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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
04/09/2017 |
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Data da última atualização: |
21/05/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
KASARAPU, P.; PORTO NETO, L. R.; FORTES, M. R. S.; LEHNERT, S. A.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; GEORGE, A.; REVERTER, A. |
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Afiliação: |
Parthan Kasarapu, Agriculture and Food/CSIRO; Laercio Ribeiro Porto Neto, Agriculture and Food/CSIRO; Marina R. S. Fortes, The University of Queensland; Sigrid A. Lehnert, Agriculture and Food/CSIRO; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CNPTIA; Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; Andrew George, Agriculture and Food/CSIRO; Antonio Reverter, Agriculture and Food/CSIRO. |
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Título: |
The Bos taurus-Bos indicus balance in fertility and milk related genes. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
PLOS one, v. 12, n. 8, p. 1-20, 2017. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0181930 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Numerical approaches to high-density single nucleotide polymorphism (SNP) data are often employed independently to address individual questions. We linked independent approaches in a bioinformatics pipeline for further insight. The pipeline driven by heterozygosity and Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) analyses was applied to characterize Bos taurus and Bos indicus ancestry. We infer a gene co-heterozygosity network that regulates bovine fertility, from data on 18,363 cattle with genotypes for 729,068 SNP. Hierarchical clustering separated populations according to Bos taurus and Bos indicus ancestry. The weights of the first principal component were subjected to Normal mixture modelling allowing the estimation of a gene?s contribution to the Bos taurus-Bos indicus axis. We used deviation from HWE, contribution to Bos indicus content and association to fertility traits to select 1,284 genes. With this set, we developed a co-heterozygosity network where the group of genes annotated as fertility-related had significantly higher Bos indicus content compared to other functional classes of genes, while the group of genes associated with milk production had significantly higher Bos taurus content. The network analysis resulted in capturing novel gene associations of relevance to bovine domestication events. We report transcription factors that are likely to regulate genes associated with cattle domestication and tropical adaptation. Our pipeline can be generalized to any scenarios where population structure requires scrutiny at the molecular level, particularly in the presence of a priori set of genes known to impact a phenotype of evolutionary interest such as fertility. MenosNumerical approaches to high-density single nucleotide polymorphism (SNP) data are often employed independently to address individual questions. We linked independent approaches in a bioinformatics pipeline for further insight. The pipeline driven by heterozygosity and Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) analyses was applied to characterize Bos taurus and Bos indicus ancestry. We infer a gene co-heterozygosity network that regulates bovine fertility, from data on 18,363 cattle with genotypes for 729,068 SNP. Hierarchical clustering separated populations according to Bos taurus and Bos indicus ancestry. The weights of the first principal component were subjected to Normal mixture modelling allowing the estimation of a gene?s contribution to the Bos taurus-Bos indicus axis. We used deviation from HWE, contribution to Bos indicus content and association to fertility traits to select 1,284 genes. With this set, we developed a co-heterozygosity network where the group of genes annotated as fertility-related had significantly higher Bos indicus content compared to other functional classes of genes, while the group of genes associated with milk production had significantly higher Bos taurus content. The network analysis resulted in capturing novel gene associations of relevance to bovine domestication events. We report transcription factors that are likely to regulate genes associated with cattle domestication and tropical adaptation. Our pipeline can be generalized to any scenarios w... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Hardy-Weinberg equilibrium. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Bos Taurus. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/163369/1/journal.pone.0181930.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Registro |
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| Registros recuperados : 24 | |
| 3. |  | SCHMIDT, F.; SOUSA, R. O.; FORTES, M. A.; WESZ, J.; BUSS, L. G.; SCIVITTARO, W. B. Dinâmica da redução de um planossolo alagado em função de diferentes manejos de água. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 28.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 12.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 10.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 7., 2008, Londrina. FertBio 2008: desafios para o uso do solo com eficiência e qualidade ambiental: anais. Londrina: Embrapa Soja: SBCS: IAPAR, UEL, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 4. | | FORTES, G. R. de L.; FREITAS, F. de O.; FORTES, M. A.; VALLS, J. F. M. Uso de técnicas de germinação in vitro no resgate de acessos de amendoim - Arachis hypogaea, submetidos a estresse durante a conservação. In: ENCONTRO LATINO AMERICANO DE ESPECIALISTAS EM ARACHIS, 4., 2004, Brasília, DF. IV Encontro Latino-Americano de Especialistas em Arachis. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2004. Não paginado. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 127).| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 6. | | FARAH, M. M.; FORTES, M. R. S.; KELLY, M.; POTO-NETO, L. R.; MEIRA, C. T.; CARREÑO, L. O. D.; FONSECA, R. da; MOORE, S. S. Accuracy of genomic selection predictions for hip height in Brahman cattle using different relationship matrices. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 53, n. 6, p. 717-726, June, 2018. Título em português: Acurácia da predição genômica para altura do quadril em bovinos Brahman com uso de diferentes matrizes de parentesco.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 7. | | KASARAPU, P.; PORTO-NETO, L. R.; FORTES, M. R. S.; LEHNERT, S. A.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L.; REGITANO, L. C. de A.; GEORGE, A.; REVERTER, A. The Bos taurus-Bos indicus balance in fertility and milk related genes. Plos One, v. 12, n. 8, p. 1-20, 2017. Artigo e0181930. Na publicação: Mauricio A. Mudadu, Luciana Regitano.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 8. | | UTSUNOMIYA, Y. T.; MILANESI, M.; FORTES, M. R. S.; PORTO?NETO, L. R.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; SILVA, M. V. G. B.; GARCIA, J. F.; AJMONE-MARSAN, P. Genomic clues of the evolutionary history of Bos indicus cattle. Animal Genetics, v. 50, n. 6, p. 557-568, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 9. | | BUSS, G. L.; FORTES, M. A.; WESZ, J.; SCHMIDT, F.; WOLTER, R. C. D.; SOUZA, S. O.; GOMES, A. da S. Formas de fósforo em planossolo cultivado com soja sob diferentes manejos da adubação fosfatada e a nutrição por fósforo do arroz subsequente. In: REUNIÃO SUL-BRASILEIRA DE CIÊNCIA DO SOLO, 7., 2008, Santa Maria. anais...Santa Maria: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, Núcleo Regional Sul, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 10. | | FORTES, M. A, BUSS, G. I.; SCHMIDT, F.; WOLTER, R. C. D.; SOUSA, R. O.; FERREIRA, L. H.; CHIARELO, C.; OSANES, L. S.; GOMES, A. da S.; SCIVITTARO, W. B. Adubação fosfatada para o arroz irrigado em resteva de milho e soja em um planossolo Háplico. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 28.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 12.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 10.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 7., 2008, Londrina. FertBio 2008: desafios para o uso do solo com eficiência e qualidade ambiental: anais. Londrina: Embrapa Soja: SBCS: IAPAR, UEL, 2008. 1 CD-ROM. 1 CD-ROM| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 11. | | FORTES, M. A.; BUSS, G. L.; WESZ, J.; SCHMIDT, R. C. D.; SOUSA, R. O.; FERREIRA, L. H.; CHIARELO, C.; OSSANES, L. S.; GOMES, A. da S.; SCIVITTARO, W. B. Adubação fosfatada para o arroz irrigado em resteva milho e soja em um planossolo háplico. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 28.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 12.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 10.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 7., 2008, Londrina. FertBio 2008: desafios para o uso do solo com eficiência e qualidade ambiental: anais. Londrina: Embrapa Soja: SBCS: IAPAR, UEL, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 12. | | CURI, R. A.; KRAUSKOPF, M. K.; HADLICH, J. C.; FORTES, M. R. S.; VANKAN, D. M.; SILVA, J. A. V.; OLIVEIRA, H. N. de; MOTA, M. D. S. da. Candidate SNPs for carcass and meat traits in Nelore animals and in their crosses with Bos taurus. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 47, n. 2, p. 294-302, fev. 2012. Título em português: SNPs candidatos para características da carcaça e da carne em Nelore e nos seus cruzamentos com Bos taurus.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 13. | | KASARAPU, P.; PORTO NETO, L. R.; FORTES, M. R. S.; LEHNERT, S. A.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; GEORGE, A.; REVERTER, A. The Bos taurus-Bos indicus balance in fertility and milk related genes. PLOS one, v. 12, n. 8, p. 1-20, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 14. | | DUARTE, D. A. S.; FORTES, M. R. S.; DUARTE, M. de S.; GUIMARÃES, S. E. F.; VERARDO, L. L.; VERONEZE, R.; RIBEIRO, A. M. F.; LOPES, P. S.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e. Genome-wide association studies, meta-analyses and derived gene network for meat quality and carcass traits in pigs. Animal Production Science, v. 58, n. 6, p. 1100-1008, May 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 15. | | CURI, R. A.; FORTES, M. R. S.; CHARDULO, L. A. L.; SILVEIRA, A. C.; DE BENI ARRIGONE, M.; MARTINS, C. L.; ASSUMPÇÃO, M. E. O. D'A.; OLIVEIRA, H. N. de. Genetic polymorphisms related to meat traits in purebred and crossbred Nelore cattle. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 44, n. 12, p. 1660-1666, dez. 2009 Título em português: Polimorfi smos genéticos relacionados às características da carne em bovinos Nelore puros e cruzados.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 16. | | FORTES, M. A.; WESZ, J.; BUSS, G. L.; SCHMIDT, F.; WOLTER, R. C. D.; SOUSA. R. O.; GAMES, A. da G.; SCIVITTARO, W. B.; FERREIRA, L. H.; SANTOS, L. O.; CHIARELO, C. Formas de fósforo em planossolo cultivado em milho sob diferentes manejos de adubação fosfatada e e nutrição por fósforo do arroz subseqüente. In: REUNIÃO SUL-BRASILEIRA DE CIÊNCIA DO SOLO, 7., 2008, Santa Maria. anais...Santa Maria: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, Núcleo Regional Sul, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 17. | | WELLER, M. M. D. C. A.; FORTES, M. R. S.; MARCONDES, M. I.; ROTTA, P. P.; GIONBELI, T. R. S.; VALADARES FILHO, S. C.; CAMPOS, M. M.; SILVA, F. F.; SILVA, W.; MOORE, S.; GUIMARÃES, S. E. F. Effect of maternal nutrition and days of gestation on pituitary gland and gonadal gene expression in cattle. Journal of Dairy Science, v. 99, n. 4, p. 3056-3071, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 18. | | WESZ, J.; SOUSA, R. O. de; GOMES, A. da S.; PEREIRA, R. S. D.; WINKLER, A. S.; CHIARELO, C.; SCHMIDT, F.; FORTES, M. A.; SCIVITTARO, W. B.; FERREIRA, L. H. G. Disponibilidade de fósforo para o arroz irrigado em planossolo háplico, adubado com superfosfato tripo e fosfato natural. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 5.; REUNIÃO DA CULTURA DO ARROZ IRRIGADO, 27., 2007, Pelotas. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2007. v. 1, p. 514-517| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
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| 19. | | GOUVEIA, G. C.; RIBEIRO, V. M. P.; FORTES, M. R. S.; RAIDAN, F. S. S.; REVERTER, A.; PORTO-NETO, L. R.; MORAES, M. M. de; GONÇALVES, D. R.; SILVA, M. V. G. B.; TORAL, F. L. B. Unravelling the genetic variability of host resilience to endo and ectoparasites in Nellore commercial herds. Genetics Selection Evolution, v. 55, article 81, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 20. | | FORTES, M. de A.; SOUSA, R. O. de; GOMES, A. da S.; SCHMIDT, F.; SCIVITTARO, W. B.; FERREIRA, L. H. G.; TEIXEIRA, J. B. da S.; VEÇOZZI, T. A. Phosphorus Availability for Irrigated Rice Cultivated Under No-Tillage and Different Phosphate Sources. Journal of Agricultural Science, v. 10, n. 5, p. 276-287, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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