Data/hora: 22/06/2024 00:31:44

Biblioteca(s): | Embrapa Unidades Centrais.
Data corrente: | 06/03/2014
Data da última atualização: | 06/07/2017
Autoria: | MACHADO, E. L.; SILVA, S. A.
Afiliação: | Edna Lôbo Machado, Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, Centro de Ciências Agrárias, Ambientais e Biológicas, Núcleo de Melhoramento Genético e Biotecnologia; Simone Alves Silva, Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, Centro de Ciências Agrárias, Ambientais e Biológicas, Núcleo de Melhoramento Genético e Biotecnologia.
Título: | Desenho e validação de iniciadores microssatélites SSR para mamoneira.
Ano de publicação: | 2013
Fonte/Imprenta: | Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 48, n. 11, p. 1457-1463, nov. 2013.
Idioma: | Português
Notas: | Título em inglês: Design and validation of SSR microsatellite primers for castor bean.
Conteúdo: | O objetivo deste trabalho foi desenhar, validar e otimizar pares de iniciadores microssatélites SSR para mamoneira. O desenho dos pares de iniciadores foi feito por meio do aplicativo Websat, a partir de sequências depositadas no GenBank do National Center for Biotechnology Information (GenBank/NCBI), e a sua qualidade foi aferida com uso do aplicativo web NetPrimer. Foram utilizadas diferentes concentrações de DNA, cloreto de magnésio, pares de iniciadores, dNTPs e temperatura de anelamento para otimização das condições de PCR. Um total de 30 pares de iniciadores SSR foi desenhado, sintetizado e otimizado. O gel de agarose foi utilizado para detecção dos produtos amplificados, e o gel desnaturante de poliacrilamida, na otimização das condições de PCR e na identificação de polimorfismo. Os pares de iniciadores apresentaram percentagem média de guanina/citosina (GC) igual a 47,29% e produtos amplificados com tamanhos entre 128 e 381 pb. Vinte e nove pares de iniciadores SSR (96,7%) foram validados, dos quais nove foram polimórficos (23,3%). As concentrações otimizadas para amplificação são: DNA, 25 ng; cloreto de magnésio, 1,2 mmol L&#8209;1; iniciadores Forward e Reverse, 0,4 mmol L&#8209;1; dNTPs, 0,1 mmol L&#8209;1; e temperatura de anelamento, 62 a 64ºC. As ferramentas de bioinformática Websat e Net Primer podem ser utilizadas para desenvolver iniciadores microssatélites de qualidade, para a mamoneira, a partir de sequências depositadas no GenBank/NCBI.
Palavras-Chave: | GenBank/NCBI.
Thesagro: | Genoma; Ricinus communis.
Thesaurus Nal: | Genome.
Categoria do assunto: | --
URL: | http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/98681/1/Desenho-e-validacao-de-iniciadores.pdf
Registro original: | Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE)
Exemplares: | AI-SEDE - (55888-1) - UPE - AP - PP - 630.72081 - P474 -  - DIS