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Biblioteca(s):  Embrapa Agricultura Digital.
Data corrente:  09/12/2015
Data da última atualização:  21/01/2020
Tipo da produção científica:  Resumo em Anais de Congresso
Autoria:  GUERREIRO, A. T.; HIGA, R. H.
Afiliação:  ALINE TAISE GUERREIRO, Unicamp, Bolsista CNPq (PIBIC); ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA.
Título:  Implementação de 4 métodos de análise de associação genômica ampla baseada em conjunto de genes.
Ano de publicação:  2015
Fonte/Imprenta:  In: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 9., 2015, Campinas. Anais... Campinas: IAC, 2015.
Descrição Física:  1 CD-ROM.
Idioma:  Português
Notas:  CIIC 2015. Nº 15604
Conteúdo:  No contexto de estudos de associação genômica ampla (GWAS), métodos para a análise de enriquecimento de um conjunto de genes (GSEA) analisam conjuntos de SNPs associados a genes que compartilham mesma função biológica, localização cromossômica ou via regulatória e buscam identificar SNPs que estão relacionados com variações no fenótipo em estudo. Neste trabalho foram implementados quatro diferentes métodos de GSEA no contexto de GWAS considerando adaptações para aplicação em espécies animais de interesse para a agricultura (fenótipos quantitativos)
Palavras-Chave:  Estudos de associação genômica ampla; Mixed models; Modelos lineares mistos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Random forests.
Thesaurus Nal:  Models; Single nucleotide polymorphism.
Categoria do assunto:  X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia
URL:  https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/135235/1/CIIC-Implementacao-Guerreiro.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CNPTIA18523 - 1UPCRA - DD2015.00004
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21.Imagem marcado/desmarcadoGIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H. Bioinformática aplicada à agricultura. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Tecnologias da informação e comunicação e suas relações com a agricultura. Brasília, DF: Embrapa, 2014. Cap. 4. p. 67-83.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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22.Imagem marcado/desmarcadoGIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H. Bioinformatics applied to agriculture. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Information and communication technologies and their relations with agriculture. Brasília, DF: Embrapa, 2016. ch. 4, p. 67-86.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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23.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; YASUDA, R. S. Eutils-search - manual do usuário. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010. 17 p. il. (Embrapa Informática Agropecuária. Documentos, 106).
Tipo: Documentos
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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24.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; YASUDA, R. S. Eutils-search. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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25.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; TANAKA, R. S. Eutils-search. Versão 2.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2011. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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26.Imagem marcado/desmarcadoTANAKA, R. S.; HIGA, R. H. Eutils-search versão 2.0 - manual do usuário. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2011. 23 p. il. (Embrapa Informática Agropecuária. Documentos, 115).
Tipo: Documentos
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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27.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; TOZZI, C. L. Evaluating the discrimination between hot spots and the rest of surface residues based on physical and chemical properties. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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28.Imagem marcado/desmarcadoGUERREIRO, A. T.; HIGA, R. H. Implementação de 4 métodos de análise de associação genômica ampla baseada em conjunto de genes. In: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 9., 2015, Campinas. Anais... Campinas: IAC, 2015. 1 CD-ROM. CIIC 2015. Nº 15604
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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29.Imagem marcado/desmarcadoVOLPATO, C. A. C.; HIGA, R. H. Implementação do Best Linear Unbiased Prediction (BLUP) em Python para avaliação genética animal. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 11., 2015, Campinas. Resumos expandidos... Brasília, DF: Embrapa, 2015. p. 78-84.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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30.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; MOURA, M. F. Documentos de orientação do processo de desenvolvimento de software no projeto AIDA - versão 1998 (última). Campinas: EMBRAPA-CNPTIA, 1999. paginação irregular.
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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31.Imagem marcado/desmarcadoGUERREIRO, A. T.; HIGA, R. H. Desenvolvimento de pacotes estatísticos em linguagem R para análise de associação genômica ampla baseada em conjuntos de genes. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 9., 2013, Campinas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2013. p. 17-19.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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32.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; YASUDA, R. S. GenesDE. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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33.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; TOZZI, C. L. Prediction of binding hot spot residues by using structural and evolutionary parameters. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 4., 2008, Salvador. Proceedings... Salvador: AB³C, 2008. Não paginado. X-meeting 2008.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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34.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; TOZZI, C. L. Prediction of binding hot spot residues by using structural and evolutionary parameters. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 32, n. 3, p. 626-633, 2009.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 1
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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35.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; TOZZI, C. L. Prediction of protein-protein binding hot spots: a combination of classifiers approach. In: BRAZILIAN SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS, 3., 2008, Santo André, SP. Advances in bioinformatics and computational biology: proceedings. Berlin: Springer, 2008. p. 165-168. (Lecture notes in bioinformatics, 5167). BSB 2008.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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36.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; TOZZI, C. L. Prediction of protein-protein interaction sites: comparing neural networks and support vector machines approaches. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 113. X-meeting 2005. Presented Posters.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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37.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; MOURA, M. F. Relatório final do projeto AIDA e parecer final da CTP Programa 12 SEP - 1998. Campinas: EMBRAPA-CNPTIA, 1999. paginação irregular.
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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38.Imagem marcado/desmarcadoYASUDA, R. S.; HIGA, R. H. Mineração de textos aplicada à análise de dados de expressão gênica por microarranjos. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 6., 2010, Campinas. Resumos... Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010. p. 117-119.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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39.Imagem marcado/desmarcadoPODESTÁ, E. V.; HIGA, R. H. Modelagem e desenvolvimento de interface web para banco de dados de genótipos e fenótipos de animais usando o framework Django e a linguagem Python. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 10., 2014, Campinas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2014. p. 108-110.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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40.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; FARIA, C. M. Sistema de gerenciamento de campos experimentais - SiCamp. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 1999. 5 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 4).
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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