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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
05/02/2015 |
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Data da última atualização: |
18/11/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA JUNIOR, G.; REY, F. S. B.; GIACHETTO, P. F.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; FERRAZ, J. B. S. |
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Afiliação: |
MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; RUI DA SILVA VERNEQUE, CNPGL. |
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Título: |
Descriptive analysis of copy number variation regions in a population of dairy Gyr cattle. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: American Society of Animal Science, 2014. |
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Páginas: |
3 p. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The aim of this work was to investigate, based on a high density BovineHD SNP array, the abundance and distributions of CNVs and CNVR in a Gyr cattle population from Brazil. Genotype data of representative bulls were recorded, totaling 476 Gyr animals. For CNV identification was used the PennCNV software and the CNVRs were determined by the CNVRuler software. A total of 26,672 CNVs were found, beingon average 62 CNV per animal. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes with 96% of these between 1.1 Kb to 100 Kb. The Ensembl's VEP tool, using the CNVRs information as input, found 913 coding regions, suggesting that exon regions were duplicated. In summary, the results help to better understand the Gyr genome and suggest that CNVRs might have some relationship with production traits. |
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Palavras-Chave: |
Polimorfismo de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Bovino; Gado de corte; Gado Zebu. |
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Thesaurus Nal: |
Cattle; Dairy cattle; Genomics; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/120107/1/SP-6581.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/117316/1/WCGALPMV.pdf
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Marc: |
LEADER 01848nam a2200301 a 4500
001 2009575
005 2022-11-18
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520 $aThe aim of this work was to investigate, based on a high density BovineHD SNP array, the abundance and distributions of CNVs and CNVR in a Gyr cattle population from Brazil. Genotype data of representative bulls were recorded, totaling 476 Gyr animals. For CNV identification was used the PennCNV software and the CNVRs were determined by the CNVRuler software. A total of 26,672 CNVs were found, beingon average 62 CNV per animal. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes with 96% of these between 1.1 Kb to 100 Kb. The Ensembl's VEP tool, using the CNVRs information as input, found 913 coding regions, suggesting that exon regions were duplicated. In summary, the results help to better understand the Gyr genome and suggest that CNVRs might have some relationship with production traits.
650 $aCattle
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700 1 $aOLIVEIRA JUNIOR, G.
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700 1 $aMACHADO, M. A.
700 1 $aVERNEQUE, R. da S.
700 1 $aFERRAZ, J. B. S.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 125 | |
| 81. |  | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Detection of copy number variations in nelore beef cattle with high-density SNP genotyping data. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2014. Não paginado. P553.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 82. | | SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA JUNIOR, G.; REY, F. S. B.; GIACHETTO, P. F.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; FERRAZ, J. B. S. Descriptive analysis of copy number variation regions in a population of dairy Gyr cattle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: American Society of Animal Science, 2014. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite. |
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| 83. | | GIACHETTO, P. F.; NHANI JUNIOR, A.; CASTRO, G. M. de; RODRIGUES, V. da S.; GARCIA, M. V.; BARROS, J. C.; ANDREOTTI, R. Differential gene expression in the cattle tick Rhipicephalus microplus fed on resistant and susceptible cattle. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2019. Na publicação: Jacqueline Cavalcanti Barros, Renato Andreotti. PAG 2019. PE0246.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 85. | | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Looking for the "missing" Nelore genotypes. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 51., 2014, Barras dos Coqueiros. A produção animal frente às mudanças climáticas e tecnológicas. Barra dos Coqueiros: Sociedade brasileira de Zootecnia, 2014. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 86. | | SUÁREZ, W. A. B.; VANTINI, J. da S.; DUDA, R. M.; GIACHETTO, P. F.; CINTRA, L. C.; FERRO, M. I. T.; OLIVEIRA, R. A. de. Predominance of syntrophic bacteria, Methanosaeta and Methanoculleus in a two-stage up-flow anaerobic sludge blanket reactor treating coffee processing wastewater at high organic loading rate. Bioresource Technology, v. 268, p. 158-168, Nov. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 87. | | GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A. A.; ZERLOTINI, A.; SILVA, F. R. da. RNA-seq analysis of Eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS CONFERENCE MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2012. Não paginado. 1 Poster. ISMB 2012. Poster G19. Também publicado em: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 21.; EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY, 12., 2013, Berlin. Posters... Berlin: ISCB, 2013. Não paginado....| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 88. | | GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A. A.; ZERLOTINI, A.; SILVA, F. R. da. RNA-seq analysis of Eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS CONFERENCE MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts. 1 Pôster. Poster G19.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Florestas. |
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| 89. | | GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A. A.; ZERTOLINI, A.; SILVA, F. R. da. RNA-Seq Analysis of Eucalyptus Genotypes that Differ in Carbon Allocation. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book. [S.l.: s.n.], 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 90. | | BELLI, A. M. G; GIACHETTO, P. F.; OLIVEIRA, M. C. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; VENERONI, G. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. A. Vias regulatórias envolvidas na resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus. In: WORKSHOP EM GENÔMICA ANIMAL, 1., 2009, Ceará. Resumos... Ceará: UECE, 2009. Não paginado. WSRGA 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 91. | | IBELLI, A. M. G.; GIACHETTO, P. F.; OLIVEIRA, M. C. de S.; YAMAGISHI, M. E. B.; VENERONI, G. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. de A. Vias regulatórias envolvidas na resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus. In: WORKSHOP DA REDE GENÔMICA ANIMAL, 1., 2009, Fortaleza. Anais... Fortaleza, Rede Genômica Animal, 2009| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 92. | | VILLELA, L. C. V.; ALVES, A.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Sequenciamento, montagem de novo e anotação do mitogenoma de Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmman & Eigenmman). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016. p. 104.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 93. | | VILLELA, L. C. V.; ALVES, A.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Sequenciamento, montagem de novo e anotação do mitogenoma de Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmman & Eigenmman). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016. p. 104.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 94. | | GIACHETTO, P. F.; HERAI, R. H.; NICIURA, S. C. M.; DODE, M. A. N.; REGITANO, L. C. de A.; YAMAGISHI, M. E. B. Transcritos quiméricos em bovinos. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., 2010, Brasília. Anais... Brasília: Embrapa, 2010. Não paginado. Pôster 77.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 95. | | GIACHETTO, P. F.; HERAI, R. H.; NICIURA, S. C. M.; DODE, M. A. N.; REGITANO, L. C. A.; YAMAGISHI, M. E. B. Transcritos quiméricos em bovinos. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., 2010, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2010. Não paginado. Pôster 77.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 98. | | GERHARDT, I. R.; ZERLOTINI, A.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, F. R. da; LOBO, F.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A. A.; ARICETTI, J. A.; GIANOTTO, A. C.; CALDANA, C. Understanding molecular mechanisms of carbon allocation in Eucalyptus. In: INTERNATIONAL CONGRESS OF PLANT MOLECULAR BIOLOGY, 11., 2015, Iguassu Falls. Papers... [S.l.: s.n.], 2015. p. 514. p. 0551. IPMB 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 99. | | FERRO, M. I. T.; DABBAS, K. M.; LAIA, M. L. de; JOVINO, D. F. R.; GIACHETTO, P. F.; FERRAZ, A. L. J.; MORAES, F. E. de; GUIMARÃES, A. R.; FERRO, J. A. Avaliação por RT-qPCR de ESTS de cana-de-açúcar; envolvidas nos mecanismos de defesa contra a infecção por Xanthomonas albilineans. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 25., 2009, Porto de Galinhas. Resumos... São Paulo: Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2009. Não paginado. CBM 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 100. | | VILLELA, L. C. V.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PONZETTO, J. M.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Complete mitochondrial genome from South American catfish Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmann & Eigenmann) and its impact in Siluriformes phylogenetic tree. Genetica, v. 145, n. 1, p. 51-66, Feb. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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