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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
31/01/2018 |
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Data da última atualização: |
21/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
CHUD, T. C. S.; BICKHART, D. M.; ZERLOTINI NETO, A.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; MUNARI, D. P. |
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Afiliação: |
TATIANE C. S. CHUD, FCAV/Unesp; DEREK M. BICKHART, FCAV/Unesp; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; JOHN B. COLE, Usda; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; DANÍSIO P. MUNARI, FCAV/Unesp. |
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Título: |
Copy number variation in dairy cattle using next-generation sequencing. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 26., 2018, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2018. |
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Páginas: |
1 p. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
PAG 2018. P0490. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius B. da Silva. |
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Conteúdo: |
Gene copy number variants (CNV) have been shown to be associated with several production traits in dairy cattle; however, the detection and validation of CNVs in crossbred cattle is currently lacking. In order to provide a basis for future association studies, we sought to identify CNV regions (CNVRs) within the Girolando composite breed resulting from a mating of the Holstein (taurine) and Gir (indicine) breeds. A read depth method was performed using CNVnator software on NGS data from two Girolando, two Gir and ten Holstein bulls. The individual CNVs were merged into CNVRs based on genomic regions overlapping by at least 1 bp. In total, we identified a composite of 1,286 CNVRs (520 deletions, 255 duplications, 511 mixed) on the genomes of all samples. We observed 34 CNVRs (nine deletions, 25 mixed) in common (overlapping > 50%) only between Girolando and Holstein and 181 CNVRs (20 deletions, 21 duplications,140 mixed) only in Girolando and Gir, suggesting parent-of-origin inheritance from Holstein and Gir cattle, respectively. One of these Holstein-specific CNVRs intersected with the interleukin 6 family cytokine (LIF) gene which is linked to fat production and fertility traits in Holstein. Genes related to disease resistance (e.g. the CD4 gene) also coincided with CNVRs present only in Gir and Girolando cattle suggesting an indicine origin for the CNV. These results showed evidence of specific CNVRs shared by Girolando and purebred breeds which may be targeted for future selective breeding. MenosGene copy number variants (CNV) have been shown to be associated with several production traits in dairy cattle; however, the detection and validation of CNVs in crossbred cattle is currently lacking. In order to provide a basis for future association studies, we sought to identify CNV regions (CNVRs) within the Girolando composite breed resulting from a mating of the Holstein (taurine) and Gir (indicine) breeds. A read depth method was performed using CNVnator software on NGS data from two Girolando, two Gir and ten Holstein bulls. The individual CNVs were merged into CNVRs based on genomic regions overlapping by at least 1 bp. In total, we identified a composite of 1,286 CNVRs (520 deletions, 255 duplications, 511 mixed) on the genomes of all samples. We observed 34 CNVRs (nine deletions, 25 mixed) in common (overlapping > 50%) only between Girolando and Holstein and 181 CNVRs (20 deletions, 21 duplications,140 mixed) only in Girolando and Gir, suggesting parent-of-origin inheritance from Holstein and Gir cattle, respectively. One of these Holstein-specific CNVRs intersected with the interleukin 6 family cytokine (LIF) gene which is linked to fat production and fertility traits in Holstein. Genes related to disease resistance (e.g. the CD4 gene) also coincided with CNVRs present only in Gir and Girolando cattle suggesting an indicine origin for the CNV. These results showed evidence of specific CNVRs shared by Girolando and purebred breeds which may be targeted for future ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Copy number variants. |
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Thesagro: |
Gado. |
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Thesaurus Nal: |
Cattle; Composite breeds. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/171991/1/PL-CopyNumber-PAGXXVI.pdf
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Marc: |
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520 $aGene copy number variants (CNV) have been shown to be associated with several production traits in dairy cattle; however, the detection and validation of CNVs in crossbred cattle is currently lacking. In order to provide a basis for future association studies, we sought to identify CNV regions (CNVRs) within the Girolando composite breed resulting from a mating of the Holstein (taurine) and Gir (indicine) breeds. A read depth method was performed using CNVnator software on NGS data from two Girolando, two Gir and ten Holstein bulls. The individual CNVs were merged into CNVRs based on genomic regions overlapping by at least 1 bp. In total, we identified a composite of 1,286 CNVRs (520 deletions, 255 duplications, 511 mixed) on the genomes of all samples. We observed 34 CNVRs (nine deletions, 25 mixed) in common (overlapping > 50%) only between Girolando and Holstein and 181 CNVRs (20 deletions, 21 duplications,140 mixed) only in Girolando and Gir, suggesting parent-of-origin inheritance from Holstein and Gir cattle, respectively. One of these Holstein-specific CNVRs intersected with the interleukin 6 family cytokine (LIF) gene which is linked to fat production and fertility traits in Holstein. Genes related to disease resistance (e.g. the CD4 gene) also coincided with CNVRs present only in Gir and Girolando cattle suggesting an indicine origin for the CNV. These results showed evidence of specific CNVRs shared by Girolando and purebred breeds which may be targeted for future selective breeding.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 135 | |
| 62. |  | NUNES, B. do N.; RAMOS, S. B.; SAVEGNAGO, R. P.; LEDUR, M. C.; NONES, K.; KLEIN, C. H.; MUNARI, D. P. Genetic parameters for body weight, carcass chemical composition and yield in a broiler-layer cross developed for QTL mapping. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 34, n. 3, p. 429-434, 2011. Projeto/Plano de Ação: 01.06.10.603-05.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 63. | | CRUZ, V. A. R.; GRUPIONI, N. V.; MENDONÇA, G. G.; VENTURINI, G. C.; LEDUR, M. C.; PEIXOTO, J. de O.; MUNARI, D. P. Genetic parameters for performance and carcass traits in a paternal 1 lineage of broiler. Anais da Academia Brasileira de Ciências, v. 92 (suppl. 1), n. e20180697, 2020. Anais da Academia Brasileira de Ciências, v. 92 (suppl. 1), n. e20180697, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 64. | | ROSA, J. O.; PIRES, B. C.; CHUD, T. C. S.; BUZANSKAS, M. E.; CRUZ, V. A. R.; LEDUR, M. C.; SCHMIDT, G. S.; MUNARI, D. P. Genetic parameters reproductive traits in a strain if laying hens. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 60., 2014, Guarujá. Resumos? Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2014. p. 24| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 65. | | VENTURINI, G. C.; CRUZ, V. A. R. da; ROSA, J. O.; BALDI, F.; EL FARO, L.; LEDUR, M. C.; PEIXOTO, J. de O.; MUNARI, D. P. Genetic and phenotypic parameters of carcass and organ traits of broiler chickens. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 13, n. 4, p. 10294-10300.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 66. | | JOAQUIM, L. B.; NASCIMENTO, G. B. do; MARCHESI, J. A. P.; SAVEGNAGO, R. P.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Estudo dos segmentos de homozigose em uma população de suínos. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 12., 2017, Ribeirão Preto. Anais... Ribeirão Preto: SBMA, 2017. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 67. | | BUZANSKAS, M. E.; VENTURA, R. V.; REGITANO, L. C. de A.; SCHENKEL, F. S.; ALENCAR, M. M. de; MUNARI, D. P. Estudo de associações genômicas para idade ao primeiro e segundo parto em bovinos da raça Canchim. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 10., 2013, Uberaba. Anais... Belo Horizonte: SBMA, 2013. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 68. | | VENTURINI, G. C.; GROSSI, D. A.; BUZANSKAS, M. E.; EL FARO, L.; SCHMIDT, G. S.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Estudo de modelos de regressão aleatória para avaliação genética da curva de produção de ovos em aves de postura. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Anais. Salvador: SBG, 2008. p. 239. Projeto/Plano de Ação: 01.02.10.210-10.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 69. | | BERNARDES; NASCIMENTO, G. B. do; SAVEGNAGO, R. P.; BUZANSKAS, M. E.; WATANABE, R. N.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L.; GONDRO, C.; MUNARI, D. P. Evaluation of imputation accuracy using the combination of two high-density panels in nelore beef cattle. Scientific Reports, v. 9, 17920, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 70. | | SAVEGNAGO, R. P.; BUZANSKAS, M. E.; NUNES, B. do N.; RAMOS, S. B.; LEDUR, M. C.; NONES, K.; MUNARI, D. P. Heritabilities and genetic correlations for reproductive traits in an F2 reciprocal cross chicken population. Genetics and Molecular Research, v. 10, n. 3, p. 1247-1254, 2011. Projeto: 01.06.01.003.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 71. | | BAINY, A. M.; SAVEGNAGO, R. P.; FREITAS, L. A. de; NUNES, B. do N.; ROSA, J. O.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Estimates of genetic parameters and cluster analyses for carcass and meat quality traits in birds. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 52, n. 3, p. 205-213, mar. 2017. Título em inglês: Estimativa de parâmetros genéticos e análises de agrupamento para características de carcaça e qualidade da carne em aves.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 72. | | SAVEGNAGO, R. P.; CAETANO, S. L.; RAMOS, S. B.; NASCIMENTO, G. B.; SCHMIDT, G. S.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Estimates of genetic parameters, and cluster and principal components analyses of breeding values related to egg production traits in a White Leghorn population. Poultry Science, v. 90, n. 10, p. 2174-2188, 2011. Projeto: 01.06.01.006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 73. | | CHUD, T. C. S.; SILVA, M. V. G. B.; CARMO, A. S.; SILVA, T. B. R.; OLIVEIRA JUNIOR, G. A.; REY, F. S. B.; MUNARI, D. P. Identification of copy number variation in Brazilian synthetic dairy cattle breed. In: ADSA ASAS JOINT ANNUAL MEETING, 2015, Orlando. Proceedings... Orlando: ADSA: ASAS, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 74. | | ALENCAR, M. M. de; OLIVEIRA, J. A. L.; LEAL, C. L. V.; WATANABE, Y. F.; MUNARI, D. P.; PADUA, J. T. Repetibilidade da idade ao primeiro parto, intervalo de partos e peso ao parto em bovinos da raça Nelore. In: REUNIAO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 29., 1992, Lavras, MG. Anais... Lavras: SBZ, 1992. p. 96.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 75. | | URBITANI, I.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C. S.; MORKRY, F. B; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. Selection signatures in Canchim beef cattle. In:WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings...Vancouver: WCGALP: Amarican Society of Animal Science, 2014.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 76. | | URBITANI, I.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C. S.; MORKRY, F. B; REGITANO, L. C. A.; HIGA, R. H.; MUNARI, D. P. Selection signatures in Canchim beef cattle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: ASAS, 2014. Não paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 77. | | SAVEGNAGO, R. P.; CRUZ, V. A. R.; RAMOS, S. B.; CAETANO, S. L.; SCHMIDT, G. S.; LEDUR, M. C.; EL FARO, L.; MUNARI, D. P. Egg production curve fitting using nonlinear models for selected and nonselected lines of White Leghorn hens. Poultry Science, v. 91, p. 2977-2987, 2012. Projeto: 01.06.01.006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 78. | | ANDRADE, P. de C.; GROSSI, D. A.; PAZ, C. C. P.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. Efeito do IGF-1 sobre a variação fenotípica e as estimativas de valores genéticos de características de crescimento em bovinos canchim. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA , 52., 2006, Foz do Iguaçú: SBG, 2006. 1p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 79. | | GRUPIONI, N. V.; GROSSI, D. do A.; BUZANSKAS, M. E.; PAZ, C. C. P; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; MUNARI, D. P. Efeito dos marcadores genéticos IGFl, GH e PITl sobre os valores genéticos da idade ao primeiro parto e peso ao primeiro parto em bovinos da raça Canchim. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 46., 2009, Maringá. Anais...Maringa: SBZ:UEM, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 80. | | GROSSI, D. do A.; GRUPIONI, N. V.; BUZANSKAS, M. E.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; PAZ, C. M. P.; MUNARI, D. P. Efeito de substituição alélica dos marcadores genéticos de IGFl, GH e PITl sobre a idade e o peso ao primeiro parto de bovinos da raça Canchim. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 46., 2009, Maringá. Anais...Maringa: SBZ:UEM, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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