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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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Data corrente: |
28/04/2021 |
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Data da última atualização: |
28/04/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CORNACINI, M. R.; MANOEL, R. O.; ALCANTARA, M. A. M.; MORAES, M. L. T.; SILVA, E. A. A.; PEREIRA NETO, L. G.; SEBBENN, A. M.; ROSSINI, B. C.; MARINO, C. L. |
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Afiliação: |
MAIARA R. CORNACINI, UNESP, Botucatu-SP; RICARDO O. MANOEL, UNESP, Botucatu-SP; MARCELO A. M. ALCANTARA, UNESP, Botucatu-SP; MARIO L. T. MORAES, UNESP, Ilha Solteira-SP; EDVALDO A. A. SILVA, UNESP, Botucatu-SP; LEONEL GONCALVES PEREIRA NETO, CNPASA; ALEXANDRE M. SEBBENN, INSTITUTO FLORESTAL DE SÃO PAULO, Piracicaba-SP; BRUNO C. ROSSINI, UNESP, Botucatu-SP; CELSO L. MARINO, UNESP, Botucatu-SP. |
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Título: |
Detection and application of novel SSR markers from transcriptome data for Astronium fraxinifolium Schott, a threatened Brazilian tree species. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Biology Reports, 2021. |
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ISSN: |
0301-4851 |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11033-021-06338-5 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Astronium fraxinifolium is an endangered tree species from Brazil. Due to its significance in environmental reforestation, as well as the continued exploitation of its wood, it is necessary to develop management programs that support the conservation of the species. Simple sequence repeats (SSR) or microsatellite markers are widely used in population genetic studies across a range of diverse organisms. In this study, we present the first SSR markers developed for A. fraxinifolium as well as their frequency and distribution based on transcriptome data. From transcriptome data, we identified more than 100 thousand sequences presenting microsatellites, with a predominant distribution of trinucleotide repeats. From the initial screening, we selected 20 microsatellite loci which were validated and evaluated for genetic indices in two natural populations. All loci were polymorphic, ranging from four to 11 alleles per locus. The observed and expected heterozygosities ranged from 0 to 1.0 and from 0.533 to 1.0, respectively, while the genetic differentiation (GST = 0.363) was greater within than between populations. The developed SSR loci from RNA-Seq data provides a foundation for future studies on genetic diversity and population structure, mating system, and gene flow for A. fraxinifolium populations and related species, aiming at conservation and management. |
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Palavras-Chave: |
Conservation genetics; Microsatellite markers. |
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Thesagro: |
Anacardiaceae; Astronium Fraxinifolium. |
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Thesaurus Nal: |
Conservation plants; Genetic markers; Microsatellite repeats; Population genetics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/222904/1/mbr-2021.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pesca e Aquicultura (CNPASA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Corte. Para informações adicionais entre em contato com cnpgc.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
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Data corrente: |
07/02/2011 |
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Data da última atualização: |
07/02/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
CARVALHO, C. E. G.; ROSINHA, G. M. S.; SANCHES, C. C.; ELISEI, C.; GONÇALVES, A. N. D.; SANCHES, S. C.; ARAUJO, F. R.; FEIJO, G. L. D.; SOARES, C. O. |
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Afiliação: |
CLEBER EDUARDO GALVÃO CARVALHO, BOLSISTA CNPGC; GRACIA MARIA SOARES ROSINHA, CNPGC; UFMS; BOLSISTA CNPGC; UFMS; BOLSISTA CNPGC; FLABIO RIBEIRO ARAUJO, CNPGC; GELSON LUIS DIAS FEIJO, CNPGC; CLEBER OLIVEIRA SOARES, CNPGC. |
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Título: |
Polimorfismos no gene da proteína príon em quatro raças bovinas criadas no Brasil. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE CORTE, 6., 2010, Campo Grande, MS. Ética na pesquisa científica: [Anais da ...]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2010. 1 CD-ROM. Coordenadora: Vanessa Felipe de Souza |
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Páginas: |
1 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Encefalopatia espongiforme bovina (EEB), conhecida como doença da vaca louca, é uma zoonose. O agente etiológico, a proteína príon infecciosa, pode ser erroneamente sintetizado a partir do gene prnp. Mutações influenciam na sequência de seus aminoácidos. Uma das mudanças que ocorrem no gene prnp em bovinos é a inserção e/ou deleção (indel) de pares de bases (pb), como as indels de 12 pb no íntron 1 e 23 pb na região promotora. Objetivou-se neste estudo genotipar as indels na região promotora e íntron 1 do gene prnp, e identificar os perfis genotípicos de resistência e/ou suscetibilidade à EEB em bovinos das raças Angus, Canchim, Nelore e Simental. Realizou-se a extração de DNA genômico de 26, 17, 34 e 25 bovinos das raças Angus, Canchim, Nelore e Simental, respectivamente. Para amplificação das regiões alvo do gene prnp realizou-se PCR utilizando-se primers específicos. Os produtos da PCR foram submetidos à eletroforese em gel de agarose 3%. O gel foi fotografado e a genotipagem realizada. O alelo e o genótipo de deleção estão relacionados à suscetibilidade à EEB, assim como o alelo e o genótipo de inserção estão relacionados à resistência. A raça Angus obteve a maior frequência do genótipo de inserção de 12 pb (29,92%). A raça Canchim apresentou alta frequência do genótipo de deleção de 12 pb (58,82%). Para região de indel de 23 pb, as raças Angus, Canchim e Nelore obtiveram altas frequências do genótipo de deleção (69,23%, 64,71% e 97,06% respectivamente). Os genótipos heterozigotos apresentaram-se com maiores frequências, nas duas regiões, na raça Simental (60% íntron 1 e 52% região promotora). Essas análises são os primeiros passos para mapear o rebanho brasileiro com relação a estes polimorfismos. Informações de perfis de resistência são importantes, pois futuramente podem fazer parte de programas de melhoramento. MenosEncefalopatia espongiforme bovina (EEB), conhecida como doença da vaca louca, é uma zoonose. O agente etiológico, a proteína príon infecciosa, pode ser erroneamente sintetizado a partir do gene prnp. Mutações influenciam na sequência de seus aminoácidos. Uma das mudanças que ocorrem no gene prnp em bovinos é a inserção e/ou deleção (indel) de pares de bases (pb), como as indels de 12 pb no íntron 1 e 23 pb na região promotora. Objetivou-se neste estudo genotipar as indels na região promotora e íntron 1 do gene prnp, e identificar os perfis genotípicos de resistência e/ou suscetibilidade à EEB em bovinos das raças Angus, Canchim, Nelore e Simental. Realizou-se a extração de DNA genômico de 26, 17, 34 e 25 bovinos das raças Angus, Canchim, Nelore e Simental, respectivamente. Para amplificação das regiões alvo do gene prnp realizou-se PCR utilizando-se primers específicos. Os produtos da PCR foram submetidos à eletroforese em gel de agarose 3%. O gel foi fotografado e a genotipagem realizada. O alelo e o genótipo de deleção estão relacionados à suscetibilidade à EEB, assim como o alelo e o genótipo de inserção estão relacionados à resistência. A raça Angus obteve a maior frequência do genótipo de inserção de 12 pb (29,92%). A raça Canchim apresentou alta frequência do genótipo de deleção de 12 pb (58,82%). Para região de indel de 23 pb, as raças Angus, Canchim e Nelore obtiveram altas frequências do genótipo de deleção (69,23%, 64,71% e 97,06% respectivamente). Os genótipos he... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Encefalopatia espongiforme bovina. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aEncefalopatia espongiforme bovina (EEB), conhecida como doença da vaca louca, é uma zoonose. O agente etiológico, a proteína príon infecciosa, pode ser erroneamente sintetizado a partir do gene prnp. Mutações influenciam na sequência de seus aminoácidos. Uma das mudanças que ocorrem no gene prnp em bovinos é a inserção e/ou deleção (indel) de pares de bases (pb), como as indels de 12 pb no íntron 1 e 23 pb na região promotora. Objetivou-se neste estudo genotipar as indels na região promotora e íntron 1 do gene prnp, e identificar os perfis genotípicos de resistência e/ou suscetibilidade à EEB em bovinos das raças Angus, Canchim, Nelore e Simental. Realizou-se a extração de DNA genômico de 26, 17, 34 e 25 bovinos das raças Angus, Canchim, Nelore e Simental, respectivamente. Para amplificação das regiões alvo do gene prnp realizou-se PCR utilizando-se primers específicos. Os produtos da PCR foram submetidos à eletroforese em gel de agarose 3%. O gel foi fotografado e a genotipagem realizada. O alelo e o genótipo de deleção estão relacionados à suscetibilidade à EEB, assim como o alelo e o genótipo de inserção estão relacionados à resistência. A raça Angus obteve a maior frequência do genótipo de inserção de 12 pb (29,92%). A raça Canchim apresentou alta frequência do genótipo de deleção de 12 pb (58,82%). Para região de indel de 23 pb, as raças Angus, Canchim e Nelore obtiveram altas frequências do genótipo de deleção (69,23%, 64,71% e 97,06% respectivamente). Os genótipos heterozigotos apresentaram-se com maiores frequências, nas duas regiões, na raça Simental (60% íntron 1 e 52% região promotora). Essas análises são os primeiros passos para mapear o rebanho brasileiro com relação a estes polimorfismos. Informações de perfis de resistência são importantes, pois futuramente podem fazer parte de programas de melhoramento.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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