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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
05/05/2021 |
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Data da última atualização: |
14/05/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LOPES, F. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; PASSAFARO, T. L.; BRUNES, L. C.; COSTA, M. F. O. e; EIFERT, E. da C.; NARCISO, M. G.; ROSA, G. J. M.; LOBO, R. B.; BALDI, F. |
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Afiliação: |
CLAUDIO DE ULHOA MAGNABOSCO, CPAC; MARCOS FERNANDO OLIVEIRA E COSTA, CNPAF; EDUARDO DA COSTA EIFERT, CPAC; MARCELO GONCALVES NARCISO, CNPAF. |
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Título: |
Improving genomic prediction accuracy for meat tenderness in Nellore cattle using artificial neural networks. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Animal Breeding and Genetics, v. 137, n. 5, 2020. |
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Páginas: |
p. 438-448 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The goal of this study was to compare the predictive performance of artificial neural networks (ANNs) with Bayesian ridge regression, Bayesian Lasso, Bayes A, Bayes B and Bayes Cπ in estimating genomic breeding values for meat tenderness in Nellore cattle. The animals were genotyped with the Illumina Bovine HD Bead Chip (HD, 777K from 90 samples) and the GeneSeek Genomic Profiler (GGP Indicus HD, 77K from 485 samples). The quality control for the genotypes was applied on each Chip and comprised removal of SNPs located on non‐autosomal chromosomes, with minor allele frequency <5%, deviation from HWE (p < 10?6), and with linkage disequilibrium >0.8. The FImpute program was used for genotype imputation. Pedigree‐based analyses indicated that meat tenderness is moderately heritable (0.35), indicating that it can be improved by direct selection. Prediction accuracies were very similar across the Bayesian regression models, ranging from 0.20 (Bayes A) to 0.22 (Bayes B) and 0.14 (Bayes Cπ) to 0.19 (Bayes A) for the additive and dominance effects, respectively. ANN achieved the highest accuracy (0.33) of genomic prediction of genetic merit. Even though deep neural networks are recognized to deliver more accurate predictions, in our study ANN with one single hidden layer, 105 neurons and rectified linear unit (ReLU) activation function was sufficient to increase the prediction of genetic merit for meat tenderness. These results indicate that an ANN with relatively simple architecture can provide superior genomic predictions for meat tenderness in Nellore cattle MenosThe goal of this study was to compare the predictive performance of artificial neural networks (ANNs) with Bayesian ridge regression, Bayesian Lasso, Bayes A, Bayes B and Bayes Cπ in estimating genomic breeding values for meat tenderness in Nellore cattle. The animals were genotyped with the Illumina Bovine HD Bead Chip (HD, 777K from 90 samples) and the GeneSeek Genomic Profiler (GGP Indicus HD, 77K from 485 samples). The quality control for the genotypes was applied on each Chip and comprised removal of SNPs located on non‐autosomal chromosomes, with minor allele frequency <5%, deviation from HWE (p < 10?6), and with linkage disequilibrium >0.8. The FImpute program was used for genotype imputation. Pedigree‐based analyses indicated that meat tenderness is moderately heritable (0.35), indicating that it can be improved by direct selection. Prediction accuracies were very similar across the Bayesian regression models, ranging from 0.20 (Bayes A) to 0.22 (Bayes B) and 0.14 (Bayes Cπ) to 0.19 (Bayes A) for the additive and dominance effects, respectively. ANN achieved the highest accuracy (0.33) of genomic prediction of genetic merit. Even though deep neural networks are recognized to deliver more accurate predictions, in our study ANN with one single hidden layer, 105 neurons and rectified linear unit (ReLU) activation function was sufficient to increase the prediction of genetic merit for meat tenderness. These results indicate that an ANN with relative... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bayesian regression models; Carne macia; Deep learning; Genomic selection; Maciez da carne. |
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Thesagro: |
Carne; Gado de Corte; Genética Animal; Seleção Genética. |
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Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Zebu. |
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Categoria do assunto: |
--
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/223045/1/Magnabosco-Improving-genomic-prediction-accuracy-for-meat-tenderness-in.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Cerrados (CPAC) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
18/03/2011 |
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Data da última atualização: |
23/02/2015 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
B - 2 |
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Autoria: |
BRONDANI, G. E.; GROSSI, F.; WENDLING, I.; DUTRA, L. F.; ARAUJO, M. A. |
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Afiliação: |
GILVANO EBLING BRONDANI, Pós graduação ESALQ; FERNANDO GROSSI, UFPR; IVAR WENDLING, CNPF; LEONARDO FERREIRA DUTRA, CPACT; MARIA ALESSANDRA ARAUJO, Pós-graduação UFLA. |
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Título: |
Aplicação de IBA para o enraizamento de miniestacas de Eucalyptus benthamii Maiden & Cambage x Eucalyptus dunnii Maiden. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
Acta Scientiarum. Agronomy, Maringá, v. 32, n. 4, p. 667-674, 2010. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O Eucalyptus apresenta grande importância no setor florestal e muitos avanços na área do melhoramento foram conquistados com o advento da biotecnologia. Contudo, alguns genótipos promissores ainda não possuem protocolos de multiplicação com técnicas de clonagem, como a miniestaquia. Objetivou-se avaliar concentrações de IBA na sobrevivência, enraizamento e vigor vegetativo de miniestacas de E. benthamii x E. dunnii, com a determinação da dose de máxima eficiência técnica. Minicepas dos clones H12, H19 e H20 foram manejadas em minijardim clonal em sistema semi-hidropônico. Para o enraizamento, mergulhou-se a porção basal da miniestaca em soluções hidroalcoólicas, cujas concentrações foram: 0, 2.000, 4.000, 6.000 e 8.000 mg L-1 de IBA. O experimento foi conduzido no delineamento inteiramente casualizado, sendo constituído por três clones e cinco concentrações de IBA, com cinco repetições, contendo dez miniestacas por repetição. O IBA influenciou positivamente os processos rizogênicos das miniestacas com resposta diferenciada entre os clones, a qual variou de 30,32 a 55,45% de enraizamento. Para os clones H12 e H19, os incrementos positivos ocorreram até a maior concentração de IBA. Contudo, a faixa situada entre os tratamentos de 4.000 e 6.000 mg L-1 de IBA promoveu os melhores resultados de enraizamento para o clone H20. |
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Palavras-Chave: |
AIB; Eucalyptus benthamii x Eucalyptus dunnii; Miniestaquia. |
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Thesagro: |
Enraizamento. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/29967/1/ivar.pdf
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Marc: |
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260 $c2010
520 $aO Eucalyptus apresenta grande importância no setor florestal e muitos avanços na área do melhoramento foram conquistados com o advento da biotecnologia. Contudo, alguns genótipos promissores ainda não possuem protocolos de multiplicação com técnicas de clonagem, como a miniestaquia. Objetivou-se avaliar concentrações de IBA na sobrevivência, enraizamento e vigor vegetativo de miniestacas de E. benthamii x E. dunnii, com a determinação da dose de máxima eficiência técnica. Minicepas dos clones H12, H19 e H20 foram manejadas em minijardim clonal em sistema semi-hidropônico. Para o enraizamento, mergulhou-se a porção basal da miniestaca em soluções hidroalcoólicas, cujas concentrações foram: 0, 2.000, 4.000, 6.000 e 8.000 mg L-1 de IBA. O experimento foi conduzido no delineamento inteiramente casualizado, sendo constituído por três clones e cinco concentrações de IBA, com cinco repetições, contendo dez miniestacas por repetição. O IBA influenciou positivamente os processos rizogênicos das miniestacas com resposta diferenciada entre os clones, a qual variou de 30,32 a 55,45% de enraizamento. Para os clones H12 e H19, os incrementos positivos ocorreram até a maior concentração de IBA. Contudo, a faixa situada entre os tratamentos de 4.000 e 6.000 mg L-1 de IBA promoveu os melhores resultados de enraizamento para o clone H20.
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700 1 $aARAUJO, M. A.
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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