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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
02/12/2015 |
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Data da última atualização: |
03/01/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SANTOS, V. S.; MARTINS FILHO, S.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; LOPES, P. S.; GUIMARAES, S. E. F.; GLORIA, L. S.; SILVA, F. F. |
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Afiliação: |
V. S. SANTOS, Universidade Federal de Viçosa; S. MARTINS FILHO, Universidade Federal de Viçosa; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; C. F. AZEVEDO, Universidade Federal de Viçosa; P. S. LOPES, Universidade Federal de Viçosa; S. E. F. GUIMARAES, Universidade Federal de Viçosa; L. S. GLORIA, Universidade Federal de Viçosa; F. F. SILVA, Universidade Federal de Viçosa. |
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Título: |
Genomic selection for slaughter age in pigs using the Cox frailty model. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 14, n. 4, p. 12616-12627, 2015. |
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ISBN: |
http://dx.doi.org/10.4238/2015.October.19.5 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The aim of this study was to compare genomic selection methodologies using a linear mixed model and the Cox survival model. We used data from an F2 population of pigs, in which the response variable was the time in days from birth to the culling of the animal and the covariates were 238 markers [237 single nucleotide polymorphism (SNP) plus the halothane gene]. The data were corrected for fixed effects, and the accuracy of the method was determined based on the correlation of the ranks of predicted genomic breeding values (GBVs) in both models with the corrected phenotypic values. The analysis was repeated with a subset of SNP markers with largest absolute effects. The results were in agreement with the GBV prediction and the estimation of marker effects for both models for uncensored data and for normality. However, when considering censored data, the Cox model with a normal random effect (S1) was more appropriate. Since there was no agreement between the linear mixed model and the imputed data (L2) for the prediction of genomic values and the estimation of marker effects, the model S1 was considered superior as it took into account the latent variable and the censored data. Marker selection increased correlations between the ranks of predicted GBVs by the linear and Cox frailty models and the corrected phenotypic values, and 120 markers were required to increase the predictive ability for the characteristic analyzed. |
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Palavras-Chave: |
Censured data; Dado censurado; Mixed model; Modelo mixto. |
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Thesagro: |
Polimorfismo. |
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Thesaurus Nal: |
polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/134577/1/2015-M.Deon.GMR-Genomic.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 135 | |
| 3. |  | PIRES, A. V.; LOPES, P. S.; GUIMARAES, S. E. F.; GUIMARAES, C. T.; PEIXOTO, J. O. Mapeamento de locos de características quantitativas associados à composição de carcaça, no cromossomo seis de suíno. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, Belo Horizonte, v. 60, n. 3, p. 725-732, 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 5. | | ARAÚJO, A. M.; GUIMARÃES, S. E. F.; COLUMBIANO, V. S.; TEIXEIRA, M. R.; LOPES, P. S. Descrição de cinco loci de microsatélite em uma população de caprinos da raça Alpina e sua utilização em testes de confirmação de paternidade em casos onde o genótipo materno é ou não informado. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 40., 2003, Santa Maria, RS. Otimizando a produção animal: anais. Santa Maria: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2003. 5 f. 1 CD ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 6. | | DANTAS, W. de M. F.; RIBEIRO FILHO, J. D.; GUIMARÃES, J. D.; GUIMARÃES, S. E. F. Perfil metabólico e ponderal de leitões submetidos a dietas com diferentes teores de fósforo em ambientes térmicos distintos. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 49, n. 11, p. 901-910, nov. 2014. Título em inglês: Metabolic profile and body weight of piglets fed with different levels of phosphorus in distinct thermal environments.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 7. | | PEIXOTO, J. de O.; FARIA, D. A. de; SILVA, P. V.; FONSECA, I.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F. Association between leptin genes single nucleotide polymorphisms and carcass traits in pigs Revista Brasileira de Zootecnia, v.38, n.2, p.271-276, 2009 Subprojeto: 16.00.30004-00| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 8. | | SOLLERO, B. P.; YAMAKI, M.; GUIMARÃES, S. E. F.; CARNEIRO, P. L. S.; PAIVA, S. R.; MARIANTE, A. da S. Análise de componentes principais como ferramenta na avaliação da diversidade genética de suínos. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 7., 2008, São Carlos, SP. Anais... São Carlos, SP: SBMA: Embrapa Pecuária Sudeste, 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 13. | | SILVA, P. V.; FONSECA, I.; GUIMARÃES, S. E. F.; GUIMARÃES, M. F. M.; SERÃO, N. V. L.; LOPES, M. S. Expressão relativa da IL - 10 em células do leite de vacas holandesas saudáveis e com mastite clínica. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA. 45., 2008, Lavras, MG. Anais... Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 14. | | FONSECA, I.; SILVA, P. V.; MIRANDA, C. L.; GUIMARÃES, M. F. M.; GUIMARÃES, S. E. F.; MACHADO, M. A. Expressão diferencial do gene interleucina 6 em células do leite de vacas sadias e com mastite. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 53., 2007, Águas de Lindóia. Resumos... Ribeirão Preto: SBG, 2007. p. 97.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 16. | | AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F. Regressão via componentes independentes aplicada à seleção genômica para características de carcaça em suínos. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 48, n. 6, p. 619-626, jun. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 17. | | DOMINGUES, R.; PALLA, P. C.; CESTARO, L. S.; CUNHA, A. C. L. M.; GUIMARÃES, S. E. F.; MACHADO, M. A. Differential gene expression profiles in skin of resistant and susceptible cattle to tick infestation. In: CONGRESSO BRASILEIRO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 57., 2011, Águas de Lindóia. Resumos... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Genética, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 18. | | DOMINGUES, R.; GASPARINI, K.; BERNARDO, K. B.; REIS, D. R. L.; GUIMARÃES, S. E. F.; MACHADO, M. A. Differential expression of CXCL10 in peripheral blood of resistant and susceptible cattle to tick infestation. In: CONGRESSO BRASILEIRO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 57., 2011, Águas de Lindóia. Resumos... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Genética, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 19. | | FONSECA, I.; ANTUNES, G. R.; PAIVA, D. de S.; LANGE, C. C.; GUIMARÃES, S. E. F.; MARTINS, M. F. Differential expression of genes during mastitis in Holstein-Zebu crossbreed dairy cows. Genetics and Molecular Research, v. 10, n. 3, p. 1295-1303, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 20. | | ARAÚJO, A. M. de; GUIMARÃES, S. E. F.; PEREIRA C. S.; LOPES, P. S.; RODRIGUES, M. T.; COLUMBIANO, V. S. Paternidade em rebanhos caprinos por meio de microssatélites de DNA. In: SIMPÓSIO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE MELHORAMENTO ANIMAL, 5., 2004, Pirassunuga, SP. Anais... Pirassunuga: Sociedade Brasileira de Melhoramento Animal, 2004. 4 f. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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