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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
25/04/2022 |
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Data da última atualização: |
25/04/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LEAL, T. P.; FURLAN, V. C.; GOUVEIA, M. H.; DUARTE, J. M. S.; FONSECA, P. A. S.; TOU, R.; SCLIAR, M. de O.; ARAUJO, G. S. de; COSTA, L. F.; ZOLINI, C.; PEIXOTO, M. G. C. D.; CARVALHO, M. R. dos S.; LIMA-COSTA, M. F.; GILMAN, R. H.; TARAZONA-SANTOS, E.; RODRIGUES, M. R. |
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Afiliação: |
THIAGO PEIXOTO LEAL, Universidade Federal de Minas Gerais; VINICIUS C. FURLAN, Universidade Federal de Minas Gerais; MATEUS HENRIQUE GOUVEIA, Universidade Federal de Minas Gerais; JULIA MARIA SARAIVA DUARTE, Universidade Federal de Minas Gerais; PABLO A. S. FONSECA, Universidade Federal de Minas Gerais; RAFAEL TOU, Universidade Federal de Minas Gerais; MARILIA DE OLIVEIRA SCLIAR, Universidade de São Paulo; GILDERLANIO SANTANA DE ARAUJO, Universidade Federal do Pará; LUCAS F. COSTA, Universidade Federal de Minas Gerais; CAMILA ZOLINI, Universidade Federal de Minas Gerais; MARIA GABRIELA CAMPOLINA D PEIXOTO, CNPGL; MARIA RAQUEL SANTOS CARVALHO, Universidade Federal de Minas Gerais; MARIA FERNANDA LIMA-COSTA, Fundação Oswaldo Cruz; ROBERT H. GILMAN, Universidad Peruana Cayetano Heredia; EDUARDO TARAZONA-SANTOS, Universidade Federal de Minas Gerais; MAÍRA RIBEIRO RODRIGUES, Universidade Federal de Minas Gerais. |
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Título: |
NAToRA, a relatedness-pruning method to minimize the loss of dataset size in genetic and omics analyses. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Computational and Structural Biotechnology Journal, v. 20, p. 1821-1828, 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.04.009 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genetic and omics analyses frequently require independent observations, which is not guaranteed in real datasets. When relatedness cannot be accounted for, solutions involve removing related individuals (or observations) and, consequently, a reduction of available data. We developed a network-based relatedness-pruning method that minimizes dataset reduction while removing unwanted relationships in a dataset. It uses node degree centrality metric to identify highly connected nodes (or individuals) and implements heuristics that approximate the minimal reduction of a dataset to allow its application to complex datasets. When compared with two other popular population genetics methodologies (PLINK and KING), NAToRA shows the best combination of removing all relatives while keeping the largest possible number of individuals in all datasets tested and also, with similar effects on the allele frequency spectrum and Principal Component Analysis than PLINK and KING. NAToRA is freely available, both as a standalone tool that can be easily incorporated as part of a pipeline, and as a graphical web tool that allows visualization of the relatedness networks. NAToRA also accepts a variety of relationship metrics as input, which facilitates its use. We also release a genealogies simulator software used for different tests performed in this study. |
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Palavras-Chave: |
Complex network theory; Genealogies simulator; Genetic kinship; Genética de populações; Parentesco genético; Simulador de genealogias; Teoria de redes complexas. |
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Thesagro: |
Genética. |
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Thesaurus Nal: |
Population genetics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 14 | |
| 1. |  | FONSECA, P. A. S.; STEINBERG, R. S.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; FONSECA, C. G.; CARVALHO, M. R. S. Associação de polimorfismos nos genes da kappa-caseina e beta-lactoglubulina com produção e composição do leite na raça Guzerá. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 2. | | FONSECA, P. A. S.; ROSSE, I. C.; LAMOUNIER, P. F.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; CARVALHO, M. R. S. Desenvolvimento de marcadores moleculares no gene regulador do metabolismo de lipídeos na glândula mamaria bovina - PPAR gamma. In: International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting, 7., 2011, Florianópolis. Resumos... Florianópolis: AB3C, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 3. | | FONSECA, P. A. S; ROSSE, I. C.; DEMIRANDA, M.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; PEIXOTO, M. G. C. D.; CARVALHO, M. R. S. A new tetra-primer ARMS-PCR for genotyping bovine kappa-casein polymorphisms. Genetics and Molecular Research, v. 12, n. 4, p. 6521-6526, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 4. | | FONSECA, P. A. S.; LAMOUNIER, P. F.; ROSSE, I. C.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; CARVALHO, M. R. S. Polymorphisms in the regulatory regions of genes regulating lipid metabolism in the mammary gland in Guzerat breed (Bos indicus). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 58., 2012, Foz do Iguaçu. Resumos... Foz do Iguaçú: Sociedade Brasileira de Genética, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 5. | | SANTOS, F. C. dos; PEIXOTO, M. G. C. D.; FONSECA, P. A. de S.; PIRES, M. de F. A.; VENTURA, R. V.; ROSSE, I. da C.; BRUNELI, F. A. T.; MACHADO, M. A.; CARVALHO, M. R. S. Identification of candidate genes for reactivity in Guzerat (Bos indicus) cattle: a genome-wide association study. PLoS ONE, v. 12, n. 1, 2017. 15 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 6. | | RIBEIRO, V. M. P.; GOUVEIA, G. C.; MORAES, M. M. de; ARAÚJO, A. E. M. de; RAIDAN, F. S. S.; FONSECA, P. A. de S.; CARDOSO, E. P.; SILVA, M. V. G. B.; TORAL, F. L. B. Genes underlying genetic correlation between growth, reproductive and parasite burden traits in beef cattle. Livestock Science, v. 244, 104332, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 7. | | PEIXOTO, M. G. C. D.; CARVALHO, M. R. S.; EGITO, A. A. do; STEINBERG, R. S.; BRUNELI, F. A. T.; MACHADO, M. A.; SANTOS, F. C.; ROSSE, I. C.; FONSECA, P. A. S. Genetic diversity and population genetic structure of a Guzerá (Bos indicus) meta-population. Animals, v. 11, 1125, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Gado de Leite. |
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| 8. | | MATOSINHO, C. G. R.; FONSECA, P. A. de S.; PEIXOTO, M. G. C. D.; ROSSE, I. C.; LOPES, F. C. F.; ZÓZIMO, T.; VERCESI FILHO, A. E.; BRUNELI, F. A. T.; CARVALHO, M. R. S.; GAMA, M. A. S. da. Phenotypic variation in milk fatty acid composition and its association with stearoyl-CoA desaturase 1 (SCD1) gene polymorphisms in Gir cows. Journal of Animal Breeding and Genetics, v. 140, n. 5, p. 532-548, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 9. | | MATOSINHO, C. G. R.; ROSSE, I. C.; FONSECA, P. A. S.; ASSIS, J. G.; OLIVEIRA, F. S.; ARAUJO, F.; SALIM, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; COIMBRA, R. S.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. S. Identification and functional analysis in silico of polymorphisms in milk protein genes of Guzerá and Gir cattle In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 61., 2015, Águas de Lindóia. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 10. | | MATOSINHO, C. G. R.; ROSSE, I. C.; FONSECA, P. A. S.; OLIVEIRA, F. S. de; SANTOS, F. G. dos; ARAÚJO, F. M. G.; SALIM, A. C. de M.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G.; PIRES, D. E. V.; CARVALHO, M. R. S. Identifcation and in silico characterization of structural and functional impacts of genetic variants in milk protein genes in the Zebu breeds Guzerat and Gyr. Tropical Animal Health and Production, v. 53, n. 6, 524, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 11. | | FARIA, P.; ROSSE, I.; FONSECA, P. A.; ZERLOTINI, A.; ORELLANA, S. C.; ARAUJO, F.; B. DRUMMOND; LOPEZ, B.; GUEDES, E.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; GUIMARÃES, M. F.; COIMBRA, R.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. New indel polymorphisms in ZFY and TSPY genes, in the indicine breed Gir, discovered throughnext generation sequencing. In: International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting, 7., 2011, Florianópolis. Resumos... Florianópolis: AB3C, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 12. | | LEAL, T. P.; FURLAN, V. C.; GOUVEIA, M. H.; DUARTE, J. M. S.; FONSECA, P. A. S.; TOU, R.; SCLIAR, M. de O.; ARAUJO, G. S. de; COSTA, L. F.; ZOLINI, C.; PEIXOTO, M. G. C. D.; CARVALHO, M. R. dos S.; LIMA-COSTA, M. F.; GILMAN, R. H.; TARAZONA-SANTOS, E.; RODRIGUES, M. R. NAToRA, a relatedness-pruning method to minimize the loss of dataset size in genetic and omics analyses. Computational and Structural Biotechnology Journal, v. 20, p. 1821-1828, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 13. | | FONSECA, P. A. S.; LEAL, T. P.; SANTOS, F. C.; GOUVEIA, M. H.; ID-LAHOUCINE, S.; ROSSE, I. C.; VENTURA, R. V.; BRUNELI, F. A. T.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; TARAZONA-SANTOS, E.; CARVALHO, M. R. S. Reducing cryptic relatedness in genomic data sets via a central node exclusion algorithm. Molecular Ecology Resources, v. 18, n. 3, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 14. | | FONSECA, P. A. de S.; SANTOS, F. C. dos; ROSSE, I. C.; VENTURA, R. V.; BRUNELI, F. A. T.; PENNA, V. M.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; CARVALHO, M. R. S.; PEIXOTO, M. G. C. D. Retelling the recent evolution of genetic diversity for Guzerá: Inferences from LD decay, runs of homozygosity and Ne over the generations. Livestock Science, v. 193, p. 110-117, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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