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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
Data corrente: |
02/09/2013 |
Data da última atualização: |
04/04/2022 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
LOPES-CAITAR, V. S.; CARVALHO, M. C. C. G. de; LUANA M. DARBEN; KUWAHARA, M. K.; NEPOMUCENO, A. L.; DIAS, W. P.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C. |
Afiliação: |
VALÉRIA S. LOPES-CAITAR; MAYRA C. C. G. DE CARVALHO, UENP; MARCIA KAMOGAE KUWAHARA, CNPSO; ALEXANDRE LIMA NEPOMUCENO, SRI; WALDIR PEREIRA DIAS, CNPSO; RICARDO VILELA ABDELNOOR, CNPSO; FRANCISMAR CORREA MARCELINO GUIMARA, CNPSO. |
Título: |
Genome-wide analysis of the Hsp20 gene family in soybean: comprehensive sequence, genomic organization and expression profile analysis under abiotic and biotic stresses. |
Ano de publicação: |
2013 |
Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 14, article 577, 2013. |
Páginas: |
17 p. |
ISSN: |
1471-2164 |
DOI: |
10.1186/1471-2164-14-577 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
The Hsp20 genes are associated with stress caused by HS and other abiotic factors, but have recently been found to be associated with the response to biotic stresses. These genes represent the most abundant class among the HSPs in plants, but little is known about this gene family in soybean. Because of their apparent multifunctionality, these proteins are promising targets for developing crop varieties that are better adapted to biotic and abiotic stresses. Thus, in the present study an in silico identification of GmHsp20 gene family members was performed, and the genes were characterized and subjected to in vivo expression analysis under biotic and abiotic stresses. A search of the available soybean genome databases revealed 51 gene models as potential GmHsp20 candidates. The 51 GmHsp20 genes were distributed across a total of 15 subfamilies where a specific predicted secondary structure was identified. Based on in vivo analysis, only 47 soybean Hsp20 genes were responsive to heat shock stress. Among the GmHsp20 genes that were potentials HSR, five were also cold-induced, and another five, in addition to one GmAcd gene, were responsive to Meloidogyne javanica infection. Furthermore, one predicted GmHsp20 was shown to be responsive only to nematode infection; no expression change was detected under other stress conditions. Some of the biotic stress-responsive GmHsp20 genes exhibited a divergent expression pattern between resistant and susceptible soybean genotypes under M. javanica infection. The putative regulatory elements presenting some conservation level in the GmHsp20 promoters included HSE, W-box, CAAT box, and TA-rich elements. Some of these putative elements showed a unique occurrence pattern among genes responsive to nematode infection. The evolution of Hsp20 family in soybean genome has most likely involved a total of 23 gene duplications. The obtained expression profiles revealed that the majority of the 51 GmHsp20 candidates are induced under HT, but other members of this family could also be involved in normal cellular functions, unrelated to HT. Some of the GmHsp20 genes might be specialized to respond to nematode stress, and the predicted promoter structure of these genes seems to have a particular conserved pattern related to their biological function. MenosThe Hsp20 genes are associated with stress caused by HS and other abiotic factors, but have recently been found to be associated with the response to biotic stresses. These genes represent the most abundant class among the HSPs in plants, but little is known about this gene family in soybean. Because of their apparent multifunctionality, these proteins are promising targets for developing crop varieties that are better adapted to biotic and abiotic stresses. Thus, in the present study an in silico identification of GmHsp20 gene family members was performed, and the genes were characterized and subjected to in vivo expression analysis under biotic and abiotic stresses. A search of the available soybean genome databases revealed 51 gene models as potential GmHsp20 candidates. The 51 GmHsp20 genes were distributed across a total of 15 subfamilies where a specific predicted secondary structure was identified. Based on in vivo analysis, only 47 soybean Hsp20 genes were responsive to heat shock stress. Among the GmHsp20 genes that were potentials HSR, five were also cold-induced, and another five, in addition to one GmAcd gene, were responsive to Meloidogyne javanica infection. Furthermore, one predicted GmHsp20 was shown to be responsive only to nematode infection; no expression change was detected under other stress conditions. Some of the biotic stress-responsive GmHsp20 genes exhibited a divergent expression pattern between resistant and susceptible soybean genotypes under M. ... Mostrar Tudo |
Thesagro: |
Soja. |
Thesaurus Nal: |
Soybeans. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/102608/1/genome-wide.pdf
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Marc: |
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Embrapa Soja (CNPSO) |
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Registros recuperados : 22 | |
1. | | KUWAHARA, M. K.; LIMA, D.; MARCELINO, F. C. Sensibilidade da detecção de grãos de soja geneticamente modificados em misturas com convencionais segundo critérios para classificação de sementes. Informativo ABRATES, Londrina, v. 19, n. 2, p. 211, set. 2009. Edição Especial, ref. 204. Edição dos Resumos do XVI Congresso de Sementes, Curitiba, ago./set. 2009.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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2. | | LINO, E. J.; KUWAHARA, M. K.; ARIAS, C. A.; MARCELINO, F. C. Validação de um método para detecção e quantificação de soja culticance tolerante a herbicidas imidazolinonas por PCR convencional e quantitativo. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 5., 2010, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 53-57. (Embrapa Soja. Documentos, 323). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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3. | | RINCÃO, M. P; CRUZ, B. G.; YOKOYAMA, A.; KUWAHARA, M. K.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C. Perfil transcricional de genes essenciais ao fungo phakopsora pachyrhizi causador da ferrugem asiática da soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 7.; MERCOSOJA, 2015, Florianópolis. Tecnologia e mercado global: perspectivas para soja: anais. Londrina: Embrapa Soja, 2015. 3 p. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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4. | | CAMPOS-FILHO, P. J.; LOPES, V. S.; KUWAHARA, M. K.; LOPES, I. O. N.; ARIAS, C. A.; MARCELINO, F. C. Validação de um método para detecção e quantificação de eventos de soja gm tolerante a herbicidas imidazolinonas por PCR convencional e quantitativo. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 4., 2009, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2009. p. 97-102. (Embrapa Soja. Documentos, 312). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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5. | | PASSIANOTTO, A. L. de L.; KUWAHARA, M. K.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; BINNECK, E.; GONELA, A.; MARCELINO, F. C. Desenvolvimento e validação do sistema de genotipagem molecular de cultivares de soja via sequenciador automático com marcadores microssatélites. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 4., 2009, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2009. p. 209-213. (Embrapa Soja. Documentos, 312). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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6. | | PASSIANOTTO, A. L. de L.; SILLA, P. R.; MARIN, S. R. R.; KUWAHARA, M. K.; NEPOMUCENO, A. L.; BINNECK, E.; ABDELNOOR, R. V.; GONELA, A.; MARCELINO, F. C. Determinação de perfis genéticos de cultivares de soja desenvolvidos pela Embrapa. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... [Curitiba]: UFPR, 2010. p. 166.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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7. | | CARDOSO, R.; SILVA, A. C. da; SOUZA JUNIOR, H. de; FRESTRAS, L. A.; KUWAHARA, M. K.; SILVA, D. C. G. da; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C. Genome-Wide Association Study (GWAS) para resistência a Xanthomonas axonopodis pv. glycines. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 15., 2020, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2020. 244 p. (Embrapa Soja. Documentos, 429). p. 60-67 (Embrapa Soja. Documentos, 429). Artigo de acesso aberto.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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8. | | MAIA, M. S.; BRUMER, B. B.; NOVAES, R. M. L.; SILVA, D. C. G.; KUWAHARA, M. K.; DALCIN, M. B.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; ABDELNOOR, R. V. Método de extração de DNA de folhas de soja adaptado para larga escala. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 8., 2013, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2013. p. 146-151. (Embrapa Soja. Documentos, 339).Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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9. | | AOYAGI, L. N.; CAITAR, V. S. L.; POLIZEL-PODANOSQUI, A. M.; DARBEN, L. M.; CARVALHO, M. C. D.; KUWAHARA, M. K.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C. Identificação e caracterização filogenética de proteínas R2R3-MYB no genoma da soja e seu perfil transcricional em resposta a patógenos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FITOPATOLOGIA, 46.; REUNIÃO BRASILEIRA DE CONTROLE BIOLÓGICO, 11., 2013, Ouro Preto. [Anais...]. [Brasília]: Sociedade Brasileira de Fitopatologia, 2013. 1 CD-ROM.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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10. | | GONÇALVES, A. P.; FREITAS, A. T.; KUWAHARA, M. K.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; ALMEIDA, A. M. R.; BIANCHINI, A.; MOLINA, R. O. Quantificação de Bean Golden mosaic vírus (BGMV) em feijões (Phaseolus vulgaris L.) via qPCR. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FITOPATOLOGIA, 48.; CONGRESSO BRASILEIRO DE PATOLOGIA PÓS COLHEITA, 2., 2015, São Pedro, SP. Fitopatologia de precisão - fronteiras da ciência: anais. [Brasilia, DF]: Sociedade Brasileira de Fitopatologia, 2015. 1 CD-ROM.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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11. | | BRUMER, B. B.; MAIA, M. S.; DALCIN, M. B.; KUWAHARA, M. K.; NOVAES, R. M. L.; SILVA, D. C. G.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; ABDELNOOR, R. V. Otimização de um método de extração de DNA eficiente, rápido e de baixo custo de sementes de soja para fins de seleção assistida por marcadores moleculares. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 8., 2013, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2013. p. 46-50.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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12. | | TROVATI, B.; FERREIRA, N.; SANTOS, E. A. dos; CASTANHO, F. M.; KUWAHARA, M. K.; MEYER, M. C.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C. Variabilidade patôgenica de Phakopsora pachyrhizi nas principais regiões produtoras de soja no brasil nas safras 2018-2021. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 9., 2022, Foz do iguaçu, PR. Desafios para a produtividade sustentável no Mercosul: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2022. Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Adeney de Freitas Bueno, editores técnicos. resumo 94. p. 113.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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13. | | CASTANHO, F. M.; KUWAHARA, M. K.; FERNANDES, G. P.; DARBEN, L. M.; YOKOYAMA, A.; SILVA, D. C. G. da; ABDELNOOR, R. V.; MEYER, M. C.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C. Characterization of Phakopsora pachyrhizi races from a broad geographical and temporal collection. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 9., 2022, Foz do iguaçu, PR. Desafios para a produtividade sustentável no Mercosul: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2022. Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Adeney de Freitas Bueno, editores técnicos. resumo 105. p. 124.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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14. | | LOPES-CAITAR, V. S.; CARVALHO, M. C. C. G. de; LUANA M. DARBEN; KUWAHARA, M. K.; NEPOMUCENO, A. L.; DIAS, W. P.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C. Genome-wide analysis of the Hsp20 gene family in soybean: comprehensive sequence, genomic organization and expression profile analysis under abiotic and biotic stresses. BMC Genomics, v. 14, article 577, 2013. 17 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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15. | | AOYAGI, L. N.; LOPES-CAITAR, V. S.; CARVALHO, M. C. C. G. de; DARBEN, L. M.; POLIZEL-PODANOSQUI, A.; KUWAHARA, M. K.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C. Genomic and transcriptomic characterization of the transcription factor family R2R3-MYB in soybean and its involvement in the resistance responses to Phakopsora pachyrhizi. Plant Sciense, Limerick, v. 229, p. 32-42, Dec. 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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16. | | LOPES, V. S.; ROLLA, A. A. P.; FILHO, P. J. C.; KUWAHARA, M. K.; PASSIANOTO, A. L. de L.; LIMA, D.; DOMIT, L. A.; DALBOSCO, M.; MIRANDA, L. C.; MARCELINO, F. C. Identificação de pontos críticos de contaminação cruzada entre cultivos transgênicos e convencional na cadeia produtiva da soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 5.; MERCOSOJA 2009, Goiânia. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2009. p. 105, trab. 178. Editado por Adilson de Oliveira Júnior, Odilon Ferreira Saraiva, Clara Beatriz Hoffmann Campo, César de Castro.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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17. | | KUMA, K. M.; LOPES-CAITAR, V. S.; ROMERO, C. C. T.; DARBEN, L. M.; SILVA, S. M. H.; CARVALHO, M. C. C. G. de; KUWAHARA, M. K.; OLIVEIRA, M. C. N. de; DIAS, W. P.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C. Functional characterization of soybean GmHsp17.6B and GmHsp22.4 genes in response to Meloidogyne javanica infection. In: WORKSHOP ON BIOTIC AND ABIOTIC STRESS TOLERANCE IN PLANTS, 2013, Ilhéus. The challenge for the 21st century: book of abstracts. [Brasília]: Embrapa: International Advanced Biology Consortium, 2013. p. 34.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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18. | | FREITAS-VANZO, A. T. de; SILVA, C. de C. da; NOVAES, T. G. de; WALZ, D. M.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; KUWAHARA, M. K.; MOLINA, R. de O.; LEITE JUNIOR, R. P. Evaluation of disease severity caused by Bean golden mosaic virus in different bean cultivars. Canadian Journal of Plant Pathology, v. 43, N. 1, p. 172-178, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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19. | | DARBEN, L. M.; YOKOYAMA, A.; PARMEZAN, T. R.; KUWAHARA, M. K.; CARVALHO, M. C. C. G. de; GONELA, A.; SOARES, R. M.; ALMEIDA, A. M. R.; GODOY, C. V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C. Evaluation of virulence of Phakopsora pachyrhizi monourediniais isolates collected in Brazil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FITOPATOLOGIA, 47.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MOFO BRANCO, 2014, Londrina. Desafios futuros: anais. Londrina: SBF, 2014. 1 CD-ROM.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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20. | | SILVA, D. L. L. F.; BISSI, R. B.; FERREIRA, E. G. C.; CARDOSO, R.; LOPES-CAITAR, V. S.; BARROS, L. G.; SANTOS, A. B. dos; KUWAHARA, M. K.; SILVA, D. C. G. da; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C. Validação de SNPs para Seleção Assistida por Marcadores DO LOCUS rpp6 DE Resistência à Ferrugem Asiática da Soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 10., 2019, Águas de Lindóia. [Anais...]. [S. l.]: SBMP, 2019. e-book. p. 71.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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