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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
26/11/2015 |
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Data da última atualização: |
15/03/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CARVALHEIRO, R.; BUZANSKAS, M. E.; ROSA, J. O.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; MOKRY, F. B.; MARCONDES, C. R.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. |
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Afiliação: |
TATIANE C. S. CHUD, UNESP; RICARDO V. VENTURA, UNESP; FLAVIO S. SCHENKEL, University of Guelph; ROBERTO CARVALHEIRO, UNESP; MARCOS E. BUZANSKAS, UNESP; JAQUELINE O. ROSA, UNESP; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CPPSE; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; FABIANA B. MOKRY, Federal University of São Carlos; CINTIA RIGHETTI MARCONDES, CPPSE; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; DANÍSIO P. MUNARI, UNESP. |
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Título: |
Strategies for genotype imputation in composite beef cattle. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 16, n. 99, 2015. |
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Páginas: |
10 p. |
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DOI: |
10.1186/s12863-015-0251-7 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genotype imputation has been used to increase genomic information, allow more animals in genome-wide analyses, and reduce genotyping costs. In Brazilian beef cattle production, many animals are resulting from crossbreeding and such an event may alter linkage disequilibrium patterns. Thus, the challenge is to obtain accurately imputed genotypes in crossbred animals. The objective of this study was to evaluate the best fitting and most accurate imputation strategy on the MA genetic group (the progeny of a Charolais sire mated with crossbred Canchim X Zebu cows) and Canchim cattle. The data set contained 400 animals (born between 1999 and 2005) genotyped with the Illumina BovineHD panel. Imputation accuracy of genotypes from the Illumina-Bovine3K (3K), Illumina-BovineLD (6K), GeneSeek-Genomic-Profiler (GGP) BeefLD (GGP9K), GGP-IndicusLD (GGP20Ki), Illumina-BovineSNP50 (50K), GGP-IndicusHD (GGP75Ki), and GGP-BeefHD (GGP80K) to Illumina-BovineHD (HD) SNP panels were investigated. Seven scenarios for reference and target populations were tested; the animals were grouped according with birth year (S1), genetic groups (S2 and S3), genetic groups and birth year (S4 and S5), gender (S6), and gender and birth year (S7). Analyses were performed using FImpute and BEAGLE software and computation run-time was recorded. Genotype imputation accuracy was measured by concordance rate (CR) and allelic R square (R2). |
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Palavras-Chave: |
Canchim breed; Crossbred cattle; Genomic data; Low density panel. |
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Thesaurus Nal: |
single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/134135/1/regitano4.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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| Registros recuperados : 160 | |
| 21. |  | RIBEIRO, A. R. B.; PAÇO, A. L.; MAFFEI, W. E.; FEIJO, V. A.; MARCONDES, C. R. Estudo da reatividade na raça canchim com o uso de diferentes metodologias de avaliação. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOÉTICA E BEM-ESTAR ANIMAL, 4., 2017, Porto Alegre, RS. Bem-estar e dor: interesse em não sofrer. Brasilia, DF: Conselho Federal de Medicina Veterinária, 2017. p. 180.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 23. | | MARCONDES, C. R.; VOZZI, P. A.; MARQUES, L. C.; FATURI, C.; MARQUES, J. R. F. Mating optimization within a carabao herd (Bubalus bubalis kerebao) based on pedigree analysis. Revista Veterinaria, v. 21, supl. 1, p. 401-403, 2010. Proceeding of World Buffalo Congress, 9., 2010, Buenos Aires.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 25. | | FRANCISCO, V. C.; TULLIO, R. R.; MARCONDES, C. R.; PFLANZER, S. B.; NASSU, R. T. Meat quality, aroma profile and consumer preference of dry - aged beef. In: RECIPROCAL MEAT CONFERENCE, 2019, Fort Collins, Colorado. Proceedings... Fort Collins, Colorado: American Meat Science Association, 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 26. | | RIBEIRO, A. R. B.; MARCONDES, C. R.; SOUZA, V. A. F. de; BÜRGNER, A. L. P. Relação entre escores de reatividade e altura do rodamoinho na face de bovinos da raça Canchim. In:ENCONTRO ANUAL DE ETOLOGIA, 36., Ouro Preto, MG. Anais... Ouro Preto, MG: SBE, 2018. p.35. Ouro Preto, MG, 15 a 18 de novembro de 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 29. | | FRANCISCO, V. C.; LAZARINI, G.; MAURÍCIO, R. A.; OKUMURA, F.; TULLIO, R. R.; MARCONDES, C. R.; NASSU, R. T. Avaliação da preferência de carne bovina fresca ou maturada a seco ("dry-aged") de animais Canchim. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA SÃO CARLOS, 11., 2019, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Pecuária Sudeste: Embrapa Instrumentação, 2019. p. 34 (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 134).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 30. | | ARAÚJO, R. O. de; MARCONDES, C. R.; WEBER, T.; EVERLING, D. M.; VOZZI, P. A.; RORATO, P. R. N. Abordagem bayesiana para associações genéticas entre indicadores de produtividade para fêmeas nelore. In: ZOOTEC NA AMAZÔNIA LEGAL, 1.; CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 20., 2010, Palmas. Sustentabilidade e produção animal. Palmas: UFT: ABZ, [2010]. Zootec 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 32. | | PORTILHO, A. I.; GIGLIOTI, R.; OLIVEIRA, H. N. de; MARCONDES, C. R.; OKINO, C. H.; OLIVEIRA, M. C. de S. Associação entre os níveis de infecção por Babesia bovis e Babesia bigemina em amostras de sangue e carrapatos Rhipicephalus microplus colhidos em bovinos da raça Canchim. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA SÃO CARLOS, 9., 2017, São Carlos, SP. Anais... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Instrumentação, 2017. p. 37. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 126). Editores técnicos: Alexandre Berndt, Ana Rita Araujo Nogueira, Bianca Baccili Zanotto Vigna, Juliana Gonçalves Costa, Lea Chapaval, Manuel Antonio Chagas Jacinto, Patricia Menezes Santos.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 33. | | MARCONDES, C. R.; ARAÚJO, R. O.; VOZZI, P. A.; GUNSKI, R. J.; GARNERO, A. DEL V.; LÔBO, R. Análise bayesiana do índice perímetro escrotal/peso de animais Nelore do Estado do Tocantins, Brasil. Archivos de Zootecnia, v. 60, n. 232, p. 871-882, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 34. | | ANDRÉA, M. V.; CERQUEIRA, R. S.; MARCONDES, C. R.; MACEDO JUNIOR, C. M.; SANTOS, D. R.; OLIVEIRA, K. N. Correlations between linear measurements and milk production in Murrah buffaloes. Revista Veterinaria, v. 21, supl. 1, p. 355-357, 2010. Proceeding of World Buffalo Congress, 9., 2010, Buenos Aires.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 35. | | CHAVES, R.; MÉO FILHO, P. de; SAKAMOTO, L. S.; ANDRADE, A.; FUENTES, B.; MARCONDES, C. R.; BERNDT, A. Comparação entre linhagens da raça Canchim quanto às características de carcaça. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA SÃO CARLOS, 10., 2018, São Carlos, SP. Anais... São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação; Embrapa Pecuária Sudeste, 2018. p. 17. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 68). Editores técnicos: Daniel Souza Corrêa, Elaine Cristina Paris, Maria Alice Martins, Paulino Ribeiro Villas Boas, Wilson Tadeu Lopes da Silva.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 36. | | ROMANELLO, N.; BARRETO, A. DO N.; SOUSA, M. A. DE P.; TONATO, F.; MARCONDES, C. R.; GARCIA, A. R. Características ecográficas do parênquima testicular de touros mantidos em pastagens de Integração-Lavoura-Pecuária-Floresta em clima tropical. In: REUNIÃO ANUAL DA ABRAA, 5., 2021, Campo Grande, MS. Anais... Campo Grande, MS: UFMS, 2021. p.202-205.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 37. | | FERREIRA, A. M. C.; MARCONDES, C. R.; DAME, M. C. F.; KERCHMER, A. C.; SANTOS, C. da S. dos. Descrição do nível de produção dos rebanhos de búfalas leiteiras da região Sul. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 4., 2012, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2012. p. 46. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 56).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 38. | | GARNERO, A. DEL V.; ALBUQUERQUE, N. I. de; LE PENDU, I.; GUIMARÃES, D. A. de A.; MARCONDES, C. R. Curva de crescimento do caititu (Tayassu tajacu) criado em cativeiro na Amazônia. Hífen, Uruguaiana, v. 32, n. 61, p. 41, I sem. 2008. Resumos apresentados no VIII Salão de Iniciação Científica - Ed. Internacional, VIII Mostra Científica - Ed. Internacional e I Feira de Extensão - Ed. Internacional, Uruguaiana, 2008.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 39. | | MATOS, A. S.; FIGUEIRO, M. R.; BRITO, L. G.; MARCONDES, C. R.; MARQUES, J. R. F.; PAZ, C. C. da. Desenvolvimento ponderal e correlação com produção de leite em rebanho de búfalas sob controle leiteiro no estado de Rondônia. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 46., 2009, Maringá. Inovação científica e tecnológica em zootecnia: anais dos resumos. Maringa: SBZ: UEM, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 40. | | OLIVEIRA, K. N. de; MARCONDES, C. R.; MARQUES, J. R. F.; CERQUEIRA, R. S.; ANDREA, M. V. Diagnosis of buffalo breeding farms in the Recôncavo Baiano for genetic improvement program. In: SIMPÓSIO DE BÚFALOS DAS AMÉRICAS, 5.; EUROPE AND AMERICA'S BUFFALO SYMPOSIUM, 4., 2009, Pedro Leopoldo. Anais... Belo Horizonte: CBRA, 2009. p. 111. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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