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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
Data corrente: |
09/06/2008 |
Data da última atualização: |
29/06/2018 |
Autoria: |
MOLLINARI, M.; MARGARIDO, G. R. A.; GARCIA, A. A. F. |
Afiliação: |
Marcelo Mollinari, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz/Departamento de Genética; Gabriel Rodrigues Alves Margarido, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz/Departamento de Genética; Antonio Augusto Franco Garcia, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz/Departamento de Genética. |
Título: |
Comparação dos algoritmos delineação rápida em cadeia e seriação, para a construção de mapas genéticos. |
Ano de publicação: |
2008 |
Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 4, p. 505-512, abr. 2008 |
Idioma: |
Português |
Notas: |
Título em inglês: Comparison of algorithms rapid chain delineation and seriation, for the construction of genetic linkage maps. |
Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência, na construção de mapas genéticos, dos algoritmos seriação e delineação rápida em cadeia, além dos critérios para avaliação de ordens: produto mínimo das frações de recombinação adjacentes, soma mínima das frações de recombinação adjacentes e soma máxima dos LOD Scores adjacentes, quando usados com o algoritmo de verificação de erros "ripple". Foi simulado um mapa com 24 marcadores, posicionados aleatoriamente a distâncias variadas, com média 10 cM. Por meio do método Monte Carlo, foram obtidas 1.000 populações de retrocruzamento e 1.000 populações F2, com 200 indivíduos cada, e diferentes combinações de marcadores dominantes e co-dominantes (100% co-dominantes, 100% dominantes e mistura com 50% co-dominantes e 50% dominantes). Foi, também, simulada a perda de 25, 50 e 75% dos dados. Observou-se que os dois algoritmos avaliados tiveram desempenho semelhante e foram sensíveis à presença de dados perdidos e à presença de marcadores dominantes; esta última dificultou a obtenção de estimativas com boa acurácia, tanto da ordem quanto da distância. Além disso, observou-se que o algoritmo "ripple" geralmente aumenta o número de ordens corretas e pode ser combinado com os critérios soma mínima das frações de recombinação adjacentes e produto mínimo das frações de recombinação adjacentes. |
Palavras-Chave: |
algoritmo ripple; dados perdidos; dominant and codominant markers; marcadores dominantes e co-dominantes; método Monte Carlo; missing data; QTL. |
Thesaurus Nal: |
Monte Carlo method. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/38806/1/43n04a09.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE) |
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1. | | MOLLINARI, M.; MARGARIDO, G. R. A.; GARCIA, A. A. F. Comparação dos algoritmos delineação rápida em cadeia e seriação, para a construção de mapas genéticos. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 4, p. 505-512, abr. 2008 Título em inglês: Comparison of algorithms rapid chain delineation and seriation, for the construction of genetic linkage maps.Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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3. | | LARA, L. A. DE C.; SANTOS, M. F.; JANK, L.; CHIARI, L.; GARCIA, A. A. F. Modeling the variance-covariance matrix of genetic and residual effects in a Panicum maximum genome wide selection experiment. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON QUANTITATIVE GENETICS, 5., Madison, Wisconsin, USA, 2016. Proceedings... Madison, Wisconsin, USA: ICQG, 2016.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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5. | | SANTOS, M. A.; GERALDI, I. O.; GARCIA, A. A. F.; BORTOLATTO, N.; SCHIAVON, A.; HUNGRIA, M. Mapping of QTLs associated with biological nitrogen fixation traits in soybean. Hereditas, Lund, v. 150, n. 2-3, p. 17-25, 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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6. | | ALVES, R. M.; GARCIA, A. A. F.; CRUZ, E. D.; FIGUEIRA, A. Seleção de descritores botânico-agronômicos para caracterização de germoplasma de cupuaçuzeiro. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 38, n. 7, p. 807-818, jul. 2003. il.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - B |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Unidades Centrais. |
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11. | | GARCIA, A. A.; PINTO, D. de S. B.; FARIAS, J. L.; ABREU, C. M.; PEREZ, N. B. Anatomia de plantas de capim-annoni (Eragrostis plana Nees). In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 18.; ENCONTRO DE PÓS-GRADUAÇÃO, 11.; MOSTRA CIENTÍFICA, 1., 2009, Pelotas. Evoluir sem extinguir: por uma ciência do devir: anais. Pelotas: UFPEL, 2009. Não paginado. 1 CD-ROM. Resumo.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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12. | | FAVERO, A. P.; MORAES, S. A. de; GARCIA, A. A. F.; VALLS, J. F. M.; VELLO, N. A. Characterization of rust, early and late leaf spot resistance in wild and cultivated peanut germplasm. Scientia Agricola, v.66, n. 1, p.110-117, 2009.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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14. | | BRAGA, M. F.; VIEIRA, M. L. C.; GAZAFFI, R.; GARCIA, A. A. F.; GIRALDI, I. O.; JUNQUEIRA, N. T. V. Mapeamento de QTL (quantitative trait loci) associados à resistência do maracujá-doce à bacteriose. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 22., 2012, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: SBF, 2012.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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17. | | CASTRO, C. M.; FERRÃO, L. F. V.; ROHR, A.; PINHEIRO, N. L.; PEREIRA, A. da S.; GARCIA, A. A. F. Population structure of potato breeding germplasm from Embrapa-Brazil assessed with single nucleotide polymorphism (SNP) markers. In: CONGRESO DE LA ASOCIACION LATINOAMERICANA DE LA PAPA - ALAP, 28., 2018, Cusco, Peru. Abstract Book 10th: Congress: Biodiversity, Food Security and Business. Instituto Nacional de Innovación: Agraria-INIA. Cusco, Perú, 2018. p. 123Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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19. | | FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; GARCIA, A. A. F. Mixed model to multiple havest-location trial applied to genomic prediction in Coffea canephora. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego, CA: [s.n.], 2016.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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20. | | SOBIERAJSKI, G. da R.; BLAIN, G. C.; SOUSA, A. C. B.; JUNGMANN, L.; PEREIRA, G.; SOUZA, A. de; GARCIA, A. A. F. Analysis of the genetic structure and diversity of a Brazilian macadamia nut (Macadamia integrifolia) germplasm. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 22, n. 3, e41382231, 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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