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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte. |
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Data corrente: |
02/01/2014 |
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Data da última atualização: |
22/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. |
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Afiliação: |
LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; FELIPE RODRIGUES DA SILVA, CNPTIA; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; LUIZ OTAVIO CAMPOS DA SILVA, CNPGC; ANDREA ALVES DO EGITO, CNPGC; FABIANE SIQUEIRA, CNPGC; NAIARA MILAGRES AUGUSTO DA SILVA, CENARGEN; SAMUEL REZENDE PAIVA, Cenargen; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN. |
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Título: |
Sequencing and de novo genome assembly of a nelore (Bos indicus) bull. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês
Português |
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Notas: |
Pôster 0522. |
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Conteúdo: |
Bos indicus cattle breeds have been extensively used for dairy and beef production in tropical climates and present several natural adaptations to biotic and abiotic stresses found in these regions of the world. As breeder associations stride towards incorporating genomic tools into ongoing genetic evaluations and breeding programs to improve productivity and beef and milk quality traits, a (B. indicus) genome assembly represents an essential tool which will be vital to help identify and understand the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle, which have diverged >250,000 years ago. DNA obtained from semen from a Nelore bull born in 1987, with an estimated cumulative inbreeding coefficient of 29.4%, and that can be traced to animals imported from India, was used to produce 100bp paired-end sequences from short (300 and 700bp) and long insert (3, 5 and 10 kbp) libraries, with an Illumina HiSeq platform. A total of 120Gbp were sequenced, corresponding to 45x raw coverage of the genome. The SOAP de novo assembler was used to build contigs and scaffolding. Several parameters sets were evaluated to obtain the best assembly based on the number of scaffolds, number of bases in scaffolds, N50, and total gap length. The best assembly obtained so far contains 2.7Gbp, 15,103 scaffolds with N50 of 649Kbp, and 756Mbp of gaps. Current results are being used to target additional sequencing of specific libraries to improve scaffold assembly. In addition, different sequencing technologies are also under evaluation for generating additional data to improve sequence assembly quality before comparisons with the reference (B. taurus) sequence are performed. MenosBos indicus cattle breeds have been extensively used for dairy and beef production in tropical climates and present several natural adaptations to biotic and abiotic stresses found in these regions of the world. As breeder associations stride towards incorporating genomic tools into ongoing genetic evaluations and breeding programs to improve productivity and beef and milk quality traits, a (B. indicus) genome assembly represents an essential tool which will be vital to help identify and understand the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle, which have diverged >250,000 years ago. DNA obtained from semen from a Nelore bull born in 1987, with an estimated cumulative inbreeding coefficient of 29.4%, and that can be traced to animals imported from India, was used to produce 100bp paired-end sequences from short (300 and 700bp) and long insert (3, 5 and 10 kbp) libraries, with an Illumina HiSeq platform. A total of 120Gbp were sequenced, corresponding to 45x raw coverage of the genome. The SOAP de novo assembler was used to build contigs and scaffolding. Several parameters sets were evaluated to obtain the best assembly based on the number of scaffolds, number of bases in scaffolds, N50, and total gap length. The best assembly obtained so far contains 2.7Gbp, 15,103 scaffolds with N50 of 649Kbp, and 756Mbp of gaps. Current results are being used to target additional sequencing of specific libraries to improve scaffold assembly. In addition, di... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Sequenciamento de genoma. |
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Thesagro: |
Bos indicus. |
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Thesaurus Nal: |
bioinformatics; genome assembly; Nellore. |
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Categoria do assunto: |
--
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/94595/1/P0522.odt
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Marc: |
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520 $aBos indicus cattle breeds have been extensively used for dairy and beef production in tropical climates and present several natural adaptations to biotic and abiotic stresses found in these regions of the world. As breeder associations stride towards incorporating genomic tools into ongoing genetic evaluations and breeding programs to improve productivity and beef and milk quality traits, a (B. indicus) genome assembly represents an essential tool which will be vital to help identify and understand the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle, which have diverged >250,000 years ago. DNA obtained from semen from a Nelore bull born in 1987, with an estimated cumulative inbreeding coefficient of 29.4%, and that can be traced to animals imported from India, was used to produce 100bp paired-end sequences from short (300 and 700bp) and long insert (3, 5 and 10 kbp) libraries, with an Illumina HiSeq platform. A total of 120Gbp were sequenced, corresponding to 45x raw coverage of the genome. The SOAP de novo assembler was used to build contigs and scaffolding. Several parameters sets were evaluated to obtain the best assembly based on the number of scaffolds, number of bases in scaffolds, N50, and total gap length. The best assembly obtained so far contains 2.7Gbp, 15,103 scaffolds with N50 of 649Kbp, and 756Mbp of gaps. Current results are being used to target additional sequencing of specific libraries to improve scaffold assembly. In addition, different sequencing technologies are also under evaluation for generating additional data to improve sequence assembly quality before comparisons with the reference (B. taurus) sequence are performed.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 19 | |
| 2. |  | NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; NESHICH, G. 2D maps of protein surface. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster B-63.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 3. | | KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MARTINS, N. F. Bioinformática como instrumento de apoio aos programas de melhoramento genético. In: FIGUEIREDO, M. do V. B.; BURITY, H. A.; OLIVEIRA, J. de P.; SANTOS, C. E. de R. e S.; STAMFORD, N. P. (Ed.). Biotecnologia aplicada à agricultura: textos de apoio e protocolos experimentais. Brasília, DF: Embrapa Informação Tecnológica; Recife: Instituto Agronômico de Pernambuco, 2010. p. 313-332.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 6. | | NAGAI, L. A. E.; GIACHETTO, P. F.; CARDOSO, F. F.; ZERLOTINI, A.; KUSER-FALCÃO, P. R. Preliminary analysis of differentially expressed genes involved in meat tenderness in Angus and Nelore beef cattle. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR COMPUTATIONAL BIOLOGY LATIN AMERICA X-MEETING ON BIOINFORMATICS, 3., THE BRAZILIAN SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS; SOIBIO, 2014, Belo Horizonte. Program... [S.l.]: International Society for Computational Biology, 2014. Não paginado. ISCB-Latin America 2014. Pôster O10.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 7. | | GHELFI, A.; GAZIOLA, S. A.; CIA, M. C.; CHABREGAS, S. M.; FALCO, M. C.; KUSER-FALCÃO, P. R.; AZEVEDO, R. A. Cloning, expression, molecular modelling and docking analysis of glutathione transferase from Saccharum officinarum. Annals of Applied Biology, Cambridge, v. 159, n. 2, p. 267-280, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 8. | | HERAI, R. H.; GIACHETTO, P. F.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R. Detecção de erros de montagens em regiões gênicas. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., Brasília, DF, 2010. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2010. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 9. | | CASASSOLA, A.; BRAMMER, S. P.; CHAVES, M. S.; NHANI JUNIOR, A.; MARTINELLI, J. A.; KUSER-FALCAO, P. R.; ZERLOTINI, A.; GRANDO, M. F.; STEFANATO, F.; BOYD, L. Genética da resistência de planta adulta à ferrugem da folha em trigo - cultivar Toropi. In: MOSTRA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 9.; MOSTRA DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA TRIGO, 6., 2014, Passo Fundo. A construção de um cientista!: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2015. p. 53. Orientadora: Sandra Patussi Brammer.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 10. | | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; SILVA, F. R. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F. Embrapa Bioinformatic Multi-user laboratory. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. Pôster 1017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 11. | | KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, F. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; HIGA, R.; VIEIRA, F. Embrapa Bioinformatics Multi-Users Laboratory - LMB. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book... Ribeirão Preto: AB3C, 2012. Não paginado. X-MEETING 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 12. | | KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P.; SILVA, F. R. da; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos. Laboratório avançado multiusuário de bioinformática da Embrapa. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., Brasília, DF, 2010. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2010. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 13. | | CASASSOLA, A.; BRAMMER, S. P.; CHAVES, M. S.; NHANI JUNIOR, A.; KUSER-FALCÃO, P. R.; ZERLOTINI, A.; STEFANATO, F.; BOYD, L. Wheat transcriptome analysis targeting leaf rust resistance-related genes. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR COMPUTATIONAL BIOLOGY LATIN AMERICA X-MEETING ON BIOINFORMATICS, 3., THE BRAZILIAN SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS; SOIBIO, 2014, Belo Horizonte. Program... [S.l.]: International Society for Computational Biology, 2014. Não paginado. ISCB-Latin America 2014. Pôster D03.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 14. | | YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; BORRO, L. C.; SANTOS, E. H.; JARDINE, J. G.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; NARCISO, M. G.; KUSER-FALCÃO, P. R.; NESHICH, G. Predicting enzyme class from protein structural parameters and bagging predictors. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-13.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 15. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; ALMEIDA, G. V.; SOUZA, K. R. R.; RODRIGUES, D. N.; KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Sting_RDB: a relational database of structural parameters for protein analysis with support for data warehousing and data mining. Genetics and Molecular Research, v. 6, n. 4, p. 911-922, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
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| 18. | | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. Sequencing and de novo genome assembly of a nelore (Bos indicus) bull. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. Pôster 0522.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 19. | | NESHICH, G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; BORRO, L. C.; MORITA, D. U.; SOUZA, K. R. R.; ALMEIDA, G. V.; RODRIGUES, D. N.; JARDINE, J. G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H.; MELO, R. C.; SANTORO, M. M. The Star STING server: a multiplatform environment for protein structure analysis. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 4, p. 717-722, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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