| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
|
Data corrente: |
25/04/2006 |
|
Data da última atualização: |
27/02/2024 |
|
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
|
Autoria: |
OLIVEIRA, S. R. de M.; PAVANELLI, D. S.; ALMEIDA, G. V.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER, P. R.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; CRUZ, S. A. B. da; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. |
|
Afiliação: |
STANLEY ROBSON DE MEDEIROS OLIVEIRA, CNPTIA; DANIEL S. PAVANELLI; GUSTAVO V. ALMEIDA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; EDGARD HENRIQUE DOS SANTOS, CNPTIA; FABIO DANILO VIEIRA, CNPTIA; IVAN MAZONI, CNPTIA; SERGIO APARECIDO BRAGA DA CRUZ, CNPTIA; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; GORAN NESHICH, CNPTIA. |
|
Título: |
STING_DB: a relational database of structural parameters for protein analysis. |
|
Ano de publicação: |
2005 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. |
|
Páginas: |
p. 132. |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Notas: |
Na publicação: Paula R. Kuser, Edgard H. Santos. X-meeting 2005. Presented Posters. |
|
Conteúdo: |
STING_DB is a database composed of structural parameters for protein analysis. This database operates with a collection of both publicly available data (PDB, HSSP, Prosite) and its own data (contacts, interface contacts, surface accessibility). For this reason, STING_DB is one of the best known databases of structural parameters with over 300 of them compiled at the single site. Considering its relevance for biologists, researchers and others interested in protein analysis, we decided to proceed with the ST1NG_DB migration from flat files to a relational database in order to provide more complete and modern environment for structure analysis. The information for analyzing structure relationships, the quality of the structure, nature and volume of atomic contacts of intra and inter chain type, relative conservation of amino acids at the specific sequence position based on multiple sequence alignment, indications of folding essential residue (FER) based on the relationship of the residue conservation to the intra-chain contacts and Ca-Ca and Cb-Cb distance geometry is now going to be more accessible and readily addressable for data grouping and mining. The main features of the relational database STING_DB can be summarized as follows: It is based on indices, which speed up the search for information and, consequently, improve the response time of the protein analysis process; It is available for different platforms, such as ORACLE, MySQL, and Postgres; It greatly reduces the redundancy of information; It allows users to compare different protein structures, at the same time, which was not possible with the previous version (flat files); Its update is much simpler, since it was built on relational database facilities. MenosSTING_DB is a database composed of structural parameters for protein analysis. This database operates with a collection of both publicly available data (PDB, HSSP, Prosite) and its own data (contacts, interface contacts, surface accessibility). For this reason, STING_DB is one of the best known databases of structural parameters with over 300 of them compiled at the single site. Considering its relevance for biologists, researchers and others interested in protein analysis, we decided to proceed with the ST1NG_DB migration from flat files to a relational database in order to provide more complete and modern environment for structure analysis. The information for analyzing structure relationships, the quality of the structure, nature and volume of atomic contacts of intra and inter chain type, relative conservation of amino acids at the specific sequence position based on multiple sequence alignment, indications of folding essential residue (FER) based on the relationship of the residue conservation to the intra-chain contacts and Ca-Ca and Cb-Cb distance geometry is now going to be more accessible and readily addressable for data grouping and mining. The main features of the relational database STING_DB can be summarized as follows: It is based on indices, which speed up the search for information and, consequently, improve the response time of the protein analysis process; It is available for different platforms, such as ORACLE, MySQL, and Postgres; It greatly reduces the r... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Bioinformática. |
|
Thesagro: |
Base de Dados; Proteina. |
|
Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Databases; Proteins. |
|
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
|
Marc: |
LEADER 02863nam a2200337 a 4500
001 1008961
005 2024-02-27
008 2005 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aOLIVEIRA, S. R. de M.
245 $aSTING_DB$ba relational database of structural parameters for protein analysis.$h[electronic resource]
260 $aIn: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional$c2005
300 $ap. 132.
500 $aNa publicação: Paula R. Kuser, Edgard H. Santos. X-meeting 2005. Presented Posters.
520 $aSTING_DB is a database composed of structural parameters for protein analysis. This database operates with a collection of both publicly available data (PDB, HSSP, Prosite) and its own data (contacts, interface contacts, surface accessibility). For this reason, STING_DB is one of the best known databases of structural parameters with over 300 of them compiled at the single site. Considering its relevance for biologists, researchers and others interested in protein analysis, we decided to proceed with the ST1NG_DB migration from flat files to a relational database in order to provide more complete and modern environment for structure analysis. The information for analyzing structure relationships, the quality of the structure, nature and volume of atomic contacts of intra and inter chain type, relative conservation of amino acids at the specific sequence position based on multiple sequence alignment, indications of folding essential residue (FER) based on the relationship of the residue conservation to the intra-chain contacts and Ca-Ca and Cb-Cb distance geometry is now going to be more accessible and readily addressable for data grouping and mining. The main features of the relational database STING_DB can be summarized as follows: It is based on indices, which speed up the search for information and, consequently, improve the response time of the protein analysis process; It is available for different platforms, such as ORACLE, MySQL, and Postgres; It greatly reduces the redundancy of information; It allows users to compare different protein structures, at the same time, which was not possible with the previous version (flat files); Its update is much simpler, since it was built on relational database facilities.
650 $aBioinformatics
650 $aDatabases
650 $aProteins
650 $aBase de Dados
650 $aProteina
653 $aBioinformática
700 1 $aPAVANELLI, D. S.
700 1 $aALMEIDA, G. V.
700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B.
700 1 $aKUSER, P. R.
700 1 $aSANTOS, E. H. dos
700 1 $aVIEIRA, F. D.
700 1 $aMAZONI, I.
700 1 $aCRUZ, S. A. B. da
700 1 $aHIGA, R. H.
700 1 $aMANCINI, A. L.
700 1 $aNESHICH, G.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 208 | |
| 161. |  | IBELLI, A. M. G.; GIACHETTO, P. F.; CARDOSO, F. F.; HIGA, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, M. C. de S.; RIBEIRO, A. R. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. de A. Identification of new genes in cattle of different genetic groups activated in response to tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus. Archivos Latinoamericano de Producion Animal, v. 19, (supl. 1), p. 221, 2011| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
|    |
| 162. | | CRUZ, S. A. B. da; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. JMOL and STING integration: a STING for multiple patforms. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 86. Na publicação: Stanley R. M. Oliveira, Paula R. Kuser, Edgard H. Santos. X-meeting 2005. Presented Posters.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
|  |
| 163. | | HUL, L. M.; IBELLI, A. M. G.; SAVOLDI, I. R.; MARCELINO, D. E. P.; FERNANDES, L. T.; PEIXOTO, J. O.; CANTAO, M. E.; HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C. Differentially expressed genes in the femur cartilage transcriptome clarify the understanding of femoral head separation in chickens. Scientific Reports, v. 11, n. 1, p. 1-13. 2021. Article number: 17965.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 164. | | CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R. Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
| |
| 165. | | CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R. Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. In. CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014. Resumo. 367. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 166. | | MOKRY, F. B.; LIMA, A. O.; MUDADU, M. A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. B.; CARDOSO, F. F.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A. Descriptive analysis of haplotypes in a population of Canchim beef cattle. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 58., 2012, Foz do Iguaçu. Resumos... Foz do Iguaçu: SBG, 2012. p. 1.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sul. |
| |
| 167. | | MOKRY, F. B.; LIMA, A. O.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. G. B.; CARDOSO, F. F.; NICIURA, S. C. M. Descriptive analysis of haplotypes in a population of Canchim beef cattle. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 58., 2012, Foz do Iguaçu. Anais... Foz do Igauaçu: SBG, 2012. 1 CD-ROM| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 168. | | HIGA, R. H.; OLIVEIRA, A. G.; HORITA, L. G.; MIURA, R. T.; INOUE, M. K.; FALCAO, P. R. K.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, G. Defining 3D residue environment in protein structures using SCORPION and FORMIGA. Bioinformatics, v. 20, n. 12, p. 1989-1991, 2004. Na publicação: P. R. Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 169. | | YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; MAZONI, I.; VIEIRA, F. D.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Rotâmeros raros no Java Protein Dossier. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2006. 6 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 76).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 170. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; PAVANELLI, D. S.; ALMEIDA, G. V.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER, P. R.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; CRUZ, S. A. B. da; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. STING_DB: a relational database of structural parameters for protein analysis. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 132. Na publicação: Paula R. Kuser, Edgard H. Santos. X-meeting 2005. Presented Posters.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 171. | | HIGA, R. H.; TOGAWA, R. C.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. C. F.; OKIMOTO, I. K. S.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Sting Millennium Suite: integrated software for extensive analyses of 3d structures of proteins and their complexes. BMC Bioinformatics, v. 5, p. 1-9, 2004. Na publicação: Paula R Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 172. | | HIGA, R. H.; TOGAWA, R. C.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. C. F.; OKIMOTO, I. K. S.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Sting millennium suite: integrated software for extensive analyses of 3d structures of proteins and their complexes. BMC Bioinformatics, v. 5, n. 107, 2006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: -- - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 173. | | NESHICH, G.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; FILETO, R.; PINTO, I. P.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; BAUDET, C.; MONTAGNER, A. J.; HIGA, R. H. STING Report: convenient web-based application for graphic and tabular presentations of protein sequence, structure and function descriptors from the STING database. Nucleic Acids Research, v. 33, p. D269-D274, 2005. Na publicação: Paula R. Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 174. | | NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; CRUZ, S. A. B. da; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; HIGA, R. H. What makes the active site amino acids so different from the others: defining the structural descriptors specific for activity. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 149. Na publicação: Paula Kuser, Michel Yamagishi, Stanley Oliveira, Edgard Santos, Fabio Vieira, Sergio Cruz, Adauto Mancini, Roberto Higa. X-meeting 2005. Presented Posters.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 175. | | MACARIO, C. G. do N.; SANTOS, A. D. dos; BACARIN, E.; CARVALHO, J. R. P. de; ALVIM, L.; CHAIM, M. L.; MOURA, M. F.; FESTA, M.; PEDROSO JUNIOR, M.; HIGA, R. H.; EVANGELISTA, S. R. M.; TERNES, S.; ARANTES, M. P.; AOKI, R. Ambiente Integrado para Desenvolvimento e Analise - AIDA. In: WORKSHOP INTERNO DO CNPTIA, 1., 1995, Campinas. Trabalhos apresentados... Campinas: EMBRAPA-CNPTIA, 1995. Não paginado.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 176. | | BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. do A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CHUD, T. C. S.; STAFUZZA, N. B.; ROLA, L. D.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; SILVA, M. V. G. B.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. Candidate genes for male and female reproductive traits in Canchim beef cattle. Journal of Animal Science and Biotechnology, v. 8, p. 1-10, 2017. Artigo 67. Na publicação: Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 177. | | CARDOSO, F. F.; GULIAS GOMES, C. C.; OLIVEIRA, M. M. de; ROSO, V. M.; PICCOLI, M. L.; BRITO, F. V.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B.; REGITANO, L. C. de A.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I. Predição da resistência genética ao carrapato de bovinos Braford e Hereford a partir de um painel denso de marcadores moleculares. Bagé: Embrapa Pecuária Sul, 2011. 6 p. il. (Embrapa Pecuária Sul. Circular Técnica, 41).| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sul. |
| |
| 178. | | NESHICH, G.; YAMAGISHI, M. E. B.; ROCCHIA, W.; MANCINI, A. L.; FALCAO, P. R. K.; FILETO, R.; BAUDET, C.; PINTO, I. P.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; TORRES, R. C.; BEZERRA, G. B. P.; SOUZA, S.; TOGAWA, R. C.; HIGA, R. H. Protein structure analysis and visualization using Java Protein Dossier. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON CHEMOMETRICS AND BIOINFORMATICS IN ASIA, 2004, Shanghai. Proceedings... Shanghai: [s.n.], 2004. 1 p. CCBA 2004. Na publicação: Paula R. Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 179. | | CARDOSO, F. F.; GULIAS-GOMES, C. C.; OLIVEIRA, M. M. de; YOKOO, M. J. I.; ROSO, V. M.; PICCOLI, M. L.; BRITO, F. V.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B da; REGITANO, L. C. de A.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I. Seleção genômica para resistência ao carrapato nas raças Hereford e Braford. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 23., 2013, Foz do Iguaçu. Zootecnia do futuro: produção animal sustentável. Foz do Iguaçu: ABZ: Unioeste: UTFPR, 2013. p. 4980-4986. ZOOTEC 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
| |
| 180. | | CARDOSO, F. F.; GULIAS GOMES, C. C.; SOLLERO, B. P.; OLIVEIRA, M. M. de; YOKOO, M. J. I.; PICCOLI, M. L.; BRITO, F. V.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B.; REGITANO, L. C. de A.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I. Seleção genômica para resistência ao carrapato nas raças Hereford e Braford. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL, 5.; ENCONTRO DE GENÉTICA E MELHORAMENTO, 9., 2014, Viçosa. A produção de alimentos frente às novas tecnologias: anais. Viçosa: UFV, 2014. p. 31-53. SIGM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sul. |
| |
| Registros recuperados : 208 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
