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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Trigo. |
Data corrente: |
10/01/2010 |
Data da última atualização: |
07/12/2012 |
Autoria: |
PLIKAT, U.; VOSHOL, H.; DANGENDORF, Y.; WIEDMANN, B.; DEVAY, P.; MÜLLER, D.; WIRTH, U.; SZUSTAKOWSKI, J.; CHIM, GUNG-WEI.; INVERARDI, B.; PUYANG, X.; BROWN, K.; KAMP, H.; HOVING, S.; RUCHTI, A.; BRENDLEN, N.; PETERSON, R.; BUCO, J.; OOSTRUM, J. van; PEITSCH, M. C. |
Título: |
From proteomics to systems biology of bacterial pathogens: approaches, tools, and applications. |
Ano de publicação: |
2007 |
Fonte/Imprenta: |
Proteomics, v. 7, n. 6, p. 992-1003, 2007. |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
The hallmark of a systems biology approach is the integration of computational tools with experimental data encompassing multiple classes of biomolecules across different functional levels. Equally important as the availability of reasonably comprehensive information at the gene, protein, and metabolite levels is the development of adequate analysis and visualization tools to reduce the inherent complexity to interpretable dimensions. In this paper, we describe the integration of a 2-D gel-based proteome map of Staphylococcus aureus Mu50 with genomic and transcriptomic information through a customized data integration and user interface built on the Ensembl genome browser. We illustrate its application and potential through the analysis of a defined system perturbation caused by a mutation in the formyltransferase gene. We envision that this software package, which we called Insieme, can support the development of novel antibiotics by allowing a systems-based view of the bacterial response pathways. |
Palavras-Chave: |
Aplicação; Proteômica. |
Thesagro: |
Ferramenta. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 01995naa a2200385 a 4500 001 1840963 005 2012-12-07 008 2007 bl --- 0-- u #d 100 1 $aPLIKAT, U. 245 $aFrom proteomics to systems biology of bacterial pathogens$bapproaches, tools, and applications. 260 $c2007 520 $aThe hallmark of a systems biology approach is the integration of computational tools with experimental data encompassing multiple classes of biomolecules across different functional levels. Equally important as the availability of reasonably comprehensive information at the gene, protein, and metabolite levels is the development of adequate analysis and visualization tools to reduce the inherent complexity to interpretable dimensions. In this paper, we describe the integration of a 2-D gel-based proteome map of Staphylococcus aureus Mu50 with genomic and transcriptomic information through a customized data integration and user interface built on the Ensembl genome browser. We illustrate its application and potential through the analysis of a defined system perturbation caused by a mutation in the formyltransferase gene. We envision that this software package, which we called Insieme, can support the development of novel antibiotics by allowing a systems-based view of the bacterial response pathways. 650 $aFerramenta 653 $aAplicação 653 $aProteômica 700 1 $aVOSHOL, H. 700 1 $aDANGENDORF, Y. 700 1 $aWIEDMANN, B. 700 1 $aDEVAY, P. 700 1 $aMÜLLER, D. 700 1 $aWIRTH, U. 700 1 $aSZUSTAKOWSKI, J. 700 1 $aCHIM, GUNG-WEI. 700 1 $aINVERARDI, B. 700 1 $aPUYANG, X. 700 1 $aBROWN, K. 700 1 $aKAMP, H. 700 1 $aHOVING, S. 700 1 $aRUCHTI, A. 700 1 $aBRENDLEN, N. 700 1 $aPETERSON, R. 700 1 $aBUCO, J. 700 1 $aOOSTRUM, J. van 700 1 $aPEITSCH, M. C. 773 $tProteomics$gv. 7, n. 6, p. 992-1003, 2007.
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Registro original: |
Embrapa Trigo (CNPT) |
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Registros recuperados : 26 | |
1. | | PENALOZA, A. D. P. de S.; POZZOBON, M. T. Manipulação de ploidia e outros aspectos citogenéticos relevantes para o pré-melhoramento de plantas. In:LOPES, M. A.; FÁVERO, A. P.; FERREIRA, M. A. J. da F.; FALEIRO, F. G.; FOLLE, S. M.; GUIMARAES, E. P. (Ed.). Pré-melhoramento de plantas: estado da arte e experiências de sucesso. Brasília, DF: Embrapa Informação tecnológica: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2011. p. 41-58Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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6. | | PENALOZA, A. D. P. de S.; COSTA, J. G. C. da; NUNES, C. L.; BURLE, M. L. Coleta de germoplasma de leguminosas no Semi-Árido do Estado da Bahia. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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7. | | PENALOZA, A. D. P. de S.; COSTA, J. G. C. da; NUNES, C. L.; BURLE, M. L. Coleta de germoplasma de leguminosas no Semi-Árido do Estado da Bahia. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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8. | | RIBEIRO, M. R.; LIMA, G. S.; POZZOBON, T. M.; SANTOS, S. dos; PENALOZA, A. D. P. de S. Germoplasma de trigo e suas características cromossômicas após 30 anos de armazenamento. In : ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 12., 2007, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. p. 175.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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9. | | SILVA, R. C.; GOEDERT, C. O.; SANTOS, S.; PENALOZA, A. D. P. de S.; POZZOBON, M. T. Qualidade fisiológica de sementes de trigo armazenadas a longo prazo na coleção de base (Colbase) da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (Cenargen). In : ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 12., 2007, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. p. 206.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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10. | | FERRER, M.; BERRETTA, A.; ROSSO, B.; PENALOZA, A. D. P. de S.; BURLE, M. L.; SEGUEL, L.; ROBLEDO, L.; CONDÓN, F.; ALTIER, N. Red de Recursos Genéticos del Procisur (Regensur). In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011. SIRGEALC.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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11. | | FRAZAO, H. da S.; CASTRO, C. S. P. de; PENALOZA, A. D. P. de S.; LIMA, L. H. C.; AMARAL, Z. P. de S.; SANTANA, E. de F. A melhoria contínua no programa de auditorias internas da qualidade e seu reflexo na implantação de sistema da qualidade na Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. In: ENQUALAB - CONGRESSO DA QUALIDADE EM METROLOGIA REDE METROLÓGICA DO ESTADO DE SÃO PAULO - REMESP, 1., 2009, São Paulo, SP. [Anais...]. São Paulo: Rede Metrológica do Estado de São Paulo, 2009.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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12. | | SCHWINGEL, L. C.; MENEZES, S. E.; PADUA, J. G.; GIMENES, M. A.; PENALOZA, A. D. P. de S.; POZZOBON, M. T.; MARTINS, R. C. C. Otimização da técnica do ensaio cometa para detecção de danos no dna em sementes de Dalbergia nigra E Hordeum vulgare. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... [S.l.]: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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13. | | RIBEIRO, M. R.; SILVA, R. de C. da; PENALOZA, A. D. P. de S.; BRAMMER, S. P.; BRASILEIRO, A. C. M.; GOEDERT, C. O.; SANTOS, S. dos; OLIVEIRA, A. R. DA S.; POZZOBON, M. T. Análise citogenética em acessos de trigo armazenados a longo e médio prazo. Brasília: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. 26 p. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 287).Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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14. | | SILVA, S. C.; MARTINS, M. I. G.; SANTOS, R. C. dos; PENALOZA, A. D. P. de S.; MELO FILHO, P. A.; BENKO-ISEPPON, A. M.; VALLS, J. F. M.; CARVALHO, R. Karyological features and banding patterns in Arachis species belonging to the heteranthae section. Plant Systematics and Evolution, n. 285, p. 201-207, 2010.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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15. | | SILVA, S. C.; MARTINS, M. I. G.; SANTOS, R. C. dos; PENALOZA, A. D. P. de S.; MELO FILHO, P. A.; BENKO-ISEPPON, A. M.; VALLS, J. F. M.; CARVALHO, R. Karyological features and banding patterns in Arachis species belonging to the heteranthae section. Plant System and Evolution, n. 285, p. 201-207, 2010.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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17. | | CASTRO, C. S. P. de; MAGALHAES, J. C. C.; GONZAGA, V.; AMARAL, Z. P. de S.; COUTINHO, M. V.; FRAZAO, H. da S.; LIMA, L. H. C.; SANTANA, E. de F.; PENALOZA, A. D. P. de S. O programa de manutenção, qualificação e calibração de equipamentos e instrumentos de medição da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. In: ENQUALAB - CONGRESSO DA QUALIDADE EM METROLOGIA REDE METROLÓGICA DO ESTADO DE SÃO PAULO - REMESP, 1., 2009, São Paulo, SP. [Anais...]. São Paulo: Rede Metrológica do Estado de São Paulo, 2009. Não paginado.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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18. | | CASTRO, C. S. P. de; MAGALHAES, J. C. C.; GONZAGA, V.; AMARAL, Z. P. de S.; COUTINHO, M. V.; LIMA, L. H. C.; FRAZAO, H. da S.; SANTANA, E. de F.; PENALOZA, A. D. P. de S. O Programa de Manutenção, qualificação e calibração de equipamentos e instrumentos de medição da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Brasília: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2009. 6 p. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Circular Técnica, 84). 7 p.Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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19. | | CASTRO, C. S. P. de; MAGALHAES, J. C. C.; GONZAGA, V.; AMARAL, Z. P. de S.; COUTINHO, M. V.; LIMA, L. H. C.; FRAZAO, H. da S.; SANTANA, E. de F.; PENALOZA, A. D. P. de S. O programa de manutenção, qualificação e calibração de equipamentos e instrumentos de medição da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. In: ENQUALAB - CONGRESSO DA QUALIDADE EM METROLOGIA REDE METROLÓGICA DO ESTADO DE SÃO PAULO - REMESP, 1., 2009, São Paulo, SP. [Anais...]. São Paulo: Rede Metrológica do Estado de São Paulo, 2009. PalestraTipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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