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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Pantanal. |
Data corrente: |
07/10/2020 |
Data da última atualização: |
09/10/2020 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
MALOSSI, C. D.; FIORATTI, E. G.; CARDOSO, J. F.; MAGRO, A. J.; KROON, E. G.; AGUIAR, D. M. de; BORGES, A. M. C. M; NOGUEIRA, M. F.; ULLMANN, L. S.; ARAUJO JUNIOR, J. P. |
Afiliação: |
CAMILA DANTAS MALOSSI, São Paulo State University (Unesp), Botucatu; EDUARDO GORZONI FIORATTI, Vales do Jequitinhonha e Mucuri Federal University (UFVJM); JEDSON FERREIRA CARDOSO, Evandro Chagas Institute, Ananindeua; ANGELO JOSE MAGRO, São Paulo State University, Unesp, Botucatu; ERNA GEESSIEN KROON, Universidade Federal de Minas Gerais; DANIEL MOURA DE AGUIAR, Mato Grosso Federal University, Cuiabá; ALICE MAMEDE COSTA MARQUE BORGES, Mato Grosso Federal University, Cuiabá; MARCIA FURLAN NOGUEIRA T DE LIMA, CPAP; LEILA SABRINA ULLMANN, São Paulo State University, Unesp; JOÃO PESSOA ARAUJO JUNIOR, São Paulo State University, Unesp. |
Título: |
High genomic variability in Equine Infectious Anemia Virus obtained from naturally infected horses in Pantanal, Brazil: an endemic region case. |
Ano de publicação: |
2020 |
Fonte/Imprenta: |
Viruses, v. 12, n. 2, 207, p. 1-15, 2020. |
DOI: |
10.3390/v12020207 |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
Equine infectious anemia virus (EIAV) is a persistent lentivirus that causes equine infectiousanemia (EIA). In Brazil, EIAV is endemic in the Pantanal region, and euthanasia is not mandatory inthis area. All of the complete genomic sequences from field viruses are from North America, Asia, and Europe, and only proviral genomic sequences are available. Sequences from Brazilian EIAVare currently available only forgagand LTR regions. Thus, the present study aimed for the first time to sequence the entire EIAV genomic RNA in naturally infected horses from an endemic areain Brazil. RNA in plasma from naturally infected horses was used for next-generation sequencing(NGS), and gaps were filled using Sanger sequencing methodology. Complete viral genomes of EIAV from two horses were obtained and annotated (Access Number: MN560970 and MN560971). Putative genes were analyzed and compared with previously described genes, showing conservation in gag and pol genes and high variations in LTR and env sequences. Amino acid changes were identified in the p26 protein, one of the most common targets used for diagnosis, and p26 molecular modelling showed surface amino acid alterations in some epitopes. Brazilian genome sequences presented 88.6% nucleotide identity with one another and 75.8 to 77.3% with main field strains, such as EIAV Liaoning,Wyoming, Ireland, and Italy isolates. Furthermore, phylogenetic analysis suggested that this Brazilians train comprises a separate monophyletic group. These results may help to better characterize EIAV and to overcome the challenges of diagnosing and controlling EIA in endemic regions. MenosEquine infectious anemia virus (EIAV) is a persistent lentivirus that causes equine infectiousanemia (EIA). In Brazil, EIAV is endemic in the Pantanal region, and euthanasia is not mandatory inthis area. All of the complete genomic sequences from field viruses are from North America, Asia, and Europe, and only proviral genomic sequences are available. Sequences from Brazilian EIAVare currently available only forgagand LTR regions. Thus, the present study aimed for the first time to sequence the entire EIAV genomic RNA in naturally infected horses from an endemic areain Brazil. RNA in plasma from naturally infected horses was used for next-generation sequencing(NGS), and gaps were filled using Sanger sequencing methodology. Complete viral genomes of EIAV from two horses were obtained and annotated (Access Number: MN560970 and MN560971). Putative genes were analyzed and compared with previously described genes, showing conservation in gag and pol genes and high variations in LTR and env sequences. Amino acid changes were identified in the p26 protein, one of the most common targets used for diagnosis, and p26 molecular modelling showed surface amino acid alterations in some epitopes. Brazilian genome sequences presented 88.6% nucleotide identity with one another and 75.8 to 77.3% with main field strains, such as EIAV Liaoning,Wyoming, Ireland, and Italy isolates. Furthermore, phylogenetic analysis suggested that this Brazilians train comprises a separate monophyletic group. Th... Mostrar Tudo |
Thesagro: |
Anemia Infecciosa; Doença Animal; Eqüino; Vírus. |
Thesaurus Nal: |
Endemic diseases; Equine infectious anemia virus. |
Categoria do assunto: |
P Recursos Naturais, Ciências Ambientais e da Terra |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/216482/1/HighGenomicVariability-2020.pdf
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Marc: |
LEADER 02584naa a2200313 a 4500 001 2125345 005 2020-10-09 008 2020 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.3390/v12020207$2DOI 100 1 $aMALOSSI, C. D. 245 $aHigh genomic variability in Equine Infectious Anemia Virus obtained from naturally infected horses in Pantanal, Brazil$ban endemic region case.$h[electronic resource] 260 $c2020 520 $aEquine infectious anemia virus (EIAV) is a persistent lentivirus that causes equine infectiousanemia (EIA). In Brazil, EIAV is endemic in the Pantanal region, and euthanasia is not mandatory inthis area. All of the complete genomic sequences from field viruses are from North America, Asia, and Europe, and only proviral genomic sequences are available. Sequences from Brazilian EIAVare currently available only forgagand LTR regions. Thus, the present study aimed for the first time to sequence the entire EIAV genomic RNA in naturally infected horses from an endemic areain Brazil. RNA in plasma from naturally infected horses was used for next-generation sequencing(NGS), and gaps were filled using Sanger sequencing methodology. Complete viral genomes of EIAV from two horses were obtained and annotated (Access Number: MN560970 and MN560971). Putative genes were analyzed and compared with previously described genes, showing conservation in gag and pol genes and high variations in LTR and env sequences. Amino acid changes were identified in the p26 protein, one of the most common targets used for diagnosis, and p26 molecular modelling showed surface amino acid alterations in some epitopes. Brazilian genome sequences presented 88.6% nucleotide identity with one another and 75.8 to 77.3% with main field strains, such as EIAV Liaoning,Wyoming, Ireland, and Italy isolates. Furthermore, phylogenetic analysis suggested that this Brazilians train comprises a separate monophyletic group. These results may help to better characterize EIAV and to overcome the challenges of diagnosing and controlling EIA in endemic regions. 650 $aEndemic diseases 650 $aEquine infectious anemia virus 650 $aAnemia Infecciosa 650 $aDoença Animal 650 $aEqüino 650 $aVírus 700 1 $aFIORATTI, E. G. 700 1 $aCARDOSO, J. F. 700 1 $aMAGRO, A. J. 700 1 $aKROON, E. G. 700 1 $aAGUIAR, D. M. de 700 1 $aBORGES, A. M. C. M 700 1 $aNOGUEIRA, M. F. 700 1 $aULLMANN, L. S. 700 1 $aARAUJO JUNIOR, J. P. 773 $tViruses$gv. 12, n. 2, 207, p. 1-15, 2020.
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Registro original: |
Embrapa Pantanal (CPAP) |
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URL |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Pesca e Aquicultura. |
Data corrente: |
01/06/2022 |
Data da última atualização: |
22/08/2022 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
Autoria: |
ATAIDES, K. da S.; SHIOTSUKI, L.; GARCIA, B. F.; SILVA, D. A.; VARGAS, G.; CARVALHEIRO, R. |
Afiliação: |
KÉTULY DA SILVA ATAIDES, UNESP, Jaboticabal-SP; LUCIANA SHIOTSUKI, CNPASA; BALTASAR FERNANDES GARCIA, UNESP, Jaboticabal-SP; DELVAN ALVES SILVA, UNESP, Jaboticabal-SP; GIOVANA VARGAS, UNESP, Jaboticabal-SP; ROBERTO CARVALHEIRO, UNESP, Jaboticabal-SP. |
Título: |
Impacto do efeito de ambiente comum em características morfométricas de tambaqui (Colossoma macropomum) avaliadas aos 6 e 12 meses de idade. |
Ano de publicação: |
2021 |
Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 14., 2021, Santa Catarina. Passado, presente e futuro: anais. Santa Catarina: Sociedade Brasileira de Melhoramento Animal, 2021. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
Dados de dezoito famílias criadas na Embrapa Pesca e Aquicultura, Palmas-TO, foram utilizados com o objetivo de analisar o impacto do ambiente comum em características morfométricas do tambaqui. Os animais foram criados separados por família e em densidades variáveis até os 5 meses de idade, quando então foram identificados e passaram a ser criados coletivamente em 4 viveiros escavados. As medidas morfométricas consideradas foram comprimento padrão, altura e área da cabeça, sendo obtidas, em média, aos 6 e 12 meses de idade, constituindo-se nas biometrias 1 e 2, respectivamente. Os componentes de variância e parâmetros de interesse foram estimados usando o método de Máxima Verossimilhança Restrita (REML), com a aplicação de 3 diferentes modelos estatísticos. A estimativa da proporção da variância do efeito de ambiente comum em relação à variância fenotípica (c2) para os diferentes modelos variou de 0,28 à 0,43 na biometria 1, e de 0,03 à 0,23 na biometria 2. Na biometria 1, houve indícios de confundimento entre os efeitos de ambiente comum e genético aditivo, resultando em herdabilidades subestimadas nos modelos que incluíram o efeito de ambiente comum. Na biometria 2, houve indícios de que o efeito de ambiente comum foi diluído. Com isso, concluiu-se que o efeito de ambiente comum pode ter impacto negativo na estimação da herdabilidade quando as diferenças ambientais não são controladas, mas que, por outro lado, esse efeito tende a reduzir com o avançar da idade do animal. |
Palavras-Chave: |
Ambiente comum; Herdabilidade; Morfometria. |
Thesagro: |
Colossoma Macropomum; Melhoramento Genético Animal; Peixe; Tambaqui. |
Thesaurus NAL: |
Animal breeding; Environmental factors; Fish; Heritability; Morphometry. |
Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1143601/1/sbma-2021.pdf
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Marc: |
LEADER 02602nam a2200313 a 4500 001 2143601 005 2022-08-22 008 2021 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aATAIDES, K. da S. 245 $aImpacto do efeito de ambiente comum em características morfométricas de tambaqui (Colossoma macropomum) avaliadas aos 6 e 12 meses de idade.$h[electronic resource] 260 $aIn: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 14., 2021, Santa Catarina. Passado, presente e futuro: anais. Santa Catarina: Sociedade Brasileira de Melhoramento Animal$c2021 520 $aDados de dezoito famílias criadas na Embrapa Pesca e Aquicultura, Palmas-TO, foram utilizados com o objetivo de analisar o impacto do ambiente comum em características morfométricas do tambaqui. Os animais foram criados separados por família e em densidades variáveis até os 5 meses de idade, quando então foram identificados e passaram a ser criados coletivamente em 4 viveiros escavados. As medidas morfométricas consideradas foram comprimento padrão, altura e área da cabeça, sendo obtidas, em média, aos 6 e 12 meses de idade, constituindo-se nas biometrias 1 e 2, respectivamente. Os componentes de variância e parâmetros de interesse foram estimados usando o método de Máxima Verossimilhança Restrita (REML), com a aplicação de 3 diferentes modelos estatísticos. A estimativa da proporção da variância do efeito de ambiente comum em relação à variância fenotípica (c2) para os diferentes modelos variou de 0,28 à 0,43 na biometria 1, e de 0,03 à 0,23 na biometria 2. Na biometria 1, houve indícios de confundimento entre os efeitos de ambiente comum e genético aditivo, resultando em herdabilidades subestimadas nos modelos que incluíram o efeito de ambiente comum. Na biometria 2, houve indícios de que o efeito de ambiente comum foi diluído. Com isso, concluiu-se que o efeito de ambiente comum pode ter impacto negativo na estimação da herdabilidade quando as diferenças ambientais não são controladas, mas que, por outro lado, esse efeito tende a reduzir com o avançar da idade do animal. 650 $aAnimal breeding 650 $aEnvironmental factors 650 $aFish 650 $aHeritability 650 $aMorphometry 650 $aColossoma Macropomum 650 $aMelhoramento Genético Animal 650 $aPeixe 650 $aTambaqui 653 $aAmbiente comum 653 $aHerdabilidade 653 $aMorfometria 700 1 $aSHIOTSUKI, L. 700 1 $aGARCIA, B. F. 700 1 $aSILVA, D. A. 700 1 $aVARGAS, G. 700 1 $aCARVALHEIRO, R.
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Registro original: |
Embrapa Pesca e Aquicultura (CNPASA) |
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