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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
18/01/2023 |
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Data da última atualização: |
11/04/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GARCIA, A. O.; OTTO, P. I.; GLATZL JUNIOR, L. A.; ROCHA, R. de F. B.; SANTOS, M. G. dos; OLIVEIRA, D. A. de; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; GUIMARÃES, S. E. F. |
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Afiliação: |
ARIELLY OLIVEIRA GARCIA, Universidade Federal de Viçosa; PAMELA ITAJARA OTTO, Universidade Federal de Santa Maria; LUIZ AFONSO GLATZL JUNIOR, Universidade Federal de Juiz de Fora; RENATA DE FÁTIMA BRETANHA ROCHA, Universidade Federal de Viçosa; MATEUS GUIMARÃES DOS SANTOS, Universidade Federal de Viçosa; DANIELE ALVES DE OLIVEIRA, Universidade Federal de Santa Maria; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; JOAO CLAUDIO DO CARMO PANETTO, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; RUI DA SILVA VERNEQUE, CNPGL; SIMONE ELIZA FACIONI GUIMARÃES, Universidade Federal de Viçosa. |
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Título: |
Pedigree reconstruction and population structure using SNP markers in Gir cattle. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Applied Genetics, v. 64, p. 329-340, 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s13353-023-00747-x |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Our objective was to establish a SNPs panel for pedigree reconstruction using microarrays of different densities and evaluate the genomic relationship coefficient of the inferred pedigree, in addition to analyzing the population structure based on genomic analyses in Gir cattle. For parentage analysis and genomic relationship, 16,205 genotyped Gir animals (14,458 females and 1747 males) and 1810 common markers to the four SNP microarrays were used. For population structure analyses, including linkage disequilibrium, effective population size, and runs of homozygosity (ROH), genotypes from 21,656 animals were imputed. Likelihood ratio (LR) approach was used to reconstruct the pedigree, deepening the pedigree and showing it is well established in terms of recent information. Coefficients for each relationship category of the inferred pedigree were adequate. Linkage disequilibrium showed rapid decay. We detected a decrease in the effective population size over the last 50 generations, with the average generation interval around 9.08 years. Higher ROH-based inbreeding coefficient in a class of short ROH segments, with moderate to high values, was also detected, suggesting bottlenecks in the Gir genome. Breeding strategies to minimize inbreeding and avoid massive use of few proven sires with high genetic value are suggested to maintain genetic variability in future generations. In addition, we recommend reducing the generation interval to maximize genetic progress and increase effective population size. MenosOur objective was to establish a SNPs panel for pedigree reconstruction using microarrays of different densities and evaluate the genomic relationship coefficient of the inferred pedigree, in addition to analyzing the population structure based on genomic analyses in Gir cattle. For parentage analysis and genomic relationship, 16,205 genotyped Gir animals (14,458 females and 1747 males) and 1810 common markers to the four SNP microarrays were used. For population structure analyses, including linkage disequilibrium, effective population size, and runs of homozygosity (ROH), genotypes from 21,656 animals were imputed. Likelihood ratio (LR) approach was used to reconstruct the pedigree, deepening the pedigree and showing it is well established in terms of recent information. Coefficients for each relationship category of the inferred pedigree were adequate. Linkage disequilibrium showed rapid decay. We detected a decrease in the effective population size over the last 50 generations, with the average generation interval around 9.08 years. Higher ROH-based inbreeding coefficient in a class of short ROH segments, with moderate to high values, was also detected, suggesting bottlenecks in the Gir genome. Breeding strategies to minimize inbreeding and avoid massive use of few proven sires with high genetic value are suggested to maintain genetic variability in future generations. In addition, we recommend reducing the generation interval to maximize genetic progress and increase ef... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Bovino; DNA; Endogamia; Gado Gir; Marcador Genético. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/248991/1/Pedigree-reconstruction-and-population-structure-using-SNP-markers-in-Gir-cattle.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| 1. |  | OLIVEIRA, M. N.; LEITE, L. C.; OLIVEIRA, E. J. de; GARCIA, A. O.; FERREIRA, F. G.; NOVAES, J. J. da S. Atividade: composição bromatológica do terço superior de cinco variedades de mandioca aos seis meses de idade. In: REUNIÃO ANUAL DE CIÊNCIA, TECNOLOGIA, INOVAÇÃO E CULTURA NO RECÔNCAVO DA BAHIA - RECONCITEC, 4. 2017, Cruz das Almas. Educação, desenvolvimento e integração Social: anais.... Cruz das Almas, Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, 2017. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 2. | | GARCIA, A. O.; FERREIRA, F. G.; MIRANDA, G. da S.; SANTOS, D. C. C. dos; LEITE, L. C.; OLIVEIRA, E. J. de. Atividade: composição químico-bromatológica do Terço superior de cinco variedades de mandioca aos dezoito meses de idade. In: REUNIÃO ANUAL DE CIÊNCIA, TECNOLOGIA, INOVAÇÃO E CULTURA NO RECÔNCAVO DA BAHIA - RECONCITEC, 4. 2017, Cruz das Almas. Educação, desenvolvimento e integração Social: anais.... Cruz das Almas, Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, 2017. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 3. | | GARRUTI, D. dos S.; FACUNDO, H. V. V.; LIMA, J. R.; GODOY, R. C. B. de; SANTIAGO, R. A. C.; GARCIA, A. O.; PONTES, M. A. N. Defining Brazilians preferences of improved resistant banana prata varieties. In: PANGBORN SENSORY SCIENCE SYMPOSIUM, 10., 2013, Rio de Janeiro. Abstracts. [S.l.]: Rogil, 2013. Disponibilizado online mediante login e senha.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 4. | | RODRIGUES, V. O.; FERREIRA, F. G.; LEITE, L. C.; FARIAS, G. de C.; OLIVEIRA, M. N.; NOVAES, J. L J. da S.; GARCIA, A. O.; OLIVEIRA, E. J. de. Composição bromatológica da silagem da parte aérea de varidedades de mandioca. CONGRESO DE LA ASOCIACIÓN LATINOAMERICANA DE PRODUCCIÓN ANIMAL, 28; CONGRESO DE PRODUCCIÓN ANIMAL DEL NORDESTE 11 [2016], [Recife], La seguridade alimentaria em América Latina. [Recife], [2016].| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 5. | | GARCIA, A. O.; FERREIRA, F. G.; LEITE, L. C.; ASSIS, M. T. S. de; FARIAS, G. de C.; SANTOS, J. de J. dos; RODRIGUES, V. O.; OLIVEIRA, E. J. de. Composição químico - bromatológica da rama de diferentes variedades de mandioca aos 18 meses de idade. CONGRESO DE LA ASOCIACIÓN LATINOAMERICANA DE PRODUCCIÓN ANIMAL, 28; CONGRESO DE PRODUCCIÓN ANIMAL DEL NORDESTE 11 [2016], [Recife], La seguridade alimentaria em América Latina. [Recife], [2016].| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 6. | | ROCHA, R. de F. B.; OTTO, P. I.; GARCIA, A. O.; SANTOS, M. G. dos; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; CALUS, M. P. L.; GUIMARÃES, S. E. F. A genética envolvida na produção de oócitos e embriões em Gir leiteiro. Balde Branco, ano 59, n. 703, p. 56-59, 2024.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 7. | | ROCHA, R. de F. B.; GARCIA, A. O.; OTTO, P. I.; SANTOS, M. G. dos; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; GUIMARÃES, S. E. F. Single-step genome-wide association studies and post-GWAS analyses for the number of oocytes and embryos in Gir cattle. Mammalian Genome, v. 34, p. 497-508, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 8. | | ROCHA, R. de F. B.; GARCIA, A. O.; OTTO, P. I.; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; GUIMARÃES, S. E. F. Runs of homozygosity and signatures of selection for number of oocytes and embryos in the Gir Indicine cattle. Mammalian Genome, v. 34, p. 482-496, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
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| 9. | | OTTO, P. I.; GOBO, D. O. R.; OLIVEIRA, D.; BÖCK, M. J.; GARCIA, A. O.; SANTOS, M. G. dos; OTTO, T. M.; ROCHA, R. de F. B.; SILVA, M. V. G. B.; DALTRO, D. dos S.; NEGRI, R.; KLUSKA, S.; COSTA, K. A. Aplicações da genômica na produção animal. In: SIMPÓSIO DE INVESTIGAÇÃO EM PRODUÇÃO ANIMAL, 1., 2023, Santa Maria, RS. [Trabalhos apresentados]. Canoas, RS: Mérida Publishers, 2023. p. 95-112.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 10. | | OTTO, P. I.; GUIMARAES, S. E. F.; VERARDO, L. L.; AZEVEDO, A. L. S.; SEVILLANO, C. A.; PRATA, M. C. de A.; FURLONG, J.; FREITAS, C. de; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; PANETTO, J. C. do C.; CARVALHO, W. A.; GARCIA, A. O.; DAIBERT, R. M. de P.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A. Genome wide association study for gastrointestinal nematodes resistance in Bos taurus x Bos indicus crossbred cattle. Livestock Science, v. 245, 104403, 2021. Short communication.| Tipo: Nota Técnica/Nota Científica |
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| 11. | | GARCIA, A. O.; OTTO, P. I.; GLATZL JUNIOR, L. A.; ROCHA, R. de F. B.; SANTOS, M. G. dos; OLIVEIRA, D. A. de; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; GUIMARÃES, S. E. F. Pedigree reconstruction and population structure using SNP markers in Gir cattle. Journal of Applied Genetics, v. 64, p. 329-340, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
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| 12. | | ROCHA, R. de F. B.; GARCIA, A. O.; SANTOS, M. G. dos; OTTO, P. I.; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; CALUS, M. P. L.; VANDENPLAS, J.; GUIMARÃES, S. E. F. Parent-of-origin effects for the number of oocytes and embryos in Gir cattle. Livestock Science, v. 280, 105412, 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 13. | | PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; FERNANDES, A. R.; MACHADO, C. H. C.; MARTINS, M. F.; REIS, D. R. de L.; BORGES, C. A. V.; VENTURA, H. T.; PEREIRA, M. A.; OLIVEIRA, J. C.; GLATZL JUNIOR, L. A.; GARCIA, A. O.; LEANDRO, F. D. Providing genetics for the dairy industry in the tropics - the Brazilian Dairy Gir Breeding Program. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 12., 2022, Rotterdam. Proceedings... Rotterdam: [s.n.], 2022.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 14. | | PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; FERNANDES, A. R.; MARTINS, M. F.; REIS, D. R. de L.; VENTURA, H. T.; PEREIRA, M. A.; OLIVEIRA, J. C. de; GLATZL JUNIOR, L. A.; GARCIA, A. O.; LEANDRO, F. D. Programa Nacional de Melhoramento do Gir Leiteiro - Sumário Brasileiro de Fêmeas -3ª Avaliação Genômica de Fêmeas Jovens e Adultas - Outubro 2020. Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2020. 51 p. (Embrapa Gado de Leite. Documentos, 252).| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 15. | | PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; FERNANDES, A. R.; MACHADO, C. H. C.; MARTINS, M. F.; REIS, D. R. de L.; VENTURA, H. T.; PEREIRA, M. A.; OLIVEIRA, J. C. de; GLATZL JUNIOR, L. A.; GARCIA, A. O.; LEANDRO, F. D. (ed.). Programa Nacional de Melhoramento do Gir Leiteiro: sumário brasileiro de fêmeas: 4ª avaliação genômica de fêmeas jovens e adultas: novembro 2021. Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2021. 63 p. (Embrapa Gado de Leite. Documentos, 263).| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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