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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
16/03/2020 |
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Data da última atualização: |
24/05/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PARAENSE, L. C. R.; PENA, D. N.; DARNET, S. H.; RODRIGUES, S. de M.; MENEZES, I. C. de; CUNHA, E. F. M. |
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Afiliação: |
LUANY CAROLINE RIBEIRO PARAENSE, UFRA; DAYANE NASCIMENTO PENA, UFRA; SYLVAIN HENRI DARNET, UFPA; SIMONE DE MIRANDA RODRIGUES, CPATU; ILMARINA CAMPOS DE MENEZES, CPATU; ELISA FERREIRA MOURA CUNHA, CPATU. |
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Título: |
First genomic microsatellite markers developed for Platonia insignis (Clusiaceae), a Brazilian fruit tree. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Biology Reports, v. 47, n. 4, p. 2985-2989, fev. 2020. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11033-020-05301-0 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Short Comunication. |
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Conteúdo: |
Platonia insignis is a fruit tree native of Brazil with allogamous and asexual reproduction. The production of fruits is mainly obtained by exploitation of natural populations and the impact of genetic structuring on plant production may be evaluated. For this purpose, codominant and multiallelic markers such as microsatellite are the most suitable, but they need to be developed for this species. Thus, the aim of this work was to develop and validate microsatellite markers for P. insignis. We used Roche 454 GS FLX sequencing platform of a single P. insignis genotype and 1702 microsatellite sequences were identified. Based on some pre-requisites, we could develop 50 primer pairs to be tested. Twenty-two primer pairs successfully amplified fragments and they were tested in 31 genotypes of P. insignis that belong to a germplasm bank and were sampled in the northeast of Pará State, Brazil. Thirteen primers were polymorphic and the number of alleles per loci varied from 5 (PI18 and PI27) to 2 (PI08, PI25, PI31, PI33 and PI 37). Expected heterozygosity (HE) varied from 0.74 (PI27) to 0.12 (PI31)b and observed heterozygosity (HO) varied from 1.00 (PI25) to 0.00 (PI08, PI31, PI33 and PI37). Principal coordinates could separate the genotypes of P. insignis in clusters and we can conclude that the primers can estimate the genetic diversity of P. insignis populations. |
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Palavras-Chave: |
Diversidade genética; Genetic diversity; Next generation sequencing; Sequenciamento genético; Simple sequence repeats. |
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Thesagro: |
Bacuri; Platonia Insignis. |
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Thesaurus Nal: |
Clusiaceae; Oligonucleotides. |
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Categoria do assunto: |
V Taxonomia de Organismos |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/211920/1/Paraense2020-Article-FirstGenomicMicrosatelliteMark.pdf
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Marc: |
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500 $aShort Comunication.
520 $aPlatonia insignis is a fruit tree native of Brazil with allogamous and asexual reproduction. The production of fruits is mainly obtained by exploitation of natural populations and the impact of genetic structuring on plant production may be evaluated. For this purpose, codominant and multiallelic markers such as microsatellite are the most suitable, but they need to be developed for this species. Thus, the aim of this work was to develop and validate microsatellite markers for P. insignis. We used Roche 454 GS FLX sequencing platform of a single P. insignis genotype and 1702 microsatellite sequences were identified. Based on some pre-requisites, we could develop 50 primer pairs to be tested. Twenty-two primer pairs successfully amplified fragments and they were tested in 31 genotypes of P. insignis that belong to a germplasm bank and were sampled in the northeast of Pará State, Brazil. Thirteen primers were polymorphic and the number of alleles per loci varied from 5 (PI18 and PI27) to 2 (PI08, PI25, PI31, PI33 and PI 37). Expected heterozygosity (HE) varied from 0.74 (PI27) to 0.12 (PI31)b and observed heterozygosity (HO) varied from 1.00 (PI25) to 0.00 (PI08, PI31, PI33 and PI37). Principal coordinates could separate the genotypes of P. insignis in clusters and we can conclude that the primers can estimate the genetic diversity of P. insignis populations.
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700 1 $aDARNET, S. H.
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700 1 $aCUNHA, E. F. M.
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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| Registros recuperados : 124 | |
| 4. |  | CRUZ, H. da S.; LEMOS, O. F. de; MENEZES, I. C. de; LAMEIRA, O. A. Alongamento in vitro de brotos de ipeca (Cephaelis ipecacuanha B. Richard). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FISIOLOGIA VEGETAL, 6., 1997, Belém, PA. Resumos. Belém, PA: SBFV, 1997. p. 137.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 5. | | RODRIGUES, M. A. C. de M.; MENEZES, I. C. de; LAMEIRA, O. A. Caracterização e propagação de plantas medicinais do horto de plantas medicinais da Embrapa Amazônia Oriental. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA FCAP, 12.; SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 6., 2002, Belém, PA. A contribuição do profissional de Ciências Agrárias no uso e conservação da biodiversidade: anais. Belém, PA: FCAP: Embrapa Amazônia Oriental, 2002.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 6. | | CAMPELO, M. F.; LEMOS, O. F. de; POLTRONIERI, M. C.; MENEZES, I. C. de. Combinações de citocininas na proliferação in vitro de brotos de híbridos de Piper nigrum L. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 18.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 2., 2014, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2014. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 7. | | LEDO, A. da S.; MOURA, E. F.; MENEZES, I. C. de; LAMEIRA, O. A. Calogênese em cotiledones de cupuaçu (Theobroma grandiflorum). Genetics and Molecular Biology, v. 23, n. 3, p. 398-399, 2000. Suplements. Trabalho apresentado no Congresso Nacional de Genética, 46., 2000, Aguas de Lindoia.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 14. | | LEDO, A. da S.; LAMEIRA, O. A.; RENBADIS, A. K.; MOURA, E.; MENEZES, I. C. de. In vitro culture of cupuassu zygotic embryos (Theobroma gradiflorum (Willd.ex spreng.) Scham.). In: ENCUENTRO LATINOAMERICANO DE BIOTECNOLOGIA VEGETAL, REDBIO, 4., 2001, Goiânia. [Trabajos presentados]. Goiânia: REDBIO, 2001. Não paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 17. | | POLTRONIERI, M. C.; LEMOS, O. F. de; MENEZES, I. C. de; RODRIGUES, S. de M. Estratégias para manutenção do bag pimenta do reino na Embrapa Amazônia Oriental. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS; WORKSHOP EM BIOPROSPECÇÃO E CONSERVAÇÃO DE PLANTAS NATIVAS DO SEMI-ÁRIDO, 3.; WORKSHOP INTERNACIONAL SOBRE BIOENERGIA E MEIO AMBIENTE, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riqueza, garantir o futuro: anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. p. 369. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 304). Editora técnica Clara Oliveira Goedert.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 18. | | CAMPELO, M. F.; LEMOS, O. F. de; REIS, L. R.; MENEZES, I. C. de. Enraizamento e aclimatização de cultivares de bananeira. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA, 14., 2010, Belém, PA. Bolsista de iniciação científica: um aporte ao desenvolvimento da pesquisa agropecuária: anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2010. 1 CD-ROM. PIBIC 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 19. | | LEDO, A. da S.; ROCHA, C. B. R.; MENEZES, I. C. de; LAMEIRA, O. A. Germinação in vitro de embriões zigóticos de açaizeiro (Euterpe oleracea L.). Genetics and Molecular Biology, v. 23, n. 3, p. 398, 2000. Suplements. Trabalho apresentado no Congresso Nacional de Genética, 46., 2000, Aguas de Lindoia.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 20. | | LEDO, A. da S.; ROCHA, C. B. R.; MENEZES, I. C. de; LAMEIRA, O. A. Germinação in vitro de embriões zigóticos de açaizeiro (Euterpe oleracea L.). Genetics and Molecular Biology, v. 23, n. 3, p. 398, 2000. Suplements. Trabalho apresentado no Congresso Nacional de Genética, 46., 2000, Águas de Lindóia.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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