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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Meio Ambiente. |
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Data corrente: |
04/01/2016 |
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Data da última atualização: |
10/03/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LOPES, L. D.; LIMA, A. O. S.; TAKETANI, R. G.; DARIAS, P.; SILVA, L. R. F.; ROMAGNOLI, E. M.; LOUVANDINI, H.; ABDALLA, A. L.; MENDES, R. |
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Afiliação: |
LUCAS DANTAS LOPES; ANDRE OLIVEIRA DE SOUZA LIMA, UNIVALI; RODRIGO GOUVEA TAKETANI; PHILLIP DARIAS, UNIVALI; LILIA RAQUEL FE DA SILVA, UFPI; EMILIANA MANESCO ROMAGNOLI; HELDER LOUVANDINI, CENA-USP; ADIBE LUIZ ABDALLA, CENA-USP; RODRIGO MENDES, CNPMA. |
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Título: |
Exploring the sheep rumen microbiome for carbohydrate-active enzymes. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Antonie van Leeuwenhoek, Amsterdam, v. 108, n. 1, p. 15-30, 2015. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: The rumen is a complex ecosystem enriched for microorganisms able to degrade biomass during the animal?s digestion process. The recovery of new enzymes from naturally evolved biomass-degrading microbial communities is a promising strategy to overcome the inefficient enzymatic plant destruction in industrial production of biofuels. In this context, this study aimed to describe the bacterial composition and functions in the sheep rumen microbiome, focusing on carbohydrate-active enzymes (CAE). Here, we used phylogenetic profiling analysis (inventory of 16S rRNA genes) combined with metagenomics to access the rumen microbiome of four sheep and explore its potential to identify fibrolytic enzymes. The bacterial community was dominated by Bacteroidetes and Firmicutes, followed by Proteobacteria. As observed for other ruminants, Prevotella was the dominant genus in the microbiome, comprising more than 30 % of the total bacterial community. Multivariate analysis of the phylogenetic profiling data and chemical parameters showed a positive correlation between the abundance of Prevotellaceae (Bacteroidetes phylum) and organic matter degradability. A negative correlation was observed between Succinivibrionaceae (Proteobacteria phylum) and methane production. An average of 2 % of the shotgun metagenomic reads was assigned to putative CAE when considering nine protein databases. In addition, assembled contigs allowed recognition of 67 putative partial CAE (NCBI-Refseq) representing 12 glycosyl hydrolase families (Pfam database). Overall, we identified a total of 28 lignocellulases, 22 amylases and 9 other putative CAE, showing the sheep rumen microbiome as a promising source of new fibrolytic enzymes MenosAbstract: The rumen is a complex ecosystem enriched for microorganisms able to degrade biomass during the animal?s digestion process. The recovery of new enzymes from naturally evolved biomass-degrading microbial communities is a promising strategy to overcome the inefficient enzymatic plant destruction in industrial production of biofuels. In this context, this study aimed to describe the bacterial composition and functions in the sheep rumen microbiome, focusing on carbohydrate-active enzymes (CAE). Here, we used phylogenetic profiling analysis (inventory of 16S rRNA genes) combined with metagenomics to access the rumen microbiome of four sheep and explore its potential to identify fibrolytic enzymes. The bacterial community was dominated by Bacteroidetes and Firmicutes, followed by Proteobacteria. As observed for other ruminants, Prevotella was the dominant genus in the microbiome, comprising more than 30 % of the total bacterial community. Multivariate analysis of the phylogenetic profiling data and chemical parameters showed a positive correlation between the abundance of Prevotellaceae (Bacteroidetes phylum) and organic matter degradability. A negative correlation was observed between Succinivibrionaceae (Proteobacteria phylum) and methane production. An average of 2 % of the shotgun metagenomic reads was assigned to putative CAE when considering nine protein databases. In addition, assembled contigs allowed recognition of 67 putative partial CAE (NCBI-Refseq) represen... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Ion torrent (PGM). |
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Thesagro: |
Amilase; Bactéria; Enzima; Ovelha; Rúmen. |
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Thesaurus Nal: |
Amylases; Bacterial communities; Lignocellulose; Metagenomics; Phylogeny. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Meio Ambiente (CNPMA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 23 | |
| 6. |  | OLIVEIRA, V. R.; LOPES, L. D.; SANTOS, C. A. F.; COSTA, N. D.; MELO, P. C. T. Época pede variedades adeguadas. Revista Campo e Negócios HF, Uberlândia, v. 4, n. 38 , p. 14-15 , jul. 2008| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 7. | | DOURADO, C. M. P.; SANTOS, F. V. dos; FONTES JUNIOR, R. C.; LOPES, L. D.; FERNANDES, M. F. Isolamento de microrganismos halofílicos e halotolerantes de amostras de apicuns da baixada litorânea do Nordeste. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA TABULEIROS COSTEIROS, 12., 2023, Aracaju. Anais... Aracaju: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2023. Editores Técnicos: Viviane Talamini, Ana da Silva Ledo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 8. | | SANTOS, F. V. dos; DOURADO, C. M. P.; FONTES JUNIOR, R. C.; LOPES, L. D.; FERNANDES, M. F. Isolamento de microrganismos halofílicos e halotolerantes de amostras de salinas da Baixada Litorânea do Nordeste. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA TABULEIROS COSTEIROS, 12., 2023, Aracaju. Anais... Aracaju: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2023. Editores Técnicos: Viviane Talamini, Ana da Silva Ledo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 9. | | LOPES, L. D.; LIMA, A. O. S.; TAKETANI, R. G.; DARIAS, P.; SILVA, L. R. F.; ROMAGNOLI, E. M.; LOUVANDINI, H.; ABDALLA, A. L.; MENDES, R. Exploring the sheep rumen microbiome for carbohydrate-active enzymes. Antonie van Leeuwenhoek, Amsterdam, v. 108, n. 1, p. 15-30, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 10. | | LOPES, L. D.; LIMA, A. O. S.; SILVA, L. R. F.; ROMAGNOLI, E. M.; TAKETANI, R. G.; FERREIRA, C; ABDALLA, A. L.; MENDES, R. Identificação de enzimas lignocelulolíticas no microbioma do rúmen de ovinos usando metagenômica shotgun. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 27., 2013, Natal. Anais... Natal: Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2013. Resumo 901-1| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 11. | | TELES, D. A.; PROCOPIO, S. de O.; FERNANDES, M. F.; SENA FILHO, J. G. de; CARGNELUTTI FILHO, A.; LOPES, L. D.; REIS, V. M. Efeitos de inseticidas utilizados na cultura da cana-de-açúcar sobre a fixação biológica do nitrogênio in vitro da bactéria diazotrófica Azospirillum brasilense. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 29.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 13.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 11.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 8., 2010, Guarapari. Fontes de nutrientes e produção agrícola: modelando o futuro: anais. Viçosa: SBCS, 2010. 4 p. Trab. 821. 1 CD-ROM. FERTBIO 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 12. | | TELES, D. A.; PROCOPIO, S. de O.; FERNANDES, M. F.; SENA FILHO, J. G. de; CARGNELUTTI FILHO, A.; LOPES, L. D.; REIS, V. M. Efeitos de inseticidas utilizados na cultura da cana-de-açúcar sobre a fixação biológica do nitrogênio in vitro da bactéria diazotrófica Azospirillum brasiliense. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 29.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 13.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 11.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 8., 2010, Guarapari. Fontes de nutrientes e produção agrícola: modelando o futuro: anais. Viçosa, MG: SBCS, 2010. 1 CD-ROM. FERTBIO 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 13. | | PROCOPIO, S. de O.; FERNANDES, M. F.; TELES, D. A.; SENA FILHO, J. G. de; CARGNELUTTI FILHO, A.; LOPES, L. D.; REIS, V. M. Efeitos de inseticidas utilizados na cultura da cana-de-açúcar sobre a fixação biológica do nitrogênio in vitro da bactéria diazotrófica Gluconacetobacter diazotrophicus. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 29.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 13.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 11.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 8., 2010, Guarapari. Fontes de nutrientes e produção agrícola: modelando o futuro: anais. Viçosa, MG: SBCS, 2010. 1 CD-ROM. FERTBIO 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 14. | | PROCOPIO, S. de O.; FERNANDES, M. F.; TELES, D. A.; SENA FILHO, J. G. de; CARGNELUTTI FILHO, A.; LOPES, L. D.; REIS, V. M. Efeitos de inseticidas utilizados na cultura da cana-de-açúcar sobre a fixação biológica do nitrogênio in vitro da bactéria diazotrófica Gluconacetobacter diazotrophicus. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 29.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 13.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 11.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 8., 2010, Guarapari. Fontes de nutrientes e produção agrícola: modelando o futuro: anais. Viçosa, MG: SBCS, 2010. 1 CD-ROM. FERTBIO 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 15. | | PROCÓPIO, S. O.; FERNANDES, M. F.; TELES, D. A.; SENA FILHO, J. G.; CARGNELUTTI FILHO, A.; REIS, V. M.; VARGAS, L.; LOPES, L. D. Efeitos de herbicidas utilizados na cultura da cana-de-açúcar sobre a fixação biológica do nitrogênio in vitro da bactéria diazotrófica Azospirillum brasilense. In: CONGRESSO BRASILEIRO DA CIÊNCIA DAS PLANTAS DANINHAS, 27., 2010, Ribeirão Preto. Responsabilidade social e ambiental no manejo de plantas daninhas: [anais]. Ribeirão Preto: SBCPD, 2010. p. 2484-2488. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 16. | | PROCÓPIO, S. O.; FERNANDES, M. F.; TELES, D. A.; SENA FILHO, J. G.; CARGNELUTTI FILHO, A.; LOPES, L. D.; REIS, V. M. Efeitos de herbicidas utilizados na cultura da cana-de-açúcar sobre a fixação biológica do nitrogênio in vitro da bactéria diazotrófica Gluconacetobacter diazotrophicus. In: CONGRESSO BRASILEIRO DA CIÊNCIA DAS PLANTAS DANINHAS, 27., 2010, Ribeirão Preto. Responsabilidade social e ambiental no manejo de plantas daninhas: [anais]. Ribeirão Preto: SBCPD, 2010. p. 2489-2493. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 17. | | PROCOPIO, S. de O.; FERNANDES, M. F.; TELES, D. A.; SENA FILHO, J. G.; CARGNELUTTI FILHO, A.; REIS, V. M.; VARGAS, L.; LOPES, L. D. Efeitos de herbicidas utilizados na cultura da cana-de-açúcar sobre a fixação bioloógica do nitrogênio in vitro da bactéria diazotrófica Azospirillum brasilense. In: CONGRESSO BRASILEIRO DA CIÊNCIA DAS PLANTAS DANINHAS, 27., 2010, Ribeirão Preto. Responsabilidade social e ambiental no manejo de plantas daninhas: anais. Ribeirão Preto: SBCPD, 2010. Artigo em anais.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 18. | | FERREIRA, C.; TAKETANI, R. G.; SILVA, J. L. da; GAVA, C. A. T.; LOPES, L. D.; MELO, I. S. de; MENDES, R. Descoberta da dinâmica do microbioma da rizosfera de mandacaru na caatinga. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 27., 2013, Natal. Anais... Natal: Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2013. Resumo 1640-1| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 19. | | RESENDE, M. A.; PROCOPIO, S. de O.; FERNANDES, M. F.; MACHADO, T. N.; LOPES, L. D.; SENA FILHO, J. G. de; BASTOS, D. F. de; TELES, D. A. Potencial de utilização da manipueira como herbicida natural. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 33., 2011, Uberlândia. Solos nos biomas brasileiros: sustentabilidade e mudanças climáticas: anais. [Uberlândia]: SBCS: UFU, ICIAG, 2011. Resumo expandido.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 20. | | LOPES, L. D; SILVA, L. R. F, da; ROMAGNOLI, E. M; FERREIRA, C.; TAKETANI, R. G.; ABDALLA, A. L.; LOUVANDINI, H.; MENDES, R. Metagenomics of sheep rumen microbiome under two diet. XXI ALAM Congresso Latinoamericano de Microbiologia, Santos-Brasil 28/10/12 a 01/11/2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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