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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
25/02/2013 |
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Data da última atualização: |
25/02/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
MOREIRA, E. C. O.; GORDO, S. M. da C.; DARNET, S.; RODRIGUES, S. M.; SAMPAIO, I. da C. |
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Afiliação: |
EDITH CIBELLE DE OLIVEIRA MOREIRA, UFPA; SHEILA MAYSA DA CUNHA GORDO, UFPA; SYLVAIN DARNET, UFPA; SIMONE DE MIRANDA RODRIGUES, CPATU; IRACILDA DA CUNHA SAMPAIO, UFPA. |
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Título: |
Sequenciamento dos transcritos de Piper nigrum L. infectada com Fusarium solani f.sp.piperis utilizando Plataforma de nova geração. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Neste trabalho nós extraímos o RNA total e isolamos o mRNA de raízes de Piper nigrum L. infectada com o fungo Fusarium solani f.sp. piperis na fase mais severa da infecção, para construção de uma biblioteca de fragmentos utilizando o método RNA-Seq. A biblioteca gerada foi sequenciada utilizando a plataforma de nova geração ?SOLiDTM 3 Plus System? (Applied Biosystems, EUA) produzindo 67.452.415 leituras com 50 pb. As leituras obtidas foram pré-processadas com softwares de Bioinformática para obtenção de leituras de alta qualidade. Para avaliar os dados pré-processados estatisticamente, foi utilizado o software FASTQC. Os resultados obtidos foram leituras com alta qualidade que serão usadas no processo de montagem, a fim de obter uma lista de transcritos de Planta expressos em resposta a infecção pelo patógeno. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Piper nigrum L; Sequenciamento de nova geração. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/77266/1/273.pdf
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Marc: |
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520 $aNeste trabalho nós extraímos o RNA total e isolamos o mRNA de raízes de Piper nigrum L. infectada com o fungo Fusarium solani f.sp. piperis na fase mais severa da infecção, para construção de uma biblioteca de fragmentos utilizando o método RNA-Seq. A biblioteca gerada foi sequenciada utilizando a plataforma de nova geração ?SOLiDTM 3 Plus System? (Applied Biosystems, EUA) produzindo 67.452.415 leituras com 50 pb. As leituras obtidas foram pré-processadas com softwares de Bioinformática para obtenção de leituras de alta qualidade. Para avaliar os dados pré-processados estatisticamente, foi utilizado o software FASTQC. Os resultados obtidos foram leituras com alta qualidade que serão usadas no processo de montagem, a fim de obter uma lista de transcritos de Planta expressos em resposta a infecção pelo patógeno.
653 $aBioinformática
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 19 | |
| 5. |  | GORDO, S. M. da C.; MOREIRA, E. C. de O.; SCHNEIDER, H.; DARNET, S.; RODRIGUES, S. Sequenciamento do transcriptoma de Pimenta-do-reino (Piper nigrum) utilizando Plataforma de Sequenciadores de Nova Geração (NGS) - SOLiD System 3 Plus. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 6. | | RODRIGUES, R. O.; HERRMANN, G. P.; HEINEMANN, M. B.; LAGE, A. P.; LOPES, L. B.; MOREIRA, E. C. Comparação entre a imunidade induzida em bovinos vacinados com bacterinas polivalentes comerciais e uma monovalente experimental. Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 31, n. 1, p. 10-16, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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| 7. | | MOREIRA, E. C. O.; GORDO, S. M. da C.; DARNET, S.; RODRIGUES, S. M.; SAMPAIO, I. da C. Sequenciamento dos transcritos de Piper nigrum L. infectada com Fusarium solani f.sp.piperis utilizando Plataforma de nova geração. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 8. | | NASCIMENTO, S. B.; MENEZES, I. C. de; COSTA, C. N. M.; MOREIRA, E. C. O.; DUARTE, M. L. R.; SOUZA, C. R. B. de. Isolamento e caracterização de genes potencialmente envolvidos na resistência a fusariose através de hibridização subtrativa de supressão. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008. p. 304.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 9. | | SOUZA, C. R. de; ARAGAO, F. J. L.; MOREIRA, E. C. O.; COSTA, C. N. M.; NASCIMENTO, S. B.; CARVALHO, L. J. C. B. Isolation and characterization of the promoter sequence of a cassava gene coding for Pt2L4, a glutamic acid-rich protein differentially expressed in storage roots. Genetics and Molecular Research, v. 8, n. 1, p. 334-344, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 10. | | MOREIRA, E. C. de O.; PEREIRA, R. N.; GORDO, S. M. da C.; MENEZES, I. C. de; QUEIROZ, C. da C. S.; CUNHA, D. B. da. Isolation and partial characterization of the lipoxygenase gene in black pepper (Piper nigrum L). Research, Society and Development, v. 11, n. 9, e57411932254, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 11. | | SILVEIRA, A. M.; MOREIRA, E. C.; VAZ, F.; LORENZO, C. de; DRIEMEIER, D.; FURLAN, F.; DANTAS, A. F. M.; RIET-CORREA, F. Encefalopatia hepática secundária à intoxicação por Tephrosia cinerea em ovinos. Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 38, n. 4, p. 635-641, abril 2018 Título em inglês: Hepatic encephalopathy secondary to poisoning by Tephrosia cinerea in sheep.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 12. | | PELLEGRIN, A. O.; GUIMARAES, P. H. S.; FIGUEIREDO, J.; ARAUJO, V. E. M.; MOREIRA, E. C.; RAVAGLIA, E.; PAULA, A. B.; LEITE, R. C.; LAGE, A. P. Prevalencia de Leptospira interrogans do sorogrupo hardjo em bovinos de corte no Pantanal Mato-Grossense. In: ENCONTRO DE PESQUISA DA ESCOLA DE VETERINARIA, 16., 1998, Belo Horizonte. Anais... Belo Horizonte: UFMG-Escola de Veterinaria, 1998. p.86| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 14. | | SOUZA, G. N. de; BRITO, J. R. F.; MOREIRA, E. C.; BRITO, M. A. V. P. e; SILVA, M. V. G. B. da. Variação da contagem de células somáticas em vacas leiteiras de acordo com patógenas da mastite. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, Belo Horizonte, v. 61, n. 5, p. 1015-1020, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 15. | | CARDOSO, C. M. Y.; MORAES, F. R. de; NESHICH, G.; MOREIRA, E. C. de O.; COSTA, C. de N. M.; SANTOS, R. C. dos; SOUZA, C. R. B. de. Identification of cDNA sequences coding for bZIP regulatory proteins predicted to interact with putative cis-acting elements from Be2S1 gene. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Forlaleza. Programas e resumos... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Biotecnologia, 2010. p. 212-213. Congresso da SBBiotec 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 16. | | PELLEGRIN, A. O.; LEITE, R. M. H.; SERENO, J. R. B.; RAVAGLIA, E.; HERMANN, G. P.; ABREU, U. G. P. de; MOREIRA, E. C.; LEITE, R. C.; LAGE, A. P. Leptospirose no Nucleo de Conservacao do Bovino Pantaneiro da Fazenda Nhumirim, sub-regiao da Nhecolandia, Pantanal Mato-Grossense em 1999. In: SIMPOSIO IBERO-AMERICANO SOBRE CONSERVACAO DE RECURSOS GENETICOS ANIMAIS, 1., 2000, Corumba, MS. Anais... Corumba: Embrapa Pantanal, 2000. p.36.| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 17. | | MOREIRA, E. C. O.; PINHEIRO, D. G.; GORDO, S. M. C.; RODRIGUES, S. de M.; PESSOA, E.; SCHALLER, H.; LEMOS, O. F. de; SILVA, A.; SCHNEIDER, H.; SILVA JUNIOR, W. A.; SAMPAIO, I.; DARNET, S. Transcriptional profiling by RNA sequencing of black pepper (Piper nigrum L.) roots infected by Fusarium solani f. sp. piperis. Acta Physiologiae Plantarum, v. 39, n. 10, article 239, Oct. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 18. | | GORDO, S. M. C.; PINHEIRO, D. G.; MOREIRA, E. C. O.; RODRIGUES, S. M.; POLTRONIERI, M. C.; LEMOS, O. F. de; SILVA, I. T. da; RAMOS, R. T. J.; SILVA, A.; SCHNEIDER, H.; SILVA JUNIOR, W. A.; SAMPAIO, I.; DARNET, S. High-throughput sequencing of black pepper root transcriptome. BMC Plant Biology, v. 12, n. 168, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 19. | | COSATE, M. R. V.; SAKAMOTO, T.; MENDES, T. A. de O.; MOREIRA, E. C.; SILVA, C. G. R. da; BRASIL, B. dos S. A. F.; OLIVEIRA, C. S. F.; AZEVEDO, V. A. de; ORTEGA, J. M.; LEITE, R. C.; HADDAD, J. P. Molecular typing of Leptospira interrogans serovar Hardjo isolates from leptospirosis outbreaks in Brazilian livestock. BMC Veterinary Research, v. 13, n. 1, p. 177, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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