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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Acre; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Café; Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
10/09/2021 |
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Data da última atualização: |
18/01/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CAPISTRANO, M. da C.; ANDRADE NETO, R. de C.; SANTOS, V. B. dos; LESSA, L. S.; RESENDE, M. D. V. de; MESQUITA, A. G. G.; GURGEL, F. de L. |
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Afiliação: |
MÁRCIA DA COSTA CAPISTRANO, UFAC; ROMEU DE CARVALHO ANDRADE NETO, CPAF-AC; VANDERLEY BORGES DOS SANTOS, UFAC; LAURO SARAIVA LESSA, CPAF-AC; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPCa; ANTÔNIO GILSON GOMES MESQUITA, UFAC; FABIO DE LIMA GURGEL, CPATU. |
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Título: |
Use of the REML/BLUP methodology for the selection of sweet orange genotypes. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, v.56, e02032, 2021. |
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ISSN: |
0100-204X (impresso) / 1678-3921 (online) |
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DOI: |
https://doi. org/10.1590/S1678-3921.pab2021.v56.02032 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
ABSTRACT - The objective of this work was to select superior sweet orange (Citrus sinensis) genotypes with higher yield potential based on data from eight harvests, using the residual or restricted maximum likelihood/best linear unbiased prediction (REML/BLUP) methodology. The experiment was carried out from 2002 to 2008 and in 2010 in the municipality of Rio Branco, in the state of Acre, Brazil. Analyzes of deviance were performed to test the significance of the components of variance according to the random effects of the used model, and parameters were estimated from individual genotypic and phenotypic variances. A selection intensity of 20% was adopted regarding genotypic selection, i.e., only the best 11 of the 55 genotypes tested were selected. The estimates of the genetic parameters show the existence of genetic variability and the selection potential of the studied sweet orange genotypes. The genotypic correlation between harvests is of low magnitude, except for the variable average fruit mass, and, as a reflex, there is a change in the ordering of the genotypes. Genotypes 5, 48, 19, 14, and 47 stand out as being the most productive, and, therefore, are the most suitable for selection purposes. Genotypes 14 and 47 show superior performance for the character set evaluated. RESUMO - O objetivo deste trabalho foi selecionar genótipos superiores de laranjeira-doce (Citrus sinensis) com maior potencial produtivo com base em dados de oito safras, com uso da metodologia "residual or restricted maximum likelihood/best linear unbiased prediction" (REML/BLUP). O experimento foi realizado de 2002 a 2008 e em 2010, no município de Rio Branco, no estado do Acre, Brasil. Análises de deviance foram realizadas para testar a significância dos componentes da variância de acordo com os efeitos aleatórios do modelo utilizado, e os parâmetros foram estimados a partir das variâncias genotípicas e fenotípicas individuais. Foi adotada uma intensidade de seleção de 20% em relação à seleção genotípica, ou seja, apenas os melhores 11 dos 55 genótipos testados foram selecionados. As estimativas dos parâmetros genéticos mostram a existência de variabilidade genética e o potencial de seleção dos genótipos de laranjeira-doce estudados. A correlação genotípica entre as safras é de baixa magnitude, exceto para a variável massa média dos frutos, e, como reflexo, há uma mudança na ordenação dos genótipos. Os genótipos 5, 48, 19, 14 e 47 se destacam como os mais produtivos e, portanto, são os mais adequados para fins de seleção. Os genótipos 14 e 47 apresentam desempenho superior para o conjunto de caracteres avaliados. MenosABSTRACT - The objective of this work was to select superior sweet orange (Citrus sinensis) genotypes with higher yield potential based on data from eight harvests, using the residual or restricted maximum likelihood/best linear unbiased prediction (REML/BLUP) methodology. The experiment was carried out from 2002 to 2008 and in 2010 in the municipality of Rio Branco, in the state of Acre, Brazil. Analyzes of deviance were performed to test the significance of the components of variance according to the random effects of the used model, and parameters were estimated from individual genotypic and phenotypic variances. A selection intensity of 20% was adopted regarding genotypic selection, i.e., only the best 11 of the 55 genotypes tested were selected. The estimates of the genetic parameters show the existence of genetic variability and the selection potential of the studied sweet orange genotypes. The genotypic correlation between harvests is of low magnitude, except for the variable average fruit mass, and, as a reflex, there is a change in the ordering of the genotypes. Genotypes 5, 48, 19, 14, and 47 stand out as being the most productive, and, therefore, are the most suitable for selection purposes. Genotypes 14 and 47 show superior performance for the character set evaluated. RESUMO - O objetivo deste trabalho foi selecionar genótipos superiores de laranjeira-doce (Citrus sinensis) com maior potencial produtivo com base em dados de oito safras, com uso da metodologia "re... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Acre; Amazonia Occidental; Amazônia Ocidental; Análisis de varianza; Ganho genético; Laranjeira-doce; REML/BLUP; Rendimiento de los cultivos; Rio Branco (AC); Sweet oranges; Variabilidade genética; Variación genética; Western Amazon. |
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Thesagro: |
Citrus Sinensis; Genótipo; Laranja Doce; Método Estatístico; Produtividade; Variação Genética. |
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Thesaurus Nal: |
Analysis of variance; Crop yield; Genetic variation; Genotype; Selection criteria. |
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Categoria do assunto: |
A Sistemas de Cultivo
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/230075/1/Use-REML-BLUP-methodology-2021.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Acre (CPAF-AC) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte; Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
30/12/2019 |
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Data da última atualização: |
30/12/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
B - 1 |
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Autoria: |
BACANELLI, G.; OLARTE, L. C.; SILVA, M. R.; RODRIGUES, R. A.; CARNEIRO, P. A. M.; KANEENE, J. B.; PASQUATTI, T. N.; TAKATANI, H.; ZUMÁRRAGA, M. J.; ETGES, R. N.; ARAUJO, F. R.; VERBISCK, N. V. |
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Afiliação: |
GISELE BACANELLI, Universidade Federal de Mato Grosso do Sul - UFMS/Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biodiversidade da Região Centro-Oeste; LARISSA C. OLARTE, Universidade Federal de Mato Grosso do Sul - UFMS/Programa de Pós-Graduação Multicêntrica em Bioquímica e Biologia Molecular; MARCIO ROBERTO SILVA, CNPGL; RUDIELLE A. RODRIGUES, Universidade Federal de Mato Grosso do Sul - UFMS/Faculdade de Medicina Veterinária/Programa de Pós-Graduação em Ciências Veterinárias; PAULO A. M. CARNEIRO, Michigan State University/Center for Comparative Epidemiology; JOHN B. KANEENE, Michigan State University/Center for Comparative Epidemiology; TAYNARA N. PASQUATTI, Universidade Católica Dom Bosco - UCDB; HARUO TAKATANI, Agência de Defesa Agrícola do Amazonas; MARTIN J. ZUMÁRRAGA, Institute of Biotechnology, CICVyA/INTA; RODRIGO N. ETGES, Secretário de Agricultura, Pecuária e Irrigação de Porto Alegre; FLABIO RIBEIRO DE ARAUJO, CNPGC; NEWTON VALERIO VERBISCK, CNPGC. |
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Título: |
Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time-of-Flight mass spectrometry identification of Mycobacterium bovis in Bovinae. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal the Veterinary Medical Science, v. 81, n. 10, p.1400?1408, 2019. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
In this study, Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time-of-Flight (MALDITOF) mass spectrometry was used to identify Mycobacterium bovis from cattle and buffalo tissue isolates from the North and South regions of Brazil, grown in solid medium and previously identified by Polymerase Chain Reaction (PCR) based on Region of Difference 4 (RD4), sequencing and spoligotyping. For this purpose, the protein extraction protocol and the mass spectra reference database were optimized for the identification of 80 clinical isolates of mycobacteria. As a result of this optimization, it was possible to identify and differentiate M. bovis from other members of the Mycobacterium tuberculosis complex with 100% specificity, 90.91% sensitivity and 91.25% reliability. MALDI-TOF MS methodology described herein provides successful identification of M. bovis within bovine/bubaline clinical samples, demonstrating its usefulness for bovine tuberculosis diagnosis in the future. |
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Palavras-Chave: |
Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time-of-Flight (MALDI-TOF) mass spectrometry. |
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Thesaurus NAL: |
Bovine tuberculosis; Mycobacterium bovis BCG; Mycobacterium tuberculosis complex. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/207929/1/Matrix-Assisted-Laser-Desorption-Ionization.pdf
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Marc: |
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245 $aMatrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time-of-Flight mass spectrometry identification of Mycobacterium bovis in Bovinae.$h[electronic resource]
260 $c2019
520 $aIn this study, Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time-of-Flight (MALDITOF) mass spectrometry was used to identify Mycobacterium bovis from cattle and buffalo tissue isolates from the North and South regions of Brazil, grown in solid medium and previously identified by Polymerase Chain Reaction (PCR) based on Region of Difference 4 (RD4), sequencing and spoligotyping. For this purpose, the protein extraction protocol and the mass spectra reference database were optimized for the identification of 80 clinical isolates of mycobacteria. As a result of this optimization, it was possible to identify and differentiate M. bovis from other members of the Mycobacterium tuberculosis complex with 100% specificity, 90.91% sensitivity and 91.25% reliability. MALDI-TOF MS methodology described herein provides successful identification of M. bovis within bovine/bubaline clinical samples, demonstrating its usefulness for bovine tuberculosis diagnosis in the future.
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650 $aMycobacterium tuberculosis complex
653 $aMatrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time-of-Flight (MALDI-TOF) mass spectrometry
700 1 $aOLARTE, L. C.
700 1 $aSILVA, M. R.
700 1 $aRODRIGUES, R. A.
700 1 $aCARNEIRO, P. A. M.
700 1 $aKANEENE, J. B.
700 1 $aPASQUATTI, T. N.
700 1 $aTAKATANI, H.
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700 1 $aARAUJO, F. R.
700 1 $aVERBISCK, N. V.
773 $tJournal the Veterinary Medical Science$gv. 81, n. 10, p.1400?1408, 2019.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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