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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
06/04/2020 |
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Data da última atualização: |
20/04/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, F. A. de; VIGNA, B. B. Z.; SILVA, C. C. da; FAVERO, A. P.; MATTA, F. de P.; AZEVEDO, A. L. S.; SOUZA, A. P. de. |
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Afiliação: |
Fernanda A. de Oliveira, UNICAMP; BIANCA BACCILI ZANOTTO VIGNA, CPPSE; Carla C. da Silva, UNICAMP; ALESSANDRA PEREIRA FAVERO, CPPSE; FREDERICO DE PINA MATTA, CPPSE; ANA LUISA SOUSA AZEVEDO, CNPGL; Anete P. de Souza, UNICAMP. |
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Título: |
Coexpression and transcriptome analyses identify active apomixis-related genes in Paspalum notatum leaves. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 21, n. 78, 2020. |
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Páginas: |
15 p. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1186/s12864-020-6518-z |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background - Paspalum notatum exhibits both sexual and apomictic cytotypes and, thus, is considered a good model for studies of apomixis because it facilitates comparative approaches. In this work, transcriptome sequencing was used to compare contrasting P. notatum cytotypes to identify differential expression patterns and candidate genes involved in the regulation of expression of this trait. Results - We built a comprehensive transcriptome using leaf and inflorescence from apomictic tetraploids and sexual diploids/tetraploids and a coexpression network based on pairwise correlations between transcript expression profiles. We identified genes exclusively expressed in each cytotype and genes differentially expressed between pairs of cytotypes. Gene Ontology enrichment analyses were performed to better interpret the data. We de novo assembled 114,306 reference transcripts. In total, 536 candidate genes possibly associated with apomixis were detected through statistical analyses of the differential expression data, and several interacting genes potentially linked to the apomixis-controlling region, genes that have already been reported in the literature, and their neighbors were transcriptionally related in the coexpression network. Conclusions - Apomixis is a highly desirable trait in modern agriculture due to the maintenance of the characteristics of the mother plant in the progeny. The reference transcriptome, candidate genes and their coexpression network identified in this work represent rich resources for future grass breeding programs. MenosBackground - Paspalum notatum exhibits both sexual and apomictic cytotypes and, thus, is considered a good model for studies of apomixis because it facilitates comparative approaches. In this work, transcriptome sequencing was used to compare contrasting P. notatum cytotypes to identify differential expression patterns and candidate genes involved in the regulation of expression of this trait. Results - We built a comprehensive transcriptome using leaf and inflorescence from apomictic tetraploids and sexual diploids/tetraploids and a coexpression network based on pairwise correlations between transcript expression profiles. We identified genes exclusively expressed in each cytotype and genes differentially expressed between pairs of cytotypes. Gene Ontology enrichment analyses were performed to better interpret the data. We de novo assembled 114,306 reference transcripts. In total, 536 candidate genes possibly associated with apomixis were detected through statistical analyses of the differential expression data, and several interacting genes potentially linked to the apomixis-controlling region, genes that have already been reported in the literature, and their neighbors were transcriptionally related in the coexpression network. Conclusions - Apomixis is a highly desirable trait in modern agriculture due to the maintenance of the characteristics of the mother plant in the progeny. The reference transcriptome, candidate genes and their coexpression network identified in thi... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Differential expression; Gene coexpression network; RNA sequencing. |
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Thesaurus Nal: |
Apomixis; Paspalum. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/212171/1/CoexpressionTranscriptomeAnalyses.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1129868/1/Coexpression-and-transcriptome-analyses-identify-active-apomixis-related-genes-in-Paspalum.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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| Registros recuperados : 91 | |
| 61. |  | MAGRINI, V.; DIAS, M.; COSTA, A. C. da S.; SOUZA, G. B. de; MATTA, F. de P.; VIGNA, B. B. Z.; FAVERO, A. P. A espectroscopia de refletância no infravermelho próximo e a interação genótipo x ambiente. In: ENCONTRO LATINO AMERICANO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 17.; ENCONTRO LATINO AMERICANO DE PÓS GRADUAÇÃO, 13.; ENCONTRO LATINO AMERICANO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA JÚNIOR,7.; ENCONTRO DE INICIAÇÃO À DOCÊNCIA, 3., 2013., São José dos Campos. Anais... São José dos Campos: UNIVAP, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 62. | | MARCOS. M. F.; JANK, L.; MORI, I. K.; PEREIRA, E. dos S.; SOUZA, F. H. D. de; MATTA, F. de P. Estabelecimento de Acessos de Paspalum ssp. para gramados. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON FORAGE BREEDING, 3., 2011, Bonito, MS. Breeding forage for climate change adaptation and mitigation - eco-efficient animal produtction: proceedings. [Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte], 2011. 195-198 1 CD-ROM| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 63. | | MARCOS. M. F.; JANK, L.; MORI, I. K.; PEREIRA, E. dos S.; SOUZA, F. H. D. de; MATTA, F. de P. Estabelecimento de Acessos de Paspalum ssp. para gramados. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON FORAGE BREEDING, 3., 2011, Bonito, MS. Breeding forage for climate change adaptation and mitigation - eco-efficient animal produtction: proceedings. [Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte], 2011. 195-198 1 CD-ROM| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 64. | | VIGNA, B. B. Z.; FAVERO, A. P.; OLIVEIRA, F. R. de; AZEVEDO, A. L. S.; RUSCITO, M. M.; GUSMAO, M. R.; MATTA, F. de P. Conteúdo de DNA, tamanho e número de estômatos de seis acessos de Paspalum Notatum Flüggé (Poaceae). In: CONGRESSO NACIONAL DE BOTÂNICA, 66., 2015, Santos. Botânica em transformação: livro de resumos. Brasília, DF: Sociedade Botânica do Brasil, 2015. p.805| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 65. | | OLIVEIRA, F. A. de; VIGNA, B. B. Z.; SILVA, C. C. da; FAVERO, A. P.; MATTA, F. de P.; AZEVEDO, A. L. S.; SOUZA, A. P. de. Coexpression and transcriptome analyses identify active apomixis-related genes in Paspalum notatum leaves. BMC Genomics, v. 21, n. 78, 2020. 15 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 66. | | TESK, C. R. M.; ABREU, J. G. de; PEREIRA, D. H.; SOLLENBERGER, L. E.; MATTA, F. de P.; PEDREIRA, B. C. e. Herbage accumulation, canopy characteristics, and nutritive value of tropical grasses in the Amazon biome. Crop Science, v. 60, n. 5, p. 2782-2791, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 68. | | SANTOS, L. N. S. dos; ALVES, F. R.; BELAN, L. L.; CABRAL, P. D. S.; MATTA, F. de P.; JESUS JÚNIOR, W. C. de; MORAES, W. B. de. Damage quantification and reaction of bean genotypes (Phaseolus vulgaris L.) to Meloidogyne incognita race 3 and M. javanica. Summa Phytopathology, Botucatu, v. 38, n. 1, p. 24-29, mar. 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 69. | | OLIVEIRA F. A. DE; AONO, A. H.; VIGNA, B. B. Z.; FAVERO, A. P.; MATTA, F. de P.; SOUZA, A. P. DE. Deciphering the molecular mechanisms of apomixis in polyploid Paspalum species with a SNP-based approach. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 66.; SIMPÓSIO DE CITOGENÉTICA E GENÉTICAS DE PEIXES, 19.; REUNIÃO DE GENÉTICA DE MICRORGANISMOS, 32.; CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE GENÉTICA PARA CONSERVAÇÃO, 2., 2021. [Abstracts]. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2021. p. 463.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 71. | | AMARAL, M. B.; RIBEIRO, T. G.; ALVES, G. C.; COELHO, M. R. R.; MATTA, F. de P.; BALDANI, J. I.; BALDANI, V. L. D. The occurrence of rhizobacteria from Paspalum genotypes and their effects on plant growth. Scientia Agricola, v. 79, n. 2, e20200240, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 73. | | CABRAL, P. D. S.; SOARES, T. C. B.; GONÇALVES, L. S. A.; AMARAL JUNIOR A. T. do; LIMA, A. B. P.; RODRIGUES, R.; MATTA, F. de P. Quantification of the diversity among common bean accessions using Ward-MLM strategy. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 45, n. 10, p. 1124-1132, nov. 2010 Título em português: Quantificação da diversidade entre acessos de feijoeiro?comum com uso da estratégia Ward?MLM.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 74. | | GUSMAO, M. R.; VALERIO, J. R.; MATTA, F. de P.; SOUZA, F. H. D. de; VIGNA, B. B. Z.; FAVERO, A. P.; BARIONI JUNIOR, W.; INÁCIO, G. R. Warm-Season (C4) Turfgrass Genotypes Resistant to Spittlebugs (Hemiptera: Cercopidae). Journal of Economic Entomology, v. 109, n. 4, p. 1914–1921, August 2016| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 75. | | NOBOA, C. S.; SILVA, I. T. de O.; VALE, J. P. I. do; SOUZA, F. H. D. de; MATTA, F. de P.; VIGNA, B. B. Z.; GUSMAO, M. R. Antixenose em genótipos de Paspalum notatum à cigarrinha Mahanarva spectabilis (Hemipetera: Cercopidae). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FITOSSANIDADE, 4., 2017, Uberaba. Anais... Uberaba: CONBRAF, 2017. p.209.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 76. | | BARROS, J. DA S.; GOMES, V. C.; MEIRELLES, P. R. DE L.; MATTA, F. de P.; PARIZ, C. M.; CASTILHOS, A. M. DE; GOMES, T. G. DE J.; COSTA, C. Correlation of shear strength and physicochemical properties as a criterion for the selection of accessions of Paspalum grasses. Acta Scientiarum-Agronomy, v. 45, e56280, 2022. 9 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 77. | | MATTA, F. de P.; FAVERO, A. P.; VIGNA, B. B. Z.; CAVALLARI, M. M.; ALVES, F.; OLIVEIRA, F. A. de; SOUZA, A. P. de; POZZOBON, M. T.; AZEVEDO, A. L. S.; GUSMAO, M. R. Characterization of Paspalum genotypes for turfgrass cultivars development. Crop Science, v. 64, n. 3, may/jun. 2024. p. 1928-1941.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 78. | | COSTA, A. C. S. da; MAGRINI, V.; GRACIANO, C. P.; MARQUES, G.; FERREIRA, R. H.; SHITARA, D. D.; PAULA, A. F. de; FAVERO, A. P.; MATTA, F. de P.; VIGNA, B. B. Z. Caracterização agronômica de 25 acessos do gênero Paspalum. In:CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., Uberlândia: SBMP; Viçosa: UFV, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 79. | | LIMA, N. D.; VERZIGNASSI, J. R.; LIBÓRIO, C. B.; FERNANDES, C. D.; MATTA, F. de P.; CORADO, H. S.; JESUS, L. de; SILVA, M. A. da; QUETEZ, F. A.; MOTA, W. C.; RIBEIRO, G. S. Regulador de crescimento e fertilizante foliar no tratamento de sementes e da parte aérea de Paspalum regnellii CV. BRS Guará. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SEMENTES, 20., 2017, Foz do Iguaçu. Informativo Abrates, v. 27, n. 2, p. 311, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 80. | | OLIVEIRA, E. J. de; GARCIA, A. A. F.; MUNHOZ, C. de F.; MARGARIDO, G. R. A.; CONSOLI, L.; MATTA, F. de P.; MORAES, M. C. de; ZUCCHI, M. I.; FUNGARO, M. H. P.; VIEIRA, M. L. C. Integração de mapas genético-moleculares de maracujá-amarelo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 4., 2007, São Lourenço. São Lourenço:[s.n.], 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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