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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
Data corrente: |
09/09/2014 |
Data da última atualização: |
23/05/2017 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
GAZAFFI, R.; MARGARIDO, G. R. A.; PASTINA, M. M.; MOLLINARI, M.; GARCIA, A. A. F. |
Afiliação: |
MARIA MARTA PASTINA, CNPMS. |
Título: |
A model for quantitative trait loci mapping. |
Ano de publicação: |
2014 |
Fonte/Imprenta: |
Tree Genetics & Genomes, v. 10, p. 791-801, 2014. |
DOI: |
10.1007/s11295-013-0664-2 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Quantitative trait loci (QTL) mapping is an important approach for the study of the genetic architecture of quantitative traits. For perennial species, inbred lines cannot be obtained due to inbreed depression and a long juvenile period. Instead, linkage mapping can be performed by using a full-sib progeny. This creates a complex scenario because both markers and QTL alleles can have different segregation patterns as well as different linkage phases between them. We present a two-step method for QTL mapping using full-sib progeny based on composite interval mapping (i.e., interval mapping with cofactors), considering an integrated genetic map with markers with different segregation patterns and conditional probabilities obtained by a multipoint approach. The model is based on three orthogonal contrasts to estimate the additive effect (one in each parent) and dominance effect. These estimatives are obtained using the EM algorithm. In the first step, the genome is scanned to detect QTL. After, segregation pattern and linkage phases between QTL and markers are estimated. A simulated example is presented to validate the methodology. In general, the new model is more effective than existing approaches, because it can reveal QTL present in a full-sib progeny that segregates in any pattern present and can also identify dominance effects. Also, the inclusion of cofactors provided more statistical power for QTL mapping. |
Palavras-Chave: |
Arquitetura genética. |
Thesagro: |
Genética; Progênie. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 02039naa a2200217 a 4500 001 1994580 005 2017-05-23 008 2014 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1007/s11295-013-0664-2$2DOI 100 1 $aGAZAFFI, R. 245 $aA model for quantitative trait loci mapping.$h[electronic resource] 260 $c2014 520 $aQuantitative trait loci (QTL) mapping is an important approach for the study of the genetic architecture of quantitative traits. For perennial species, inbred lines cannot be obtained due to inbreed depression and a long juvenile period. Instead, linkage mapping can be performed by using a full-sib progeny. This creates a complex scenario because both markers and QTL alleles can have different segregation patterns as well as different linkage phases between them. We present a two-step method for QTL mapping using full-sib progeny based on composite interval mapping (i.e., interval mapping with cofactors), considering an integrated genetic map with markers with different segregation patterns and conditional probabilities obtained by a multipoint approach. The model is based on three orthogonal contrasts to estimate the additive effect (one in each parent) and dominance effect. These estimatives are obtained using the EM algorithm. In the first step, the genome is scanned to detect QTL. After, segregation pattern and linkage phases between QTL and markers are estimated. A simulated example is presented to validate the methodology. In general, the new model is more effective than existing approaches, because it can reveal QTL present in a full-sib progeny that segregates in any pattern present and can also identify dominance effects. Also, the inclusion of cofactors provided more statistical power for QTL mapping. 650 $aGenética 650 $aProgênie 653 $aArquitetura genética 700 1 $aMARGARIDO, G. R. A. 700 1 $aPASTINA, M. M. 700 1 $aMOLLINARI, M. 700 1 $aGARCIA, A. A. F. 773 $tTree Genetics & Genomes$gv. 10, p. 791-801, 2014.
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental. |
Data corrente: |
26/02/2010 |
Data da última atualização: |
29/04/2013 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Circulação/Nível: |
C - 0 |
Autoria: |
SIMON, J. E.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; FERREIRA, G. D. G.; SANTOS, N. de F. A. dos; NAHUM, B. de S.; MONTEIRO, E. M. M. |
Afiliação: |
JAIME EDSON SIMON; JOSE DE BRITO LOURENÇO JUNIOR, UFRA/EMBRAPA; GEANE DIAS GONÇALVES FERREIRA, UFRPE; NUBIA DE FATIMA ALVES DOS SANTOS, DOUTORANDA UFRA/EMBRAPA; BENJAMIM DE SOUZA NAHUM, CPATU; EDWANA MARA MOREIRA MONTEIRO, DOUTORANDA UFRA/EMBRAPA. |
Título: |
Consumo e digestibilidade de silagem de sorgo como alternativa para alimentação suplementar de ruminantes na Amazônia Oriental. |
Ano de publicação: |
2009 |
Fonte/Imprenta: |
Amazônia: Ciência & Desenvolvimento, Belém, PA, v. 4, n. 8, p. 103-119, jan./jun. 2009. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
Este trabalho foi realizado na Embrapa Amazônia Oriental, em Belém, Pará, para avaliar o efeito de quatro níveis (0%, 15%, 30% e 45%) de concentrado, com subprodutos da agroindústria regional, em substituição à silagem de sorgo, no consumo voluntário e digestibilidade aparente da matéria seca (MS), proteína bruta (PB), energia bruta (EB), fibra em detergente neutro (FDN) e fibra em detergente ácido (FDA). Foi realizado ensaio metabólico, em 21 dias, com dezesseis ovinos, em delineamento inteiramente casualizado, com quatro tratamentos e quatro repetições, cujos dados foram analisados pelo SAS. A inclusão de concentrado na dieta influenciou o consumo voluntário e a digestibilidade aparente de todos os nutrientes. Constatou-se aumento quadrático nos consumos aparentes da MS e MO, contudo, com aumento do nível de concentrado na ração, foram observadas diminuições significativas nos teores de FDN e FDA. Percentagens entre 30% e 45% de concentrado na dieta proporcionam melhores consumos e digestibilidades dos nutrientes, exceto de FDN e FDA. A utilização de concentrado na silagem de sorgo, o que proporciona maior disponibilidade de matéria seca na forragem e elevação do valor nutritivo da ração, é capaz de promover aumento da produtividade animal. |
Palavras-Chave: |
Silagem de sorgo. |
Thesagro: |
Fibra; Tanino; Valor Nutritivo. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/30486/1/ConsumoDigestibilida.pdf
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Marc: |
LEADER 02031naa a2200229 a 4500 001 1658970 005 2013-04-29 008 2009 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aSIMON, J. E. 245 $aConsumo e digestibilidade de silagem de sorgo como alternativa para alimentação suplementar de ruminantes na Amazônia Oriental. 260 $c2009 520 $aEste trabalho foi realizado na Embrapa Amazônia Oriental, em Belém, Pará, para avaliar o efeito de quatro níveis (0%, 15%, 30% e 45%) de concentrado, com subprodutos da agroindústria regional, em substituição à silagem de sorgo, no consumo voluntário e digestibilidade aparente da matéria seca (MS), proteína bruta (PB), energia bruta (EB), fibra em detergente neutro (FDN) e fibra em detergente ácido (FDA). Foi realizado ensaio metabólico, em 21 dias, com dezesseis ovinos, em delineamento inteiramente casualizado, com quatro tratamentos e quatro repetições, cujos dados foram analisados pelo SAS. A inclusão de concentrado na dieta influenciou o consumo voluntário e a digestibilidade aparente de todos os nutrientes. Constatou-se aumento quadrático nos consumos aparentes da MS e MO, contudo, com aumento do nível de concentrado na ração, foram observadas diminuições significativas nos teores de FDN e FDA. Percentagens entre 30% e 45% de concentrado na dieta proporcionam melhores consumos e digestibilidades dos nutrientes, exceto de FDN e FDA. A utilização de concentrado na silagem de sorgo, o que proporciona maior disponibilidade de matéria seca na forragem e elevação do valor nutritivo da ração, é capaz de promover aumento da produtividade animal. 650 $aFibra 650 $aTanino 650 $aValor Nutritivo 653 $aSilagem de sorgo 700 1 $aLOURENÇO JUNIOR, J. de B. 700 1 $aFERREIRA, G. D. G. 700 1 $aSANTOS, N. de F. A. dos 700 1 $aNAHUM, B. de S. 700 1 $aMONTEIRO, E. M. M. 773 $tAmazônia: Ciência & Desenvolvimento, Belém, PA$gv. 4, n. 8, p. 103-119, jan./jun. 2009.
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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