B.; MUNARI, D. P.; BUZANSKAS, M. E. Assinaturas de seleção em bovinos da raça Sindi provenientes do Brasil e do Continente Asiático. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 15., 2023, Jataí. O reinado dos fenótipos: novos desafios: anais. Jataí: Sociedade Brasileira de Melhoramento Animal, 2023. p. 149-151.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 91. | | PERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; LIMA, A. L. F.; IRGANG, R.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B. Assessment of runs of homozygosity islands and estimates of genomic inbreeding in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. BMC Genomics, v. 19, n. 34, 2018. 13 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 92. | | DUARTE, I. N. H.; BESSA, A. F. DE O.; ROLA, L. D.; GENUÍNO, M. V. H.; ROCHA, I. M.; MARCONDES, C. R.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P.; BERRY, D. P.; BUZANSKAS, M. E. Cross-population selection signatures in Canchim composite beef cattle. Plos One, v.17, n.4, 2022, e0264279. 15 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 93. | | VENTURINI, G. C.; GROSSI, D. do A.; RAMOS, S. B.; CRUZ, A. A. R. da; SOUZA, C. G.; LEDUR, M. C.; EL FARO, L.; SCHMIDT, G. S.; MUNARI, D. P. Estimation of genetic parameters for partial egg production periods by means of random regression models. Genetics and Molecular Research, v. 11, n. 3, p. 1819-1829, 2012. Projeto: 01.06.01.006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 94. | | STARLING, J. M. C.; RIBEIRO, A. R. B.; ALENCAR, M. M. de; MUNARI, D. P.; SAVEGNAGO, R. P.; FERNANDES JÚNIOR, J. A.; PAÇO, A. L.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A. Termorregulação de novilhas Senepol submetidas a um teste de tolerância ao calor na região Sudeste do Brasil. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA ZOOTECNIA, 47., 2010, Salvador. Empreendorismo e progresso científicos na zootecnia brasileira de vanguarda - anais. Salvador: SBZ: UFBA, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 95. | | CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CARVALHEIRO, R.; BUZANSKAS, M. E.; ROSA, J. O.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; MARCONDES, C. R.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. Strategies for genotype imputation in composite beef cattle. BMC Genetics, v. 16, p. 99, 2015. 10 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 96. | | URBINATI, I.; STAFUZZA, N. B.; OLIVEIRA, M. T.; CHUD, T. C. S.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; BUZANSKAS, M. E.; MUNARI, D. P. Selection signatures in Canchim beef cattle. Journal of Animal Science and Biotechnology, v. 7, p. 1-9, 2016. Na publicação: Luciana Correia de Almeida Regitano.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 97. | | OLIVEIRA JÚNIOR, G. A.; CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MUNARI, D. P.; FERRAZ, J. B. S.; MULLART, E.; DeNISE, S.; SMITH, S.; SILVA, M. V. G. B. Genotype imputation in a tropical crossbred dairy cattle population. Journal of Dairy Science, v. 100, n. 12, p. 9623-9634, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 98. | | JOAQUIM, L. B.; CHUD, T. C. S.; MARCHESI, J. A. P.; SAVEGNAGO, R. P.; BUZANKAS, M. E.; ZANELLA, R.; CANTAO, M. E.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C.; IRGANG, R.; MUNARI, D. P. Genomic structure of a crossbred landrace pig population. Plos One, v. 14, n.2, e0212266, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 99. | | PEREIRA, H. P.; VERARDO, L. L.; WELLER, M. M. D. C. A.; SBARDELLA, A. P.; MUNARI, D. P.; DAIBERT, R. M. de P.; CARVALHO, W. A.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F. Going further post-RNA-seq: in silico functional analyses revealing candidate genes and regulatory elements related to mastitis in dairy cattle. Journal of Dairy Research, v. 88, p. 286-292, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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