Data/hora: 22/06/2024 17:22:25

Biblioteca(s): | Embrapa Unidades Centrais.
Data corrente: | 09/06/2008
Data da última atualização: | 29/06/2018
Autoria: | MOLLINARI, M.; MARGARIDO, G. R. A.; GARCIA, A. A. F.
Afiliação: | Marcelo Mollinari, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz/Departamento de Genética; Gabriel Rodrigues Alves Margarido, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz/Departamento de Genética; Antonio Augusto Franco Garcia, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz/Departamento de Genética.
Título: | Comparação dos algoritmos delineação rápida em cadeia e seriação, para a construção de mapas genéticos.
Ano de publicação: | 2008
Fonte/Imprenta: | Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 4, p. 505-512, abr. 2008
Idioma: | Português
Notas: | Título em inglês: Comparison of algorithms rapid chain delineation and seriation, for the construction of genetic linkage maps.
Conteúdo: | O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência, na construção de mapas genéticos, dos algoritmos seriação e delineação rápida em cadeia, além dos critérios para avaliação de ordens: produto mínimo das frações de recombinação adjacentes, soma mínima das frações de recombinação adjacentes e soma máxima dos LOD Scores adjacentes, quando usados com o algoritmo de verificação de erros "ripple". Foi simulado um mapa com 24 marcadores, posicionados aleatoriamente a distâncias variadas, com média 10 cM. Por meio do método Monte Carlo, foram obtidas 1.000 populações de retrocruzamento e 1.000 populações F2, com 200 indivíduos cada, e diferentes combinações de marcadores dominantes e co-dominantes (100% co-dominantes, 100% dominantes e mistura com 50% co-dominantes e 50% dominantes). Foi, também, simulada a perda de 25, 50 e 75% dos dados. Observou-se que os dois algoritmos avaliados tiveram desempenho semelhante e foram sensíveis à presença de dados perdidos e à presença de marcadores dominantes; esta última dificultou a obtenção de estimativas com boa acurácia, tanto da ordem quanto da distância. Além disso, observou-se que o algoritmo "ripple" geralmente aumenta o número de ordens corretas e pode ser combinado com os critérios soma mínima das frações de recombinação adjacentes e produto mínimo das frações de recombinação adjacentes.
Palavras-Chave: | algoritmo ripple; dados perdidos; dominant and codominant markers; marcadores dominantes e co-dominantes; método Monte Carlo; missing data; QTL.
Thesaurus Nal: | Monte Carlo method.
Categoria do assunto: | --
URL: | http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/38806/1/43n04a09.pdf
Registro original: | Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE)
Exemplares: | AI-SEDE - (43255-1) - UPE - AP - PP - 630.72081 - P474 -  - DIS