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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
26/03/2019 |
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Data da última atualização: |
21/06/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SOUZA SOBRINHO, F. de; FRAGOSO, R. da R.; SILVA JUNIOR, O. B. da; FERREIRA, M. E. |
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Afiliação: |
MARCO AURELIO CALDAS DE PINHO PESSO, CPAC; FAUSTO DE SOUZA SOBRINHO, CNPGL; RODRIGO DA ROCHA FRAGOSO, CPAC; ORZENIL BONFIM DA SILVA JUNIOR, Cenargen; MARCIO ELIAS FERREIRA, Cenargen. |
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Título: |
A phased diploid genome assembly for the forage grass urochloa ruziziensis based on single-molecule real-time sequencing. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Proceedings... Livingston, NJ: Scherago, 2019 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Plant and Animal Genome XXVII Conference (PAG). |
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Conteúdo: |
Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, known for its high nutritional quality. It is closely related to important forage species of Urochloa, and plays a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, mostly focused on inter-specific hybirds. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species (Silva et al., 2013), as well as in assessments of germplasm diversity and structure (Pessoa-Filho et al., 2015). Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence (Pessoa-Filho et al., 2017). Here, we present a near-complete phased diploid genome assembly of the heterozygous ruzigrass clone C69. We used PacBio Sequel to generate over 13.3 million long reads (mean size 6.5 kbp), adding up to 87.5 Gbp of raw data (~142x coverage). The current diploid assembly using FALCON-Unzip contains ~603 Mbp in 3,539 primary contigs, with NG50 of 286 kbp, and covers 98.2% of the estimated haploid genome size of 615 Mbp for ruzigrass. In addition, 82% of the assembly could be phased as separate haplotypes, with ~500 Mbp resolved as haplotigs. Assessment of assembly completeness showed 95.2% BUSCO matches as complete, and 83.3% as complete single-copy. Ongoing research includes transcriptome assembly to aid gene prediction and annotation, anchoring of contigs in linkage maps, and Hi-C scaffolding. A high-quality, chromosome-scale genome assembly for ruzigrass will aid research groups in the development and application of genomic tools in breeding and genetics of brachiaria grasses. MenosRuzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, known for its high nutritional quality. It is closely related to important forage species of Urochloa, and plays a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, mostly focused on inter-specific hybirds. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species (Silva et al., 2013), as well as in assessments of germplasm diversity and structure (Pessoa-Filho et al., 2015). Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence (Pessoa-Filho et al., 2017). Here, we present a near-complete phased diploid genome assembly of the heterozygous ruzigrass clone C69. We used PacBio Sequel to generate over 13.3 million long reads (mean size 6.5 kbp), adding up to 87.5 Gbp of raw data (~142x coverage). The current diploid assembly using FALCON-Unzip contains ~603 Mbp in 3,539 primary contigs, with NG50 of 286 kbp, and covers 98.2% of the estimated haploid genome size of 615 Mbp for ruzigrass. In addition, 82% of the assembly could be phased as separate haplotypes, with ~500 Mbp resolved as haplotigs. Assessment of assembly completeness showed 95.2% BUSCO matches as complete, and 83.3% as complete single-copy. Ongoing research includes transcriptome assembly to aid gene prediction and annotation, ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Brasil. |
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Thesagro: |
Capim Urochloa; Genoma. |
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Categoria do assunto: |
K Ciência Florestal e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/194810/1/abstract-PAG-XXVII.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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Registro |
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| Registros recuperados : 75 | |
| 2. |  | ROSA, A. J. de M.; FRAGOSO, R. da R. Análise genômica em bovinos. Grupo Cultivar, 30 mar. 2010. Publicado também em: Agronline, 31 mar. 2010; Campo e Criação, 31 mar. 2010; Araucária Genética Bovina, 01 abr. 2010; AgroRede Notícias, 01 abr. 2010; ZooNews, 05 abr. 2010; Portal Dia de Campo, 08 abr. 2010| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 7. | | FRAGOSO, R. da R.; NAKASU, E. Y. T.; ROCHA, T. L.; ROSA, A. J. de M. Genômica funcional. In: FALEIRO, F. G.; ANDRADE, S. R. M. de; REIS JUNIOR, F. B. dos. (Ed.). Biotecnologia: estado da arte e aplicações na agropecuária. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2011. 729 p. il. Color. p. 143-173| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 13. | | MAGNABOSCO, C. de U.; LOPES, F. B.; FRAGOSO, R. da R.; EIFERT, E. da C.; VALENTE, B. D.; ROSA, G. J. M.; GONZALEZ, R. D. S. Accuracy of genomic breeding values for meat tenderness in Polled Nellore cattle. Journal Animal Science, v. 94, p. 2752-2760, 2016. p. 2752-2760| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 14. | | MIRANDA, V. J.; FRAGOSO, R. da R.; VIANA, A. A. B.; OLIVEIRA NETO, O. B.; COELHO, R. R.; CARNEIRO, R. M. D. G.; SA, M. F. G. de. Análise da expressão gênica da enzima de conjugação a ubiquitina (e2) em soja em resposta a estresse biótico. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 15., 2010, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. Resumo 008.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 15. | | MIRANDA, V. J.; VIANA, A. A. B.; OLIVEIRA NETO, O. B de; CARNEIRO, R. M. D. G.; SA, M. F. G. de; FRAGOSO, R. da R. Codificador transcrito da enzima de conjugação a ubiquitina (E2) ativado em galhas de soja inoculada com Meloidogyne incognita. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE NEMATOLOGIA, 29., 2011, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Nematologia, 2011. p. 152-153.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 16. | | CORDEIRO, M. C. R.; SILVA, F. R. da; FRAGOSO, R. da R.; OLIVEIRA, J. da S.; JUNQUEIRA, N. T. V.; FALEIRO, F. G.; COSTA, A. M. Caracterização do gene ácido cafeico-O-Methyl Transferase de Passiflora tenuifila. In: SIMPÓSIO LATINO AMERICANO DE CIÊNCIA DE ALIMENTOS, 12., 2017, Campinas. Ciência de alimentos e seu impacto no mundo em transformação: trabalhos. Campinas: UNICAMP, 2017. Ref. 71321.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 17. | | SILVA, K. N.; MELO, F. L.; ORÍLIO, A. F.; NAGATA, T.; SILVA, M. S.; FERNANDES, C. D.; FRAGOSO, R. da R.; DESSAUNE, S. N.; RESENDE, R. O. Biological and molecular characterization of a highly divergent johnsongrass mosaic virus isolate from Pennisetum purpureum. Archives of Virology, v. 161, n, 7, p. 1981-1986, July 2016| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 18. | | PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SOUZA SOBRINHO, F. de; FRAGOSO, R. da R.; SILVA JUNIOR, O. B. da; FERREIRA, M. E. A draft genome assembly for the forage grass Urochloa ruziziensis based on single-molecule real-time sequencing. In: BRAZILIAN BIOTECHNOLOGY CONGRESS, 7.; BIOTECHNOLOGY IBERO-AMERICAN CONGRESS, 2., 2018, Brasília, DF. Proceedings... Brasília, DF: SBBiotec, 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 19. | | PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SOUZA SOBRINHO, F. de; FRAGOSO, R. da R.; SILVA JUNIOR, O. B. da; FERREIRA, M. E. A draft genome assembly for the forage grass Urochloa ruziziensis based on single-molecule real-time sequencing. In: BRAZILIAN BIOTECHNOLOGY CONGRESS, 7.; BIOTECHNOLOGY IBERO-AMERICAN CONGRESS, 2., 2018, Brasília, DF. Proceedings... Brasília, DF: SBBiotec, 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 20. | | FALEIRO, F. G.; REIS JUNIOR, F. B. dos; FRAGOSO, R. da R.; CORDEIRO, M. C. R.; PINTO, J. F. N.; OLIVEIRA, F. Biotecnologia, transgênicos e biossegurança: demandas para a pesquisa. In: FALEIRO, F. G.; FARIAS NETO, A. L. (Ed.). Savanas: demandas para pesquisa. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2009. 170 p. p. 92-103| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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