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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
Data corrente: |
30/08/2018 |
Data da última atualização: |
11/02/2019 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
DUARTE, D. A. S.; FORTES, M. R. S.; DUARTE, M. de S.; GUIMARÃES, S. E. F.; VERARDO, L. L.; VERONEZE, R.; RIBEIRO, A. M. F.; LOPES, P. S.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e. |
Afiliação: |
Darlene Ana S. Duarte, UFV; Marina Rufino S. Fortes, University of Queensland; Marcio de Souza Duarte, UFV; Simone E. F. Guimarães, UFV; Lucas L. Verardo, UFV; Renata Veroneze, UFV; Andre Mauric F. Ribeiro, UFV; Paulo Sávio Lopes, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Fabyano Fonseca e Silva, UFV. |
Título: |
Genome-wide association studies, meta-analyses and derived gene network for meat quality and carcass traits in pigs. |
Ano de publicação: |
2018 |
Fonte/Imprenta: |
Animal Production Science, v. 58, n. 6, p. 1100-1008, May 2018. |
DOI: |
dx.doi.org/10.1071/AN16018 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
A large number of quantitative trait loci (QTL) for meat quality and carcass traits has been reported in pigs over the past 20 years. However, few QTL have been validated and the biological meaning of the genes associated to these QTL has been underexploited. In this context, a meta-analysis was performed to compare the significant markers with meta-QTL previously reported in literature. Genome association studies were performed for 12 traits, from which 144 SNPs were found out to be significant (P < 0.05). They were validated in the meta-analysis and used to build the Association Weight Matrix, a matrix framework employed to investigate co-association of pairwise SNP across phenotypes enabling to derive a gene network. A total of 45 genes were selected from the Association Weight Matrix analysis, from which 25 significant transcription factors were identified and used to construct the networks associated to meat quality and carcass traits. These networks allowed the identification of key transcription factors, such as SOX5 and NKX2–5, gene–gene interactions (e.g. ATP5A1, JPH1, DPT and NEDD4) and pathways related to the regulation of adipose tissue metabolism and skeletal muscle development. Validated SNPs and knowledge of key genes driving these important industry traits might assist future strategies in pig breeding. |
Palavras-Chave: |
Biological pathways; Post-GWAS; SNP-derived gene networks. |
Thesagro: |
Melhoramento Genético Animal; Suíno. |
Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Pork. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
Marc: |
LEADER 02343naa a2200325 a 4500 001 2094834 005 2019-02-11 008 2018 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $adx.doi.org/10.1071/AN16018$2DOI 100 1 $aDUARTE, D. A. S. 245 $aGenome-wide association studies, meta-analyses and derived gene network for meat quality and carcass traits in pigs.$h[electronic resource] 260 $c2018 520 $aA large number of quantitative trait loci (QTL) for meat quality and carcass traits has been reported in pigs over the past 20 years. However, few QTL have been validated and the biological meaning of the genes associated to these QTL has been underexploited. In this context, a meta-analysis was performed to compare the significant markers with meta-QTL previously reported in literature. Genome association studies were performed for 12 traits, from which 144 SNPs were found out to be significant (P < 0.05). They were validated in the meta-analysis and used to build the Association Weight Matrix, a matrix framework employed to investigate co-association of pairwise SNP across phenotypes enabling to derive a gene network. A total of 45 genes were selected from the Association Weight Matrix analysis, from which 25 significant transcription factors were identified and used to construct the networks associated to meat quality and carcass traits. These networks allowed the identification of key transcription factors, such as SOX5 and NKX2–5, gene–gene interactions (e.g. ATP5A1, JPH1, DPT and NEDD4) and pathways related to the regulation of adipose tissue metabolism and skeletal muscle development. Validated SNPs and knowledge of key genes driving these important industry traits might assist future strategies in pig breeding. 650 $aAnimal breeding 650 $aPork 650 $aMelhoramento Genético Animal 650 $aSuíno 653 $aBiological pathways 653 $aPost-GWAS 653 $aSNP-derived gene networks 700 1 $aFORTES, M. R. S. 700 1 $aDUARTE, M. de S. 700 1 $aGUIMARÃES, S. E. F. 700 1 $aVERARDO, L. L. 700 1 $aVERONEZE, R. 700 1 $aRIBEIRO, A. M. F. 700 1 $aLOPES, P. S. 700 1 $aRESENDE, M. D. V. de 700 1 $aSILVA, F. F. e 773 $tAnimal Production Science$gv. 58, n. 6, p. 1100-1008, May 2018.
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Registros recuperados : 24 | |
3. | | SCHMIDT, F.; SOUSA, R. O.; FORTES, M. A.; WESZ, J.; BUSS, L. G.; SCIVITTARO, W. B. Dinâmica da redução de um planossolo alagado em função de diferentes manejos de água. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 28.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 12.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 10.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 7., 2008, Londrina. FertBio 2008: desafios para o uso do solo com eficiência e qualidade ambiental: anais. Londrina: Embrapa Soja: SBCS: IAPAR, UEL, 2008. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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4. | | FORTES, G. R. de L.; FREITAS, F. de O.; FORTES, M. A.; VALLS, J. F. M. Uso de técnicas de germinação in vitro no resgate de acessos de amendoim - Arachis hypogaea, submetidos a estresse durante a conservação. In: ENCONTRO LATINO AMERICANO DE ESPECIALISTAS EM ARACHIS, 4., 2004, Brasília, DF. IV Encontro Latino-Americano de Especialistas em Arachis. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2004. Não paginado. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 127).Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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6. | | FARAH, M. M.; FORTES, M. R. S.; KELLY, M.; POTO-NETO, L. R.; MEIRA, C. T.; CARREÑO, L. O. D.; FONSECA, R. da; MOORE, S. S. Accuracy of genomic selection predictions for hip height in Brahman cattle using different relationship matrices. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 53, n. 6, p. 717-726, June, 2018. Título em português: Acurácia da predição genômica para altura do quadril em bovinos Brahman com uso de diferentes matrizes de parentesco.Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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7. | | KASARAPU, P.; PORTO-NETO, L. R.; FORTES, M. R. S.; LEHNERT, S. A.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L.; REGITANO, L. C. de A.; GEORGE, A.; REVERTER, A. The Bos taurus-Bos indicus balance in fertility and milk related genes. Plos One, v. 12, n. 8, p. 1-20, 2017. Artigo e0181930. Na publicação: Mauricio A. Mudadu, Luciana Regitano.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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8. | | UTSUNOMIYA, Y. T.; MILANESI, M.; FORTES, M. R. S.; PORTO?NETO, L. R.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; SILVA, M. V. G. B.; GARCIA, J. F.; AJMONE-MARSAN, P. Genomic clues of the evolutionary history of Bos indicus cattle. Animal Genetics, v. 50, n. 6, p. 557-568, 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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9. | | BUSS, G. L.; FORTES, M. A.; WESZ, J.; SCHMIDT, F.; WOLTER, R. C. D.; SOUZA, S. O.; GOMES, A. da S. Formas de fósforo em planossolo cultivado com soja sob diferentes manejos da adubação fosfatada e a nutrição por fósforo do arroz subsequente. In: REUNIÃO SUL-BRASILEIRA DE CIÊNCIA DO SOLO, 7., 2008, Santa Maria. anais...Santa Maria: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, Núcleo Regional Sul, 2008. 1 CD-ROM.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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10. | | FORTES, M. A, BUSS, G. I.; SCHMIDT, F.; WOLTER, R. C. D.; SOUSA, R. O.; FERREIRA, L. H.; CHIARELO, C.; OSANES, L. S.; GOMES, A. da S.; SCIVITTARO, W. B. Adubação fosfatada para o arroz irrigado em resteva de milho e soja em um planossolo Háplico. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 28.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 12.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 10.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 7., 2008, Londrina. FertBio 2008: desafios para o uso do solo com eficiência e qualidade ambiental: anais. Londrina: Embrapa Soja: SBCS: IAPAR, UEL, 2008. 1 CD-ROM. 1 CD-ROMTipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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11. | | FORTES, M. A.; BUSS, G. L.; WESZ, J.; SCHMIDT, R. C. D.; SOUSA, R. O.; FERREIRA, L. H.; CHIARELO, C.; OSSANES, L. S.; GOMES, A. da S.; SCIVITTARO, W. B. Adubação fosfatada para o arroz irrigado em resteva milho e soja em um planossolo háplico. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 28.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 12.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 10.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 7., 2008, Londrina. FertBio 2008: desafios para o uso do solo com eficiência e qualidade ambiental: anais. Londrina: Embrapa Soja: SBCS: IAPAR, UEL, 2008. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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12. | | CURI, R. A.; KRAUSKOPF, M. K.; HADLICH, J. C.; FORTES, M. R. S.; VANKAN, D. M.; SILVA, J. A. V.; OLIVEIRA, H. N. de; MOTA, M. D. S. da. Candidate SNPs for carcass and meat traits in Nelore animals and in their crosses with Bos taurus. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 47, n. 2, p. 294-302, fev. 2012. Título em português: SNPs candidatos para características da carcaça e da carne em Nelore e nos seus cruzamentos com Bos taurus.Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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13. | | KASARAPU, P.; PORTO NETO, L. R.; FORTES, M. R. S.; LEHNERT, S. A.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; GEORGE, A.; REVERTER, A. The Bos taurus-Bos indicus balance in fertility and milk related genes. PLOS one, v. 12, n. 8, p. 1-20, 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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14. | | DUARTE, D. A. S.; FORTES, M. R. S.; DUARTE, M. de S.; GUIMARÃES, S. E. F.; VERARDO, L. L.; VERONEZE, R.; RIBEIRO, A. M. F.; LOPES, P. S.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e. Genome-wide association studies, meta-analyses and derived gene network for meat quality and carcass traits in pigs. Animal Production Science, v. 58, n. 6, p. 1100-1008, May 2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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15. | | CURI, R. A.; FORTES, M. R. S.; CHARDULO, L. A. L.; SILVEIRA, A. C.; DE BENI ARRIGONE, M.; MARTINS, C. L.; ASSUMPÇÃO, M. E. O. D'A.; OLIVEIRA, H. N. de. Genetic polymorphisms related to meat traits in purebred and crossbred Nelore cattle. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 44, n. 12, p. 1660-1666, dez. 2009 Título em português: Polimorfi smos genéticos relacionados às características da carne em bovinos Nelore puros e cruzados.Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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16. | | FORTES, M. A.; WESZ, J.; BUSS, G. L.; SCHMIDT, F.; WOLTER, R. C. D.; SOUSA. R. O.; GAMES, A. da G.; SCIVITTARO, W. B.; FERREIRA, L. H.; SANTOS, L. O.; CHIARELO, C. Formas de fósforo em planossolo cultivado em milho sob diferentes manejos de adubação fosfatada e e nutrição por fósforo do arroz subseqüente. In: REUNIÃO SUL-BRASILEIRA DE CIÊNCIA DO SOLO, 7., 2008, Santa Maria. anais...Santa Maria: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, Núcleo Regional Sul, 2008. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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17. | | WELLER, M. M. D. C. A.; FORTES, M. R. S.; MARCONDES, M. I.; ROTTA, P. P.; GIONBELI, T. R. S.; VALADARES FILHO, S. C.; CAMPOS, M. M.; SILVA, F. F.; SILVA, W.; MOORE, S.; GUIMARÃES, S. E. F. Effect of maternal nutrition and days of gestation on pituitary gland and gonadal gene expression in cattle. Journal of Dairy Science, v. 99, n. 4, p. 3056-3071, 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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18. | | WESZ, J.; SOUSA, R. O. de; GOMES, A. da S.; PEREIRA, R. S. D.; WINKLER, A. S.; CHIARELO, C.; SCHMIDT, F.; FORTES, M. A.; SCIVITTARO, W. B.; FERREIRA, L. H. G. Disponibilidade de fósforo para o arroz irrigado em planossolo háplico, adubado com superfosfato tripo e fosfato natural. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 5.; REUNIÃO DA CULTURA DO ARROZ IRRIGADO, 27., 2007, Pelotas. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2007. v. 1, p. 514-517Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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19. | | GOUVEIA, G. C.; RIBEIRO, V. M. P.; FORTES, M. R. S.; RAIDAN, F. S. S.; REVERTER, A.; PORTO-NETO, L. R.; MORAES, M. M. de; GONÇALVES, D. R.; SILVA, M. V. G. B.; TORAL, F. L. B. Unravelling the genetic variability of host resilience to endo and ectoparasites in Nellore commercial herds. Genetics Selection Evolution, v. 55, article 81, 2023.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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20. | | FORTES, M. de A.; SOUSA, R. O. de; GOMES, A. da S.; SCHMIDT, F.; SCIVITTARO, W. B.; FERREIRA, L. H. G.; TEIXEIRA, J. B. da S.; VEÇOZZI, T. A. Phosphorus Availability for Irrigated Rice Cultivated Under No-Tillage and Different Phosphate Sources. Journal of Agricultural Science, v. 10, n. 5, p. 276-287, 2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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