Data/hora: 12/06/2024 02:08:40

Biblioteca(s): | Embrapa Café.
Data corrente: | 07/01/2014
Data da última atualização: | 07/01/2014
Autoria: | SILVA, B. S. R. da; CAÇÃO, S. B.; IVAMOTO, S. T.; SILVA, J. C.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P.
Afiliação: | BRUNA SILVESTRE RODRIGUES DA SILVA, Bolsista Consórcio Pesquisa Café; SANDRA BELLODI CAÇÃO, UEL; SUZANA TIEMI IVAMOTO, UEL; JULIANA COSTA SILVA, Bolsista IAPAR; DOUGLAS SILVA DOMINGUES, IAPAR; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC.
Título: | Identificação e caracterização de microssatélites de Coffea arabica a partir de dados de sequenciamento de RNA e de BACS.
Ano de publicação: | 2013
Fonte/Imprenta: | In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013.
Idioma: | Português
Conteúdo: | O café é uma das principais commodities agrícolas mundiais, sendo consumido regularmente por 40% de toda população. As espécies, Coffea arabica L. e Coffea canephora P. são as de maior importância respondendo por 65% e 35% da produção mundial, respectivamente. Em C. arabica , o desenvolvimento de novas cultivares é demorado, podendo levar mais de 20 anos para finalização dos trabalhos. Além disso, estreita base genética de C. arabica dificulta a obtenção de cultivares resistentes a várias pragas e doenças, assim como uma maior tolerância a estresses abióticos. A utilização de marcadores moleculares para análise da diversidade e seleção de genótipos representa uma importante ferramenta para auxiliar o melhoramento e tentar diminuir esses problemas. Neste trabalho foi realizada identificação e análise in silico de SSR?s a partir de dados de RNA-seq de Iapar 59 e de sequências de BACs de Hibrido de Timor 832/2 (CaHT). Para Iapar 59 foram analisados 77 contigs, encontrados 39 SSR?s e desenhados 21 pares de oligonucleotídeos. Para CaHT foram analisados também 77 contigs, encontrados 35 SSR?s e desenhados 29 pares de oligonucleotídeos. Os motivos com maior frequência foram di, tri e tetranucleotídeos, sendo (AT) no motivo mais frequente entre os dois genótipos. Esta busca de sequências repetitivas é de grande importância para futura validação e aumento desses marcadores para estudos de diversidade genética, mapeamento, e a ssociação com características agronômicas de interesse.
Palavras-Chave: | Análise in silico; Cromossomo artificial de bactéria; Marcador SSR; RNA-seq.
Categoria do assunto: | --
URL: | http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/94754/1/Identificacao-e-caracterizacao.pdf
Registro original: | Embrapa Café (CNPCa)
Exemplares: | CNPCa - (820-1) - UPC - AA - DD -  -  -  - DIS