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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sul. |
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Data corrente: |
02/01/2014 |
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Data da última atualização: |
22/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
GIACHETTO, P. F.; PEREIRA, F. C. P.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. A.; SILVA, M. V.; NICIURA, S. C. M.; CARDOSO, F. F.; ALENCAR, M. M.; MEIRELLES, S. L. C.; LIMA, A. O.; REGITANO, L. C. A. |
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Afiliação: |
POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; FERNANDA C. P. PEREIRA; FABIANA B. MOKRY; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CPPSE; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; FERNANDO FLORES CARDOSO, CPPSUL; MAURICIO MELLO DE ALENCAR, CPPSE; SARAH L. C. MEIRELLES, UFV; ANDRESSA O. LIMA, UFSCar; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Initial analysis of copy number variations in canchim beef cattle with extreme phenotypes for ribeye area. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Pôster P0572. |
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Conteúdo: |
Genomic structural variation, in the form of large-scale insertions and deletions, as well as inversions and translocations, are referred to as copy number variations (CNVs). Compared to single nucleotide polymorphisms (SNPs), CNVs have potentially greater effects on gene structure, dosage and regulation, being an important source of phenotypic variation. In humans, CNVs are widespread in the genome and have been shown to be associated with complex traits. In livestock species, the characterization of this genetic variation is an important step toward linking genes or genomic regions with phenotypic traits of economic importance. Studies in cattle have revealed some CNVs associated with differences in host parasite resistance and breed-specific differences in adaptation, health, and production traits. We report initial data from an analysis of CNVs in Canchim, a synthetic cattle (5/8 Charolais + 3/8 Zebu) that has been selected for meat production in Brazil. Using the PennCNV software and data from 192 Canchim DNA samples with extreme phenotypes for ribeye area, genotyped with Illumina BovineHD BeadChip, a total of 6,985 CNVs were detected. The regions ranged from 20,012bp to 4,157,122bp, with mean and median of 140,484bp and 81,303bp, respectively. Copy number gains (62.09%) were found to be more common than deletions. Gene content of discovered CNVs and functional enrichment analysis are being assessed using Ensembl genes and cattle RefSeq databases, and PANTHER classification system, respectively. We expect to use these findings in genome wide association studies to better understand the genetic variation underlying meat quality in beef cattle. MenosGenomic structural variation, in the form of large-scale insertions and deletions, as well as inversions and translocations, are referred to as copy number variations (CNVs). Compared to single nucleotide polymorphisms (SNPs), CNVs have potentially greater effects on gene structure, dosage and regulation, being an important source of phenotypic variation. In humans, CNVs are widespread in the genome and have been shown to be associated with complex traits. In livestock species, the characterization of this genetic variation is an important step toward linking genes or genomic regions with phenotypic traits of economic importance. Studies in cattle have revealed some CNVs associated with differences in host parasite resistance and breed-specific differences in adaptation, health, and production traits. We report initial data from an analysis of CNVs in Canchim, a synthetic cattle (5/8 Charolais + 3/8 Zebu) that has been selected for meat production in Brazil. Using the PennCNV software and data from 192 Canchim DNA samples with extreme phenotypes for ribeye area, genotyped with Illumina BovineHD BeadChip, a total of 6,985 CNVs were detected. The regions ranged from 20,012bp to 4,157,122bp, with mean and median of 140,484bp and 81,303bp, respectively. Copy number gains (62.09%) were found to be more common than deletions. Gene content of discovered CNVs and functional enrichment analysis are being assessed using Ensembl genes and cattle RefSeq databases, and PANTHER classifica... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Copy number variations; Polimorfismo de nucleotídeo único; Single nucleotide polymorphisms. |
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Thesagro: |
Variação Genética. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Genetic variation; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/94588/1/P0572.odt
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/97848/1/P0572.odt
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Marc: |
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520 $aGenomic structural variation, in the form of large-scale insertions and deletions, as well as inversions and translocations, are referred to as copy number variations (CNVs). Compared to single nucleotide polymorphisms (SNPs), CNVs have potentially greater effects on gene structure, dosage and regulation, being an important source of phenotypic variation. In humans, CNVs are widespread in the genome and have been shown to be associated with complex traits. In livestock species, the characterization of this genetic variation is an important step toward linking genes or genomic regions with phenotypic traits of economic importance. Studies in cattle have revealed some CNVs associated with differences in host parasite resistance and breed-specific differences in adaptation, health, and production traits. We report initial data from an analysis of CNVs in Canchim, a synthetic cattle (5/8 Charolais + 3/8 Zebu) that has been selected for meat production in Brazil. Using the PennCNV software and data from 192 Canchim DNA samples with extreme phenotypes for ribeye area, genotyped with Illumina BovineHD BeadChip, a total of 6,985 CNVs were detected. The regions ranged from 20,012bp to 4,157,122bp, with mean and median of 140,484bp and 81,303bp, respectively. Copy number gains (62.09%) were found to be more common than deletions. Gene content of discovered CNVs and functional enrichment analysis are being assessed using Ensembl genes and cattle RefSeq databases, and PANTHER classification system, respectively. We expect to use these findings in genome wide association studies to better understand the genetic variation underlying meat quality in beef cattle.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| 321. |  | RIVA, R. D. D.; LIMA, D. C.; FERNANDES FILHO, E. I.; COSTA, L. M.; VIANA, J. H. M.; SILVA, C. H. C.; NUNES, D. F. Sistemas binários de esferas de vidro e fração de areia de um solo tropical: modelagem de densidade. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MECÂNICA DOS SOLOS E ENGENHARIA GEOTÉCNICA, 15.; CONGRESSO LUSO BRASILEIRO DE GEOTECNIA, 5.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE JOVENS GEOTÉCNICOS, 4.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MECÂNICA DAS ROCHAS, 5., 2010, Gramado. Engenharia geotécnica para o desenvolvimento: inovação e sustentabilidade. Gramado: ABMS, 2010. 1 CD-ROM. COBRAMSEG 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 322. | | LIMA, D. B. C.; SILVA, A. G. da; PROCOPIO, S. de O.; BARROSO, A. L. de L.; DAN, H. de A.; COSTA, E. B.; PEREIRA, A. J. B. Seleção de herbicidas para o controle de plantas voluntárias de soja resistentes ao glyphosate. Revista Brasileira de Herbicidas, Brasília, DF, v. 10, n. 1, p. 1-12, jan./abr. 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 323. | | SILVA, D. L.; LIMA, J. E. D; SOUZA, P. V. L.; MELO, J. W. S.; OLIVEIRA, J. E. de M.; LIMA, D. B. Selectivity of acaricides to Neoseiulus barkeri (Hughes) (Acari: Phytoseiidae). Journal of Applied Entomology, v. 147, n. 10, p. 1014-1023, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 324. | | OLIVEIRA, E. J. de; SANTOS, V. da S.; LIMA, D. S. de; MACHADO, M. D.; LUCENA, R. S.; MOTTA, T. B. N.; CASTELLEN, M. da S. Seleção em progênies de maracujazeiro-amarelo com base em índices multivariados. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 11, p. 1543-1549, nov. 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 326. | | COSTA, R. V. da; CAMPOS, L. J. M.; ALMEIDA, R. E. M. de; PEREIRA, A. A.; BERNARDES, F. P.; LIMA, D. M. Desempenho de híbridos de milho em diferentes épocas de semeadura na safrinha. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 32., 2018, Lavras. Soluções integradas para os sistemas de produção de milho e sorgo no Brasil: resumos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2018. p. 165.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 327. | | COSTA, R. V. da; CAMPOS, L. J. M.; ALMEIDA, R. E. M. de; PEREIRA, A. A.; BERNARDES, F. P.; LIMA, D. M. Desempenho de híbridos de milho em diferentes épocas de semeadura na safrinha. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 32., 2018, Lavras. Soluções integradas para os sistemas de produção de milho e sorgo no Brasil: resumos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2018. p. 165.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 328. | | OLIVEIRA, V. J. dos S. de; LIMA, D. S. de; DANTAS, A. C. V. L.; DANTAS, J. L. L.; SANTOS FILHO, H. P.; OLIVEIRA, E. J. de. Desinfestação de material vegetal para obtenção de colônias puras de Phytophtora palmivora. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA, 4., 2010, Cruz das Almas. [Anais...]. Cruz das Almas: Embrapa Mandioca e Fruticultura, 2010. (Embrapa Mandioca e Fruticultura. Documentos, 190). 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 329. | | LIMA, D. A.; BEZERRA, M. E. O.; SILVA, J. H. O.; FEITOZA, L. de L.; LIMA, P. S. da C.; VALENTE, S. E. dos S. Desenvolvimento de um novo protocolo de extração de DNA em Barbatimão. Revista RG News, v. 4, n. 3, p. 278, 2018. Edição especial dos Anais do V Congresso Brasileiro de Recursos Genéticos, Fortaleza, nov. 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 330. | | SILVA, J. H. O.; GOMES, M. F. da C.; LIMA, D. A.; SA, G. H. de; LIMA, P. S. da C.; VALENTE, S. E. dos S. Desenvolvimento de um novo protocolo de extração de DNA em Jambo-vermelho. Revista RG News, v. 4, n. 3, p. 279, 2018. Edição especial dos Anais do V Congresso Brasileiro de Recursos Genéticos, Fortaleza, nov. 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 331. | | SAMINÊZ, T. C. de O.; RESENDE, F. V.; VIEIRA, J. V.; COUTO, J. R.; PAULA, W. S. de; LIMA, D. de B. Desempenho de cultivares e populações de cenoura em cultivo orgânico no verão do Distrito Federal. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 20, n. 2, jul. 2002. Suplemento 2. 1 CD-ROM. Trabalho apresentado no 42° Congresso Brasileiro de Olericultura, 2002. Publicado também como resumo em: Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 20, n. 2, p. 301, jul. 2002. Suplemento 1.| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 332. | | LIMA, D. S. de; OLIVEIRA, E. J. de; LUCENA, R. S.; MACHADO, M. D.; MOTTA, T. B. N.; DANTAS, J. L. L. Diversidade morfo-agronômica do germoplasma de mamoeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: Incaper, 2009. 1 CD-ROM. pdf 2376| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 333. | | SANTOS, E. E. F.; SANTOS, N. T. dos; LIMA, D. S.; SACRAMENTO, L. S.; SANTOS, M. H. L. C.; MENDES, A. M. S. Efeito da diluição de água salina na salinização de um solo cultivado com leucena. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 32., 2009, Fortaleza. O solo e a produção de bioenergia: perspectivas e desafios. Fortaleza: UFC: SBCS, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 334. | | MACHADO, J. J.; LOURENÇO, Y. dos S.; GIACOMINI, G. X.; LIMA, D. L. de; WOLFF, L. F.; NACHTIGAL, G. de F. Efeito inibitório de extrato de própolis sobre Colletotrichum gloeosporioides. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 6., 2016, Pelotas. Ciência: Empreendedorismo e inovação: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2016. p. 142-| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 336. | | SALLET, L. A. P.; TEIXEIRA, C. A. D.; LIMA, D. K. S.; GAMA, F. de C.; FACUNDO, V. A.; SANTOS, M. R. A. dos. Efeito do extrato de sementes de Syzygium malaccensis Merr. & Perry (Myrtaceae), sobre o crescimento micelial dos fungos associados a Coffea canephora. In: CONGRESSO NACIONAL DE BOTÂNICA, 57.; ENCONTRO ESTADUAL DE BOTÂNICOS, 13.; ENCONTRO ESTADUAL DE HERBÁRIOS, 5., 2006, Gramado. [Anais...]. Porto Alegre, RS: Sociedade Botânica do Brasil, 2006. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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| 337. | | BARILLI, D. R.; WENGRAT, A. P. G. S.; UEMURA-LIMA, D. H.; GAZOLA, D.; WEBER, P.; PIETROWSKI, V.; RINGENBERG, R.; GARCIA, M. da S. Efeito de produto a base de azadiractinano controle de Sitophilus zeamais Mots.1855 (Coleoptera: Curculionidae). Cadernos de Agroecologia, v. 9, n. 1, 2014. Edição dos resumos do I Congresso Paranaense de Agroecologia ?Pinhais/PR?29 e 30/05/2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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