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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
19/05/2017 |
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Data da última atualização: |
30/12/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. |
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Afiliação: |
NEDENIA BONVINO STAFUZZA, FCAV/Unesp; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; TATIANE CRISTINA SELEGUIM CHUD, FCAV/Unesp; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, Cenargen; DANÍSIO PRADO MUNARI, FCAV/Unesp; DORIAN J. GARRICK, Iowa State University; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; MARTA FONSECA MARTINS, CNPGL; MARIA RAQUEL CARVALHO, UFMG; JOHN BRUCE COLE, Agricultural Research Service; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
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Título: |
Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Plos One, v. 12, n. 3, p. 1-15, 2017. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0173954 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Artigo e0173954. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva. |
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Conteúdo: |
Whole-genome re-sequencing, alignment and annotation analyses were undertaken for 12 sires representing four important cattle breeds in Brazil: Guzerat (multi-purpose), Gyr, Girolando and Holstein (dairy production). A total of approximately 4.3 billion reads from an Illumina HiSeq 2000 sequencer generated for each animal 10.7 to 16.4-fold genome coverage. A total of 27,441,279 single nucleotide variations (SNVs) and 3,828,041 insertions/deletions (InDels) were detected in the samples, of which 2,557,670 SNVs and 883,219 InDels were novel. The submission of these genetic variants to the dbSNP database significantly increased the number of known variants, particularly for the indicine genome. The concordance rate between genotypes obtained using the Bovine HD BeadChip array and the same variants identified by sequencing was about 99.05%. The annotation of variants identified numerous non-synonymous SNVs and frameshift InDels which could affect phenotypic variation. Functional enrichment analysis was performed and revealed that variants in the olfactory transduction pathway was over represented in all four cattle breeds, while the ECM-receptor interaction pathway was over represented in Girolando and Guzerat breeds, the ABC transporters pathway was over represented only in Holstein breed, and the metabolic pathways was over represented only in Gyr breed. The genetic variants discovered here provide a rich resource to help identify potential genomic markers and their associated molecular mechanisms that impact economically important traits for Gyr, Girolando, Guzerat and Holstein breeding programs. MenosWhole-genome re-sequencing, alignment and annotation analyses were undertaken for 12 sires representing four important cattle breeds in Brazil: Guzerat (multi-purpose), Gyr, Girolando and Holstein (dairy production). A total of approximately 4.3 billion reads from an Illumina HiSeq 2000 sequencer generated for each animal 10.7 to 16.4-fold genome coverage. A total of 27,441,279 single nucleotide variations (SNVs) and 3,828,041 insertions/deletions (InDels) were detected in the samples, of which 2,557,670 SNVs and 883,219 InDels were novel. The submission of these genetic variants to the dbSNP database significantly increased the number of known variants, particularly for the indicine genome. The concordance rate between genotypes obtained using the Bovine HD BeadChip array and the same variants identified by sequencing was about 99.05%. The annotation of variants identified numerous non-synonymous SNVs and frameshift InDels which could affect phenotypic variation. Functional enrichment analysis was performed and revealed that variants in the olfactory transduction pathway was over represented in all four cattle breeds, while the ECM-receptor interaction pathway was over represented in Girolando and Guzerat breeds, the ABC transporters pathway was over represented only in Holstein breed, and the metabolic pathways was over represented only in Gyr breed. The genetic variants discovered here provide a rich resource to help identify potential genomic markers and their associated... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genetic variants; Genomic markers; Important traits; Molecular mechanisms; Polimorfismo de nucleotídeo único; Potential genomic markers; Raças bovinas; Single nucleotide variations. |
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Thesagro: |
Gado; Variação genética. |
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Thesaurus Nal: |
Cattle breeds; Genome; Single nucleotide polymorphism; Sires. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/171980/1/AP-Single-nucleotide-Stafuzza-etal.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/161515/1/Cnpgl-2017-PlosOne-Stafuzza-Single.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/180929/1/journal.pone.0173954.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pantanal. |
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Data corrente: |
14/12/2010 |
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Data da última atualização: |
13/03/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
REIS, V. D. A. dos; AZEVEDO, D. T. DE.; ALMEIDA, A. M. DE.; RODRIGUES, R. DA S.; SILVA, M. X. da; ROSA, W. P.; BARROS, M. A. F. DE.; RAMIREZ, R. P.; ROKENBACH, A.; SOUZA, N. E. DE.; CONCEIÇÃO, L. DA. |
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Afiliação: |
VANDERLEI DONISETI ACASSIO DOS REIS, CPAP; DAMIÃO TEIXEIRA DE AZEVEDO, UFMS; ADEMIR MARQUES DE ALMEIDA, UNOPAR; RENNAN DA SILVA RODRIGUES, UFMS; MARCELO XAVIER DA SILVA, CPAP; WALDEMIR PEREIRA ROSA, AAPAN; MARCO ANTÔNIO FREIRE DE BARROS, FUNDAÇÃO TERRA DO PANTANAL; RONALDO PARADA RAMIREZ, AGRAER; ALBINO ROKENBACH, ASSSENTAMENTO TAMARINEIRO II; NEUZA ESCOBAR DE SOUZA, ASSENTAMENTO TAQUARAL; LUIZ DA CONCEIÇÃO, ASSENTAMENTO TAQUARAL. |
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Título: |
Acompanhamento das tecnologias apícolas adotadas em assentamentos rurais de Corumbá, MS. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SEMINÁRIO DE AGROECOLOGIA DE MATO GROSSO DO SUL, 3.; ENCONTRO DE PRODUTORES AGROECOLÓGICOS DE MS, 2010, Corumbá, MS. Construindo um futuro sustentável: anais. Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste; Corumbá: Embrapa Pantanal; Campo Grande: Embrapa Gado de Corte, 2010. |
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Descrição Física: |
1 CD-Rom. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Disponível também em: Cadernos de Agroecologia, V. 5, n.1, 2010. |
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Conteúdo: |
A Embrapa Pantanal executa desde março de 2009 um projeto de pesquisa participativa em dois Assentamentos Rurais de Corumbá/MS em parceria com a AAPAN, AGRAER, Fundação Terra do Pantanal e com alguns assentados, com o objetivo de avaliar as tecnologias apícolas adotadas, propor ajustes e inclusões ao sistema produtivo. Diversas revisões foram realizadas nas colônias de abelhas africanizadas (Apis mellifera) em três apiários, sendo constatadas a despadronização e inadequações na qualidade e no acabamento da madeira utilizada na confecção das colmeias, na localização, na mobilidade e na infra-estrutura nos apiários. Uma assentada com a assistência técnica da Embrapa Pantanal substituiu as suas colmeias rústicas pelo modelo padrão e em todos os apiários foram adotados alguns ajustes nas demais restrições identificadas. No entanto, a adoção de outras tecnologias é limitada devido ao restrito acesso dos assentados a financiamentos, insumos e materiais apícolas de qualidade na região. |
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Thesagro: |
Agricultura Familiar; Apicultura. |
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Thesaurus NAL: |
Pantanal. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/25112/1/sp17329.pdf
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Marc: |
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300 $c1 CD-Rom.
500 $aDisponível também em: Cadernos de Agroecologia, V. 5, n.1, 2010.
520 $aA Embrapa Pantanal executa desde março de 2009 um projeto de pesquisa participativa em dois Assentamentos Rurais de Corumbá/MS em parceria com a AAPAN, AGRAER, Fundação Terra do Pantanal e com alguns assentados, com o objetivo de avaliar as tecnologias apícolas adotadas, propor ajustes e inclusões ao sistema produtivo. Diversas revisões foram realizadas nas colônias de abelhas africanizadas (Apis mellifera) em três apiários, sendo constatadas a despadronização e inadequações na qualidade e no acabamento da madeira utilizada na confecção das colmeias, na localização, na mobilidade e na infra-estrutura nos apiários. Uma assentada com a assistência técnica da Embrapa Pantanal substituiu as suas colmeias rústicas pelo modelo padrão e em todos os apiários foram adotados alguns ajustes nas demais restrições identificadas. No entanto, a adoção de outras tecnologias é limitada devido ao restrito acesso dos assentados a financiamentos, insumos e materiais apícolas de qualidade na região.
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700 1 $aROSA, W. P.
700 1 $aBARROS, M. A. F. DE.
700 1 $aRAMIREZ, R. P.
700 1 $aROKENBACH, A.
700 1 $aSOUZA, N. E. DE.
700 1 $aCONCEIÇÃO, L. DA.
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Registro original: |
Embrapa Pantanal (CPAP) |
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