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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
23/07/2021 |
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Data da última atualização: |
23/07/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
LÜHRS, L.; SOUSA, V. A. de; ROSSINI, B. C.; KESTRING, D. R.; AGUIAR, A. V. de. |
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Afiliação: |
LARISSA LÜHRS, Bolsista Embrapa Florestas; VALDERES APARECIDA DE SOUSA, CNPF; BRUNO CÉSAR ROSSINI, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA; DAIANE RIGONI, CNPF; ANANDA VIRGINIA DE AGUIAR, CNPF. |
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Título: |
Identificação de microssatélites e síntese de primes para erva-mate a partir de programas de bioinformática. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
In: EVENTOS ARAUCÁRIA: PESQUISA, INOVAÇÃO E TECNOLOGIAS PARA SISTEMAS DE PRODUÇÃO, ERVA-MATE XXI: INOVAÇÃO E TECNOLOGIAS PARA O SETOR ERVATEIRO, 2020, Colombo. Anais. Colombo: Embrapa Florestas, 2021. |
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Páginas: |
p. 50. |
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Série: |
(Embrapa Florestas. Documentos, 344). |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Resumo. |
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Conteúdo: |
A erva-mate (Ilex paraguariensis S. T. Hill) gera o produto florestal não madeireiro mais importante do agronegócio da região Sul do Brasil. A demanda internacional pela erva-mate vem aumentando, favorecendo o desenvolvimento da sua produção e competitividade. A caracterização genética é indispensável para o estabelecimento de estratégias de conservação e melhoramento genéticos para essa espécie. Atualmente, diferentes ferramentas genômicas estão disponíveis para desenvolvimento de marcadores moleculares, sendo os microssatélites, ou SSRs (sequências simples repetidas) uma das mais utilizadas no estudo genético de populações. Assim, o objetivo desde trabalho foi identificar e desenvolver microssatélites para erva-mate. O DNA de um indivíduo foi utilizado para realizar, a partir da plataforma Illumina-Miseq, um total de 12.933.970 leituras. Para a sua identificação, foram utilizados diferentes programas: PERF, SSR_pipeline e Primer3Plus. Com o auxílio do PERF, foram analisadas as sequências (em arquivo fasta), totalizando 17.715 ocorrências repetidas para variados números de motifs repetidos. O SSR_pipeline utilizou outros arquivos de entrada (fastq) com 12.933.970 leituras e identificou inúmeros SSRs. Assim, associando os resultados dos dois programas, pares de primers flanqueando os microssatélites foram desenhados no Primer3Plus para 18 marcadores. Alguns parâmetros especificados foram: tamanhos, temperaturas e porcentagem de GC (mínimos, ideais e máximos). Seis potenciais marcadores identificados serão validados para a confecção dos iniciadores para esta espécie. Essa ferramenta deverá ser aplicada para análises genéticas diversas, na caracterização genética de populações naturais e sintéticas e em bancos de germoplasma. Novos recursos de bioinformática poderão ser explorados para essa mesma finalidade. MenosA erva-mate (Ilex paraguariensis S. T. Hill) gera o produto florestal não madeireiro mais importante do agronegócio da região Sul do Brasil. A demanda internacional pela erva-mate vem aumentando, favorecendo o desenvolvimento da sua produção e competitividade. A caracterização genética é indispensável para o estabelecimento de estratégias de conservação e melhoramento genéticos para essa espécie. Atualmente, diferentes ferramentas genômicas estão disponíveis para desenvolvimento de marcadores moleculares, sendo os microssatélites, ou SSRs (sequências simples repetidas) uma das mais utilizadas no estudo genético de populações. Assim, o objetivo desde trabalho foi identificar e desenvolver microssatélites para erva-mate. O DNA de um indivíduo foi utilizado para realizar, a partir da plataforma Illumina-Miseq, um total de 12.933.970 leituras. Para a sua identificação, foram utilizados diferentes programas: PERF, SSR_pipeline e Primer3Plus. Com o auxílio do PERF, foram analisadas as sequências (em arquivo fasta), totalizando 17.715 ocorrências repetidas para variados números de motifs repetidos. O SSR_pipeline utilizou outros arquivos de entrada (fastq) com 12.933.970 leituras e identificou inúmeros SSRs. Assim, associando os resultados dos dois programas, pares de primers flanqueando os microssatélites foram desenhados no Primer3Plus para 18 marcadores. Alguns parâmetros especificados foram: tamanhos, temperaturas e porcentagem de GC (mínimos, ideais e máximos). Seis pote... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Erva-mate. |
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Thesagro: |
Banco de Germoplasma; Ilex Paraguariensis. |
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Categoria do assunto: |
K Ciência Florestal e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/224637/1/EmbrapaFlorestas-2021-AnaisErvamateEAraucaria-Documentos344-pg50.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 107 | |
| 41. |  | OLIVEIRA, R. S. de; SILVA, S. A.; BRASILEIRO, B. P.; MEDEIROS, E. P. de; ANJOS, E. V. A. dos. Divergência genética em mamoneira utilizando a estratégia ward-mlm. Revista Ciência Agronômica, v. 44, n. 3, p. 564-570, jul-set, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 42. | | ALVES, A. M. M.; ALMEIDA, P. B. A.; SANTOS, J. W.; MEDEIROS, E. P. de; CARVALHO, J. M. F. C. Monitoramento do processo embriogênico em amendoim por meio da análise de proteínas. In: BELTRAO, N. E. de M.; SILVA, C. A. D. da; SANTOS, J. W. dos; LIMA. M. M. de A.; SILVA, I. C. da. ENCONTRO DE PRODUÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA ALGODÃO - EPC 2012, 7., 2012, Campina Grande. [Resumos...]. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 46. | | SOUSA, A. E. C.; GHEYI, H. R.; SOARES, F. A. L.; MEDEIROS, E. P. de; NASCIMENTO, E. C. S. Teor de óleo no pinhão manso em função de lâminas de água residuária. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 46, n. 1, p. 108-111, jan., 2011.| Tipo: Nota Técnica/Nota Científica |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 47. | | MORAIS, J. P. S.; MEDEIROS, E. P. de; MILANI, M.; SEVERINO, L. S.; BELTRAO, N. E. de M. Torta de mamona destoxificada Agroenergia em Revista, Brasília, DF, ano 3, n. 6, p. 42-43, 2013| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 48. | | RIBEIRO, W. F.; COSTA, D. J. E. da; LOURENO, A. S.; MEDEIROS, E. P. de; SALAZAR-BANDA, G. R.; NASCIMENTO, V. B. do; ARAÚJO, M. C. U. Adsorptive stripping voltammetric determination of trace level Ricin in castor seeds using a boron-doped diamond electrode. Electroanalysis, v.29, n. 7, p. 1783-1793, 2017| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 49. | | VILAR, W. T. S.; MEDEIROS, E. P. de; NASCIMENTO, I. M.; ALMEIDA, P. B. A. de; SANTOS, M. B. H. dos. Análise de agrupamentos aplicada a estudo de torta de mamona detoxificada. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 394| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 50. | | BARROS, T. de F. S.; MEDEIROS, E. P. de; ALMEIDA, P. B. A. de; ARRIEL, N. H. C.; QUEIROZ, M. F. de; FERNANDES, P. D. Aplicação da espectroscopia no infravermelho próximo e análise de componentes principais para identificação de óleos vegetais em espécies de JATROPHA. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 395| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 51. | | ALMEIDA, K. M.; MEDEIROS, E. P. de; BELTRAO, N. E. de M.; PEDROZA, J. P.; FELIX, P. H. D.; VILAR, W. T. S. Análise exploratória da caracterização físico-química do óleo extraído de três genótipos de mamoneira. In: ENCONTRO DE PRODUÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA ALGODÃO - EPC 2010, 5., 2010, Campina Grande. [Resumos...]. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2010. p. 27| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 52. | | FRANÇA, P. R. C. DE.; SILVA, J. B.; SILVA, O. R. R. F.; ALBUQUERQUE, F. A. de; MEDEIROS, E. P. de. Avaliação da capacidade de separação da bucha e da mucilagem de resíduos das folhas de Agave Sisalana Perrine e o híbrido 11648 através da peneira rotativa. In: CONGRESSO PARAIBANO DE AGROECOLOGIA, 1.; FÓRUM SOBRE O REGISTRO PROFISSIONAL DO AGROECÓLOGO, 4., 2010, Lagoa Seca. Anais... Lagoa Seca: UEPB; SEBRAE; Embrapa Algodão, 2010. 5 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 53. | | SANTANA, M.; MORAIS, J. P. S.; MEDEIROS, E. P. de; SOUZA FILHO, M. de S. M. de; ROSA, M. de F. Aproveitamento agroindustrial. In: BELTRÃO, N. E. de M.; FERREIRA, L. L.; QUEIROZ, N.L.; TAVARES, M. da S.; ROCHA, M. do S.; ALENCAR, R. D.; PORTO, V. C. N. (Org.). O gergelim e seu cultivo no semiárido brasileiro. Natal: IFRN, 2013. Cap. 16 p. 219-235| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical. |
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| 54. | | FRANÇA, P. R. C. DE.; SILVA, J. B.; SILVA, O. R. R. F.; MEDEIROS, E. P. de; MORAIS, J. P. S. Capacidade extrativa de sumo de sisal utilizando resíduos de Agave Sisalana e do Agave Híbrido 11648. In: CONGRESSO PARAIBANO DE AGROECOLOGIA, 1.; FÓRUM SOBRE O REGISTRO PROFISSIONAL DO AGROECÓLOGO, 4., 2010, Lagoa Seca. Anais... Lagoa Seca: UEPB; SEBRAE; Embrapa Algodão, 2010. 5 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 56. | | GAMBARRA-NETO, F. F.; MARINO, G.; ARAÚJO, M. C. U.; GALVÃO, R. K. H.; PONTES, M. J. C.; MEDEIROS, E. P. de; LIMA, R. S. Classification of edible vegetable oils square wave voltammetry with multivariate data analysis. Talanta, n. 77, p. 1660-1666, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 57. | | NASCIMENTO, L. D. do; PAULA, G. M. de; MORAIS, J. P. S.; MEDEIROS, E. P. de; SEVERINO, L. S.; NOBREGA, M. B. de M. Composição mineral do tegumento de sementes de mamona analisada por fluorescência de raio-x. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 398| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 58. | | SOUSA, G. R. M. de; MEDEIROS, E. P. de; SANTO, M. B. H.; ALMEIDA, P. B. A. de; FRANÇA, C. P. de; BARROS, T. de F. S. Identificação da pluma de algodão colorido usando a espectroscopia no visível e infravermelho próximo (VIS/NIR) e análise de componentes principais (PCA). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 50| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 59. | | MORAIS, J. P. S.; BERNARDES FILHO, R.; LASSO, P. R. O.; CARVALHO, L. P. de; ASSUNCAO, J. H. de; NASCIMENTO, L.; PAULA, G.; MEDEIROS, E. P. de. Influência da cera de algodão sobre características de fibra medidas por AFM. In: Congresso Brasileiro do Algodão, 9., 2013, Brasília, DF.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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