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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
Data corrente: |
14/07/2017 |
Data da última atualização: |
03/01/2018 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
SANTOS, V. S.; MARTINS FILHO, S.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F.; SILVA, F. F. |
Afiliação: |
V. S. SANTOS, Departamento de Estatística, Universidade Federal de Viçosa; S. MARTINS FILHO, Departamento de Estatística, Universidade Federal de Viçosa; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; C. F. AZEVEDO, Departamento de Estatística, Universidade Federal de Viçosa; P. S. LOPES, Departamento de Zootecnia, Universidade Federal de Viçosa; S. E. F. GUIMARÃES, Departamento de Zootecnia, Universidade Federal de Viçosa; F. F. SILVA, Departamento de Zootecnia, Universidade Federal de Viçosa. |
Título: |
Genomic prediction for additive and dominance effects of censored traits in pigs. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 4, gmr15048764, Oct. 2016. |
DOI: |
http://dx.doi.org/10.4238/gmr15048764 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Age at the time of slaughter is a commonly used trait in animal breeding programs. Since studying this trait involves incomplete observations (censoring), analysis can be performed using survival models or modified linear models, for example, by sampling censored data from truncated normal distributions. For genomic selection, the greatest genetic gains can be achieved by including non-additive genetic effects like dominance. Thus, censored traits with effects on both survival models have not yet been studied under a genomic selection approach. We aimed to predict genomic values using the Cox model with dominance effects and compare these results with the linear model with and without censoring. Linear models were fitted via the maximum likelihood method. For censored data, sampling through the truncated normal distribution was used, and the model was called the truncated normal linear via Gibbs sampling (TNL). We used an F2 pig population; the response variable was time (days) from birth to slaughter. Data were previously adjusted for fixed effects of sex and contemporary group. The model predictive ability was calculated based on correlation of predicted genomic values with adjusted phenotypic values. The results showed that both with and without censoring, there was high agreement between Cox and linear models in selection of individuals and markers. Despite including the dominance effect, there was no increase in predictive ability. This study showed, for the first time, the possibility of performing genomic prediction of traits with censored records while using the Cox survival model with additive and dominance effects. MenosAge at the time of slaughter is a commonly used trait in animal breeding programs. Since studying this trait involves incomplete observations (censoring), analysis can be performed using survival models or modified linear models, for example, by sampling censored data from truncated normal distributions. For genomic selection, the greatest genetic gains can be achieved by including non-additive genetic effects like dominance. Thus, censored traits with effects on both survival models have not yet been studied under a genomic selection approach. We aimed to predict genomic values using the Cox model with dominance effects and compare these results with the linear model with and without censoring. Linear models were fitted via the maximum likelihood method. For censored data, sampling through the truncated normal distribution was used, and the model was called the truncated normal linear via Gibbs sampling (TNL). We used an F2 pig population; the response variable was time (days) from birth to slaughter. Data were previously adjusted for fixed effects of sex and contemporary group. The model predictive ability was calculated based on correlation of predicted genomic values with adjusted phenotypic values. The results showed that both with and without censoring, there was high agreement between Cox and linear models in selection of individuals and markers. Despite including the dominance effect, there was no increase in predictive ability. This study showed, for the first time,... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Censored data; GBLUP; Mixed model; Modelo mixto; Survival models. |
Thesagro: |
Porco; Suíno. |
Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Swine. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/161816/1/2016-M.Deon-GMR-Genomic.pdf
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Marc: |
LEADER 02545naa a2200313 a 4500 001 2072712 005 2018-01-03 008 2016 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttp://dx.doi.org/10.4238/gmr15048764$2DOI 100 1 $aSANTOS, V. S. 245 $aGenomic prediction for additive and dominance effects of censored traits in pigs.$h[electronic resource] 260 $c2016 520 $aAge at the time of slaughter is a commonly used trait in animal breeding programs. Since studying this trait involves incomplete observations (censoring), analysis can be performed using survival models or modified linear models, for example, by sampling censored data from truncated normal distributions. For genomic selection, the greatest genetic gains can be achieved by including non-additive genetic effects like dominance. Thus, censored traits with effects on both survival models have not yet been studied under a genomic selection approach. We aimed to predict genomic values using the Cox model with dominance effects and compare these results with the linear model with and without censoring. Linear models were fitted via the maximum likelihood method. For censored data, sampling through the truncated normal distribution was used, and the model was called the truncated normal linear via Gibbs sampling (TNL). We used an F2 pig population; the response variable was time (days) from birth to slaughter. Data were previously adjusted for fixed effects of sex and contemporary group. The model predictive ability was calculated based on correlation of predicted genomic values with adjusted phenotypic values. The results showed that both with and without censoring, there was high agreement between Cox and linear models in selection of individuals and markers. Despite including the dominance effect, there was no increase in predictive ability. This study showed, for the first time, the possibility of performing genomic prediction of traits with censored records while using the Cox survival model with additive and dominance effects. 650 $aAnimal breeding 650 $aSwine 650 $aPorco 650 $aSuíno 653 $aCensored data 653 $aGBLUP 653 $aMixed model 653 $aModelo mixto 653 $aSurvival models 700 1 $aMARTINS FILHO, S. 700 1 $aRESENDE, M. D. V. de 700 1 $aAZEVEDO, C. F. 700 1 $aLOPES, P. S. 700 1 $aGUIMARÃES, S. E. F. 700 1 $aSILVA, F. F. 773 $tGenetics and Molecular Research$gv. 15, n. 4, gmr15048764, Oct. 2016.
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Registros recuperados : 132 | |
41. | | LOBO, A. M. B. O.; GUIMARÃES, S. E. F.; PAIVA, S. R.; CARDOSO, F. F.; SILVA, F. F.; FERNANDES JÚNIOR, G. A.; LOBO, R. N. B. Differentially transcribed genes in skeletal muscle of lambs Livestock Science, Amsterdam, v. 150, n. 1/3, p. 31-41, Dec. 2012.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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42. | | FURTADO, C. L. M.; SILVA, P. V.; GUIMARAES, M. F. M.; SERÃO, N. V. L.; GUIMARÃES, J. D.; GUIMARÃES, S. E. F. Differential expression of genes in follicular cells of swines. Revista Brasileira de Zootecnia, v. 39,n. 5, p. p.1023-1028, 2010.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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43. | | SILVA, A. A.; AZEVEDO, A. L. S.; GASPARINI, K.; VERNEQUE, R. da S.; PEIXOTO, M. G. C. D.; PANETTO, B. R.; GUIMARÃES, S. E. F.; MACHADO, M. A. Quantitative trait loci affecting lactose and total solids on chromosome 6 in Brazilian Gir dairy cattle. Genetics and Molecular Research, v. 10, n. 4, p. 3817-3827, 2011.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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44. | | PIRES, A. V.; LOPES, P. S.; GUIMARAES, S. E. F.; GUIMARAES, C. T.; GOMIDE, L. A. M.; BENEVENUTO JUNIOR, A. A.; CARMO, F. M. S. Quantitative trait loci mapping for meat quality traits in swine chromosome 6. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, Belo Horizonte, v. 57, n. 5, p. 608-615, 2005.Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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45. | | SILVA, D. A.; SILVA, A. A.; COSTA, C. N.; SILVA, F. F.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F; SANTOS, G. G. dos; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J. Random vs fixed contemporary group effects on genetic evaluations of the Brazilian Holstein cattle using an autoregressive animal model. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland, New Zealand. Proceedings... Massey University, 2018.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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46. | | AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; PETERNELLI, L. A.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES, P. S. Quadrados mínimos parciais uni e multivariado aplicados na seleção genômica para características de carcaça em suínos. Ciência Rural, Santa Maria, RS, v. 43, n. 9, p. 1642-1649, set. 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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47. | | COSTA, E. V.; DINIZ, D. B.; VERONEZE, R.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; GUIMARÃES, S. E. F.; SILVA, F. F.; LOPES, P. S. Estimating additive and dominance variances for complex traits in pigs combining genomic and pedigree information. Genetics and Molecular Research, v. 14, n. 2, p. 6303-6311, June 2015.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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48. | | PINHEIRO, V. R.; SILVA, F. F. e; GUIMARÃES, S. E. F.; RESENDE, M. D. V. de; LOPES, P. S.; CRUZ, C. D.; AZEVEDO, C. F. Mapeamento de QTL para características de crescimento de suínos por meio de modelos de regressão aleatória. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 48, n. 2, p. 190-196, fev. 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Unidades Centrais. |
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49. | | CARVALHO, W. A.; DOMINGUES, R.; PRATA, M. C. de A.; SILVA, M. V. G. B.; GUIMARÃES, S. E. F.; MACHADO, M. A. Microarray analysis of tick-infested skin in resistant and susceptible cattle confirms the role of inflammatory pathways in immune activation and larval rejection. Veterinary Parasitology, Amsterdam, v. 205, n. 1?2, p. 307?317, Sept. 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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50. | | CARVALHO, W. A.; DOMINGUES, R.; PRATA, M. C. de A.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G. C. de; GUIMARÃES, S. E. F.; MACHADO, M. A. Microarray analysis of tick-infested skin in resistant and susceptible cattle confirms the role of inflammatory pathways in immune activation and larval rejection. Veterinary Parasitology, Amsterdam, v. 205, n. 1/2, p. 307-317, 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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51. | | LOBO, A. M. B. O.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOBO, R. N. B.; BOMFIM, M. A. D.; FACO, O.; FERNANDES JÚNIOR, G. A. Perfil de ácidos graxos na carne de cordeiros de quatro genótipos. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 48., 2011, Belém. O desenvolvimento da produção animal e a responsabilidade frente a novos desafios: anais. Belém: SBZ, 2011. 3 f. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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52. | | ARAUJO, A. M. de; GUIMARÃES, S. E. F.; PEREIRA, C. S.; LOPES, P. S.; RODRIGUES, M. T.; MACHADO, T. M. M. Paternity in Brazilian goats through the use of DNA microsatellites. Revista Brasileira de Zootecnia, Viçosa, MG, v. 39, n. 5, p. 1011-1014, 2010.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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53. | | DANTAS, W. de M. F.; RIBEIRO FILHO, J. D.; GUIMARÃES, J. D.; FARIAS, S. K.; GUIMARÃES, S. E. F.; SARAIVA, A.; OLIVEIRA, T. T. de. Perfil eletrolítico e peso corporal em suínos submetidos a dietas com diferentes teores de fósforo. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 45, n. 10, p. 1205-1210, nov. 2010 Título em inglês: Electrolytic profile and body weight in pigs subjected to diets enriched with different levels of phosphorus.Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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54. | | GUIMARAES, M. F. M.; FONSECA, I.; PAIVA, D. S.; FERREIRA, M. B. D.; BRITO, M. A. V. P. e; BRANDAO, H. de M.; GUIMARAES, S. E. F. Perfil da expressão do gene IL-17 em células do leite de vacas Gir infectadas artificialmente com Streptococcus agalactiae. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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55. | | FONSECA, I.; PINTO, I. S. B.; BRITO, M. A. V. P. e; FERREIRA, M. B. D.; BRANDAO, H. de M.; GUIMARÃES, S. E. F.; MARTINS, M. F. Perfil de expressão dos genes IL-1ß e IL-12 em vacas Gir infectadas com Streptococcus agalactiae. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 48., 2011, Belém, PA. O desenvolvimento da produção animal e a responsabilidade frente a novos desafios: anais. Belém, PA: SBZ, 2011. 3 p. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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56. | | FONSECA, I.; PAIVA, D. de S.; FERREIRA, M. B. D.; BRITO, M. A. V. P. e; BRANDAO, H. de M.; GUIMARÃES, S. E. F.; GUIMARAES, M. F. M. Perfil de expressão do gene TLR - 2 em células do leite de vacas Gir infectadas com Streptococcus agalactiae. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 47., 2010, Salvador. Empreendedorismo e progresso científico na zootecnia brasileira: anais. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2010. 3 p.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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57. | | LOBO, A. M. B. O.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOBO, R. N. B.; PAIVA, S. R.; CARDOSO, F. F.; SILVA, F. F. e. Perfil de expressão gênica global no músculo esquelético de ovinos por meio de microarrays. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 48., 2011, Belém. O desenvolvimento da produção animal e a responsabilidade frente a novos desafios: anais. Belém: SBZ, 2011. 3 f. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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58. | | LOBO, A. M. B. O.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOBO, R. N. B.; PAIVA, S. R.; CARDOSO, F. F.; SILVA, F. F. e. Perfil de expressão gênica global no músculo esquelético de ovinos por meio de microarrays. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 48., 2011, Belém, PA. O desenvolvimento da produção animal e a responsabilidade frente a novos desafios: anais. Belém, PA: SBZ, 2011. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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59. | | LOBO, A. M. B. O.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOBO, R. N. B.; PAIVA, S. R.; CARDOSO, F. F.; SILVA, F. F. e. Perfil de expressão gênica global no músculo esquelético de ovinos por meio de microarrays. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 48., 2011, Belém. O desenvolvimento da produção animal e a responsabilidade frente a novos desafios: anais. Belém: SBZ, 2011. 3 f. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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60. | | PAIVA, D. A. de F.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES, P. S.; SOLERO, B. P.; PAIVA, S. R.; VENDRAMINI, P.; PEIXOTO, J. de O.; WENCESLAU, A. A. Uso do microssatélite IGF-I na seleção assistida por marcadores em suínos. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 42., 2005, Goiânia, GO. A produção animal e o foco no agronegócio. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2005. Paginação irregular.Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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