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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
10/06/2015 |
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Data da última atualização: |
02/03/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
VERARDO, L. L.; SILVA, F. F.; VARONA, L.; RESENDE, M. D. V. de; BASTIAANSEN, J. W. M.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F. |
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Afiliação: |
UFV; UFV; Universidad de Zaragoza; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Wageningen University; UFV; UFV. |
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Título: |
Bayesian GWAS and network analysis revealed new candidate genes for number of teats in pigs. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Applied Genetics, v. 56, n. 1, p. 123-132, Feb. 2015. |
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DOI: |
10.1007/s13353-014-0240-y |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The genetic improvement of reproductive traits such as the number of teats is essential to the success of the pig industry. As opposite to most SNP association studies that consider continuous phenotypes under Gaussian assumptions, this trait is characterized as a discrete variable, which could potentially follow other distributions, such as the Poisson. Therefore, in order to access the complexity of a counting random regression considering all SNPs simultaneously as covariate under a GWAS modeling, the Bayesian inference tools become necessary. Currently, another point that deserves to be highlighted in GWAS is the genetic dissection of complex phenotypes through candidate genes network derived from significant SNPs. We present a full Bayesian treatment of SNP association analysis for number of teats assuming alternatively Gaussian and Poisson distributions for this trait. Under this framework, significant SNP effects were identified by hypothesis tests using 95 % highest posterior density intervals. These SNPs were used to construct associated candidate genes network aiming to explain the genetic mechanism behind this reproductive trait. The Bayesian model comparisons based on deviance posterior distribution indicated the superiority of Gaussian model. In general, our results suggest the presence of 19 significant SNPs, which mapped 13 genes. Besides, we predicted gene interactions through networks that are consistent with the mammals known breast biology (e.g., development of prolactin receptor signaling, and cell proliferation), captured known regulation binding sites, and provided candidate genes for that trait (e.g., TINAGL1 and ICK). MenosThe genetic improvement of reproductive traits such as the number of teats is essential to the success of the pig industry. As opposite to most SNP association studies that consider continuous phenotypes under Gaussian assumptions, this trait is characterized as a discrete variable, which could potentially follow other distributions, such as the Poisson. Therefore, in order to access the complexity of a counting random regression considering all SNPs simultaneously as covariate under a GWAS modeling, the Bayesian inference tools become necessary. Currently, another point that deserves to be highlighted in GWAS is the genetic dissection of complex phenotypes through candidate genes network derived from significant SNPs. We present a full Bayesian treatment of SNP association analysis for number of teats assuming alternatively Gaussian and Poisson distributions for this trait. Under this framework, significant SNP effects were identified by hypothesis tests using 95 % highest posterior density intervals. These SNPs were used to construct associated candidate genes network aiming to explain the genetic mechanism behind this reproductive trait. The Bayesian model comparisons based on deviance posterior distribution indicated the superiority of Gaussian model. In general, our results suggest the presence of 19 significant SNPs, which mapped 13 genes. Besides, we predicted gene interactions through networks that are consistent with the mammals known breast biology (e.g., developme... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Counting data; Inferência Bayesiana; SNP association; Teta de porco; Trato reprodutivo. |
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Thesagro: |
Gene; Melhoramento Genético Animal; Suíno. |
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Thesaurus Nal: |
genes; reproductive traits. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| 81. |  | ASSIS, G. M. L. de; ALBUQUERQUE, L. G. de; SARMENTO, J. L. R.; CARNEIRO JUNIOR, J. M.; LOPES, P. S.; RODRIGUES, M. T. Estimação de parâmetros genéticos em caprinos leiteiros por meio de análise de regressão aleatória utilizando-se a Amostragem de Gibbs. Revista Brasileira de Zootecnia, v. 35, n. 3, p. 706-714, 2006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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| 82. | | WENCESLAU, A. A.; LOPES, P. S.; TEODORO, R. L.; VERNEQUE, R. da S.; EUCLYDES, R. F.; FERREIRA, W. J.; SILVA, M. de A. e. Estimação de parâmetros genéticos de medidas de conformação, produção de leite e idade ao primeiro parto em vacas da raça Gir Leiteiro. Revista Brasileira de Zootecnia, Viçosa, v. 29, n. 1, p. 153-158, 2000.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 83. | | COSTA, E. V.; DINIZ, D. B.; VERONEZE, R.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; GUIMARÃES, S. E. F.; SILVA, F. F.; LOPES, P. S. Estimating additive and dominance variances for complex traits in pigs combining genomic and pedigree information. Genetics and Molecular Research, v. 14, n. 2, p. 6303-6311, June 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 84. | | PAIVA, J. T.; RESENDE, M. D. V. de; RESENDE, R. T.; OLIVEIRA, H. R.; SILVA, H. T.; CAETANO, G. C.; LOPES, P. S.; SILVA, F. F. Epigenética: mecanismos, herança e implicações no melhoramento animal. Archivos de Zootecnia, v. 68, n. 262, p. 304-311, 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 85. | | CANAZA-CAYO, A. W.; LOPES, P. S.; SILVA, M. V. G. B.; COBUCI, J. A.; TORRES, R. de A.; MARTINS, M. F.; ARBEX, W. A. Estrutura populacional da raça Girolando. Ciência Rural, v. 44, n. 11, p. 2072-2077, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 86. | | LOPES, P. S.; SILVA, M. de A. e; TORRES, R. de A.; LUDWIG, A.; OLIVEIRA, L. M. de; SOARES, P. R. Estudo de indices de selecao para aves Legorne. In: REUNIAO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 21., 1984, Belo Horizonte, MG. Anais... Belo Horizonte: SBZ, 1984. p.24| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 87. | | NASCIMENTO, C. S.; MACHADO, M. A.; GUIMARÃES, S. E. F.; GUIMARÃES, M. F. M.; CAMPOS, A. L.; VERNEQUE, R. da S.; LOPES, P. S. Expressão aumentada do gene S100A7 em bovinos F2 desafiados com o parasita Boophilus microplus. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 53., 2007, Águas de Lindóia. Resumos... Ribeirão Preto: SBG, 2007. p. 241.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 88. | | MIRANDA, C. L.; FONSECA, I.; SILVA, P. V.; NASCIMENTO, C. S.; GUIMARÃES, S. E. F.; GUIMARÃES, M. F. M.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, J. D. Expressão diferencial do gene p4r (receptor de progesterona) em células da granulosa de suínos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 53., 2007, Águas de Lindóia. Resumos... Ribeirão Preto: SBG, 2007. p. 74.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 90. | | SILVA, D. A. da; SILVA, F. F. e; VENTURA, H. T.; JUNQUEIRA, V. S.; SILVA, A. A. da; MOTA, R. R.; LOPES, P. S. Contemporary groups in the genetic evaluation of Nellore cattle using Bayesian inference. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 52, n. 8, p. 643-651, fev. 2017. Título em português: Grupos de contemporâneos na avaliação genética de gado Nelore por inferência bayesiana.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 91. | | MOTA, R. R.; LOPES, P. S.; TEMPELMAN, R. J.; SILVA, F. F.; AGUILAR, I.; GULIAS GOMES, C. C.; CARDOSO, F. F. Genome-enabled prediction for tick resistance in Hereford and Braford beef cattle via reaction norm models. Journal of Animal Science, v. 94, n. 5, p. 1834-1843, May 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 92. | | CAMPÊLO, J. E. G.; LOPES, P. S.; TORRES, R. de A.; SILVA, L. O. C.; EUCLYDES, R. F.; ARAÚJO, C. V. de; PEREIRA, C. S. Heterogeneidade de variância na avaliação genética de bovinos da raça Tabapuã em análises com efeitos maternos. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 38., 2001, Piracicaba. Anais... Piracicaba: FEALQ, 2001. p. 565-566. CNPGC. SBZ.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 93. | | CAMPÊLO, J. E. G.; LOPES, P. S.; TORRES, R. de A.; EUCLYDES, R. F.; SILVA, L. O. C.; ARAÚJO, C. V. de; PEREIRA, C. S. Heterogeneidade de variância na avaliação genética de bovinos da raça Tabapuã. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 38., 2001, Piracicaba. Anais... Piracicaba: FEALQ, 2001. p. 520-521. CNPGC. SBZ.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 94. | | BRITO, L. C.; CASELLAS, J.; VARONA, L; LOPES, P. S.; VENTURA, H. T.; PEIXOTO, M. G. C. D.; LÁZARO, S. F.; SILVA, F. F. Genetic evaluation of age at first calving for Guzerá beef cattle using linear, threshold, and survival Bayesian models. Journal of Animal Science, v. 96, n. 7, p. 2517-2524, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 95. | | MOTA, R. R.; MARQUES, L. F. A.; LOPES, P. S.; SILVA, L. P. da; RESENDE, M. D. V. de; TORRES, R. A. Genetic evaluation using multi-trait and random regression models in Simmental beef cattle. Genetics and Molecular Research, v. 12, n. 3, p. 2465-2480, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 96. | | CANAZA-CAYO, A. W.; COBUCI, J. A.; LOPES, P. S.; TORRES, R. de A.; MARTINS, M. F.; DALTRO, D. dos S.; SILVA, M. V. G. B. Genetic trend estimates for milk yield production and fertility traits of the Girolando cattle in Brazil. Livestock Science, v. 190, p. 113-122, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 97. | | SANTOS, V. S.; MARTINS FILHO, S.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F.; SILVA, F. F. Genomic prediction for additive and dominance effects of censored traits in pigs. Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 4, gmr15048764, Oct. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 98. | | SILVA, A. A.; SILVA, D. A.; LOPES, P. S.; SILVA, H. T.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J.; COSTA, C. N. Genomic predictions including unknown parent groups for milk traits in Portuguese Holstein cattle. In: ANNUAL MEETING OF THE EUROPEAN FEDERATION OF ANIMAL SCIENCE, 73., 2022, Porto. Book of abstracts... Rome: European Federation of Animal Science, 2022. p. 135.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 99. | | SANTOS, V. S.; MARTINS FILHO, S.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; LOPES, P. S.; GUIMARAES, S. E. F.; GLORIA, L. S.; SILVA, F. F. Genomic selection for slaughter age in pigs using the Cox frailty model. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 14, n. 4, p. 12616-12627, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 100. | | BRITO, L. C.; PEIXOTO, M. G. C. D.; CARRARA, E. R.; SILVA, F. F. e; VENTURA, H. T.; BRUNELI, F. A. T.; LOPES, P. S. Genetic parameters for milk, growth, and reproductive traits in Guzerá cattle under tropical conditions. Tropical Animal Health and Production, v. 52, p. 2251-2257, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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