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BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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Biblioteca(s):  Embrapa Soja.
Data corrente:  07/04/2004
Data da última atualização:  27/07/2007
Autoria:  BINNECK, E.; SILVA, J. F. V.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ARIAS, C. A. A.; ALMEIDA, A. M. R.; MARIN, S. R. R.; WENDLAND, A.; SILVEIRA, C. A. da; MOLINA, J. C.; LEMOS, N. G.; FUGANTI, R.; STOLF, R.; NEPOMUCENO, A. L.
Título:  VSQual: a visual system to assist the DNA sequencing quality control.
Ano de publicação:  2004
Fonte/Imprenta:  In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 7.; INTERNATIONAL SOYBEAN PROCESSING AND UTILIZATION CONFERENCE, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 3., 2004, Foz do Iguassu. Abstracts of contributed papers and posters. Londrina: Embrapa Soybean, 2004.
Páginas:  p. 249-250.
Série:  (Embrapa Soja. Documentos, 228).
Idioma:  Inglês
Notas:  Editado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi.
Conteúdo:  A lack of pliant software tools that support small to medium-scale DNA sequencing efforts are a major hindrance to recording and using laboratory workflow information to monitor the overall quality of data production. To solve this task we developed a series of Perl programs that makes up a package called VSQual. This package gives rise to a Web-based graphical interface, which allows us on organizing, using and monitoring the reliability of DNA sequencing workflow data generated by automated sequencers. The package is a flexible pipeline system designed to be accessible and useful to both programmers and nonprogrammers. For each DNA sequence read, the system generates an intuitive report in FASTA colored format with visual quality information of each nucleotide position, based on Phred scores (Ewing et al., 1998, Genome Res. 8:175-85): red stands for Phred score < 10; green stands for Phred score >= 10 and < 20; blue stands for Phred score >= 20 and < 30; and, black stands for Phred score >= 30. Also, on this report, a trace viewer permits an inspection of all chromatogram extension with a graphical view of Phred score for each base. A general report for each 96-well plate is produced on a plate shape figure where the sequence quality is reported as a colored button for each well. This 96-well shape report functions as a fully clickable map, giving access to each sequence on FASTA colored format and trace viewer as described above. On the 96-well report, as default, green s... Mostrar Tudo
Categoria do assunto:  --
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Soja (CNPSO)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CNPSO23753 - 1UMTPL - --RF 633.34072W927a
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21.Imagem marcado/desmarcadoNEPOMUCENO, A. L.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; SILVA, J. F. V.; ARIAS, C. A. A.; OYA, T.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; LEMOS, N. G.; BRETON, M. C.; MARTINS, P. K.; PEDROSO, J.; DELATTRE, N. Identificação, clonagem e sequenciamento de genes diferencialmente expressos em resposta às variações climáticas em soja. In: HOFFMANN-CAMPO, C. B.; SARAIVA, O. F. (Org.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja - 2001: ecofisiologia e biologia molecular. Londrina: Embrapa Soja, 2002. p. 20-22. (Embrapa Soja. Documentos, 198).
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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22.Imagem marcado/desmarcadoYAMANAKA, N.; YAMAOKA, Y.; KATO, M.; LEMOS, N. G.; PASSIANOTTO, A. L. de L.; SANTOS, J. V. M. dos; BENITEZ, E. R.; ABDELNOOR, R. V.; SOARES, R. M.; SUENAGA, K. Development of classification criteria for resistance to soybean rust and differences in virulence among Japanese and Brazilian rust populations. Tropical Plant Pathology, Lavras, v. 35, n. 3, p. 153-162, May./Jun. 2010.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 2
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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23.Imagem marcado/desmarcadoYAMANAKA, N.; BENEVENTI, M. A.; POLIZEL, A.; STOLF, R.; PAIVA, A. A. R.; SALINET, L. H.; LEMOS, N. G.; MARIN, S. R. R.; SILVEIRA, C. A.; TOBITA, S.; NAKASHIMA, K.; YAMAGUCHI-SHINOZAKI, K.; FARIAS, J. R. B.; NEPOMUCENO, A. L. Development of transgenic soybean tolerant tos drought stress. In: SUENAGA, K.; KUDO, H.; OSHIO, S. (Ed.). Comprehensive studies on the development of sustainable soybean production technology in South America. Tsukuba: JIRCAS, 2007. p. 21-26. (JIRCAS Working Report, 51).
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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24.Imagem marcado/desmarcadoYAMANAKA, N.; YAMAOKA, Y.; KATO, M.; LEMOS, N. G.; PASSIANOTTO, A. L. de L.; SANTOS, J. V. M. dos; BENITEZ, E. R.; ABDELNOOR, R. V.; SOARES, R. M.; SUENAGA, K. Difference in virulence among japanese and brazilian isolates of asian soybean rust. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 8., 2009, Beijing. Developing a global soy blueprint for a safe secure and sustainable supply: abstracts. Beijing: Chinese Academy of Agricultural Sciences: Institute of Crop Science, 2009. p. 94, ref. P211. WSRC 2009. Editado por Lijuan Qiu, Rongxia Guan, Jian Jin, Qijan Song, Shuntang Guo, Wenbin Li, Yuanchao Wang, Tianfu Han, Xiaobing Liu, Deyue Yu, Lianzhou Jiang, Deliang Peng.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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25.Imagem marcado/desmarcadoMOLINA, J. C.; LEMOS, N. G.; MORALES, A. M.; MARIN, S. R. R.; SILVEIRA, C. A. da; LEMOS, E.; SILVA, J. F. V.; ARIAS, C. A. A.; BINNECK, E.; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; NEPOMUCENO, A. L. Funcional genomics of soybean roots. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 7.; INTERNATIONAL SOYBEAN PROCESSING AND UTILIZATION CONFERENCE, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 3., 2004, Foz do Iguassu. Abstracts of contributed papers and posters. Londrina: Embrapa Soybean, 2004. p. 256-257. (Embrapa Soja. Documentos, 228). Editado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi.
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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26.Imagem marcado/desmarcadoLEMOS, N. G.; YAMAGUCHI-SHINOZAKI, K.; NAKASHIMA, K.; MOLINA, J. C.; STOLF, R.; MORALES, A. M. R.; LUGLE, S. M.; SILVEIRA, C. A. de; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; NEPOMUCENO, A. L. Introduction of genes that confer drought stress tolerance in soybean [Glycine max (L.) Merril] by biobalistic. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 7.; INTERNATIONAL SOYBEAN PROCESSING AND UTILIZATION CONFERENCE, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 3., 2004, Foz do Iguassu. Abstracts of contributed papers and posters. Londrina: Embrapa Soybean, 2004. p. 256. (Embrapa Soja. Documentos, 228). Editado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi.
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27.Imagem marcado/desmarcadoSTOLF, R.; MEDRI, M. E.; PIMENTA, J. A.; BOEGER, M. R. T.; DIAS, J.; LEMOS, N. G.; OLIVEIRA, M. C. N. de; BROGIN, R. L.; YAMANAKA, N.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; NEPOMUCENO, A. L. Morpho-anatomical and Micromorphometrical evaluations in soybean genotypes during water stress. Brazilian Archives of Biology and Technology, Curitiba, v. 52, n. 6, p. 1321-1331, Nov./Dec. 2009.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 1
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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28.Imagem marcado/desmarcadoCATELLI, L. L.; ARIAS, C. A. A.; DI MAURO, A. O.; CAMARGO, P. O.; MARIN, S. R. R.; POLIZEL, A. M.; SOUZA, L. G.; LEMOS, N. G.; RINCÃO, M. P.; YAMANAKA, N.; ABDELNOOR, R. V. Parámetros genéticos de resistencia asociados a la roya asiática de la soja (Phakopsora pachyrzi). In: CONGRESO LATINOAMERICANO DE GENETICA, 13; CONGRESO DE GENETICA, 6, 2008, Lima. Resumos...Lima: Hozlo S.R.L., 2008.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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29.Imagem marcado/desmarcadoYAMANAKA, N.; LEMOS, N. G.; AKAMATSU, H.; YAMAOKA, Y.; KATO, M.; SILVA, D. C. G.; PASSIANOTTO, A. L. de L.; SANTOS, J. V. M. dos; BENITEZ, E. R.; ABDELNOOR, R. V.; SOARES, R. M.; SUENAGA, K. Pathogenic differences among japonese and brazilian soybean rust populations and resistance useful against brazilian rust populations. In: AKAMATSU, H.; YAMANAKA, N.; SUENAGA, K. (Ed.). Identification of Stable Resistance to Soybean Rust for South America. Tsukuba: JIRCAS, 2014. (JIRCAS Working Report, 81). p. 63-78.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
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30.Imagem marcado/desmarcadoNEPOMUCENO, A. L.; LUGLE, S. M.; ARIAS, C. A. A.; BRIGHENTI, A. M.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; MARIN, S. R. R.; SILVEIRA, C. A.; BINNECK, E.; MOLINA, J.; LEMOS, N. G.; STOLF, R. Transformação de plantas de soja por biobalística com genes de interesse (04.2000.322-05). In: HOFFMANN-CAMPO, C. B.; SARAIVA, O. F. (Org.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja - 2002: ecofisiologia e biologia molecular. Londrina: Embrapa Soja, 2003. p. 39-46. (Embrapa Soja. Documentos, 217).
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31.Imagem marcado/desmarcadoSTOLF, R.; MEDRI, M. E.; BROGIN, R. L.; MOLINA, J. C.; SILVEIRA, C. A. da; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; LEMOS, N. G.; PIOTTO, E. C. S.; DIAS, J.; NEUMAIER, N.; NEPOMUCENO, A. L. Tolerance to drought in Glycine max (L.) Merril: ecophysiological aspects. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 7.; INTERNATIONAL SOYBEAN PROCESSING AND UTILIZATION CONFERENCE, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 3., 2004, Foz do Iguassu. Abstracts of contributed papers and posters. Londrina: Embrapa Soybean, 2004. p. 185. (Embrapa Soja. Documentos, 228). Editado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi.
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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32.Imagem marcado/desmarcadoSTOLF-MOREIRA, R.; MEDRI, M. E.; NEUMAIER, N.; LEMOS, N. G.; PIMENTA, J. A.; TOBITA, S.; BROGIN, R. L.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; OLIVEIRA, M. C. N.; ABDELNOOR, R. V.; NEPOMUCENO, A. L. Soybean physiology and gene expression during drought. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 9, n. 4, p. 1946-1956, 2010.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 1
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33.Imagem marcado/desmarcadoBINNECK, E.; SILVA, J. F. V.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ARIAS, C. A. A.; ALMEIDA, A. M. R.; MARIN, S. R. R.; WENDLAND, A.; SILVEIRA, C. A. da; MOLINA, J. C.; LEMOS, N. G.; FUGANTI, R.; STOLF, R.; NEPOMUCENO, A. L. Bioinformatics tools for sequence analysis and annotation applied to soybean functional genome. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 7.; INTERNATIONAL SOYBEAN PROCESSING AND UTILIZATION CONFERENCE, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 3., 2004, Foz do Iguassu. Abstracts of contributed papers and posters. Londrina: Embrapa Soybean, 2004. p. 248-249. (Embrapa Soja. Documentos, 228). Editado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi.
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34.Imagem marcado/desmarcadoPOLIZEL, A M.; MEDRI, M. E.; YAMANAKA, N.; BENEVENTI, M. A.; SHINOZAKI, K. Y.; NAKASHIMA, K.; OLIVEIRA, M. C. N. de; BINNECK, E.; FARIAS, J. R. B.; MARIN, S. R. R.; SILVEIRA, C. A.; ABDELNOOR, R. V.; PAIVA, A. A. R.; STOLF, R.; SALINET, L. H.; LEMOS, N. G.; NEUMAIER, N.; NEPOMUCENO, A. L. Avaliação molecular e fisiológica de soja geneticamente modificadas com a construção rd29:DREB1A, de Arabidopsis thaliana, visando tolerância à seca. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 52.; CONGRESO DE LA ASOCIACIÓN LATINOAMERICANA DE GENÉTICA, 12., 2006, Foz do Iguaçu. Resumos... Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2006. 1 CD-ROM. Área Plantas - pdf 1136.
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35.Imagem marcado/desmarcadoBINNECK, E.; MORALES, A. M. R.; ALMEIDA, A. M. R.; ARIAS, C. A. A.; SILVEIRA, C. A.; SILVA, J. F. V.; FARIAS, J. R. B.; MOLINA, J. C.; PEDROSO, J. C.; BRETON, M. C.; LEMOS, N. G.; NEUMAIER, N.; MARTINS, P. K.; FUGANTI, R.; STOLF, R.; MARIN, S. R. R.; NEPOMUCENO, A. L. A visual system for DNA sequencing quality control. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFOMATICS AND COMPUTATION BIOLOGY, 1., 2003, Ribeirão Preto. Resumos... [S.l.]: CBAB - Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia, 2003. p. 47.
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36.Imagem marcado/desmarcadoBINNECK, E.; SILVA, J. F. V.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ARIAS, C. A. A.; ALMEIDA, A. M. R.; MARIN, S. R. R.; WENDLAND, A.; SILVEIRA, C. A. da; MOLINA, J. C.; LEMOS, N. G.; FUGANTI, R.; STOLF, R.; NEPOMUCENO, A. L. VSQual: a visual system to assist the DNA sequencing quality control. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 7.; INTERNATIONAL SOYBEAN PROCESSING AND UTILIZATION CONFERENCE, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 3., 2004, Foz do Iguassu. Abstracts of contributed papers and posters. Londrina: Embrapa Soybean, 2004. p. 249-250. (Embrapa Soja. Documentos, 228). Editado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi.
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37.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, D. C. G. da; STOLF, R.; MORTEL, M. de van; LEMOS, N. G.; SANTOS, J. V. M. dos; PEREIRA, R. M.; BINNECK, E.; ALMEIDA, A. M. R.; NEPOMUCENO, A. L.; YAMANAKA, N.; MARCELINO, F. C.; BAUM, T. J.; WHITHAM, S. A.; LEMOS, E. G. M.; ABDELNOOR, R. V. Transcritos da soja induzidos durante interação com a ferrugem asiática. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008. p. 319.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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38.Imagem marcado/desmarcadoNEPOMUCENO, A. L.; LUGLE, S.; ARIAS, C. A. A.; SILVA, J. F. V.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; OYA, T.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; LEMOS, N. G.; BRETON, M. C.; MARTINS, P. K.; PEDROSO, J. C.; DELATTRE, N.; CARNEIRO, N.; LEITE, A. Transformação de plantas de soja por biobalística com genes de interesse. In: HOFFMANN-CAMPO, C. B.; SARAIVA, O. F. (Org.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja - 2001: ecofisiologia e biologia molecular. Londrina: Embrapa Soja, 2002. p. 40-42. (Embrapa Soja. Documentos, 198).
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