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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
29/05/2012 |
Data da última atualização: |
22/05/2024 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
FARIA, L. C. B.; ROCHA, A. S. L.; KLEINSCHMIDT, J. H.; SILVA-FILHO, M. C.; BIM, E.; HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.; PALAZZO JÚNIOR, R. |
Afiliação: |
LUZINETE C. B. FARIA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS; ANDRÉA S. L. ROCHA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS; JOÃO H. KLEINSCHMIDT, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ABC; MÁRCIO C. SILVA-FILHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; EDSON BIM, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS; ROBERTO H. HERAI, UNIVERSITY OF CALIFORNIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; REGINALDO PALAZZO JÚNIOR, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS. |
Título: |
Is a genome a codeword of an error-correcting code? |
Ano de publicação: |
2012 |
Fonte/Imprenta: |
PLoS ONE, San Francisco, v. 7, n. 5, e105396, May 2012. |
DOI: |
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0036644 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Since a genome is a discrete sequence, the elements of which belong to a set of four letters, the question as to whether or not there is an error-correcting code underlying DNA sequences is unavoidable. The most common approach to answering this question is to propose a methodology to verify the existence of such a code. However, none of the methodologies proposed so far, although quite clever, has achieved that goal. In a recent work, we showed that DNA sequences can be identified as codewords in a class of cyclic error-correcting codes known as Hamming codes. In this paper, we show that a complete intron-exon gene, and even a plasmid genome, can be identified as a Hamming code codeword as well. Although this does not constitute a definitive proof that there is an error-correcting code underlying DNA sequences, it is the first evidence in this direction. |
Palavras-Chave: |
Biology; Sequência de DNA. |
Thesagro: |
Biologia. |
Thesaurus Nal: |
Genome; Nucleotide sequences. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/60323/1/journal.pone.0036644.pdf
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Marc: |
LEADER 01659naa a2200277 a 4500 001 1925637 005 2024-05-22 008 2012 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.1371/journal.pone.0036644$2DOI 100 1 $aFARIA, L. C. B. 245 $aIs a genome a codeword of an error-correcting code?$h[electronic resource] 260 $c2012 520 $aSince a genome is a discrete sequence, the elements of which belong to a set of four letters, the question as to whether or not there is an error-correcting code underlying DNA sequences is unavoidable. The most common approach to answering this question is to propose a methodology to verify the existence of such a code. However, none of the methodologies proposed so far, although quite clever, has achieved that goal. In a recent work, we showed that DNA sequences can be identified as codewords in a class of cyclic error-correcting codes known as Hamming codes. In this paper, we show that a complete intron-exon gene, and even a plasmid genome, can be identified as a Hamming code codeword as well. Although this does not constitute a definitive proof that there is an error-correcting code underlying DNA sequences, it is the first evidence in this direction. 650 $aGenome 650 $aNucleotide sequences 650 $aBiologia 653 $aBiology 653 $aSequência de DNA 700 1 $aROCHA, A. S. L. 700 1 $aKLEINSCHMIDT, J. H. 700 1 $aSILVA-FILHO, M. C. 700 1 $aBIM, E. 700 1 $aHERAI, R. H. 700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B. 700 1 $aPALAZZO JÚNIOR, R. 773 $tPLoS ONE, San Francisco$gv. 7, n. 5, e105396, May 2012.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Registros recuperados : 28 | |
22. | | FARIA, L. C. B.; ROCHA, A. S. L.; KLEINSCHMIDT, J. H.; SILVA-FILHO, M. C.; BIM, E.; HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.; PALAZZO JÚNIOR, R. Is a genome a codeword of an error-correcting code? PLoS ONE, San Francisco, v. 7, n. 5, e105396, May 2012.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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23. | | HERAI, R. H.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCHINI, K. G.; PEREIRA, G. G. A. CNBi: the new Brazilian National Consortium for Bioinformatics. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. p. 110. X-meeting 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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24. | | HERAI, R. H.; GIACHETTO, P. F.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R. Detecção de erros de montagens em regiões gênicas. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., Brasília, DF, 2010. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2010. Não paginado.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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25. | | HERAI, R. H.; COSTA, G. G. D. L.; R. JÚNIOR, O.; VIDAL, R. O.; NASCIMENTO, L. C.; PARIZZI, L. P.; PEREIRA, G. G. A.; CARAZZOLLE, M. F. TORNADO: an automated pipeline for de novo hybrid genome assembly based on free software packages for sanger and next generation sequencing technologies (NGS). In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. p. 119. X-meeting 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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26. | | GIACHETTO, P. F.; HERAI, R. H.; NICIURA, S. C. M.; DODE, M. A. N.; REGITANO, L. C. de A.; YAMAGISHI, M. E. B. Transcritos quiméricos em bovinos. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., 2010, Brasília. Anais... Brasília: Embrapa, 2010. Não paginado. Pôster 77.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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27. | | GIACHETTO, P. F.; HERAI, R. H.; NICIURA, S. C. M.; DODE, M. A. N.; REGITANO, L. C. A.; YAMAGISHI, M. E. B. Transcritos quiméricos em bovinos. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., 2010, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2010. Não paginado. Pôster 77.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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28. | | CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; HERAI, R. H.; R. JÚNIOR, O.; NASCIMENTO, L. C.; TEIXEIRA, P. J.; TIBURCIO, R. A.; MONDEGO, J. M. C.; PEREIRA, G. A. G. The genome projects of the closely related cacao pathogens Moniliophthora roreri and Moniliophthora perniciosa. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. p. 22. X-meeting 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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