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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas; Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
17/05/2017 |
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Data da última atualização: |
27/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, F. F. e; ZAMBRANO, M. F. B.; VARONA, L.; GLÓRIA, L. S.; LOPES, P. S.; SILVA, M. V. G. B.; ARBEX, W. A.; LÁZARO, S. F.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, S. E. F. |
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Afiliação: |
Fabyano Fonseca e Silva, UFV/VIÇOSA; Maria Fernanda Betancur Zambrano, UFV/VIÇOSA; Luis Varona, University of Zaragoza; Leonardo Siqueira Glória, UFV/VIÇOSA; Paulo Sávio Lopes, UFV; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; WAGNER ANTONIO ARBEX, CNPGL; Sirlene Fernandes Lázaro, UFV/VIÇOSA; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Simone Eliza Facioni Guimarães, UFV/VIÇOSA. |
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Título: |
Genome association study through nonlinear mixed models revealed new candidate genes for pig growth curves. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientia Agricola, v. 74, n. 1, 2017. |
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Páginas: |
7 P. |
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Idioma: |
Inglês
Português |
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Conteúdo: |
Genome association analyses have been successful in identifying quantitative trait
loci (QTLs) for pig body weights measured at a single age. However, when considering the whole
weight trajectories over time in the context of genome association analyses, it is important to
look at the markers that affect growth curve parameters. The easiest way to consider them is
via the two-step method, in which the growth curve parameters and marker effects are estimated
separately, thereby resulting in a reduction of the statistical power and the precision of
estimates. One efficient solution is to adopt nonlinear mixed models (NMM), which enables a joint
modeling of the individual growth curves and marker effects. Our aim was to propose a genome
association analysis for growth curves in pigs based on NMM as well as to compare it with the
traditional two-step method. In addition, we also aimed to identify the nearest candidate genes
related to significant SNP (single nucleotide polymorphism) markers. The NMM presented a
higher number of significant SNPs for adult weight (A) and maturity rate (K), and provided a direct
way to test SNP significance simultaneously for both the A and K parameters. Furthermore, all
significant SNPs from the two-step method were also reported in the NMM analysis. The ontology
of the three candidate genes (SH3BGRL2, MAPK14, and MYL9) derived from significant SNPs
(simultaneously affecting A and K) allows us to make inferences with regards to their contribution
to the pig growth process in the population studied. MenosGenome association analyses have been successful in identifying quantitative trait
loci (QTLs) for pig body weights measured at a single age. However, when considering the whole
weight trajectories over time in the context of genome association analyses, it is important to
look at the markers that affect growth curve parameters. The easiest way to consider them is
via the two-step method, in which the growth curve parameters and marker effects are estimated
separately, thereby resulting in a reduction of the statistical power and the precision of
estimates. One efficient solution is to adopt nonlinear mixed models (NMM), which enables a joint
modeling of the individual growth curves and marker effects. Our aim was to propose a genome
association analysis for growth curves in pigs based on NMM as well as to compare it with the
traditional two-step method. In addition, we also aimed to identify the nearest candidate genes
related to significant SNP (single nucleotide polymorphism) markers. The NMM presented a
higher number of significant SNPs for adult weight (A) and maturity rate (K), and provided a direct
way to test SNP significance simultaneously for both the A and K parameters. Furthermore, all
significant SNPs from the two-step method were also reported in the NMM analysis. The ontology
of the three candidate genes (SH3BGRL2, MAPK14, and MYL9) derived from significant SNPs
(simultaneously affecting A and K) allows us to make inferences with regards to their contribution
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Palavras-Chave: |
Longitudinal data; SNP markers. |
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Thesaurus Nal: |
body weight. |
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Categoria do assunto: |
--
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/161512/1/Cnpgl-2017-SciAgric-Silva-Genome.pdf
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Marc: |
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520 $aGenome association analyses have been successful in identifying quantitative trait loci (QTLs) for pig body weights measured at a single age. However, when considering the whole weight trajectories over time in the context of genome association analyses, it is important to look at the markers that affect growth curve parameters. The easiest way to consider them is via the two-step method, in which the growth curve parameters and marker effects are estimated separately, thereby resulting in a reduction of the statistical power and the precision of estimates. One efficient solution is to adopt nonlinear mixed models (NMM), which enables a joint modeling of the individual growth curves and marker effects. Our aim was to propose a genome association analysis for growth curves in pigs based on NMM as well as to compare it with the traditional two-step method. In addition, we also aimed to identify the nearest candidate genes related to significant SNP (single nucleotide polymorphism) markers. The NMM presented a higher number of significant SNPs for adult weight (A) and maturity rate (K), and provided a direct way to test SNP significance simultaneously for both the A and K parameters. Furthermore, all significant SNPs from the two-step method were also reported in the NMM analysis. The ontology of the three candidate genes (SH3BGRL2, MAPK14, and MYL9) derived from significant SNPs (simultaneously affecting A and K) allows us to make inferences with regards to their contribution to the pig growth process in the population studied.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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URL |
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| Registros recuperados : 554 | |
| 541. |  | LOPES, P. R. C.; SILVA, A. de S.; PESSOA, M. C. P. Y.; SILVA, C. M. M. S.; FERRACINI, V. L.; HERMES, L. C.; SA, L. A. N. de; HAMMES, V. S.; FRIGHETTO, R. T. S.; CHAIM, A.; HAJI, F. N. P.; LIMA, M. F.; MIRANDA, J. I.; FREIRE, L. C. L. Projeto de pesquisa em produção integrada de uvas finas de mesa. In: SEMINARIO BRASILEIRO DE PRODUCAO INTEGRADA DE FRUTAS, 2., 2000, Bento Goncalves, RS. Anais... Bento Goncalves, RS: Embrapa Uva e Vinho, 2000. p. 51-59.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 542. | | LOPES, P. R. C.; SILVA, A. de S.; PESSOA, M. C. P. Y.; SILVA, C. M. M. S.; FERRACINI, V. L.; HERMES, L. C.; SA, L. A. N. de; HAMMES, V. S.; FRIGHETTO, R. T. S.; CHAIM, A.; HAJI, N. P.; RAMOS, M. F.; MIRANDA, J. I.; FREIRE, L. C. L. Projeto de pesquisa em produção integrada de uvas finas de mesa. In: SEMINARIO BRASILEIRO DE PRODUCAO INTEGRADA DE FRUTAS, 2., 2000, Bento Goncalves, RS. Anais... Bento Goncalves, RS: Embrapa Uva e Vinho, 2000. 100p. Editado por Gilmar Ribeiro Nachtigall, Ana Beatriz Costa Czermainski. p. 51-59.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 543. | | MOREIRA, J. U. V.; MARTINS, M. C.; LOPES, P. V. L.; PIPOLO, A. E.; ARIAS, C. A. A.; CARNEIRO, G. E. S.; KASTER, M.; CARRÃO-PANIZZI, M. C.; OLIVEIRA, M. F.; DIAS, W. P.; SOARES, R. M.; ALMEIDA, A. M. R.; ABDELNOOR, R. V.; TOLEDO, J. F. F. Cultivar de soja BRS 313: indicação de cultivo para o oeste da Bahia. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 31., 2010, Brasília, DF. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 301-302. Editores técnicos: Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campo Leite, César de Castro, Jussara Flores de Oliveira Arbues, Wellington Cavalcanti.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 544. | | MOREIRA, J. U. V.; MARTINS, M. C.; LOPES, P. V. L.; PIPOLO, A. E.; ARIAS, C. A. A.; CARNEIRO, G. E. de S.; KASTER, M.; CARRÃO-PANIZZI, M. C.; OLIVEIRA, M. F.; DIAS, W. P.; SOARES, R. M.; ALMEIDA, A. M. R.; ABDELNOOR, R. V.; TOLEDO, J. F. F. Cultivar de soja BRS 314: indicações de cultivo para o oeste da Bahia. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 31., 2010, Brasília, DF. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 303-304. Editores técnicos: Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campo Leite, César de Castro, Jussara Flores de Oliveira Arbues, Wellington Cavalcanti.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 545. | | MOREIRA, J. U. V.; OLIVEIRA, A. C. B.; MARTINS, M. C.; LOPES, P. V. L.; PIPOLO, A. E.; ARIAS, C. A. A.; CARNEIRO, G. E. de S.; KASTER, M.; CARRÃO-PANIZZI, M. C.; OLIVEIRA, M. F.; DIAS, W. P.; SOARES, R. M.; ALMEIDA, A. M. R.; ABDELNOOR, R. V.; TOLEDO, J. F. F. Cultivar de soja BRS 315RR: indicação de cultivo para o estado da Bahia. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 31., 2010, Brasília, DF. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 305-306. Editores técnicos: Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campo Leite, César de Castro, Jussara Flores de Oliveira Arbues, Wellington Cavalcanti.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 546. | | OLIVEIRA NETO, E. D. de; ANDRADE, H. A. F.; OLIVEIRA, A. R. F.; MORAES, L. F.; SANTOS, L. R. dos; PONTES, S. F.; COSTA, N. A.; LOPES, P. R. C.; OLIVEIRA, I. V. de M.; SILVA-MATOS, R. R. S. da. Vegetative propagation of pomegranate wonderful in substrates of decomposed babassu stem. Asian Academic Research Journal of Multidisciplinary, v. 5, n. 4, p. 167-179. abr. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 547. | | SILVA, A. de S.; LOPES, P. R. C.; PESSOA, M. C. P. Y.; SILVA, C. M. M. S.; FERRACINI, V. L.; HERMES, L. C.; SA, L. A. N. de; HAMMES, V. S.; FRIGHETTO, R. T. S.; CHAIM, A.; HAJI, F. N. P.; RAMOS, M. F.; MIRANDA, J. I.; FREIRE, L. C. L. Novas estrategias de pesquisa e desenvolvimento na producao integrada de frutas (PIF): 1. projeto de pesquisa em produção integrada de manga. In: SEMINARIO BRASILEIRO DE PRODUCAO INTEGRADA DE FRUTAS, 2., 2000, Bento Goncalves. Anais... Bento Goncalves: Embrapa Uva e Vinho, 2000. p. 36-50. Editado por Gilmar Ribeiro Nachtigall, Ana Beatriz Costa Czermainski.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 548. | | SILVA, A. de S.; LOPES, P. R. C.; PESSOA, M. C. P. Y.; SILVA, C. M. M. S.; FERRACINI, V. L.; HERMES, L. C.; SA, L. A. N. de; HAMMES, V. S.; FRIGHETTO, R. T. S.; CHAIM, A.; HAJI, N. P.; RAMOS, M. F.; MIRANDA, J. I.; FREIRE, L. C. L. Novas estrategias de pesquisa e desenvolvimento na producao integrada de frutas (PIF): 1. projeto de pesquisa em produção integrada de manga. In: SEMINARIO BRASILEIRO DE PRODUCAO INTEGRADA DE FRUTAS, 2., 2000, Bento Goncalves. Anais... Bento Goncalves: Embrapa Uva e Vinho, 2000. 100p. Editado por Gilmar Ribeiro Nachtigall, Ana Beatriz Costa Czermainski. p. 36-50.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 549. | | SILVEIRA, S. V. da; HOFFMANN, A.; GARRIDO, L. da R.; ZANUS, M. C.; LOPES, P. R. C.; FELIPPETO, J.; BOTTEGA, L.; COELHO, P.; TAFFAREL, J. C.; MELO, G. W. B. de; PEREIRA, G. E.; GUERRA, C. C.; BOTTON, M.; GEBLER, L.; RUFATO, A. de R.; BIASOTO, A. C. T.; MIELE, A.; CONCEIÇÃO, M. A. F.; SOUZA, R. T. de. Normas técnicas da produção de uva para processamento - vinho e suco. IN: SILVEIRA, S. V. da; GARRIDO, L. da R.; HOFFMANN, A. (Ed.). Produção integrada de uva para processamento: bases para a adoção da produção integrada. Bento Gonçalves, RS: Embrapa Uva e Vinho, 2015. v. 1, p. 15-38.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 550. | | SILVEIRA, S. V. da; HOFFMANN, A.; GARRIDO, L. da R.; ZANUS, M. C.; LOPES, P. R. C.; FELIPPETO, J.; COELHO, P.; TAFFAREL, J. C.; MELO, G. W. B. de; PEREIRA, G. E.; GUERRA, C. C.; GEBLER, L.; RUFATO, A. de R.; BIASOTO, A. C. T.; CONCEIÇÃO, M. A. F.; SOUZA, R. T. de. Normas técnicas da produção de uva para processamento - vinho e suco. IN: SILVEIRA, S. V. da; GARRIDO, L. da R.; HOFFMANN, A. (Ed.). Produção integrada de uva para processamento: bases para a adoção da produção integrada. Brasília, DF: Embrapa, 2015. v. 1, cap. 2, p. 14-37.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 551. | | SILVEIRA, S. V. da; HOFFMANN, A.; GARRIDO, L. da R.; ZANUS, M. C.; LOPES, P. R. C.; FELIPPETO, J.; LEAO, P. C. de S.; TAFFAREL, J. C.; MELO, G. W. B. de; PEREIRA, G. E.; GUERRA, C. C.; GEBLER, L.; RUFATO, A. de R.; BIASOTO, A. C. T.; CONCEIÇÃO, M. A. F.; SOUZA, R. T. de. Normas técnicas da produção de uva para processamento - vinho e suco. In: SILVEIRA, S. V. da; GARRIDO, L. da R.; HOFFMANN, A. (Ed.). Produção integrada de uva para processamento: bases para a adoção da produção integrada. Brasília, DF: Embrapa, 2015. v. 1, cap. 2, p. 14-37.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 552. | | GODOY, C. V.; SILVA, L. H. C. P. da; UTIAMADA, C. M.; SIQUERI, F. V.; LOPES, I. de O. N.; ROESE, A. D.; MACHADO, A. Q.; FORCELINI, C. A.; PIMENTA, C. B.; NUNES, C. D. M.; CASSETARI NETO, D.; JACCOUD FILHO, DAVID S.; FORNAROLLI, D. A.; MIGUEL-WRUCK, D. S.; RAMOS JUNIOR, E. U.; BORGES, E. P.; JULIATTI, F. C.; FEKSA, H. R.; CAMPOS, H. D.; NUNES JUNIOR, J.; SILVA, J. R. C.; COSTAMILAN, L. M.; CARNEIRO, L. C.; SATO, L. N.; CANTERI, M. G.; ITO, M. A.; IAMAMOTO, M. M.; ITO, M. F.; MEYER, M. C.; COSTA, M. J. N. da; DIAS, M. D.; MARTINS, M. C.; LOPES, P. V. L.; SOUZA, P. I. M.; BARROS, R.; BALARDIN, R. S.; IGARASHI, S.; SILVA, S. A. da; FURLAN, S. H.; CARLIN, V. J. Eficiência de fungicidas para controle da ferrugem asiática da soja, Phakopsora pachyrhizi, na safra 2008/09. Resultados sumarizados dos ensaios cooperativos. Londrina: CNPSo, 2009. 11 p. (Embrapa Soja. Circular técnica, 69).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 553. | | GODOY, C. V.; SILVA, L. H. C. P. da; UTIAMADA, C. M.; SIQUERI, F. V.; LOPES, I. de O. N.; ROESE, A. D.; MACHADO, A. Q.; FORCELINI, C. A.; PIMENTA, C. B.; NUNES, C. D. M.; CASSETARI NETO, D.; JACCOUD FILHO, D. S.; FORNAROLLI, D. A.; MIGUEL-WRUCK, D. S.; RAMOS JUNIOR, E. U.; BORGES, E. P.; JULIATTI, F. C.; FEKSA, H. R.; CAMPOS, H. D.; NUNES JUNIOR, J.; SILVA, J. R. C.; COSTAMILAN, L. M.; CARNEIRO, L. C.; SATO, L. N.; CANTERI, M. G.; ITO, M. A.; IAMAMOTO, M. M.; ITO, M. F.; MEYER, M. C.; COSTA, M. J. N. da; DIAS, M. D.; MARTINS, M. C.; LOPES, P. V. L.; SOUZA, P. I. M.; BARROS, R.; BALARDIN, R. S.; IGARASHI, S.; SILVA, S. A. da; FURLAN, S. H.; CARLIN, V. J. Eficiência de fungicidas para controle da ferrugem asiática da soja, Phakopsora pachyrhizi, na safra 2008/09. Resultados sumarizados dos ensaios cooperativos. Londrina: Embrapa Soja, 2009. 11 p. (Embrapa Soja. Circular técnica, 69).| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 554. | | GODOY, C. V.; SILVA, L. H. C. P. da; UTIAMADA, C. M.; SIQUERI, F. V.; LOPES, I. de O. N.; ROESE, A. D.; MACHADO, A. Q.; FORCELINI, C. A.; PIMENTA, C. B.; NUNES, C. D. M.; CASSETARI NETO, D.; JACCOUD FILHO, D. S.; FORNAROLLI, D. A.; MIGUEL-WRUCK D. S.; RAMOS JÚNIOR, E. U.; BORGES, E. P.; JULIATTI, F. C.; FEKSA, H. R.; CAMPOS, H. D.; NUNES JÚNIOR, J.; SILVA, J. R. C.; COSTAMILAN, L. M.; CARNEIRO, L. C.; SATO, L. N.; CANTERI, M. G.; ITO, M. A.; IAMAMOTO, M. M.; ITO, M. F.; MEYER, M. C.; COSTA, M. J. N. da; DIAS, M. D.; MARTINS, M. C.; LOPES, P. V. L.; SOUZA, P. I. M.; BARROS, R.; BALARDIN, R. S.; IGARASHI, S.; SILVA, S. A. da; FURLAN, S. H.; CARLIN, V. J. Eficiência de fungicidas para controle da ferrugem asiática da soja, Phakopsora pachyrhizi, na safra 2008/09. Resultados sumarizados dos ensaios cooperativos. In: REUNIÃO DO CONSÓRCIO ANTIFERRUGEM SAFRA 2008-09, 2009, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2009. p. 71-87. (Embrapa Soja. Documentos, 315). Editado por Claudia Vieira Godoy, Claudine Dinali Santos Seixas, Rafael Moreira Soares.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja; Embrapa Trigo. |
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