| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
|
Data corrente: |
27/12/2019 |
|
Data da última atualização: |
27/12/2019 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
MATIAS, F. I.; MEIRELES, K. G. X.; NAGAMATSU, S. T.; BARRIOS, S. C. L.; VALE, C. B. do; CARAZZOLLE, M. F.; FRITSCHE-NETO, R.; ENDELMAN, J. B. |
|
Afiliação: |
Filipe Inácio Matias, Universidade de São Paulo - USP/ Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" - ESALQ/Departamento de Genetica; KAREM GUIMARAES XAVIER MEIRELES, CNPGC; Sheila Tiemi Nagamatsu, Universiade Estadual de Campinas - UNICAMP/Departamento Genética e Evolução; SANZIO CARVALHO LIMA BARRIOS, CNPGC; Cacilda Borges do Valle, Colaboradora da Embrapa Gado de Corte; Marcelo Falsarella Carazzolle, Universiade Estadual de Campinas - UNICAMP/Departamento Genética e Evolução; Roberto Fritsche-Neto, Universidade de São Paulo - USP/ Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" - ESALQ/Departamento de Genetica; Jeffrey B. Endelman, University of Wisconsin–Madison/Dep. Horticulture. |
|
Título: |
Expected Genotype Quality and Diploidized Marker Data from Genotyping-by-Sequencing of Urocholoa spp. Tetraploids. |
|
Ano de publicação: |
2019 |
|
Fonte/Imprenta: |
The Plant Genome, v. 12, n. 3, november 2019. |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
Although genotyping-by-sequencing (GBS) is a well-established marker technology in diploids, the development of best practices for tetraploid species is a topic of current research. We determined the theoretical relationship between read depth and the phred-scaled probability of genotype misclassification conditioned on the true genotype, which we call expected genotype quality (EGQ). If the GBS method has 0.5% allelic error, then 17 reads are needed to classify simplex tetraploids as heterozygous with 95% accuracy (EGQ = 13) vs. 61 reads to determine allele dosage. We developed an R script to convert tetraploid GBS data in variant call format (VCF) into diploidized genotype calls and applied it to 267 interspecific hybrids of the tetraploid forage grass Urochloa. When reads were aligned to a mock reference genome created from GBS data of the Urochloa brizantha (Hochst. ex A. Rich.) R. D. Webster cultivar Marandu, 25,678 biallelic single nucleotide polymorphism (SNPs) were discovered, compared with ~3000 SNPs when aligning to the closest true reference genomes, Setaria viridis (L.) P. Beauv. and S. italica (L.) P. Beauv. Crossvalidation revealed that missing genotypes were imputed by the random forest method with a median accuracy of 0.85 regardless of heterozygote frequency. Using the Urochloa spp. hybrids, we illustrated how filtering samples based only on genotype quality (GQ) creates genotype bias; a depth threshold based on EGQ is also needed regardless of whether genotypes are called using a diploidized or allele dosage model. MenosAlthough genotyping-by-sequencing (GBS) is a well-established marker technology in diploids, the development of best practices for tetraploid species is a topic of current research. We determined the theoretical relationship between read depth and the phred-scaled probability of genotype misclassification conditioned on the true genotype, which we call expected genotype quality (EGQ). If the GBS method has 0.5% allelic error, then 17 reads are needed to classify simplex tetraploids as heterozygous with 95% accuracy (EGQ = 13) vs. 61 reads to determine allele dosage. We developed an R script to convert tetraploid GBS data in variant call format (VCF) into diploidized genotype calls and applied it to 267 interspecific hybrids of the tetraploid forage grass Urochloa. When reads were aligned to a mock reference genome created from GBS data of the Urochloa brizantha (Hochst. ex A. Rich.) R. D. Webster cultivar Marandu, 25,678 biallelic single nucleotide polymorphism (SNPs) were discovered, compared with ~3000 SNPs when aligning to the closest true reference genomes, Setaria viridis (L.) P. Beauv. and S. italica (L.) P. Beauv. Crossvalidation revealed that missing genotypes were imputed by the random forest method with a median accuracy of 0.85 regardless of heterozygote frequency. Using the Urochloa spp. hybrids, we illustrated how filtering samples based only on genotype quality (GQ) creates genotype bias; a depth threshold based on EGQ is also needed regardless of whether genot... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Although genotyping-by-sequencing; Marker technology. |
|
Thesaurus Nal: |
Genotype; Hybrids; Urochloa. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/207884/1/Expected-Genotype-Quality-and-Diploidized.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02355naa a2200265 a 4500
001 2117777
005 2019-12-27
008 2019 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aMATIAS, F. I.
245 $aExpected Genotype Quality and Diploidized Marker Data from Genotyping-by-Sequencing of Urocholoa spp. Tetraploids.$h[electronic resource]
260 $c2019
520 $aAlthough genotyping-by-sequencing (GBS) is a well-established marker technology in diploids, the development of best practices for tetraploid species is a topic of current research. We determined the theoretical relationship between read depth and the phred-scaled probability of genotype misclassification conditioned on the true genotype, which we call expected genotype quality (EGQ). If the GBS method has 0.5% allelic error, then 17 reads are needed to classify simplex tetraploids as heterozygous with 95% accuracy (EGQ = 13) vs. 61 reads to determine allele dosage. We developed an R script to convert tetraploid GBS data in variant call format (VCF) into diploidized genotype calls and applied it to 267 interspecific hybrids of the tetraploid forage grass Urochloa. When reads were aligned to a mock reference genome created from GBS data of the Urochloa brizantha (Hochst. ex A. Rich.) R. D. Webster cultivar Marandu, 25,678 biallelic single nucleotide polymorphism (SNPs) were discovered, compared with ~3000 SNPs when aligning to the closest true reference genomes, Setaria viridis (L.) P. Beauv. and S. italica (L.) P. Beauv. Crossvalidation revealed that missing genotypes were imputed by the random forest method with a median accuracy of 0.85 regardless of heterozygote frequency. Using the Urochloa spp. hybrids, we illustrated how filtering samples based only on genotype quality (GQ) creates genotype bias; a depth threshold based on EGQ is also needed regardless of whether genotypes are called using a diploidized or allele dosage model.
650 $aGenotype
650 $aHybrids
650 $aUrochloa
653 $aAlthough genotyping-by-sequencing
653 $aMarker technology
700 1 $aMEIRELES, K. G. X.
700 1 $aNAGAMATSU, S. T.
700 1 $aBARRIOS, S. C. L.
700 1 $aVALE, C. B. do
700 1 $aCARAZZOLLE, M. F.
700 1 $aFRITSCHE-NETO, R.
700 1 $aENDELMAN, J. B.
773 $tThe Plant Genome$gv. 12, n. 3, november 2019.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 54 | |
| 41. |  | BATISTA, R. O.; FRITSCHE NETO, R.; GUIMARAES, L. J. M.; CARVALHO, H. F.; BATISTA, L. G.; CAIXETA, D. S.; GRANATO, I. S. C. Diversidade genética entre variedades de polinização aberta de milho tropical. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 29., 2012, Águas de Lindóia. Diversidade e inovações na era dos transgênicos: resumos expandidos. Campinas: Instituto Agronômico; Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2012. p. 2538-2544. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
|    |
| 42. | | GALLI, G.; GRANATO, I. S. C.; SOUZA, T. L. P. O. de; FARIA, L. C. de; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; FRITSCHE-NETO, R. Efeito da seleção sobre a relação entre características de interesse agronômico em linhagens elite de feijoeiro-comum. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
| |
| 43. | | REIS, G. G. dos; FRITSCHE-NETO, R.; CORNÉLIO, V. M. de O.; REIS, M. de S.; MORAIS, O. P. de; MARQUES, T. da S. Progresso genético para produtividade e peso de 100 grãos em 14 anos do Programa de Melhoramento de Arroz Irrigado de Minas Gerais. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 2760-2763.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
| |
| 45. | | FRITSCHE-NETO, R.; MIRANDA, G. V.; VALE, J. C. do; BERMUDEZ, F. P.; LANES, É. C. M.; RESENDE, M. D. V. de; SEDIYAMA, C. S. Seleção genômica ampla para os componentes da eficiência no uso de fósforo em milho. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 6., 2011, Búzios. Panorama atual e perspectivas do melhoramento de plantas no Brasil. [Búzios]: SBMP, 2011. 1CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
| |
| 46. | | SILVA, G. O. da; PEREIRA, A. da S.; SOUZA, V. Q de; CARVALHO, F. I. F. de; VIEIRA, E. A.; FRITSCHE NETO, R. Seleção para caracteres componentes de aparência e rendimento de tubérculo em plântulas de batata. Horticultura Brasileira, Brasilia, DF, v. 26, n. 3, p. 325-329, 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
| |
| 47. | | MORAIS, P. P. P.; SOUSA, M. B. e; GALLI, G.; ANDRADE, L. R. B. e; FRITSCHE-NETO, R.; OLIVEIRA, A. B. de. Yield components and reproductive, physiological, and root traits used in early selection for nitrogen use efficiency in corn. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 53, n. 5, p. 620-632, maio, 2018. Título em português: Componentes de produção e caracteres reprodutivos, fisiológicos e de raiz usados na seleção precoce para eficiência do uso de nitrogênio em milho.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 48. | | CARVALHO, H. F.; FERRÃO, L. F. V.; GALLI, G.; NONATO, J. V. A.; PADILHA, L.; MALUF, M. P.; RESENDE JR., M. F. R. de; FRITSCHE-NETO, R.; GUERREIRO-FILHO, O. On the accuracy of threshold genomic prediction models for leaf miner and leaf rust resistance in arabica coffee. Tree Genetics & Genomes, v. 19, n. 1, 2023. 10 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
| |
| 49. | | SOARES, M. O.; GUIMARAES, L. J. M.; MARRIEL, I. E.; LIMA, R. de O.; CHAVES, L. G.; COUTINHO, P. H.; FRITSCHE NETO, R.; GRANATO, I. S. C.; ALVES, Y. H. Avaliação de testecrosses de milho quanto à eficiência no uso de nitrogênio. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Vitória. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: Incaper, 2009. 1 CD-ROM. (Incaper. Documentos, 11).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
| |
| 50. | | MATIAS, F. I.; BARRIOS, S. C. L.; BEARARI, L. M.; MEIRELES, K. G. X.; MATEUS, R. G.; AMARAL, P. N. C. do; ALVES, G. F.; VALLE, C. B. do; FRITSCHE-NETO, R. Contribution of Additive and Dominance Effects on Agronomical and Nutritional Traits, and Multivariate Selection on Urochloa spp. Hybrids. Crop Science, v. 58, n. 6, p. 2444-2458, November/December, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
| |
| 51. | | CARVALHO, H. F.; GALLI, G.; FERRÃO, L. F. V.; NONATO, J. V. A.; PADILHA, L.; MALUF, M. P.; RESENDE JR, M. F. R. de; GUERREIRO FILHO, O.; FRITSCHE-NETO, R. The effect of bienniality on genomic prediction of yield in arabica coffee. Euphytica, v. 216, n. 101, p. 100-111, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
|  |
| 52. | | CROSSA, J.; MONTESINOS-LÓPEZ, O. A.; PÉREZ-RODRÍGUEZ, P.; COSTA-NETO, G.; FRITSCHE-NETO, R.; ORTIZ, R.; MARTINI, J. W. R.; LILLEMO, M.; MONTESINOS-LÓPEZ, A.; JARQUIN, D.; BRESEGHELLO, F.; CUEVAS, J.; RINCENT, R. Genome and environment based prediction models and methods of complex traits incorporating genotype × environment interaction. In: AHMADI, N.; BARTHOLOME, J. (ed.). Genomic prediction of complex traits: methods and protocols. New York: Humana Press, 2022. p. 245-283. (Methods in Molecular Biology).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
| |
| 53. | | LIMA, R. O. de; FRITSCHE-NETO, R.; VALE, J. C. do; BERMUDEZ, F. P.; LANES, É. C. M.; RESENDE, M. D. V. de; SEDYAMA, C. S.; MIRANDA, G. V. Seleção genômica ampla para os componentes da eficiência no uso de nitrogênio em milho. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 6., 2011, Búzios. Panorama atual e perspectivas do melhoramento de plantas no Brasil. [Búzios]: SBMP, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
| |
| 54. | | SANTOS, A.; AMARAL JÚNIOR, A. T. do; FRITSCHE-NETO, R.; KAMPHORST, S. H.; FERREIRA, F. R.; AMARAL, J. F. T. do; VIVAS, J. M. S.; SANTOS, P. H. A. D.; LIMA V. J. de; KHAN, S.; SCHMITT, K. F. M.; LEITE, J. T.; SANTOS JUNIOR, D. R. dos; BISPO, R. B.; SANTOS, T. de O.; OLIVEIRA, U. A. de; GUIMARAES, L. J. M.; RODRIGUEZ, O. Relative importance of gene effects for nitrogen-use efficiency in popcorn. PLoS ONE, v. 14, n. 9, e0222726, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
| |
| Registros recuperados : 54 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
