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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
18/12/2017 |
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Data da última atualização: |
18/12/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BELESINI, A. A.; CARVALHO, F. M. S.; TELLES, B. R.; CASTRO, G. M. de; GIACHETTO, P. F.; VANTINI, J. S.; CARLIN, S. D.; CAZETTA, J. O.; PINHEIRO, D. G.; FERRO, M. I. T. |
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Afiliação: |
FCAV/Unesp; FCAV/Unesp; FCAV/Unesp; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; FCAV/Unesp; Centro Avançado da Pesquisa Tecnológica do Agronegócio de Cana, Ribeirão Preto, SP; FCAV/Unesp; FCAV/Unesp; FCAV/Unesp. |
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Título: |
De novo transcriptome assembly of sugarcane leaves submitted to prolonged water-deficit stress. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 16, n. 2, p. 1-20, 2017. |
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DOI: |
http://dx.doi.org/10.4238/gmr16028845 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article gmr16028845. |
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Conteúdo: |
ABSTRACT. Sugarcane production is strongly influenced by drought, which is a limiting factor for agricultural productivity in the world. In this study, the gene expression profiles obtained by de novo assembly of the leaf transcriptome of two sugarcane cultivars that differ in their physiological response to water deficit were evaluated by the RNA-Seq method: drought-tolerant cultivar (SP81-3250) and drought-sensitive cultivar (RB855453). For this purpose, plants were grown in a greenhouse for 60 days and were then submitted to three treatments: control (-0.01 to -0.015 MPa), moderate water deficit (-0.05 to -0.055 MPa), and severe water deficit (-0.075 to -0.08 MPa). The plants were evaluated 30, 60, and 90 days after the beginning of treatment. Sequencing on an Illumina platform (RNA-Seq) generated more than one billion sequences, resulting in 177,509 and 185,153 transcripts for the tolerant and sensitive cultivar, respectively. These transcripts were aligned with sequences from Saccharum spp, Sorghum bicolor, Miscanthus giganteus, and Arabidopsis thaliana available in public databases. The differentially expressed genes detected during the prolonged period of water deficit permit to increase our understanding of the molecular patterns involved in the physiological response of the two cultivars. The tolerant cultivar differentially expressed a larger number of genes at 90 days, while in the sensitive cultivar the number of differentially expressed genes was higher in 30 days. Both cultivars perceived the lack of water, but the tolerant cultivar responded more slowly than the sensitive cultivar. The latter requires rapid activation of different water-deficit stress response mechanisms for its survival. This rapid activation of metabolic pathways in response to water stress does not appear to be the key mechanism of drought tolerance in sugarcane. There is still much to clarify on the molecular and physiological pattern of plants in response to drought. MenosABSTRACT. Sugarcane production is strongly influenced by drought, which is a limiting factor for agricultural productivity in the world. In this study, the gene expression profiles obtained by de novo assembly of the leaf transcriptome of two sugarcane cultivars that differ in their physiological response to water deficit were evaluated by the RNA-Seq method: drought-tolerant cultivar (SP81-3250) and drought-sensitive cultivar (RB855453). For this purpose, plants were grown in a greenhouse for 60 days and were then submitted to three treatments: control (-0.01 to -0.015 MPa), moderate water deficit (-0.05 to -0.055 MPa), and severe water deficit (-0.075 to -0.08 MPa). The plants were evaluated 30, 60, and 90 days after the beginning of treatment. Sequencing on an Illumina platform (RNA-Seq) generated more than one billion sequences, resulting in 177,509 and 185,153 transcripts for the tolerant and sensitive cultivar, respectively. These transcripts were aligned with sequences from Saccharum spp, Sorghum bicolor, Miscanthus giganteus, and Arabidopsis thaliana available in public databases. The differentially expressed genes detected during the prolonged period of water deficit permit to increase our understanding of the molecular patterns involved in the physiological response of the two cultivars. The tolerant cultivar differentially expressed a larger number of genes at 90 days, while in the sensitive cultivar the number of differentially expressed genes was higher in 30 da... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Expressão genética. |
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Thesagro: |
Cana de açúcar; Deficiência hídrica. |
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Thesaurus Nal: |
Drought; Gene expression; Saccharum; Sugarcane; Water stress. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/169187/1/AP-Denovo-Belesini-gmr.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| 101. |  | IBELLI, A. M. G.; CARDOSO, F. F.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, M. C. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; RIBEIRO, A. R. B; ALENCAR, M. M.; GIGLIOTI, R.; REGITANO, L. C. A. Expressão gênica diferencial em bovinos nelore, angus x nelore e senepol x nelore infestados com carrapato rhipicephalus (boophilus) microplus. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PARASITOLOGIA VETERINÁRIA, 16., Campo Grande. Anais... Campo Grande: CBPV, 2010. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Pecuária Sul. |
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| 102. | | PEIXOTO, J. de O.; IBELLI, A. M. G.; CANTAO, M. E.; ZANELLA, R.; JAENISCH, F. R. F.; GIACHETTO, P. F.; SETTLES, M. L.; PANDOLFI, J. R. C.; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C. Expressão gênica diferencial envolvida com condronecrose bacteriana com osteomielite em frangos de corte com 35 dias de idade. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 52., 2015, Belo Horizonte. Zootecnia: otimizando recursos e potencialidades: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 103. | | BERG, A. S.; DITA, M.; NAN, T.; SHEA, T.; ZHOU, S.; JONKERS, W.; ZHENG, Q.; YOUNG, S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HERAI, R.; SOUZA, M.; WAALWIJK, C.; KEMA, G. H. J.; KLISTLER, H.; MA, L. Genome sequencing of Fusarium oxysporum f. sp. cubense tropical race 4 strain II5. Phytopathology, v. 102, n. 7, 2012. Supplement 4. Abstracts of presentations of the APS Annual meeting, Providence, RI, 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 104. | | TORRES, T. Z.; VISOLI, M. C.; FALCAO, P. R. K.; SOUZA, M. I. F.; GIACHETTO, P. F.; NHANI JUNIOR, A.; CINTRA, L. C.; CUNHA, L. M. S.; BARBOSA, L. A. F. Gestão de dados de pesquisa no Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa. Ponta Grossa: Athena, 2022. 57 p.| Tipo: Autoria/Organização/Edição de Livros |
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| 105. | | IBELLI, A. M. G.; GIACHETTO, P. F.; CARDOSO, F. F.; HIGA, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, M. C. de S.; RIBEIRO, A. R. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. de A. Identification of new genes in cattle of different genetic groups activated in response to tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus. In: REUNIÓN DE LA ASOCIACIÓN LATINOAMERICANA DE PRODUCCIÓN ANIMAL, 22., 2011, Montevideo, Uruguay. Memorias... Montevideo: Asociación Uruguaya de Producción Animal, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 106. | | IBELLI, A. M. G.; GIACHETTO, P. F.; CARDOSO, F. F.; HIGA, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, M. C. de S.; RIBEIRO, A. R. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. de A. Identification of new genes in cattle of different genetic groups activated in response to tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus. Archivos Latinoamericano de Producion Animal, v. 19, (supl. 1), p. 221, 2011| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 107. | | FONSECA, I.; CARDOSO, F. F.; HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; BRANDAO, H. de M.; BRITO, M. A. V. P. e; FERREIRA, M. B. D.; GUIMARÃES, S. E. F.; MARTINS, M. F. Gene expression profile in zebu dairy cows (Bos taurus indicus) with mastitis caused by Streptococcus agalactiae. Livestock Science, v. 180, p. 47-57, Oct. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 108. | | GIACHETTO, P. F.; PEREIRA, F. C. P.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. A.; SILVA, M. V.; NICIURA, S. C. M.; CARDOSO, F. F.; ALENCAR, M. M.; MEIRELLES, S. L. C.; LIMA, A. O.; REGITANO, L. C. A. Initial analysis of copy number variations in canchim beef cattle with extreme phenotypes for ribeye area. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. Pôster P0572.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 110. | | CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R. Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. In. CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014. Resumo. 367. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 113. | | BELESINI, A. A.; CARVALHO, F. M. S.; TELLES, B. R.; CASTRO, G. M. de; GIACHETTO, P. F.; VANTINI, J. S.; CARLIN, S. D.; CAZETTA, J. O.; PINHEIRO, D. G.; FERRO, M. I. T. De novo transcriptome assembly of sugarcane leaves submitted to prolonged water-deficit stress. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 16, n. 2, p. 1-20, 2017. Article gmr16028845.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 116. | | PEIXOTO, J. de O.; SAVOLDI, I. R.; IBELLI, A. M. G.; CANTAO, M. E.; JAENISCH, F. R. F.; GIACHETTO, P. F.; SETTLES, M. L.; ZANELLA, R.; MARCHESI, J. A. P.; PANDOLFI, J. R. C.; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C. Proximal femoral head transcriptome reveals novel candidate genes related to epiphysiolysis in broiler chickens. BMC Genomics, v. 20, p. 1-17, 2019. Na publicação: José Rodrigo Pandolfi. Article number: 1031.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Suínos e Aves. |
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| 117. | | LEMOS, M. P. L.; SARAIVA, M. M. S.; LEITE, E. L.; SILVA, N. M. V.; VASCONCELOS, P. C.; GIACHETTO, P. F.; FREITAS NETO, O. C.; GIVISIEZ, P. E. N.; GEBREYES, W. A.; OLIVEIRA, C. J. B. The posthatch prophylactic use of ceftiofur affects the cecalmicrobiota similar to the dietary sanguinarine supplementationin broilers. Poultry Science, v. 99, n. 11, p. 6013-6021, Nov. 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 118. | | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. De novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome based on short read sequences. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts]. San Diego: [s.n.], 2014. Não paginado. P554.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 119. | | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. De novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome based on short read sequences. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2014. Não paginado. P554.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 120. | | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; GIACHETTO, P. F.; FALCAO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. Next generation sequencing and de novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome. In: ANNUAL MEETING OF THE EUROPEAN FEDERATION OF ANIMAL SCIENCE, 64., 2013, Nantes. Abstracts... Session 25, Poster 34| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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