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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
19/12/2018 |
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Data da última atualização: |
24/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FONSECA, P. A. S.; LEAL, T. P.; SANTOS, F. C.; GOUVEIA, M. H.; ID-LAHOUCINE, S.; ROSSE, I. C.; VENTURA, R. V.; BRUNELI, F. A. T.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; TARAZONA-SANTOS, E.; CARVALHO, M. R. S. |
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Afiliação: |
PABLO A. S. FONSECA, UFMG; THIAGO P. LEAL, UFMG; FERNANDA C. SANTOS, UFMG; MATEUS H. GOUVEIA, UFMG; SAMIR ID-LAHOUCINE, University of Guelph, Guelph, Canada; IZINARA C. ROSSE, UFMG; RICARDO V. VENTURA, University of Guelph, Guelph, Canada; Beef Improvement Opportunities, Guelph, Canada; FRANK ANGELO TOMITA BRUNELI, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; MARIA GABRIELA CAMPOLINA D PEIXOTO, CNPGL; EDUARDO TARAZONA?SANTOS, UFMG; MARIA RAQUEL S. CARVALHO, UFMG. |
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Título: |
Reducing cryptic relatedness in genomic data sets via a central node exclusion algorithm. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Ecology Resources, v. 18, n. 3, 2018. |
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DOI: |
10.1111/1755-0998.12746 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract Cryptic relatedness is a confounding factor in genetic diversity and genetic association studies. Development of strategies to reduce cryptic relatedness in a sample is a crucial step for downstream genetic analyses. This study uses a node selection algorithm, based on network degrees of centrality, to evaluate its applicability and impact on evaluation of genetic diversity and population stratification. 1,036 Guzerá (Bos indicus) females were genotyped using Illumina Bovine SNP50 v2 BeadChip. Four strategies were compared. The first and second strategies consist on a iterative exclusion of most related individuals based on PLINK kinship coefficient (φij) and VanRaden's φij, respectively. The third and fourth strategies were based on a node selection algorithm. The fourth strategy, Network G matrix, preserved the larger number of individuals with a better diversity and representation from the initial sample. Determining the most probable number of populations was directly affected by the kinship metric. Network G matrix was the better strategy for reducing relatedness due to producing a larger sample, with more distant individuals, a more similar distribution when compared with the full data set in the MDS plots and keeping a better representation of the population structure. Resampling strategies using VanRaden's φij as a relationship metric was better to infer the relationships among individuals. Moreover, the resampling strategies directly impact the genomic inflation values in genomewide association studies. The use of the node selection algorithm also implies better selection of the most central individuals to be removed, providing a more representative sample. MenosAbstract Cryptic relatedness is a confounding factor in genetic diversity and genetic association studies. Development of strategies to reduce cryptic relatedness in a sample is a crucial step for downstream genetic analyses. This study uses a node selection algorithm, based on network degrees of centrality, to evaluate its applicability and impact on evaluation of genetic diversity and population stratification. 1,036 Guzerá (Bos indicus) females were genotyped using Illumina Bovine SNP50 v2 BeadChip. Four strategies were compared. The first and second strategies consist on a iterative exclusion of most related individuals based on PLINK kinship coefficient (φij) and VanRaden's φij, respectively. The third and fourth strategies were based on a node selection algorithm. The fourth strategy, Network G matrix, preserved the larger number of individuals with a better diversity and representation from the initial sample. Determining the most probable number of populations was directly affected by the kinship metric. Network G matrix was the better strategy for reducing relatedness due to producing a larger sample, with more distant individuals, a more similar distribution when compared with the full data set in the MDS plots and keeping a better representation of the population structure. Resampling strategies using VanRaden's φij as a relationship metric was better to infer the relationships among individuals. Moreover, the resampling strategies directly impact t... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bovine; Cryptic relatedness; Genetic diversity; Population genetic structure. |
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Thesaurus Nal: |
Inbreeding. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
LEADER 02671naa a2200325 a 4500
001 2102041
005 2023-01-24
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520 $aAbstract Cryptic relatedness is a confounding factor in genetic diversity and genetic association studies. Development of strategies to reduce cryptic relatedness in a sample is a crucial step for downstream genetic analyses. This study uses a node selection algorithm, based on network degrees of centrality, to evaluate its applicability and impact on evaluation of genetic diversity and population stratification. 1,036 Guzerá (Bos indicus) females were genotyped using Illumina Bovine SNP50 v2 BeadChip. Four strategies were compared. The first and second strategies consist on a iterative exclusion of most related individuals based on PLINK kinship coefficient (φij) and VanRaden's φij, respectively. The third and fourth strategies were based on a node selection algorithm. The fourth strategy, Network G matrix, preserved the larger number of individuals with a better diversity and representation from the initial sample. Determining the most probable number of populations was directly affected by the kinship metric. Network G matrix was the better strategy for reducing relatedness due to producing a larger sample, with more distant individuals, a more similar distribution when compared with the full data set in the MDS plots and keeping a better representation of the population structure. Resampling strategies using VanRaden's φij as a relationship metric was better to infer the relationships among individuals. Moreover, the resampling strategies directly impact the genomic inflation values in genomewide association studies. The use of the node selection algorithm also implies better selection of the most central individuals to be removed, providing a more representative sample.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 181 | |
| 41. |  | ANTUNES, A. F.; GROSSI DE SÁ, F.; JIMENEZ, A. V.; ROCHA, T. L.; PAULA, J. E. de; ESPINDOLA, L. S. Investigação de extratos vegetais do Cerrado sobre insetos-praga de feijão. Jornal Brasileiro de Fitomedicina, v. 5, n. 1-2, p. 5, 2007. Edição dos resumos do VI Simpósio Brasileiro de Farmacognosia, Belém, PA, set. 2007.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 43. | | LACERDA, A. F.; COELHO, R. R.; SILVA, M. S.; ROCHA, T. L.; GROSSI DE SÁ, M. F. A recombinant plant defensin highly effective towards. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 2., 2009, Búzios, RJ. Programa de resumos... [Ribeirão Preto]: Sociedade Brasileira de Genética, 2009. p. 232| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 44. | | COSTA, P. H. A.; EVARISTO, R. G. S.; MAGALHÃES, J. C. C.; GROSSI de SÁ, M. F.; ROCHA, T. L. Proteomic analyses of susceptible and resistant cotton roots to Meloidogyne incognita. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 35., 2006, Águas de Lindóia, SP. Programas e resumos... São Paulo: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 45. | | VASCONCELOS, E. A. R.; SILVA, T. S.; MAGALHÃES, M. T. Q.; ROCHA, T. L.; GROSSI de SÁ, M. F. Proteomic analysis of growing - and sporulating - Bacillus thuringiensis (S811) and activity towards Anthonomus grandis (Coleoptera: Curculionidae) larvae. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 35., 2006, Águas de Lindóia, SP. Programas e resumos... São Paulo: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2006. Não paginado.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 46. | | VASCONCELOS, E. A. R.; SILVA, T. S.; MAGALHÃES, J. C. C.; ROCHA, T. L.; SA, M. F. G. de. Proteomic characterization of Bacillus thuringiensis S811 strain and evaluation of proteins toxicity towards Anthonomus grandis. In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 36.; IUBMB CONFERENCE, 10., 2007, Salvador, BA. Infectious diseases: biochemistry of parasites, vectors and hosts. [S.l.]: SBBq, 2007. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 48. | | OLIVEIRA, S. P. de; ROCHA, T. L. P. da; MAJOLO, C.; DAIRIKI, J. K.; BOIJINK, C. de L. Testes in vitro com extratos de resíduos de bananeira no controle de acantocéfalos em tambaqui (Colossoma macropomum). In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 15., 2018, Manaus. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2019. p. 117-125.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 49. | | CRAVEIRO, K. I. C.; GOMES JÚNIOR, J. E.; ROCHA, T. L.; SILVA, M. C. M.; GROSSI DE SÁ, M. F. Screening of cry variants with toxicity against sugar cane giant borer (Castnia licus). In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 36.; IUBMB CONFERENCE, 10., 2007, Salvador, BA. Infectious diseases: biochemistry of parasites, vectors and hosts. [S.l.]: SBBq, 2007. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 50. | | COSTA, T. J.; DEL SARTO, R. P.; LACERDA, A. F.; SILVA, M. S.; FIRMINO, A. A. P.; ROCHA, T. L.; SA, M. F. G. de. Atividade antifúngica da defensina DRR230a recombinante de ervilha. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 15., 2010, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. Resumo 016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 51. | | BATISTA, M. F.; SANTOS, G. A. N. dos; ROCHA, T. L. P. da; MAJOLO, C.; BOIJINK, C. de L.; DAIRIKI, J. K. Atividade anti-helmíntica de closantel + albendazol sobre acantocéfalos de tambaqui - ensaio in vitro. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 16., 2019, Manaus. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2020. p. 89-97.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 52. | | LIMA, T. B.; SILVA, O. N.; SCALABRIN, F.; SILVA, L. P. da; ROCHA, T. L.; CASTRO, C. F. de S.; FRANCO, O. L.; GROSI DE SA, M. F. Avaliação da atividade laxativa dos extratos das folhas e frutos de cagaita (Eugenia Dysenterica, DC). In: CONGRESSO NACIONAL DE BOTÂNICA, 58., 2007, São Paulo. A botânica no Brasil: pesquisa, ensino e políticas públicas ambientais. [S.l.]: Sociedade Botânica do Brasil, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
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| 53. | | ROCHA, T. L. P. da; COSTA, D. C. da; ARAÚJO-DAIRIKI, T. B.; GONÇALVES, L. U.; BOIJINK, C. de L.; DAIRIKI, J. K. Avaliação preliminar do desempenho zootécnico de juvenis de tambaqui alimentados com resíduos de bananeira. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 14., 2017, Manaus. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2018. p. 163-172.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 54. | | COSTA, D. C. da; BOIJINK, C. L.; DAIRIKI, J. K.; ROCHA, T. L. P.; DAIRIKI, T. B. A.; GONÇALVES, L. U. Avaliação do potencial anti-helmíntico dos resíduos da bananeira para controle de monogenea em brânquias de tambaqui. In: CONGRESSO AMAZÔNICO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 2., 2017, Manaus. Anais... Manaus, AM: Faculdade La Salle, 2017. p. 69-71.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 55. | | COSTA, D. C. da; ROCHA, T. L. P. da; ARAÚJO-DAIRIKI, T. B.; GONÇALVES, L. U.; DAIRIKI, J. K.; BOIJINK, C. de L. Avaliação do potencial anti-helmíntico dos resíduos da bananeira para controle de monogenea de tambaqui. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 14., 2017, Manaus. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2018. p. 155-162.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 56. | | URBEN, A. F.; ROCHA, T. L.; HIRAGI, G. de O.; SANTOS, R. S. dos; ALVES, A. S.; VIANA, S.; SANTOS, J. N. B. dos. Banco de cogumelos da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia e perspectivas de uso na agropecuária brasileira. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 57. | | BASSO, A. M. M.; ROCHA, T. L.; URBEN, A. F.; TAVARES, A. H. P. F.; POLEZ, V. L. P.; SA, M. F. G. de; BOCCA, A. L. Aplicações imunoregulatórias de beta glucanas obtidas de cogumelos para o controle de doenças fúngicas. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL SOBRE COGUMELOS NO BRASIL, 7.; SIMPÓSIO NACIONAL SOBRE COGUMELOS COMESTÍVEIS, 6., 2013, Manaus. Anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2013. p. 377| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 58. | | PURCINO, A. A. C.; ROCHA, T. L.; FIGUEIREDO, J. E. F.; LOGUERCIO, L. L.; CARNEIRO, N. P.; MARRIEL, I. E.; PARENTONI, S. N. Análise da fosfoenolpiruvato carboxilase em genótipos de milho contrastantes em responsividade ao nitrogênio. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 23., 2000, Uberlândia. A inovação tecnológica e a competividade no contexto dos mercados globalizados: resumos. Sete Lagoas: ABMS: Embrapa Milho e Sorgo; Uberlândia: Universidade Federal de Uberlândia, 2000. p. 160.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 59. | | PURCINO, A. A. C.; ROCHA, T. L.; FIGUEIREDO, J. E. F.; LOGUERCIO, L. L.; PORTILLO, N. C.; MARRIEL, I. E.; PARENTONI, S. N. Análise da fosfoenolpiruvato carboxilase em genótipos de milho contrastantes em responsividade ao nitrogênio. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 23., 2000, Uberlândia, MG. A inovação tecnológica e a competividade no contexto dos mercados globalizados: resumos expandidos. Sete Lagoas: ABMS: Embrapa Milho e Sorgo; Uberlândia: Universidade Federal de Uberlandia, 2000. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 60. | | SOUZA, D. S. L.; GROSSI-DE-SÁ, M.; ROMANO, E.; TEIXEIRA, F. M.; PIRES, N.; ROCHA, T. L.; BARBOSA, A. E. A. D.; GROSSI-DE-SÁ, M. F. Análise funcional de genes envolvidos com fitoparasitismo de Meloidogyne incognita por silenciamento e superexpressão em plantas transgênicas de genes específicos de glândulas esofagianas. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 11., 2006, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2006. p. 61.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
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