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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
18/01/2017 |
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Data da última atualização: |
18/01/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GLÓRIA, L. S.; CRUZ, C. D.; VIEIRA, R. A. M.; RESENDE, M. D. V. de; LOPES, P. S.; SIQUEIRA, O. H. G. B. D. de; SILVA, F. F. e. |
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Afiliação: |
Leonardo Siqueira Glória, UFV; Cosme Damião Cruz, UFV; Ricardo Augusto Mendonça Vieira, Universidade Estadual do Norte Fluminense; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Paulo Sávio Lopes, UFV; Otávio H. G. B. Dias de Siqueira, UFV; Fabyano Fonseca e Silva, UFV. |
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Título: |
Accessing marker effects and heritability estimates from genome prediction by Bayesian regularized neural networks. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Livestock Science, v. 191, p. 91-96, Sept. 2016. |
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DOI: |
http://dx.doi.org/10.1016/j.livsci.2016.07.015 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Recently, there is an increasing interest on semi- and non-parametric methods for genome-enabled prediction, among which the Bayesian regularized artificial neural networks (BRANN) stand. We aimed to evaluate the predictive performance of BRANN and to exploit SNP effects and heritability estimates using two different approaches (relative importance-RI, and relative contribution-RC). Additionally, we aimed also to compare BRANN with the traditional RR-BLUP and BLASSO by using simulated datasets. The simplest BRANN (net1), RR-BLUP and BLASSO methods outperformed other more parameterized BRANN (net2, net3, ? net6) in terms of predictive ability. For both simulated traits (Y1 and Y2) the net1 provided the best h2 estimates (0.33 for both, being the true h2=0.35), whereas RR-BLUP (0.18 and 0.22 for Y1 and Y2, respectively) and BLASSO (0.20 and 0.26 for Y1 and Y2, respectively) underestimated h2. The marker effects estimated from net1 (using RI and RC approaches) and RR-BLUP were similar, but the shrinkage strength was remarkable for BLASSO on both traits. For Y1, the correlation between the true fifty QTL effects and the effects estimated for the SNPs located in the same QTL positions were 0.61, 0.60, 0.60 and 0.55, for RI, RC, RR-BLUP and BLASSO; and for Y2, these correlations were 0.81, 0.81, 0.81 and 0.71, respectively. In summary, we believe that estimates of SNP effects are promising quantitative tools to bring discussions on chromosome regions contributing most effectively to the phenotype expression when using ANN for genomic predictions. MenosRecently, there is an increasing interest on semi- and non-parametric methods for genome-enabled prediction, among which the Bayesian regularized artificial neural networks (BRANN) stand. We aimed to evaluate the predictive performance of BRANN and to exploit SNP effects and heritability estimates using two different approaches (relative importance-RI, and relative contribution-RC). Additionally, we aimed also to compare BRANN with the traditional RR-BLUP and BLASSO by using simulated datasets. The simplest BRANN (net1), RR-BLUP and BLASSO methods outperformed other more parameterized BRANN (net2, net3, ? net6) in terms of predictive ability. For both simulated traits (Y1 and Y2) the net1 provided the best h2 estimates (0.33 for both, being the true h2=0.35), whereas RR-BLUP (0.18 and 0.22 for Y1 and Y2, respectively) and BLASSO (0.20 and 0.26 for Y1 and Y2, respectively) underestimated h2. The marker effects estimated from net1 (using RI and RC approaches) and RR-BLUP were similar, but the shrinkage strength was remarkable for BLASSO on both traits. For Y1, the correlation between the true fifty QTL effects and the effects estimated for the SNPs located in the same QTL positions were 0.61, 0.60, 0.60 and 0.55, for RI, RC, RR-BLUP and BLASSO; and for Y2, these correlations were 0.81, 0.81, 0.81 and 0.71, respectively. In summary, we believe that estimates of SNP effects are promising quantitative tools to bring discussions on chromosome regions contributing most effectively ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genetic parameters; QTL; Redes neurais. |
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Thesagro: |
Parâmetro Genético. |
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Thesaurus Nal: |
Marker-assisted selection; Neural networks. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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700 1 $aSILVA, F. F. e
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 554 | |
| 541. |  | SILVEIRA, S. V. da; HOFFMANN, A.; GARRIDO, L. da R.; ZANUS, M. C.; LOPES, P. R. C.; FELIPPETO, J.; COELHO, P.; TAFFAREL, J. C.; MELO, G. W. B. de; PEREIRA, G. E.; GUERRA, C. C.; GEBLER, L.; RUFATO, A. de R.; BIASOTO, A. C. T.; CONCEIÇÃO, M. A. F.; SOUZA, R. T. de. Normas técnicas da produção de uva para processamento - vinho e suco. IN: SILVEIRA, S. V. da; GARRIDO, L. da R.; HOFFMANN, A. (Ed.). Produção integrada de uva para processamento: bases para a adoção da produção integrada. Brasília, DF: Embrapa, 2015. v. 1, cap. 2, p. 14-37.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 542. | | SILVEIRA, S. V. da; HOFFMANN, A.; GARRIDO, L. da R.; ZANUS, M. C.; LOPES, P. R. C.; FELIPPETO, J.; LEAO, P. C. de S.; TAFFAREL, J. C.; MELO, G. W. B. de; PEREIRA, G. E.; GUERRA, C. C.; GEBLER, L.; RUFATO, A. de R.; BIASOTO, A. C. T.; CONCEIÇÃO, M. A. F.; SOUZA, R. T. de. Normas técnicas da produção de uva para processamento - vinho e suco. In: SILVEIRA, S. V. da; GARRIDO, L. da R.; HOFFMANN, A. (Ed.). Produção integrada de uva para processamento: bases para a adoção da produção integrada. Brasília, DF: Embrapa, 2015. v. 1, cap. 2, p. 14-37.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 543. | | SILVA, A. de S.; LOPES, P. R. C.; PESSOA, M. C. P. Y.; SILVA, C. M. M. S.; FERRACINI, V. L.; HERMES, L. C.; SA, L. A. N. de; HAMMES, V. S.; FRIGHETTO, R. T. S.; CHAIM, A.; HAJI, F. N. P.; RAMOS, M. F.; MIRANDA, J. I.; FREIRE, L. C. L. Novas estrategias de pesquisa e desenvolvimento na producao integrada de frutas (PIF): 1. projeto de pesquisa em produção integrada de manga. In: SEMINARIO BRASILEIRO DE PRODUCAO INTEGRADA DE FRUTAS, 2., 2000, Bento Goncalves. Anais... Bento Goncalves: Embrapa Uva e Vinho, 2000. p. 36-50. Editado por Gilmar Ribeiro Nachtigall, Ana Beatriz Costa Czermainski.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 544. | | SILVA, A. de S.; LOPES, P. R. C.; PESSOA, M. C. P. Y.; SILVA, C. M. M. S.; FERRACINI, V. L.; HERMES, L. C.; SA, L. A. N. de; HAMMES, V. S.; FRIGHETTO, R. T. S.; CHAIM, A.; HAJI, N. P.; RAMOS, M. F.; MIRANDA, J. I.; FREIRE, L. C. L. Novas estrategias de pesquisa e desenvolvimento na producao integrada de frutas (PIF): 1. projeto de pesquisa em produção integrada de manga. In: SEMINARIO BRASILEIRO DE PRODUCAO INTEGRADA DE FRUTAS, 2., 2000, Bento Goncalves. Anais... Bento Goncalves: Embrapa Uva e Vinho, 2000. 100p. Editado por Gilmar Ribeiro Nachtigall, Ana Beatriz Costa Czermainski. p. 36-50.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 545. | | PAIXÃO, D. M.; CARNEIRO, P. L. S.; PAIVA, S. R.; SOUSA, K. R. S.; VERARDO, L. L.; BRACCINI NETO, J.; PINTO, A. P. G.; HIDALGO, A. M.; NASCIMENTO, C. S. do; PÉRISSÉ, I. V.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F. Mapeamento de QTL nos cromossomos 1, 2, 3, 12, 14, 15 e X em suínos: características de carcaça e qualidade de carne. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, v. 64, n. 4, p. 974-982, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 546. | | MOREIRA, J. U. V.; MARTINS, M. C.; LOPES, P. V. L.; PIPOLO, A. E.; ARIAS, C. A. A.; CARNEIRO, G. E. S.; KASTER, M.; CARRÃO-PANIZZI, M. C.; OLIVEIRA, M. F.; DIAS, W. P.; SOARES, R. M.; ALMEIDA, A. M. R.; ABDELNOOR, R. V.; TOLEDO, J. F. F. Cultivar de soja BRS 313: indicação de cultivo para o oeste da Bahia. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 31., 2010, Brasília, DF. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 301-302. Editores técnicos: Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campo Leite, César de Castro, Jussara Flores de Oliveira Arbues, Wellington Cavalcanti.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 547. | | MOREIRA, J. U. V.; MARTINS, M. C.; LOPES, P. V. L.; PIPOLO, A. E.; ARIAS, C. A. A.; CARNEIRO, G. E. de S.; KASTER, M.; CARRÃO-PANIZZI, M. C.; OLIVEIRA, M. F.; DIAS, W. P.; SOARES, R. M.; ALMEIDA, A. M. R.; ABDELNOOR, R. V.; TOLEDO, J. F. F. Cultivar de soja BRS 314: indicações de cultivo para o oeste da Bahia. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 31., 2010, Brasília, DF. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 303-304. Editores técnicos: Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campo Leite, César de Castro, Jussara Flores de Oliveira Arbues, Wellington Cavalcanti.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 548. | | MOREIRA, J. U. V.; OLIVEIRA, A. C. B.; MARTINS, M. C.; LOPES, P. V. L.; PIPOLO, A. E.; ARIAS, C. A. A.; CARNEIRO, G. E. de S.; KASTER, M.; CARRÃO-PANIZZI, M. C.; OLIVEIRA, M. F.; DIAS, W. P.; SOARES, R. M.; ALMEIDA, A. M. R.; ABDELNOOR, R. V.; TOLEDO, J. F. F. Cultivar de soja BRS 315RR: indicação de cultivo para o estado da Bahia. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 31., 2010, Brasília, DF. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 305-306. Editores técnicos: Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campo Leite, César de Castro, Jussara Flores de Oliveira Arbues, Wellington Cavalcanti.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 549. | | OLIVEIRA NETO, E. D. de; ANDRADE, H. A. F.; OLIVEIRA, A. R. F.; MORAES, L. F.; SANTOS, L. R. dos; PONTES, S. F.; COSTA, N. A.; LOPES, P. R. C.; OLIVEIRA, I. V. de M.; SILVA-MATOS, R. R. S. da. Vegetative propagation of pomegranate wonderful in substrates of decomposed babassu stem. Asian Academic Research Journal of Multidisciplinary, v. 5, n. 4, p. 167-179. abr. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 550. | | LOPES, P. R. C.; SILVA, A. de S.; PESSOA, M. C. P. Y.; SILVA, C. M. M. S.; FERRACINI, V. L.; HERMES, L. C.; SA, L. A. N. de; HAMMES, V. S.; FRIGHETTO, R. T. S.; CHAIM, A.; HAJI, F. N. P.; LIMA, M. F.; MIRANDA, J. I.; FREIRE, L. C. L. Projeto de pesquisa em produção integrada de uvas finas de mesa. In: SEMINARIO BRASILEIRO DE PRODUCAO INTEGRADA DE FRUTAS, 2., 2000, Bento Goncalves, RS. Anais... Bento Goncalves, RS: Embrapa Uva e Vinho, 2000. p. 51-59.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 551. | | LOPES, P. R. C.; SILVA, A. de S.; PESSOA, M. C. P. Y.; SILVA, C. M. M. S.; FERRACINI, V. L.; HERMES, L. C.; SA, L. A. N. de; HAMMES, V. S.; FRIGHETTO, R. T. S.; CHAIM, A.; HAJI, N. P.; RAMOS, M. F.; MIRANDA, J. I.; FREIRE, L. C. L. Projeto de pesquisa em produção integrada de uvas finas de mesa. In: SEMINARIO BRASILEIRO DE PRODUCAO INTEGRADA DE FRUTAS, 2., 2000, Bento Goncalves, RS. Anais... Bento Goncalves, RS: Embrapa Uva e Vinho, 2000. 100p. Editado por Gilmar Ribeiro Nachtigall, Ana Beatriz Costa Czermainski. p. 51-59.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 552. | | GODOY, C. V.; SILVA, L. H. C. P. da; UTIAMADA, C. M.; SIQUERI, F. V.; LOPES, I. de O. N.; ROESE, A. D.; MACHADO, A. Q.; FORCELINI, C. A.; PIMENTA, C. B.; NUNES, C. D. M.; CASSETARI NETO, D.; JACCOUD FILHO, DAVID S.; FORNAROLLI, D. A.; MIGUEL-WRUCK, D. S.; RAMOS JUNIOR, E. U.; BORGES, E. P.; JULIATTI, F. C.; FEKSA, H. R.; CAMPOS, H. D.; NUNES JUNIOR, J.; SILVA, J. R. C.; COSTAMILAN, L. M.; CARNEIRO, L. C.; SATO, L. N.; CANTERI, M. G.; ITO, M. A.; IAMAMOTO, M. M.; ITO, M. F.; MEYER, M. C.; COSTA, M. J. N. da; DIAS, M. D.; MARTINS, M. C.; LOPES, P. V. L.; SOUZA, P. I. M.; BARROS, R.; BALARDIN, R. S.; IGARASHI, S.; SILVA, S. A. da; FURLAN, S. H.; CARLIN, V. J. Eficiência de fungicidas para controle da ferrugem asiática da soja, Phakopsora pachyrhizi, na safra 2008/09. Resultados sumarizados dos ensaios cooperativos. Londrina: CNPSo, 2009. 11 p. (Embrapa Soja. Circular técnica, 69).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 553. | | GODOY, C. V.; SILVA, L. H. C. P. da; UTIAMADA, C. M.; SIQUERI, F. V.; LOPES, I. de O. N.; ROESE, A. D.; MACHADO, A. Q.; FORCELINI, C. A.; PIMENTA, C. B.; NUNES, C. D. M.; CASSETARI NETO, D.; JACCOUD FILHO, D. S.; FORNAROLLI, D. A.; MIGUEL-WRUCK, D. S.; RAMOS JUNIOR, E. U.; BORGES, E. P.; JULIATTI, F. C.; FEKSA, H. R.; CAMPOS, H. D.; NUNES JUNIOR, J.; SILVA, J. R. C.; COSTAMILAN, L. M.; CARNEIRO, L. C.; SATO, L. N.; CANTERI, M. G.; ITO, M. A.; IAMAMOTO, M. M.; ITO, M. F.; MEYER, M. C.; COSTA, M. J. N. da; DIAS, M. D.; MARTINS, M. C.; LOPES, P. V. L.; SOUZA, P. I. M.; BARROS, R.; BALARDIN, R. S.; IGARASHI, S.; SILVA, S. A. da; FURLAN, S. H.; CARLIN, V. J. Eficiência de fungicidas para controle da ferrugem asiática da soja, Phakopsora pachyrhizi, na safra 2008/09. Resultados sumarizados dos ensaios cooperativos. Londrina: Embrapa Soja, 2009. 11 p. (Embrapa Soja. Circular técnica, 69).| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 554. | | GODOY, C. V.; SILVA, L. H. C. P. da; UTIAMADA, C. M.; SIQUERI, F. V.; LOPES, I. de O. N.; ROESE, A. D.; MACHADO, A. Q.; FORCELINI, C. A.; PIMENTA, C. B.; NUNES, C. D. M.; CASSETARI NETO, D.; JACCOUD FILHO, D. S.; FORNAROLLI, D. A.; MIGUEL-WRUCK D. S.; RAMOS JÚNIOR, E. U.; BORGES, E. P.; JULIATTI, F. C.; FEKSA, H. R.; CAMPOS, H. D.; NUNES JÚNIOR, J.; SILVA, J. R. C.; COSTAMILAN, L. M.; CARNEIRO, L. C.; SATO, L. N.; CANTERI, M. G.; ITO, M. A.; IAMAMOTO, M. M.; ITO, M. F.; MEYER, M. C.; COSTA, M. J. N. da; DIAS, M. D.; MARTINS, M. C.; LOPES, P. V. L.; SOUZA, P. I. M.; BARROS, R.; BALARDIN, R. S.; IGARASHI, S.; SILVA, S. A. da; FURLAN, S. H.; CARLIN, V. J. Eficiência de fungicidas para controle da ferrugem asiática da soja, Phakopsora pachyrhizi, na safra 2008/09. Resultados sumarizados dos ensaios cooperativos. In: REUNIÃO DO CONSÓRCIO ANTIFERRUGEM SAFRA 2008-09, 2009, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2009. p. 71-87. (Embrapa Soja. Documentos, 315). Editado por Claudia Vieira Godoy, Claudine Dinali Santos Seixas, Rafael Moreira Soares.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja; Embrapa Trigo. |
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