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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
09/06/2008 |
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Data da última atualização: |
29/06/2018 |
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Autoria: |
MOLLINARI, M.; MARGARIDO, G. R. A.; GARCIA, A. A. F. |
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Afiliação: |
Marcelo Mollinari, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz/Departamento de Genética; Gabriel Rodrigues Alves Margarido, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz/Departamento de Genética; Antonio Augusto Franco Garcia, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz/Departamento de Genética. |
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Título: |
Comparação dos algoritmos delineação rápida em cadeia e seriação, para a construção de mapas genéticos. |
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Ano de publicação: |
2008 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 4, p. 505-512, abr. 2008 |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Título em inglês: Comparison of algorithms rapid chain delineation and seriation, for the construction of genetic linkage maps. |
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Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência, na construção de mapas genéticos, dos algoritmos seriação e delineação rápida em cadeia, além dos critérios para avaliação de ordens: produto mínimo das frações de recombinação adjacentes, soma mínima das frações de recombinação adjacentes e soma máxima dos LOD Scores adjacentes, quando usados com o algoritmo de verificação de erros "ripple". Foi simulado um mapa com 24 marcadores, posicionados aleatoriamente a distâncias variadas, com média 10 cM. Por meio do método Monte Carlo, foram obtidas 1.000 populações de retrocruzamento e 1.000 populações F2, com 200 indivíduos cada, e diferentes combinações de marcadores dominantes e co-dominantes (100% co-dominantes, 100% dominantes e mistura com 50% co-dominantes e 50% dominantes). Foi, também, simulada a perda de 25, 50 e 75% dos dados. Observou-se que os dois algoritmos avaliados tiveram desempenho semelhante e foram sensíveis à presença de dados perdidos e à presença de marcadores dominantes; esta última dificultou a obtenção de estimativas com boa acurácia, tanto da ordem quanto da distância. Além disso, observou-se que o algoritmo "ripple" geralmente aumenta o número de ordens corretas e pode ser combinado com os critérios soma mínima das frações de recombinação adjacentes e produto mínimo das frações de recombinação adjacentes. |
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Palavras-Chave: |
algoritmo ripple; dados perdidos; dominant and codominant markers; marcadores dominantes e co-dominantes; método Monte Carlo; missing data; QTL. |
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Thesaurus Nal: |
Monte Carlo method. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/38806/1/43n04a09.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE) |
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| Registros recuperados : 8 | |
| 1. |  | MOLLINARI, M.; MARGARIDO, G. R. A.; GARCIA, A. A. F. Comparação dos algoritmos delineação rápida em cadeia e seriação, para a construção de mapas genéticos. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 4, p. 505-512, abr. 2008 Título em inglês: Comparison of algorithms rapid chain delineation and seriation, for the construction of genetic linkage maps.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 3. | | VIGNA, B. B. Z.; SANTOS, J. C.; PASTINA, M. M.; GAZAFFI, R.; MOLLINARI, M.; CANCADO, L. J.; VALLE, C. B. do; ANTONIO AUGUSTO FRANCO GARCIA; SOUZA, A. P. The Preliminary Genetic Linkage Map of hexaploid Brachiaria humidicola Based on Microsatellite Markers. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON FORAGE BREEDING, 3., 2011, Bonito, MS. Breeding forage for climate change adaptation and mitigation - eco-efficient animal produtction: proceedings. [Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte], 2011. 42-45 1 CD-ROM| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 4. | | VIGNA, B. B. Z.; SANTOS, J. C. S.; JUNGMANN, L.; VALLE, C. B. do; MOLLINARI, M.; PASTINA, M. M.; PAGLIARINI, M. S.; GARCIA, A. A. F.; SOUZA, A. P. Evidence of Allopolyploidy in Urochloa humidicola based on cytological analysis and genetic linkage mapping. Plos One, San Francisco, v. 11, n. 4, p. 1-23, Apr. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia; Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 5. | | ANONI, C. O.; GAZAFFI, R.; PASTINA, M. M.; MANCINI, M. C.; COSTA, E. A.; MOLLINARI, M.; MARCONI, T. G.; PINTO, L. R.; SOUZA, A. P.; GARCIA, A. A. F. QTL mapping for yield components in a sugarcane commercial cross. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 59., 2013, Águas de Lindóia. Resumos... Ribeirão Preto: SBG, 2013. p. 55.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 6. | | MORAES, A. da C. L.; MOLLINARI, M.; FERREIRA, R. C. U.; AONO, A.; LARA, L. A. de C.; PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; BARRIOS, S. C. L.; GARCIA, A. A. F.; VALLE, C. B. do; SOUZA, A. P. de; VIGNA, B. B. Z. Advances in genomic characterization of Urochloa humidicola: exploring polyploid inheritance and apomixis. Theoretical and Applied Genetics, v. 136, n. 11, 2023. 17 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 7. | | SABADIN, P. K.; MALOSETTI, M.; BOER, M. P.; TARDIN, F. D.; SANTOS, F. G.; GUIMARAES, C. T.; GOMIDE, R. L.; ANDRADE, C. L. T.; ALBUQUERQUE, P. E. P.; CANIATO, F. F.; MOLLINARI, M.; MARGARIDO, G. R. A.; OLIVEIRA, B. F.; SCHAFFERT, R. E.; GARCIA, A. A. F.; EEUWIJK, F. A. van; MAGALHAES, J. V. Studying the genetic basis of drought tolerance in sorghum by managed stress trials and adjustments for phenological and plant height differences. Theoretical and Applied Genetics, Berlin, v. 124, p. 1389-1402, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 8. | | GARCIA, A. A. F.; MOLLINARI, M.; MARCONI, T. G.; SERANG, O. R.; SILVA, R. R.; VIEIRA, M. L. C.; VICENTINI, R.; COSTA, E. A.; MANCINI, M. C.; GARCIA, M. O. S.; PASTINA, M. M.; GAZAFFI, R.; MARTINS, E. R. F.; DAHMER, N.; SFORÇA, D. A.; SILVA, C. B. C.; BUNDOCK, P.; HENRY, R. J.; SOUZA, G. M.; SLUYS, M.-A. V.; LANDELL, M. G. A.; CARNEIRO, M. S.; VINCENTZ, M. A. G.; PINTO, L. R.; VENCOVSKY, R.; SOUZA, A. P. SNP genotyping allows an in-depth characterisation of the genome of sugarcane and other complex autopolyploids. Scientific Reports, v. 3, p. 1-10, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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