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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
29/06/2011 |
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Data da última atualização: |
25/07/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GARCIA, R. A. V.; RANGEL, P. N.; BRONDANI, C.; MARTINS, W. S.; MELO, L. C.; CARNEIRO, M. S.; BORBA, T. C. O.; BRONDANI, R. P. V. |
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Afiliação: |
ROBERTHA A. V. GARCIA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE GOIÁS; PRISCILA NASCIMENTO RANGEL, UNIVERSIDADE FEDERAL DE GOIÁS; CLAUDIO BRONDANI, CNPAF; WELLINGTON S. MARTINS, UNIVERSIDADE FEDERAL DE GOIÁS; LEONARDO CUNHA MELO, CNPAF; MONALISA S. CARNEIRO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; TEREZA CRISTINA DE OLIVEIRA BORBA, CNPAF; ROSANA PEREIRA VIANELLO BRONDANI, CNPAF. |
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Título: |
The characterization of a new set of EST-derived simple sequence repeat (SSR) markers as a resource for the genetic analysis of Phaseolus vulgaris. |
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Ano de publicação: |
2011 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genetics, v. 12, n. 41, 2011. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background: Over recent years, a growing effort has been made to develop microsatellite markers for the genomic analysis of the common bean (Phaseolus vulgaris) to broaden the knowledge of the molecular genetic basis of this species. The availability of large sets of expressed sequence tags (ESTs) in public databases has given rise to an expedient approach for the identification of SSRs (Simple Sequence Repeats), specifically EST-derived SSRs. In the present work, a battery of new microsatellite markers was obtained from a search of the Phaseolus vulgaris EST database. The diversity, degree of transferability and polymorphism of these markers were tested. Results: From 9,583 valid ESTs, 4,764 had microsatellite motifs, from which 377 were used to design primers, and 302 (80.11%) showed good amplification quality. To analyze transferability, a group of 167 SSRs were tested, and the results showed that they were 82% transferable across at least one species. The highest amplification rates were observed between the species from the Phaseolus (63.7%), Vigna (25.9%), Glycine (19.8%), Medicago (10.2%), Dipterix (6%) and Arachis (1.8%) genera. The average PIC (Polymorphism Information Content) varied from 0.53 for genomic SSRs to 0.47 for EST-SSRs, and the average number of alleles per locus was 4 and 3, respectively. Among the 315 newly tested SSRs in the BJ (BAT93 X Jalo EEP558) population, 24% (76) were polymorphic. The integration of these segregant loci into a framework map composed of 123 previously obtained SSR markers yielded a total of 199 segregant loci, of which 182 (91.5%) were mapped to 14 linkage groups, resulting in a map length of 1,157 cM. Conclusions: A total of 302 newly developed EST-SSR markers, showing good amplification quality, are available for the genetic analysis of Phaseolus vulgaris. These markers showed satisfactory rates of transferability, especially between species that have great economic and genomic values. Their diversity was comparable to genomic SSRs, and they were incorporated in the common bean reference genetic map, which constitutes an important contribution to and advance in Phaseolus vulgaris genomic research. MenosBackground: Over recent years, a growing effort has been made to develop microsatellite markers for the genomic analysis of the common bean (Phaseolus vulgaris) to broaden the knowledge of the molecular genetic basis of this species. The availability of large sets of expressed sequence tags (ESTs) in public databases has given rise to an expedient approach for the identification of SSRs (Simple Sequence Repeats), specifically EST-derived SSRs. In the present work, a battery of new microsatellite markers was obtained from a search of the Phaseolus vulgaris EST database. The diversity, degree of transferability and polymorphism of these markers were tested. Results: From 9,583 valid ESTs, 4,764 had microsatellite motifs, from which 377 were used to design primers, and 302 (80.11%) showed good amplification quality. To analyze transferability, a group of 167 SSRs were tested, and the results showed that they were 82% transferable across at least one species. The highest amplification rates were observed between the species from the Phaseolus (63.7%), Vigna (25.9%), Glycine (19.8%), Medicago (10.2%), Dipterix (6%) and Arachis (1.8%) genera. The average PIC (Polymorphism Information Content) varied from 0.53 for genomic SSRs to 0.47 for EST-SSRs, and the average number of alleles per locus was 4 and 3, respectively. Among the 315 newly tested SSRs in the BJ (BAT93 X Jalo EEP558) population, 24% (76) were polymorphic. The integration of these segregant loci into a framework map co... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Análise genética; Microssatélite. |
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Thesagro: |
Feijão; Genética; Marcador molecular; Phaseolus vulgaris. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/36872/1/bmc.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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| 141. |  | GARCIA, R. A.; CUNHA, M. G.; MEYER, M. C.; LOBO JUNIOR, M.; GUIMARÃES, R. A.; OLIVEIRA, R. M.; CRUZ, G. P. O. Análise de compatibilidade micelial em populações de sclerotinia sclerotiorum atacando soja. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 35, p. S285, ago. 2010. Suplemento, res. 11.067. Edição das palestras e resumos de trabalhos apresentados no 43 Congresso Brasileiro de Fitopatologia; do 43 Annual Meeting Of The Brazilian Phytopathology Society, Cuiabá, ago. 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 142. | | GARCIA, R. A.; CUNHA, M. G.; MEYER, M. C.; LOBO JUNIOR, M.; GUIMARÃES, R. A.; OLIVEIRA, R. M.; CRUZ, G. P. O. Análise de compatibilidade micelial em populações de Sclerotinia sclerotiorum atacando soja. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 35, p. S285, ago. 2010. Suplemento, ref. 11.067. Edição dos resumos do XLIII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Cuiabá, ago. 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 143. | | GARCIA, R. A. V.; RANGEL, P. N.; BRONDANI, C.; MARTINS, W. S.; MELO, L. C.; CARNEIRO, M. S.; BORBA, T. C. O.; BRONDANI, R. P. V. The characterization of a new set of EST-derived simple sequence repeat (SSR) markers as a resource for the genetic analysis of Phaseolus vulgaris. BMC Genetics, v. 12, n. 41, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 144. | | GARCIA, R. A.; CUNHA, M. G.; MEYER, M. C.; LOBO JUNIOR, M.; GUIMARÃES, R. A.; OLIVEIRA, R. M.; CRUZ, G. P. O. Compatibilidade micelial em populações de Sclerotinia sclerotiorum. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 35, p. S285, ago. 2010. Suplemento, res. 11.066. Edição das palestras e resumos de trabalhos apresentados no 43 Congresso Brasileiro de Fitopatologia; do 43 Annual Meeting Of The Brazilian Phytopathology Society, Cuiabá, ago. 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 145. | | GARCIA, R. A.; CUNHA, M. G.; MEYER, M. C.; LOBO JUNIOR, M.; GUIMARÃES, R. A.; OLIVEIRA, R. M.; CRUZ, G. P. O. Compatibilidade micelial em populações de Sclerotinia sclerotiorum. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 35, p. S285, ago. 2010. Suplemento, ref. 11.066. Edição dos resumos do XLIII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Cuiabá, ago. 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 146. | | GARCIA, R. A.; OLIVEIRA, L. C. B.; ANDRADE, L. R. M. de; VASQUES, N. P. de S. F.; BARROS, L. M. G. Cultivo de Sclerolobium paniculatum em hidroponia com e sem alumínio visando a construção de uma biblioteca subtrativa. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 15., 2010, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. Resumo 025.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 147. | | CARDOSO, P. C. B.; GARCIA, R. A. V.; BRONDANI, C.; FARIA, L. C. de; DEL PELOSO, M. J.; BRONDANI, R. P. V. Desenvolvimento de um sistema de genotipagem molecular para determinação da identidade genética de cultivares de feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 53., 2007, Águas de Lindóia. Resumos... Águas de Lindóia: Sociedade Brasileira de Genética, 2007. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 148. | | CARDOSO, P. C. B.; GARCIA, R. A. V.; FARIA, L. C. de; DEL PELOSO, M. J.; BRONDANI, C.; BRONDANI, R. P. V. Desenvolvimento de um sistema de genotipagem molecular para determinação da identidade genética de cultivares de feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris). In: CONGRESSO DE PESQUISA, ENSINO E EXTENSÃO, 4., 2007, Goiânia. Ciência, educação e compromisso social: anais... Goiânia: Universidade Federal de Goiás, 2007. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 149. | | GUIMARÃES, N. de F.; OTSUBO, A. A.; GARCIA, R. A.; GALLO, A. de S.; CARVALHO, E. M. de; SILVA, R. F. da. Edaphic invertebrate macrofauna associated with cassava crop in different soil coverages Australian Journal of Crop Science, v. 14, n. 12, p. 1949-1956, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 150. | | MOTTA, I. de S.; TOMAZI, M.; COMUNELLO, E.; GARCIA, R. A.; MARTINS, P. O.; BRASIL, B. G. C.; SOUZA, G. G.; COLOMBO, B. D. Uso de imagens obtidas por drone para avaliação qualitativa da fitomassa produzida por diferentes plantas de cobertura para plantio direto de abóbora. In: ENCONTRO NACIONAL DE PLANTIO DIRETO NA PALHA, 17., 2020, Dourados. Sistema plantio direto: base para agricultura sustentável: anais eletrônicos. Dourados: Federação Brasileira de Plantio Direto e Irrigação, 2020. p. 23| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 151. | | MOTTA, I. de S.; COMUNELLO, E.; TOMAZI, M.; GARCIA, R. A.; MARTINS, P. O.; BRASIL, B. G. C.; SOUZA, G. G.; COLOMBO, B. D. Fitomassa produzida por plantas de cobertura para plantio direto de abóbora kabotiá In: ENCONTRO NACIONAL DE PLANTIO DIRETO NA PALHA, 17., 2020, Dourados. Sistema plantio direto: base para agricultura sustentável: anais eletrônicos. Dourados: Federação Brasileira de Plantio Direto e Irrigação, 2020. p. 93| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 154. | | GARVALHO, G. L.; GARCIA, R. A. V.; CAMARGO, G. S. O.; BRONDANI, C.; FIÚZA, R.; MARTINS, W. S.; BRONDANI, R. P. V. Mapeamento genético de marcadores microssatélites derivados de ESTs utilizando a população de referência BAT 93 x JALO EEP558. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 53., 2007, Águas de Lindóia. Resumos... Águas de Lindóia: Sociedade Brasileira de Genética, 2007. p. 265.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 158. | | CORREIA, I. V. T.; LAMAS, F. M.; STAUT, L. A.; GARCIA, R. A.; CONCENCO, G.; MARQUES, R. F.; MELO, T. S. Ocorrência de plantas daninhas em sistemas diversificados de produção. In: JORNADA DE INICIAÇÃO À PESQUISA DA EMBRAPA, 2015, Dourados. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2015. JIPE 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 159. | | FREITAS, E. O.; PAIXÃO, J. F. R.; MACEDO, L. L. P. de; LOURENCO, I. T.; GARCIA, R. A.; FERREIRA, M. A.; SA, M. F. G. de. Novos promotores de genes induzíveis pelo ataque do inseto-praga bicudo-doalgodoeiro em tecido floral de algodão. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 27.; CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE ENTOMOLOGIA, 10., Gramado. Saúde, ambiente e agricultura: anais. Gramado: SEB, 2018. Na publicação: Maria F. Grossi-de-Sá.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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